>Ci000010#DNA  7 bp duplication site (very clear), 53 bp TIRs
CGGGCAACACTAAAAGGAGGGAAAGCGGGAAGGAGGGAAACTGCTCACTAAAACTATGGAAACTAATTTAAACCCTGCCCTAAACACTAATCTCAACCCCAGAACTAACCCTAACTCCAACCCCATGTTTAAAACTAACTCTAATGTCNTAATCTTCATTTTAGTGTGCAGTTTCCCTCCTTCCCGCTTTCCCTCCTTTTAGTTTTCCCCG
>Ci000025#DNA 9 bp target site duplications like members of the MuDR transposon class
GGGTGCCTCTAAATACTACAGGACCGCTTGGAGCGCTTGGATCGCTTGGATCACTTAGATTGCTATGGAAAGTAATTCTAACCCTGTCCCAAACACTAATCTCAACCCCAGAACTAACTTTAACCCCAACCCTAACATTAATATCATGGCTTTTGTAATTACGAAGTATAGTAAGCGATCCAAGCGCTCCAAGCGATTTAAGCGCTCCATGCGCTCCAAGCGGTCCAAGCGCTCCTGTAGTATTTAGAGGTACCG
>Ci000428#DNA Ci000428,Ci001033 Has 28 bp terminal inverted repeats; perhaps TA duplication, at least prefers TA-rich target site.
TACCGTAAAACCTCTATTTCACCGCCATGGCGCTCTATTTTTCAACTCTTCCTTAAAAGTGACGTTCTATTAGAGGTGACGTTCAATTAGAGGTTGGCGCTCTATTTTTCGACTAGCTGGTCAGAATTTTGAAATGAAATTTATTAATGAAAAAAAATATGCGTCACACGGGCGTGAGTTCGTTTAAATATACCGGTAAAAGAAAAATTCTTTCTTCTGTTTGGTCATAGCCGGTTTAGAAGGCACAAGGGAGACTGCTATTGATTAATCTTTCCTTTATTCAATTCAAATTGTTTGCTTACCGCATTACTGCTGCTTATCGTGACGTGATACTGCATTGTTACTACCGGTATGTTGGTTGGTATCTTTTAAATGGCTGCTTTAACTGCTAGATTGTGAAAACTTAATCAATTTTATAATTACCGGTAGAGACCTGCTAATACAATTCCGCCGCTAAAAGTGGTGTTCTATTAGAGGTGGCGYTCAAATAGAGGTTTTACGGTA
>Chap1a_Cis#DNA/Charlie Ci000014 Internal deletion product of Chap1b_Cis (95% similarity)
CAGGCATGGGCAACATACGGCCCGCGGGCCGGGTCCGGCCCGTGAAGGGATTTTGACCGGCCCGCAGACTGTATCTAACCATACCCTGTAATTAAGATATTGAATACTATTCATGTAATAATCCGGCCCACCAAGAACTTCATTTTCCCACATCTGGCCCGCCGACTAGAGAAGTTGCCCACCCCTG
>Chap1b_Cis#DNA/Charlie Ci000014,Ci000109 Typical NTCTAGAN target site duplications. Copies are 5% diverged from consensus. Non-autonomous; small match to transposase; closest to Chaplin4_Fur
CAGGGGTGGGCAACATACGGCCCGCGGGCCGGGTCCGGCCCGTGAAGGGATTTCGACCGGCCCCCAGACTGTATCTAACAATAACCTGTAATGTGGCCCAGGTCCGGCCCGCTGTCTGTATCCAACCACACACTAATGTGGTCCGACGCATCATTCCTAAAAGTTGNCTATCGCTCTACTCTTACCGCACTGTTANTGCGAGCTGGTGAAATAAACAATTGCCTTAGTGAACAAACAATTGTGTTAGCACACTTTTTAAACAAACAATATAAGGTCAAAGCAGAAAGCGTTGTAAACATCACNCACTACTGGGTACTGTGTAACAACGTGACTGTTAGGGTTAGTTTTTCTTTAGCTGTTATCAGTTATATTTAAATTCTAAATATAAATGGATTTTATGAATTATTAAGGATTATTAACCATGGAATATCCTANGAAACGTAAATTNGAAAGAGAGTGTCGAGCATTTAACAAAGATTGGATACCGAAGTATTTTTTACAAAGGTTGGCAACAAAGCAGTATGTTTACTGTATGGTCAGAGTGTTGCGGTATTAAAATAGTACAACATTAGTCGTCANTATTTGACGAAACATGGAAACTATGGCAATAATTTAGTGAATAAATATGTGGTTAAGTTANTGAATATTATTCATCTAATAATCCGGCCCACCAAGGACTTCATTTTCCCACATCTGGCCCGCCNACTAGAAAAGTTGCCCACCCCTG
>Chap2a_Cis#DNA/Charlie Ci000096 NACATGTN duplications; small region derived from coding region, matches Charlie1 best.
CAGGGGTTCTTAAACTGGGGGGCGCGCCCCCCTTGGGGGGCGTGAAAGCTTCTCAAGGGGGGCGCGAGCATGACAGTGACATATTTATGTGAAAGTGGATTTTCGGCACTTGTGAGTATAAAGACAAAATGTCGTAACAAACTGGAATGCGAAGCAGATCTTCGATGTTCGTTGTCTTCAACAAAGCCTCGAATTAAACGACTAGTTTCCCAAAAACAGTTGCATCCTTCACACTAAGCAGGGTAATGGCAAATAAATTATTGTTCTATTTTTCGTAAATTTGATTTTTGAGTAGGTGAGGCGTGAGCATGAATCACAAATCTCAAGGGGGGCGCGACTGAAAAAGTTTAAGAACCACTG
>Chap3a_Cis#DNA/Charlie Ci000008 16 bp teminal inverted repeats. Charlie-like GTCTAGAC target site duplications.
CAGGGGTCGGCAACCTGCGGCTCTTTCATCCTTCTGATGCGGCTCTTATTAATTTTATTGCTACTGTAGCGAGCGCTTAATAAGTTTAATACCCATGCATAAGTGAAACAAACAGAAGAACACTCGCGTCTTTATCTCACACAGTGTTGTTTTCCTTTTATTGCGAAAATATTATTAGTTTTGCGGCTCCCAGTGATTTTTATTTTGTGGAATATCGGTTAAAATGGCTCTTTAAGTGCAAAAGGTTGCCGACCCCTG
>Chap3b_Cis#DNA/Charlie Ci000049 Strong bias for NTCTAGAN target site duplications. Extended terminal similarities with Chap1b
CAGGGGTCGGCAACCTACGGCCCGCGGGCCGCATCCGGCCCGCCAAGCAAAATCATCCGGCCCGAGACATCTNACTGAAGTATTATAGAATACGGCCCACTGTGTCATCTGCAATCTTAGATTTTGATGAATTTTAACAATCTATGCGGCAATAATAAAAAATGCGCCTGACCGTGTCTATTGAGAATGTGTGCGTGCAGACAAAGACAATGCTTTGAGAGAAAGCAATAAGTGTGTGTGTTTGTTGGCATGCGCATTAGTGAGAGTAGAAGCAATCCAATTGTAATATTATGACATTATGACGTCATGACACATATTATGACATGTAACATTATGACACAACAGACATCGTTTTTGCTATTTCATATGTGTTTGCATCGTGTTCTTTACTAACTAAAGTCCTGTACGATAGATAATACTAGGTAGTAAACATATATTTTTCTAATTGATTTTGCAATCTTGAAATGTTATCAAAACGTAGAAAAGTTGATGTGGAGTTGAGAAATTTATTACGGCCCGCCGAGATCATGTTAAGTTTGGTTTTGGCCCGCGACTATGAAAAGGTTGCCGACCCCTG
>ENS1_Cis#DNA/EnSpm  ORF1 from pos 470-2911 and 3951-4532. AA 47-404 of the first ORFbis up to 20% identical (35% similar) to Tnp2 and other En/Spm transposases in plants.  The 15 bp TIRs and CACTGb&CAGTG termini, also support classification as an En/Spm DNA transposon (a.k.a as CACTA transposons for their termini). The elements appear to duplicate TA rather than TAA. The few copies in the Ciona genome are the first En/Spm members observed outside plants.
CACTGTGAAAAATTTCCGTAGTATTTACTATAATATTTAACGTATATATAGTACGGGCGCTACGTAACCATGATTTTACGTAAGCGATCTAGTAAATACCATGCGTTCTGGAATTCTAGCCAATCAGCGATCGCGATCTCGCTGTAAAGTTAAAATCACTGTACCGCATCGCTTGGCGCGCTTTCGTCTTCAAAGGAATTAATAGGATCAAAGGCAAAGACAGAAGTTTAGTTTTGTATTTGGTTTGTAATCGTTATTTGTCAGGCTAATGTACGATGTATTGTGAATATATTGTAAACTTTTGGTTGTTATCAATAGTCTACTGTGGAGCTGAGGTTATTATGGCACATGTCTGGCAGTTATTAAGTACTAGGCTACTTTTTGTATTGATTATTATTTAAAAGGCCTGTATGTATATTATACATTAATATAACTTAAAAAAAACGCAGGTCTGCATGATTGGATAAATATGTTTAAGTGTTCTTTGGAATTTTGTAAACAGAGATTTGATACAGTTGCAGACTTACTACAGCATTACCGAGAGCATATACGCTTTGGAAGTGAAATAACATGCCCTATTGAGAACTGCAACAAAAAATACAGAGTATTATCTTCATTTTCATCACACTTATCAAGATGTCATTCAGCTAAACCTCAAGAACAAGATAATGCTGCGAGTACCAGTGACAGTATGAATGTTCCATTAACCAATTCAGAGAATACGTTTTCTTATTTAGCAACATCTAAAGCTGTGGATGATGAATTTTTGGAACCGGTACGTTTAAGTCATGATATTGCATCTATCGACACTCTTACACGAAAATATGCCTTGTTTTATTTTATGCTTCAGCATAAATACTTCATTCCCGTTCGCACTGTCAATCAGATTGTTGAACAGATTAAAGACTTGGTTTTGAAATACTCAAGCCATGTGACTAACAGGCTCAAGTCAATTTTGGAAAACTATGATATTGATGATGAATTAGTGACATCAATTCTGAATGAGGTTATGAATCAAGATAAATTCCAGGAAATTCATAAAACGGGGCCTCTAAGATCTATATTTTCAAGAGAAAAATATTTTAAAGCCAATTTTATTTACATTGCCCCAATCGCAATGAGATTAAATCCAGAAGTTGTTCAAGACAAAGAGACGTTTCAGTATGTACCGATTTTAAAAACCATTCAAGCTTTATTCACAAATAATTTAGTAAAACACCAATTTCTAAACCCGCTTTGCCCGGATGGAAGCTTTCGTGATTTTGATGATGGTTTGGTTGTTAAAAACAACCATTTGTTTTCAGGCAGTAATAAGACACTTAAAATAATACTGTACCAAGATGCTTTTGAAGTAGTAAATCCCCTGGGTTCTGCTAAACAAAAACACAAATTACTGGGGGTATATTACACTTTGGCAAATTTTTACCCTTGGAATAGGTCTAAAATTGATGCGTTTCAACTTGTCATTTTATGCAAAGATCAGCTTGTTTCCGCAAACAAATGTGAAGATTTGTTTCGGCCCTTAATTAATGATCTTAAAATTTTGGAAAAAGAAGGCATTGATCTTCCAGGGTTTAATGAAAAAGTTCGTGGTAGTATTGTTTGTATAACTGGAGACAATCTAGGAAGTCATTGGATTGGTGGCTTCACAACAAACTTCAGCACCTCATCCTACATTTGCAGGTTTTGTTCCATTACCCGCACAGAATTTAATTGTTACTGTTTGTGTGAAAAACCCATGCGCAACACTGATTCCTATAATTGTTCCGTGCAAAAAGTTCATGATGCTGGTAACTCCGTGCACATCGAAGGTGTGAAAAGTGACAGTATTTTTAATGAGTTGCAGTATTTCCATGTTTGTGCTCCAGGATTGCCCCCTTGTTTGGCGCATGACTTGTTTGAAGGAGTTATACAGTACGACATAATGCTTGCCGTGAACTATTTTATACAGCAAAAGTGGACATCCTTGAGTGTTTTAAATAAAAGGATAGTGCAATTTCCATATAGGTTTCATGATAGACTTTGCAAGCCCTTAACTCTGTCTGCTACATCAAAAAAGCTCTCTGGAAATGCAAGTCAAAACTGGGGTTTTCTTCGATTATTACCTCTGCTTATGTTTGGTTGTGTGCAGAATCCTGAAGACCCTGTATGGCAACTTGTTTTATGTTTACGATCTTTAACAGAAATAATTGTTTCAAAATTTCTTACAAAAGGCACAGTTATTCGTCTTTCTTTATTAATTAAAGAGTACTTGTACATGAGACAAATGCTGTTTAGTACTGTTCCTCTGCGTCCAAAGCATCATTATTTGATGCATTATCCATGGTCAATTATGCAGTTTGGCCCATCAGTGTGCACTTCTACACTAAGATTTGAAAGCAAACATTCCTACTTTAAACGGGTTATTCGGAATTCTAAAAACTTTATTAATGTGTCCTACACTCTGGCGCACAATCACCAACTACTTCAAGCTTGTTTACTTGACAGCAGTGTTTTTTCGACTGAACTTCAAGTTGTATCTTATGGCAATGGCCAAGTGTCTAGTAGAATTCAGAATTCCATTATCCAGTGTGGCTATAATCTATTAAAATGTGTTTTTGTTACAAAAGCATGCTTTCGTGGAACGGAATATTCTACAGGCATGTGTGTTATATTATCGAAAGAGAATCGTGATTTACATTTAGGACACATTGTCAGCATGTTTATGTTTGATAATTCAATTGTGCTAGTTGTAGAACGTTGTTTTGTTGAATTCTTTCCTGATTTCGGAATTTACAAAATGGTTCCATACCCTTACAGTACGTTATTTTCATGTATTTCTATTGAAAATCTATTTTCCACTTGGCCTTTATTTTGCTACACCATTAGCGATAATAAGTTATTTATTTTACCACAATGCCTTAACGTGTAAACGGTGTAATTTTAAATTTACAGGTGCATCTTAATAATACTGTAACGTTACAAAACNTTAATGGATCGTGAAATACTGAGAATTTTGCCAGAGTTGGAGGAAAATCCTTTAAAATACAGGTCCTGCATTTCTCGCCTGACTACATTGGGAGTACAAAATGTGAAGGATTTTGAACACGTGGAGTTAGATGAGCTATTGGGCGAATTTACTATTGTGCAAGCTAGAAAGCTCATTAAAGCCTCCAAACCTATAGGTCCAACTGGTATGGATCTTATTGTTTTGTTATATAAAAATTCACATTAAAGATATATAGAATTTTTTGTAGTCGTAAATTAAAGGATTTTTAAATATCAATTAACAGTTTATCGAAATTTAATTTTTTCCTGGTCTGTGGACGTTGCTTAATGCTTACAGTTTTTTTCTATTCAGAACTTTCAAGTGGAAACAGCACAAGTCCGGTTTGGAGTTGTAGCAGTAGCAGCAGCTCCGTTAATAGCTCTGAAGCGTCTTGGGTGTTCGATTTTCCAGTTCCATGGAGCAAATGCTCCAGTGCTATGCTGGAACTACTGGGCAAAGGTGAGCCACCCAATCCCATGCAAAGAAGGCAACTTGTTCATGAAACAATTGATGAAGTTCTTAAGGTAACGTTATATTTATTATTATATAACTTTTTTAGTTTTCCATTGTCTTTAACCCTAGTAATTATTGTGACTTGTGGTCCTCCTAACTGCCAAGTATGATGCCTTAATTCCATAATATGCAGCGCCTTATTCAGGCAAGTTTTGACATCTGACTAGCGGTTTGGGTCAGCCAAAATTGACACATCAAAATGTAAAAATTTACACAAAAATGAACAGTTTTATCTGTTCTACATTATGTTTACACGATATCAAACTAATGCATAAGTGTGGGTTATTAAGCTTTTATCACGCAACATTTTTAAATATAGTTGGCCTAAAGAAGAATCGCATAAAAACGCAAATGCCTGCTGAGAATTTGGTACTGACACCCATATTATACGTTTAAATTACGCTATAACATGATGAAAAGAATATTAATTTATAGGTTTCTTTTTTCTTTATTGCAGATTACAAGTAAACCTGGCCGCAAGAATATTGAGCGAATTGCATTTTCTATTGTGGCAAAGTACCCCGACTCTTTCAGAGATGCAATAGACGGCGTTTCTATTGGAAATGGTCATGGCTCACTGACAAATGAGCTGTTTAACCGATGGGAAAATACGATGAGGAAAAAGCGCAAGCTTGATAGTTCAGATACTTCTTCGCCTTCAGAACCAACCAAGAAGCCTTATGGCTGTGTGAACTGGCAACCACCCGCTCAGGACGCAGCTGATAACAACAATATGAAAACATGGCTGTGTGAGGAATTTAAAAAGGCAAGGAGAGACACCCCACATGTTATCACACTGATGGAGAAAACCTATGCAGCACAAAGGGAATTCATCAACACAAATGTTTCCGTGCAAACCGTTCTCAGTCACTGGCCATTCCTTAGTGACTCTATGTGCTTGTTTCAACATTCTGGCATACTTTTAAAGAAAGATGAAATGCAAAATTTGCCAGATACAATGACCAGAAGAAGCTTTCAAATATACAAGTAAGTTTCAGTTTTAAACTTGTCTTAAAAACAATAAAATATTTATATTTTGTTAACTTATTTGGCAGAGTTTTAAAAACAAGCAAGAAGCCATGTGTCGTTGGTGCCATTACCAGCATAAAAAAGCAATGCAAAACGTTGGGGAATAGTGTCGCAAAATCAGTGGAAATAATATGTTTGCTTGCAGCACAGCTTGATGAAAATCCAGATTTTATTGCCAGGACCATAAAGGTAAGCCTTTCATTTTTTCTATTTTTAAATTATAATTTAGTATTTGCTTTCACTTTCTTAATTTATGTCGCAGGATGATTGCAGTTTTGATGAACTTCTAAATGAACTTCCAGCCTCTCCTGTGCTTGTAGCCATCGGTAAGTTGGACATGTTTTCTTGCTTAGCTTTGGCGCTACGGCTTTTGTTTGCACTGATAATTCCAATTTAGGTTTACCATATTTAAAATCGTGTGTTTTAATTTGTTCTACAGGTGTAACTTTTGCAACTAGCCAGTCCTTCAAGTTGGTGGTAGAAAATCAGTTAGTAATGGCATTTGATGATTTCTTTGTTGGTCTTGCAAGCCTGTTTTGCTACTACTATGTTTTTAATATGGAGTATCCATTAAAAGCCGTGGCAACTTTGGAGTTTATTCAAAGGTAAGAAATAGAACTATACAATTTTGATACTTGTGCGCTGGCTGGTGAAGCTACATGGTTGTTTTATATTGTGCTGATTTTAGATTTTTTGTGGGCATTAATGCAAAAGGATCAAAATGCACTTCATCGAAACATCACAAGTACGCTCATCCAAAGGTACTGAGCCTGGTGAAGAAAATGAACGCTGCAAAAAAATTCTTTAAAGAAACCGAATAATTACATGGAAACTGAAGCATCTGATTAAAATCAAACTTTTTACCACCACCCACTACCATATAACACAGACACTTTGTGTTACTTAATTTCTGCTTATTAGGTTTTATACTTTATTAGTTCACTTTGTGGGAATTTATGGTATTACATTTAAAATAGTAAAATAATCAAACGGTACACACTTTTTAACAACTATTTCTCTGTAAGAACATTGTTTTGTATTGTAATTTGTAAATAAGTTCTATTGTTTCGTTATCACTTCATTGTTATTGGAAAGTATAATGCCTCAACAATTCACTGTTTTCTAGCTTTTACCGAATATAGTCGCTTGCCAGTAAAATATCACCCCAGTGTATTTGCAGTTCCGTTTTCAAGTGTTCACTCTTTCTCCTAAACTGTTCTTTCGTAATAAAACAGTTTTCTACAATAAACATAATTTTATCCTAAAATCAGAGAAAATCGACGTACATTTTTAATCAAAATCGCCGTAGATTTTGAATCGAAATATGCGTAAAATTTTAATCGAAATTTCTGTAAATTTTGAATCGAAAATTCCGTAAACTTTTAATCGAAATTTCCGTAAATTTGTAATCGAAAGCGCCGTAAAGTTTATCGTAACATAAACGTAAATTTTTAATCGGTAACTATCGTAAATTTTACGGGTATAAAAAGTAGTCAACTGCCAGTGACTTTTACAGTAAAAATTTCTAACAGTG
>Harb_Cis1#DNA/Harbinger Ci000586 The ORF from bp 282-1580 encodes a protein 34% identical (48% similar) to the Danio rerio Harbinger1 transposase. Anopheles gambiae contains closer related Harbinger transposons. TWA target site preference.
AGCCGCCTCCACACAGAACGCGGTTTGCGTTTCACACGGTAGCGGTAAAACCGCCCATTTTAAGAGCGGCTCTACCGCGCGGTTGCCAAGCGGTAAACATGTTCACACAAAACGCGTTGACGCAACACTAATTTTCGCGGGAAAACTTACATACAGACCAGCTTTTCAGCATTAGAAGTGTCCAAAATGAAAGTGTCTAATAGAAAAAAGCTATTGGTGTTAAGTCACAACCAGATTTTGATGGCATACATATCAAGCCTTGTAACAAAATCTCAAAGGTAATGTATAGGATACGTTGCGTTTTGTAAAAACTATTTTAACTTATCTTTAATTTATTTTACGCCCAGAAAGTGGTGGGTTCGACCTGTTTTTGCGCACAGAGTAATTCGTGGCGAAGTGATTCTCGTAGATGAGATAAGAACAGATCCCGAACTTTTTTTCGAGTATTTTCGAATGAGCCCAACAACTTTTGACGAGCTGCTTTCGCACGTGGAGCCACTTATATACAAAATCACAACTAACTGGAGAACACCAATCTCGGCTGATAAACGGCTTGCCTTAACTCTTCGGTATGTAGCTCGAATTTACTATCAAGGCCGATTTGCATTANATACTGGCTATTTTTTTAGATATCTGGCGACTGGAAACTCGATGCGTTCGCTGTCTTTCAGTTTTCGCATCGGATATAGTACCTGCTGTGAAATCATCGGGGAAACATGTGAAGCAATATGGTCTACACTACGACCACTATACTTGAAGACCCCTACATCACCTCAAGAATGGCGATTAATCGCCTCTAAATTTGAAAGTAATTGGAATTTTCCACTGTGTATGGGGGCCATCGACGGTAAGCACGTGATGATCCAAGCTCCTGAAAAGCAGGGCTCCGAGTATTACAATTACAAAGGATATCACAGTATTATTCTTTTGGTCGCCTTATGTGATGCAGAATATTGCTTTACGGCAGTTGATATCGGAGATTCCGGTCGACACAGTGACGGGGGGGCATTTTCCAATTCCCAGTTTGGAAAATGTTTTACCCAGAAGGAAAATGTTCTGTGCGTTCCACAAGATGACCTTCTCCCAGGTTCTTCTATCCGAGTACCGTACTGTATAGTGGGGGACGCGGCTTTTCCTCTCAGGAAAAACATAATGAGACCGTATCCTGGGCGATACTTACCAGACGACCAACAAATATTTAACTATCGTTTGTCACGCGCACGCCGAGTTGTTGAAAATGCATTCGGAATTCTTTCATCAAGGTGGAGAATATTTCGAAGACCAATTATTGCGGAACCCAAAAAAGTGATTGCGATAACCAAAGCCTGCTGTTGTTTACACAACTTTCTCCAAACTCGTGGAAAAATATGCCCACCAACGTTTGTTGACCGAGAAGATGCCGAAGGTAATGTTATACTGGGAGACTGGCGGTCAAGCGGAAGCATTCTGCAACCTGTAGGGCGCACAGGAAGTAACACTTATCCTCAATCAGCTTCTGACATCCGGAACAAATTTAAAGACTATTTTATATCAAACGTTGGTGAAGTTGACTGGCAGTATAGAGTCATTAAAAGGCACTGATTTTTACCGTAGTAAAGTCATTGCTGCATTTTCGTTGTAAGTTGTGTTGTTTATAGTTTACTTAAATAATAACAAAAATTGTTGCAMAAAGCCTGAGTTTTATTATTGATTATACTTTAGACGATATAAATACTCCATTATGTGAAGCATTGCTTCATCGCTCTGGTCTGATGGCAAACCGCGCAGTTTTTTTTCAACTAAGGCACTAAAATTAGAAAACTCGTCTGAGTCNTGCCCCTCATCAANTCCTTTGGCACACATTTTCTCAATCGCATCCGTGCTCGATTGAACAGCACATATTAGAGACTCCTGTGAAAGAAGAAAAATATATTAAAATCACAGAGATTATGATTAAAAAAGGACAATAGATTATATTTATATGCAATAAAATTTCATGCGGTACATATATACAATACAAACTATATGCCACATATATATATGGATTGCAGTTTATATGTTAAGACAATGGATAAATCGGGTCATTCGTCCAAACAATTTAAATAAAAAAAATTATCAAACTGACTACAGGGTAAAACTAAAAATTCTATTTACTTGAAACTTGTTTGAAATTTTTTGCCTTTTAGGGTGTGGTGCTGGAGAATCACAATCGACTTCTAGCGTGATAGGGTTATTATCATAACTGGACGTCGATTGAACATCACTAAGATTGAATACATCTTTCTCTGCAAATGTTTTTAAGAGCACAGATAATAATAAATATAAAAAATAAGGCTACAAGACAAAAACAAAGATAATAGGATGTATATTCATATTTTATACCCTTGAATGTTAAAAGACAAGGGGTGTTAGCACACAGCCAATTGTCAGATTACTGGTTTCCAACATTGGGTTACCAAAGCTATTGCATATGATTGAGACATTTTAACAGCTTGATCAATTTAGTTAGGTAATCTTCGCTTAGTGGTCTAAGCCAGCAGATGGTTTCGATTATAACTTTTAGCCAAAAACTGATTCTTTTTAAACAACTGTGATTATGCATCCAAAAATAAATAAAATTGTCAACATGTATATACATATAATGTACGATAGGTCATAAATACAATATCTCTAGCAAGGTAAAAACTTTTTCTGATTGTAAAATTCAGATAATTATCTGACCTGTCACATCTGTCTCACTCATGTCTGCAACACTAACAGCTGGCAATACTACTGAACTACATGTCCTGTAAGTCAAAGTGAAATAAATTTACTTATAATCCTATTAATATAAACATTGTACAACAGGCTTTGAAATTAACTAGTAAAACAAGTAATCATTACAATGTACCGGTAGAATGTAAGATTTATGTGTGTTTAAATAATGTCTAGCTAATGTTAACTGACAATTTACAGGCCTGGCTCTGTACTTCATTTAAGTCTGTTAGATCTATACCCAACTTCAAAACTATTACAAGTATAAATAAGAGCTGATAGGCTAAACTCTTTAGCTTGTAGACAATTAACTGCCACACCATTTATAAGCAAAAAAACTTACACTTTGTGTCTCAAGTGATCATTTAAAAACTGCAGAGCCTCGTAGTGAGTCCAGCATGATTGCCATGACGCAGCTGCTCCACTTTTTTGAGAATCCATTTTGCCCCGGCGTTCTTTGGCATAACGGTCCCTTAAACTTTTCCACCGTTTAGAGCATACTTCAGCTTTGCAGAATAAATATGTTATTATCTTTGCAATACTAGCTTAAAATTACATGAACATCTATATAATAATTAAACCTGACAATCAAACATTNTAACCATACCAACATTCATAGTTTTCCAAATATTAAAATTTTGCGTCCCTAGGTGGCAAAACAACAAGTTTAGTTTAGACTACCAGTTTCTTACGAGATTGTTTCAATTGAGATCCAATTTCTTTCCAAGCATTTTCTTTTCGAATGTTGTCCTTTTTGCCGCTGCATTGCGAACTGTACAGGCAAGGATATTTTCTAACCAATTCAATCAAAATTTCATTAAAGTTCATCGTGCCGTTCTGTAATTTAGGTTACATGTAATTAGGCTTACCAAAAGTCAAGGTACTTGATATAACAATCTGCAAACCAGTATAATTGTATAATTTAAAATAGTTTAGTAGCTAACAAATTAGGCATATGGGCAAACGACTAAGAATGGAATACGGTACCTGTATACCCGTAGTTATTTGCATTTTGTCCTATTTTAAGTGCATTTACGAATATTGGTACGAAGGTAATTAGCCTACTAAAATACAGTTAGAAAGAAATAGCACTATGCTCTATGGTGTCAACTTGTATTTTTATACATTTTACACGATACTCGTTTTTTCAAAAGTGATTTCTTACTTACTTCAAGTATCTTTGGACTTGGTCTACACTCCCTGTTGTACTTTGGCCAAGTATTTTAGGTCTACCTATTGCTAACCTGCCGACACAATTCAAATTTAACGGTAATATATTTGCTTGCTTTCAATATATTATACATCCTACTGTTTACTATTATGGGCAAAACAGAAATGGAATATTTGCCGCCACTACCGCGCGTAAAAGATAAACTAAATTTATGTCTGCCGCTACCGCAAAAACCAACCGCACAGCCGCACGAACGCAGCAAAATCGGCTGTGTGTATCCGCTAGCCGCTGCCGCGAACCGCCAACTGCGATATTTTACCGCCAAACGCGTTCTGTGTGGAGGCGGCT
>P1_Cis#DNA/P Ci000947, Ci000957, Ci000859. 8 bp target site duplications.  ORF1 at pos. 598-1122 encodes a protein closest related to human PP238 (AF258556_1). It also matches the Zaphod-transposon-derived pP52rIPK, but similarities are outside the Zaphod-like region. ORF2, at pos 1076-3487 encodes a classic P element transposase. This is the first coding P element found outside insects (outside Diptera even).
CATAGAGATACTAATATACACTAGAGTGGCCTTTGTTAAATAATTGATAATGCTGCATTGTTGTAAAATGAATGCATTTGCCGTGCAATGGCTGTGTTGCCATACAAATAATGGTTTTATTTTTTTATAATTGGTATTTAACTGAACGTACTTTTGAGCGGAGTTGTAAGAAAAATAAATATTATTTACTACCAAACTTTATTTCCNATATATTTAAGGAGCAATATTTATTAAACTTTGGCATTTTAATGCATCATATTTATTAAATAAAATTGCATGCGCAACACTGGATCAGACGACATTCGAGTCGTCAACCATTTCTTCGTGCGAAAAAGTCCAAAGAAACGTTTAAAGTTGTAGCCTACTTTAATACCTACGTACCACGGGGTCAGACACTCTCTTTGAAATATACACCGGATATATATATCCAATGTTACTGTATTTGACGCAAAANGGCACTTTACGTTGCCACGTTACATTATATAACTGTACCAACAGCAGCGCGTCGGACCGTCAGCAGGAATGGTGCAAGATCGAAACCTGCCGATGCTAATTGCGTGTAACCCAACAATGGGCGCGTGGGTCCATTAAATAAGAGTATCCTATCCCCGTTAAACTTAAGCTCACACTTTTACTTTTAGAAAATAATACCAGTACGGTTAGTGGATATGGTTATTTCTTGTTCTGCGTGGGGCTGCACAAAACGTCAAATCAAGACTGCAACGTGGAGTTTTCACAGGTACATTGTTTAACGCATAATAATATACAAATATACCACATACACGAAGTTAAACTACATCACTTTAAATTCAGATTTCCAAAAAATAAAGAGCAACTGGAACAATGGCTGGTAGCACTTAAAAGAGAGAAATTCTTCCCAACAAAGTATTCATATATATGCTCGGAACATTTTGTTGCTGAAGATTTCAATGGTAGAGTGCGAAAACGACTTAAGCCTGGGGCAGTGCCATCAGTATTCAGTTTCCCGGAGCATCTTCAGTCAGTAAGTCATTTTTTACCAGTACTGCAGCCTTTGGGCAAGAGATTAGTGACGTTAGTTGTAGTAAGCTTAAATATTTTTTCCCCAGAAAAAAGGGAAAAAAAGAAGGGAGCTGCTTGACAGAAATCGGCTAGCTAGTCGAGCTGTGGTACCTGAAAAAAAATTCAAATTTATACAGAGTCATAATGTTTTAAAAGATCACAACTACTGTAATACTGGTAGTCCAAAACAAAAGATAGAAAACATAAAACGAAAGTTAATCAAAATAAGAAAGCAAAAAAAAGTGTTACTTGTGCAGAAATGCAGGGCTACAAAACAAGTTAAAGGTTTAAAAGAGCTGTTAGTCAAAGCCAAAAATAAAAAATACTTAGAAGACAAGCCATTTGATATATTGACCTCAAACTTTGGAGATACCGCGATAGAACTATTTTGTACAAATATCTCAAAAAATAGTGGCAAAAAAGTGAAATATACAGAAAAAATTAAAAAATTTGCTATGACCCTTCATACATACTCCCCAAAGGCCTACCAATTCATTCGAAAACACCTAACATTACCACACCCAAGAACTTTGTCAAAGTGGTTATCTGTCTTTAAAGGTAATGCTGGAATTACTGCAGAATCCATTGAAGCCATTAAAAACAAGCAAGCCAAGATAGATTACAAATTATATTATTCACTCATATTGGATGAAATGGCAATCAAAAAGCAAGTGGAATGGAATGGAAAGGAGTACACAGGATTTATAAATTTAGGAGAAAATTTAGATGACGATACACTACCTGTTGCAGCAAACGCCCTTGTGTTTATGCTGGTTCCAATTAATGCAAACTGGAAAATTCCAATAGCTTATTTCTTCACTGATGGCTTGTCTGGGAAAACTCTTGCAGAATTAGTGCGGAAGGTGTTGTCCTGCCTGCATGACAATAACATACTAGTTTGTTCGTTAACCTGTGATGGCTGTGGGAGCAACCAGAGTATGTTAAATGAATTAGGAGTACCTGTGAGATATCCAATCAAGCAAAGTTATTTTCTTCACCCAGAAAATCCCAATCAAAAAATCTCTGTCTTTTTAGATAATTGTCATATGTTTAAGTTGATGCGGAATCTTCTTGCTCAAAAAAAGCTGTTGCAAAATTCCACTACAGGCCAACAAATAAAATGGGATTATATAACCAACTTGCACAATATACAAACAAAGGAAGGTCTAAAGCTGGCTAATAAATTAAAACGGAATCATATTGAGTACGGAACACAAAAAATGAAAGTCAGTCTTGCGGTACAAACCTTGAGTGCTTCCACTGGTAAAGCTATCCAGTGTCTAAGACAGCTTGGCTATGCACAGTTTCAAGGTAGTGCAGAAACTGAGAACTTCATTATGCTTACTGACCGCCTGTTTGACGTAATGAACTCTAAAAACCCGCTGGGAAAAGGCAACAAAGCACCTCTGAAAAAATCGAATAAACAAATTTGGTTACCATTTTTAAGCACAGCAAAAGAATATTTAAGTAACCTCATGTGTGACGGCAATTATCTGTACAAAAGCCAGCGCAAAACAGCCATTGTTGGCTACCTGTTAAATATTGAATCCCTTAATCAACTATTTGATACACTTGTTGAAAGCGGGAAATTACAATATCTCTTAACTTACAAGTTCAGCCAAGACTTTTTGGAATTATTTTTTGGGGGCATTAGAGGGGCCAATGGTTGGAACAACAACCCTACATGCCAGCAGTTTAAATCCGCCTACAGAAAGCTGCTAAGTTTAACTGATGACATGTTAGTAACAGCCGGAAATTGTTCCCAATCAGCAGAGTTTACCACAAGCCTTTCTATTTTAGCACCAATTCAAATGGCATCGCCTAATATCGATATTGAACGGAAATACAACCTTGATTCAGACATATCAGACCAAAATGCAACTGATCATACCTATCTGCAAACATGTTACTTCTCGACTGGTACATATTTGTCACCGATGATAGAAACTATAGTGATGTATATATCAGGATTTGTTGCAAAAAAATTAATACAAAAGTTACTTTGCAACATTTGCATCAACTCACTGTACACCACAGTACCTCCAGAACATGACCAAAGGTTCATACTCATCTCTATCAAAGACAACAATGGTTTAACTTACCCATCATCAGATTTGACTAAAGTAACAATGACAACTGAAAAAGTTTTTCGGAGATATATTAAAACAACTGGACATCCCACAAATATCAAGGGTTTAGAGGGTGCAATTTGCTCCAGTGTTCTNACACACCTGCAGAGTGAAAAGTTTTTATTTAATTCCTTGGAAACCCACATGTTCGACACAGATCCAACGGATAACCACAGGATAACACTCATCAAAAAAATAATTAAACTATACCTTACAATAAGATTTCATCACGAAGCAAAGGTGTACACATCCAAAATCAGAGGACGCAATCAACGACAACAATTCCATAAAGCCATTCTATTTAAACACCAATAATATTAAACTGGAACATCAATTTTACTGAAATAATATCAACTAAATTACCATAGTTTATTTTTAGAATTTCGTTTTAGTTTTTATTTTGTCTATATCATACTTATTACGGTACTCTAATACCCTATATTATATTTATAAATGCATTTTACAGTAAATATATACTTTTTATTTTAATATTTAATGTAGTTTTTAACCAGTTTTAGTTTATAATTGTTGTGCATTTGAAATAAACTAAAATAACTGATCTAAAAACAAGTTGTCGGTGAAGTACGAAAGCCTATGCAAAAGTGCGTACCGGTTCTCCGGTCTAGCTTACTCTAAGGTGAATTAAAAAAGCTTTTTTTTATATTAAATAGGTTTAAAGCTGAATTAACAACTGATATATATCAGCAAAGCATGTATATTAATTAGAAAACAAATTCACTGCACATTTGTTAACTATTTAACATACCTGGNCAAATCCGCACCAAACACGTGTCGGAACTCTTGCCGTGCAAAGCTTCAAAATGGCGGCCACCATGGNGACAACAATTACGCAACAGTAATGCCGCCTCTAGTGTATATTAGTGTCTCTATG
>P1a_Cis#DNA/P Ci000947, Ci000957, Ci000859  26 bp TIRs. Multiple internal deletions with respect to P_Cis1; also 5-10% divergence from it.
CATAGAGATACTAATATACACTAGAGTGGCCTTTGTTAAATAATTGATAATGCTGCATTGTTGTAAAATGAATGCATTTGCCGTGCAATGGCTGTGTTGCCATTCAAATAATGGTTTCATTTTTTATAATTTGTATTTAACTGAACGTACTTTTAAGCGGAGTTTTAAGAGAAAATAAATAATTCTTACTACCAAACTTTATTTTCCATAATTTTAGGAACAAATTTATTAAACTTTTGCATTTCAAATGCATCATATAATTTTTAAATAGAAATATATGCGCAACACTGGACAAGACGACGTTCAAGTCGTCAGCCATTTCTTCGTGCGAAACAAGTCCACAGAAACGTTAAAAGTTGTAACCTATTTTAATACCTACCGGTCACGTTTAATACCTACCACTCAGACACTGTCTTTGAAATATACACCGGGTATATATCTATTGTTTCAGTGTTACTGTATTTGACGCAAACGGCACTTTACGTTGCCACGTTATATTATATACAATAAAAACTGTACCAACAGTAGCGCGTCGGACCGTCAGCCGGAACGGTGCAAGCTTGAAACCTCCATCGTATGCAATACACTGCTATAGCTCCAATAACCAAGCATTGGGCGAGTGGGCCCATTAAACCGGAGTATCCTATCCTCGTTAGGTACTTTTAGAAAATAATATCAGTACCGGTAGCGGAAATGATTGTTTCTTGTTCTGCGTGGTGTTGCATAAAACGTCAAATCAAGACTGCAATGTAGATTTTTCACAGGTACATTGTTTAACGCATAATATTATACAAATATACCACATACACGAAGTTGAACTGTGAGACCACAACTACTGTAATACTGGTAGTCCAAAACAAAAGATAAAAAACATAAAACAGAAGTTAATCAAAACAGGAAAACATAAAAACAGAAGTTAATCAAAATAGGAAAACAAAAAAGTGTTACTTGTGCAGAATTAGCAANTGATATNTTTCACTCATATTGGATGAGATGGCAATCAAAAAGCAAGTGGAATGGAATGGAAAGGAGTACACAGGATTTATAAAATTTAGATGACGATTCTCTATCTGTTGCANCAAACGCTCTTGTGTTTATGCTNGTTCCAATAAATGCAAACTGGAAAATTCCAATAGCTTATTTCTTAATTAATGGCTTGTCTGGGAAAACTCTTGCCGAAGTAGTGCGAAAGGTGTTGTCCTGCCTGCATGACAATAACATACTAGTTTGTTCATTAACTTGTGATGGCTGTGGGAGCAACCAGAGTATGTTAAATGAATTAGGAGTGCATGTGAGATATCCAATCAACCAAAGTTATTTTCTTCACCCAGAAAATCCCAATCAAAAAATTTCCATCTTTCGAGATAATTGCCTATGTTTAAGTTAATGCGGAACCTTCTTGGTCAAAAAAAGGTGTTGCAAAATTCAATTACAGGTCAACATATAAAATGGGGTTATATAAAAAAAACTTGCACACTATACAAACAAAGGAAGGTCTAAAGCAGGCTAATAAATTAAAACGGAATTATATTGAGTACAAGTACAAACCTTGAGTGCTTCCACTGGTGAAGATATCTAGTGTCGTACACAGCTTGACTTGAAATTATTTTGGGGGGCATTAGAGGGGCCAATGGTTGGAACAACAACCCTACATGTCAGCAAATCCGCCTACAGAAAGCTGTTAAGTTTAACTGATGTTAGTAACAGCCGGAAATTGTTCCCAAACAGCAGAGTTTACCACAAGCCTTTCTATTTTAGCACCGATTTAAATGGCATCACCTAATATCGATATTGAATGAAAATACAACCTTGATTCAGACATATCAGACCAAAATGCAACTGATCATACCTATCTGCAAACATGTTACTTCTCGTCTGGTACATATTTGTCACCGATGATAGAAACTATAGTGTTGTACATATCAGGATTTGTTGCAAAAAAGTTAATACAAAAGTTACTTTGCAACATTTTCATTAACTCAACGTACACCCCAGTACCTCCAGATCATGACCAAAGCTTCATACTCATCTCAGTGTTCTAACACACCTGCAGAGTGAAAAGTTTTTATTTTATTCCTTGAAATTCTTCCCTTTAAAATTTGAACAAGTGCAAAAACCTAGTAAGAATGTCTTCCCAGTGCGAATCTGCTGGCAACCAGTTTGTAGCCTAGCCTACAGATTTTTTAGTTAAACATTCAATGGAGTTTTTAACCAGTTTTAGTTTATCTTTGCTGTGCATTTGAAATAAACTAAAATAACTTTTCTGAAAATTTGGTCCGTGTAAGTACGTAAGCCTATGCAAAAGTGCGTACTGCCGGTACCGGTACTCCGATATACGCGGTGGCCTAGCCTACTCTAAGGCGAATTAAAAACCTTTTTATATAAAATAAGGTTTAAAACTTAATTAACAACTAATATATATCAGCAAAGCATGTATATTAATCAGAAAACAAATGCACACTGCACATTTGTTAACTATTTACCATACCTGGGTAAATCAGCACCAAACACGTGTCGGAACTCTTGCCGTGCAAAGCTTCAAAATGGCGGCCACCATGGTGACAACAATTACGCAACAGTAATGCCGCCTCTAGTGTATATTAGTATCTCTATG
>P6_Cis#DNA/P Ci000337 Lacking long ORFs and probably non-autonomous; has short region (1593-1916) with encoded similarity to P transposase. 6 bp target site duplications
CTAGTGTTCCTTAATAGAGAGAGTTGCGTCATTGAAAATTAGAAGAACTGTTTGTGTCCAAATTGTCTACAAGCCCAGTGCGCAGTTTCAGACAAATGTGTATAAAATTAATGCGTACGGGAGTTTGTGAGGTTATTTACTAATATTTGGACTGTTGTACTTTGCTTATTTAATTGGAAATTGTTCTGTTGCAAATATATATTACTTAGACTGTGATTTTATTAGCACTAGGCTATTAGGCCTACAGTTGCAGGACTTGAACCAAAGAGTTTTCTCAGCAACTGTGGTGAACTCATAAGATTATTTGAGTTTTGCAAGTCTGTCAGATGGTGGGGCGATAAGCCTATAACATATTTATCTTGGACCTAATTGTTTTTGTTACTTGCTTTGCTGCTGCTACAGGATTTAGGGTTGTGTAATATGGCCTAGAGAAGTCGCATTTTCTTGCTGGCTATATGGAATATCTTACGGAACTTGCAAGAAAACTTCAAAAATCAAGACAAGCATATGCTTTTAACTTTTTAGATAATCTCTCCAAAAGGGATGAAATTATGCAGTTCAAACCCCTTGAGATGATAAAGTCGACAAACAATAATGAAATTCCAACAGAATTTCAGTAGTAGACAATGAAAAGTGGTGTCTCGAACATATCATGCAACTGATTTTACCTACCAGTTATTAAATAAAAAACTGCATCATGTTTGTTTATTCTTATACATTTATTTGCTATATACAAGTCTGACAAAGGTAAAACGGTTAAATTGAATACAGATTTTACATCATAGCAATAAAATGACAGGGTGTAGTGCTTGGGGCTGCACAAACCACACTGAAAATAAGAAAAAAATGTTTAGATTCCCAAAAGAAAAAGGAAAGCGAGTTTTGTGGAAAGCAAAATTAAACAGAAAAAATTGGGAAGTTACAGACAATTCTCGTTTATGTGAAGTTAGTATTTTGTTATACATTTTAKTATAGCTTAAGTATTCAAACTGTAAGCATTTTGAATCATAGGAGAGAAATTGTACTCCGAATACCATGCTAAGAATTCACTAGGTTGTTGGTAAAACAGGACAGGACACAACAGAACAGGACAATGGGATATTACAGGACAGGACATTACAGAACAGGACATATCAATGACATTTAGACTTTTTAGTGTAGGCCTAAACATTGCTAAAAAATTAAAATGAAACAAAGTACATACACATTTTCTTACAGGACCATTTTCACTGCAGTCAGTTCGTTATGGGGAAAAAAATTAAAGAAGACAGCAGTTCCAACGCTGTTTGCTCATAAAAAAATACAGAGTCCTCGGAAATCACCTAAAAAAAGAATAAATTTACTTGCTGCACAGCAGAAAAGAGAACAACTGCTTGTTCAAGAGCATTCTTACTGCCAACTTTCATCATCTGCAGTTATAGAGACGAGTGAAGCCGAAGAAGAAACTATTGAAAGTTGGGATCCCATTTGTTACAGTTATTTATTCCAATAAAACTTTTAATAATTTCATCATTTAAATAATTTGTTGTTACATAAAAGTTTGCTAAGTTACTTTTAAAGTTAATTTTGATTCAGTATTCTAGATACAATGGCATCTTTACCTACTCACCTCTAGGCTCACACAGGATTGCCTTGAAAATCTATTCAGTTCTGTTCGCTTGAAAAATCCCACCCCATCTCCTCTTGAATTTAAATGTGCATTGAAAATGATAAGCGTTGCCCAATTTCTGCATACTTCTTCCGGGGGAAACCATCAAAAAGATGACGCTCAATACTTGGCAGAATTTTTACAACAGCCAGCACAACTGGCAGCAGCATCTGATGATATACCGTTACCTGAAGTTGACATGCAACTATCTTTGGAACCATGCAACTTTGACAAGAGTGATCTCAATAGTTTGTACTATTTGGCTGGGTAGTGTTTCTAGAGTAAAAAAACATCAAATAACATGCGACAAATGTATGGAGGAAGTTCTTACCTCTCAACTATCGAGTGTGCAACTGTTGCATGATGATTCTATACAGCTCACAAAATTAAAAGATTACACTGGAAACTCTCTCGTTGAAGTCTCGGACAAAGTTTTCAGCATGATTAAAATATCAGAATCAACCATGAGACTAATTGGGGAAGCTAAATTAAAAGCAATGAAAAATGTTAGAAAAGTTATTTTAAAACAAGTGTCGGCAGCCACCGAATCTTTCCAATTTCCTACTTGCCACAGTGTTAAGATAAAAATCTTAAAGAGATTCGTCCATGTTCGCTTACAAATTATTTGCAAACAAATGAGAGAAAAACAAAAAAAAGAATTTAAAGCTAGCCGAGGAGAATTGGGCAGCAAAACCATGGCTAAGAAAAAGCTCGTGCAGTCATTGCAGTAGGGCGACTTATTAAATTACATAATATTGTGATTTGTGAAATGGATATCTCTAGTTGGCCTATTTGGTTTGTTTTTTTCCATGCTTCTAGTGTTTGATAATCAATGGCTCCTGACTGATATAGTCTGTAAATAAATTTCAATTTTAACAGTAATTTCTGGAGTATTCAATTCAATTTACAGTAAGGGCGGTATAGTACGCTATACTTACAGGCTACCGGTATATAGCTTAAATAAAATAGAAATAGTTAAGGAAAGGAAGGTTTAGGTTCAAAGTTTGCTAAATGCCTGGCGCCACTAAATCTGCTATTGACACAAACAAAAGTCAATTTGCCGCATTGGTACAACATGTCAAAGTGAGGTAAAATAGCCCTAAATCCCTTAAATGTAACAAAACTGAACTAATTATAGTCTACTAGGTAAATAAACTTCCTTTCACGAAAGTATCTAGATAAACTAAGCTTTGGTGTTCAAATTGTTGCATTAATTCAATGATTTCGCCTATGCTTGACACAATAATTTGGACACATTTTTGCTTCCATGCGGTTTTGGCGGGAAAACCCGAATGTCGGAACTCTGTTCATTAAGGGACACTAG
>Pokey_Cis#DNA/PiggyBac Ci000585 TTAA duplication. ORF from bp 371-2203 encodes a transposase 36% identical (52% similar) to the Daphnia pulicaria Pokey transposase. Copies <0.5% diverged from consensus.
CCCTTTCAAGACTAACGGTACATATATGTACCACCGACATGATGCTCCGGTCTGAGAGGCCATTATTGTACCATAAATGCCTTTATTTTGACGTTTTCCGACTTTTCAGGAACTACGCATGCTTTTTTCGCTTTGTGTCATGGGATTTAGCTATCACGTGACCTATTTTCGCGCCTTTAGCTTCATTTACCATGTGGTGTTGAGACAGATCACAGTCTTGCAGGTGTTTTACAATGCTGTATTGCAGTTACATTGGCTAGCATTAGTTTGGAAAGACTTGTAAGTGTTTTAGAAGTTAGATTACCGTTATATTGGCTAGCATTAGATCGAATTGGAAAGGCTGCATTTACTATCAGTATAACTGGTACACATGTGTACCAACAGACCTAACATAGTTAGCATAGTGGTAACTATTTGTACCAACAGGCCTCTACACAGAATTAGTTTTGCAGCTCAGTTATATATTTTTGAGGTTATCTGTAGAATTACCAATATGACAAGACGTTATACGGCACAAGAAATTATTGACGCAATACCATATCTATCTGATGCAGAAGAATCAGATTTTTCAGATTCTTGTTCAGAGTACCTGCCAGAACAACCACGACGGGAAGATTCTGATTCTGATGATAGTGAATTGTCTTCAGATAGTGAACAAGAAGATTCAGTAAGCGAAGACAATGATGATGCAGAGAGCAATAGCAATAGTGGTGATTCACTTTGTACCGGTACTACGAACACGGTACTATGGAACAATGTGCCACCTGGGTTTCAGCCAAAATTGAATATCAGTCAAGACAGACCTTGCACAATTCATCCAGATATCACCGTCACAACAAGCATTTTAGACATTTTTTTGAAGCTTTTTCCTTATAGCTTGCTGCTGCAGATAGCTTACTACACTAACAAGAGATTGAGTATCTTTCAAAATGCTAAAACCAAAAGAAGAAAATTAGTCCCAACTGATGCACATGAGATTATGAAACTTTTTGGATGTTTTTTCGTTATGAGTTATAATCGCTTGCCGTCTATAAATAACTATTGGTCTAAGCATCAGTCGATGGGAAACGCTCTTATGAAATCTGCATTTTCGAGGGATAGATTCAAATTGATTATGTCAAAACTGTATGCTGCTGAACCGGATAAACCTTCACAAGCAAGCAAGTTGTATTACGTTGAAGATTTGCTCTTATGCCTGAAATCAACATTTATGAAGTACAGGCAGAACAGTCCATTTCAAAGCATAGACGAATCTATGACGAAATTCAAGGGAAGGTGCTCTTTCAAGCAGTACCTTCCCATGAAGCCTGTGAAACGTGGGATAAAGCTTTGGATGAGATGTGACCCACACAGTGGATATACATATGATGTGAATATTTATGCTGGTAAAGATGATCAAGGCCTAAGCATTCCATTAGGAGAGAGGGTTGTAAAGACTTTGCTCTCTACTATACCAGACGGTGATGACGTTACCGTGGCTTTTGATAGATTTTTCACTTCGGTTCATCTTATGGACAGTCTACGCTATCCCGCAGTGGGAACAGTCATCAAAAGCCGAAAAAATCTACCAGTTTTCCAAGACAAACTCAGCCGTGGTGATTCAGAATTTAGATGTAACATGAACGGAACTTTAGCAGTTAGATGGTTGGATACGAAAGAAGTGCTATTGCTGAGCAACTTCCACACTAATACAGTGGGTGAAGTTAGGAAGAAGCAACGTGATGGAACAATCATAAACGTCTCCTGCCCTGATGCTATCCGGTGTTATAGGCAAATAATGGGTGGTGTCGATAGAGCGGACCAGATGGCTGGACTTTATGATCTTGATAGAAAATCCACAAAGTGGTGGAAAAAAGTTATTTATCGTATGCTGGCATTTTCAGCTGTCAATGCATGGGTGATTTACAAGGAATTGCACAGGCATTATAAAAAGCCATACCTTGATTTCCTTGTGGAACTAGCAGAAGAGCTAATTCAACGAGGAGAGAGTGGGTCAACTGTGAAGCGTCGCAGTGCTGCAGGAAGACCATCTAAACGTGCTTCCATGATGCAAAATCTTGGAACACACCTTCCGTATGAAGGTAATACCAGAAGAAGATGCACCAATTGCGGAAAAGATAAAAAACAAAAAAGAACAAAGCTAATGTGCAGTGCTTGCAATTTGCCATATTGTATTGATTGTTTCAAGCCATGCCACTCCTAAATGAGTGCACATTCAAGCCATTCCATTCCTGAATGAAGGACAATTCAATGTAAATATTGTGAACTTCAATTTTCATGTTGTGAACTTCGCTTTACATTCTGTAAATAAATTTCTTTGCTGGCATTATGTCTATTGGTACATATATGTACCAACATTTTTAGTTTAAAAAGCCTTATGGTACATATATGTACCAGGCCGATTTACCCCCCCAAACCCCATTTTTTCAGACTTCACCTTACACAGTTATAAAAATGATCCCCTTGGAGAAAAAAATCATCTGTTGTTTGGTTGTTTTAGCAACAAAAAAAAATTCGACTTGAAAGGG
>POT_Cis#DNA/Pogo Ci000344 TA target site duplications; 24 bp TIRs. The ORF from bp 541 to 2409 encodes a transposase up to 24% identical (46% similar) to the Pogo-like transposases of POT2, Flipper, and Fot1 in fungi. (POT ?= POgo-like Transposon)
CCGTGAAATGGGGTTTCTTTGCCCTTCATGGCAACTTTGCCCGAAATTTCAAAAATTTTTGAAAGTGAAAATATTCCAGCTTTTACATACAAACTAAGTGAATTTTTATTTTATAGTATAAATTCATCATATGATTACCATACTTCCATAAAAACAAGTGAAAAAATTATCTTTAAACCATTATTTTTTGTATTTTTGCAGGTCCTGTTTTTTTTCAAAAATAATGTTGCTTAGTACTTTCTCTTACAGCCTTATTATTAATAATGATATAAATATGATAAGTATTGTGAGTGAAGATATTCTCATTAGCAACTTATTGCATATGATTTTTATTTGGTTCCATATAAAAACAAAAAATGTTGGTGAACTTTTTAAACTTCATGCTTATTTTGGTGTATACGGTACAACTTTGCCCACTTTGAGATGCCTAATCATGTTACATGAGTACGGTAATTCATTAGTCATTCCTACATTGGTTGATGCTTAAAATGCATTTACAGATTTTAATTTAACTTTCTAGGAAAATTTCATGTATAGTGTAAATAATAGTGTAAATGCAATGAGAAGATACAGGAAAAGAAAGGGGTCACGGCCATATAAAAATTACTCAGAAGAGTGTTTGAAAAATGCACTATCAGCTGTTCAAGGGGGGATGTCAGTCAGAAAAGCAGAGAAAGAGTACAGGGTTCCCAGGAGAACTTTATCTAATAAATTAAAGAAACTCCACTCAAAATCTGTAGGTAGGCCCACTGCATTGACAGAGGAAGAAGAGAGAGCAATGGTTCATCATCTTCTAATTTGCGCGGAATGGGGAATGCCTCTATCCTGTCTTGATGTCCGAATGATTGTAAAAAATCATATTGATTCTAAAGGAAAAGTAATAGAGTGCTTTACTAATAATATGCCTGGCTATGATTGGGTGAAAGGATTCCTTCATCGTCACAAATCTTCACTTACTGAACGCTTGTGTAGAAATATCAAAAGAGCAAGAGCTCAGACAAGTCATGATGATATAAATGTGTACTTTAGACACCTTCAATCCACACTTCAAGATATTCCAAGCACACACATAGTTAACTATGATGAAACAAATTTCAGTGATGACCCTGGAGTAAAGAAGATGATTTTTTGTCGTGGTGTTAAATATCCAGAACGAATTAAAAACTTCTCAAAGGGTGCTGTTAGTGTAATGTTTTCAGCAACAGCTAACGGCGAGTTTCTGCCATTGTACGTTGTGTATAAATCAATAAAGCTGTGGCACAGTTGGTGTGAGGGTGGTCCACCAAGTACTCGCTATGGAAGGACCACATCTGGTTGGTTTGATGCATGCACTTTCGAAGACTGGTTTACCAGTGTTATTGTTCCTTGGGCAAAAAAACTTCCTGGGACAAAAGTCATTATTGGAGATAATTTAAGTTCTCATTTGAACAGTAGAGTCATTCAAAAGTGTGAAGAACTCCACATTAATTTTGCTTTTTTGCCACCAAACACTACCCACCTAACTCAACCACTTGATGTGTCTGTTTTCCGTCCTGTAAAAACACATTGGAGAAACATTGTCAGTGAATACAAAGAGCAATACCCGAGCAGCACTTCATTGGATAAGCACATGTTCCCTAACCTTCTAAGTAAGCTGATGAAAATATTGCAAAAGGATGGAAATGACACAAACATCATAAAATCTGGATTCAAAGCAACAGGGATATATCCATATAACCCTAATGAAGTTCTCAAGCGACTTCCAAGTACAGACTTAGATGATAGTGTATCAAGTAGTATATCTGATAGTGTTCTTACTTACCTACAGCAGAATCGTATAAAGAAGAGACAAGGGGCAAAAAGAAAGAAATTGGAAGTGCCACCAGGAAAATCAGTCAGTGTTGATGATTTGAAGACTTGCCAACCATCTACTAGTGGATTGCCAATAACAAAAACGAAAAACTCAACGAAAGGAAATATAGTAAGAGCAGATGAGGTGTCTACAAAGGCAAAAAAGAAAAAGACAGGTGGTGCACAGCAGCATGCTTACTGGAGCAGCAGTGATGAGAGTGATTGCAGTTTACACTACAATGATACATCAGATGATCTAGAATCAAGTGAAGAAGAAAATTGGCCACAAGAAAGCAGAAATAAGTGCGGAGATTTTGTGGTTATAAAATATATTGTCAAGTCAAGTGTGATTCATTATGTTGGTGAGATTGTCAATTTCGATGCAACTGCGGCTTTTGCAGAAATTCATTTCATGAAGCATCTTGGAAAAGAGCTCTTTGCTTGGATAAATGAATATTGTGAAGTCGACTTAAACCAAATAGTTTTGAGCTTGCCACCACCACAACCAAACAGAAGAGAGCAATACACTTTCCGTGCTGAATTGAGTGGTATTACCAATCTCCGATAACAATGTATTTGTTGCAATTTTTCATGATGTGTATGTTTCATGATGTTCTTCATTCGTTTCTTGGTTTATTTTGTTTCGCAATTGATTTGCCACTTATTTAAAGTAAATATAAAACAATGGGATAATTTTTAGCTCTGGTTTATAGTTTTTACAATTGTTCTGTATTAGTAACAATGTGACAAAAAACAATTATAAGAACTATGTACTCTACCATACAATAACTGATGCTATTGTACCAGCTTTATAATAAATATTGGTTCCAGTAGTTTTTTTTGTCTTCAGAGTGGGCAAAGTTGTCTCTAGAAGTTTAAAATTGCATCTTACCATGGCAGATTGTGCATTCAAATGTACAAATACATATGTGGGCAAAGTTGCCCTATACGGGGCTACTTTGCCCACCTGAGGNTTTTTTTAAAAAAATAACAGTATGAAAAAAATTAATCTCATAATTTCACATAAGAAATGTAGTACAACATGAGACATGTTGACTGAACTACAAAAAAAACATTTAACTTCACTATGTCTAAAGTTATGGCCATAAATGCACAAAAAGTGGGCAAAGTAACCCCATTTCACGG
>Art1_Cis#DNA/Tip100 16 bp TIRs; 0.5% div; ORF from 435 to 2960 encodes transposase 37% identical (56% similar) to the Arthur1 transposase in mammalian genomes.
CAGTAGCGGATTAAGGGGGGGGGGCTAACAGGGCTGCAGCCCGGGGCCCCCATCATTAAGGGGCCCCCAATTCCTAACTAGATCATACGATTAAATTATTATCGGTACTTCAATAACTGTTTAAATTTATACTGATTGAACGTTATACTTTGTAATAAGGCTTTGTTGCGTCTATATGTACATTGTTACGTCACACACTACTGTTTTTTTCGAGGACGCAATTGCGAGCCTTGGTCTTGTCATATTTTCAGTATTAGACGTGAACAAAGTGTAAGTTAACAAAGTTTACATTTACAGTTTAATTTTAGATTAAATTAGTGCAGGCGGTGTAACTTTTGATGGTCAAAACTTTCGCCCGGTATGATTAGGCTAGCCGGTAGCCTGTTAGCCAACAGATGAAATGGGTGTTAGTCTTCAGCATGAAATTTGCCTAATTTTGTATTTTTGTTAAACCGGTGGCCCATGAGTTTTTATACTTTACTCTTAGGATGCAGCGTAGATATCCTAGTGGAGCACAAAAGCGTGCAGCTGCTTTAGAAAAGAAGAAAAAAGAATCACATCTTGCTGAAAAGATTCCTAAACTTACAACTTTCCTTAAACTAAGTAGAAGTACAACAGCAGGTGAGGATGAACCCATTTCGCCTAAGTTGGACATTGGAAATCAGACTATACATGGATCTTCTATGCATGTATTGGATGAGGATGTTAATGCTTGTTCTGAACCTAAAAGTGTAATGGATGATGTTATTAGTGATGATCTTAACTTTTGGCCACAAAAAATTTCTGAAAACTTGAGAAATTACTGGATACAGCGTGGTTCATCTTCATGTCAGCATAAAAATCATGGTTTTAAAGAATCAGTGGTACAGTTGGAGAAAGAATCACAACGCCGATACTGTAGTATAGCTTTGTTTCAGCGCGTTCATGCAAGAACAGGAGAACAGTTTGATAGAACTTGGTTATGCTATTCTAAAACAAGTGGACGAGTTTATTGTTTTGTATGCAAGCTAATGTCAAGTACAGTGAGTAAGCTGACCAGTGGATTAAATAATTGGAAACATGCTCATGAAATACTTATGAATCATGAAAATTCTAAACAGCACCTTGATGCCATGGCAGCTTTATGTGCTCGAAAGTCATCCAGTCAGATAGACAGCGATCTGGTGAAGCAGTATGAAGGCGAAGTCCAGTATTGGCAAGAACTTCTTCGGAGGCTAGTCAGTGTTGTGAAATTTCTCTGTGTCCGTGGCCTCGCGTTTCGTGGCAAGAATGAACTAATAGGTTCATCCAACAATGGTAATTATCTAGGCATACTTGAGCTTCTGAGTGAGTACGACACGTTTCTAGCTGAACATATTAGTAAGCATGCAAACAAGGGTCGAGGCCATGCGTCTTATTTATCTTCAACTATTTGTGAGGAGTTGATCGAGCTCATGGGTCAAAAGGTTTTATGTGTAATTATTGATGAAATCAAAACAGCTAAGTATTTTTCAATATCTGTTGACTCTACTCCTGATATCATGCATGTGGACCAGCTCACAGTGGTTATTCGATATGTTCTACAATCTGGCCCTGTTGAACGATTCTTAAAGTTCATACCGATATATTCTCACACTGGATCAGAAATTGCTCGAATAATTCTTCAGTTCCTGGAAGAAAATGGCATAAACATTCAAAACTGTCGTGGCCAGTCATATGATAATGCTTCTAACATGAGCGGCAAGTACAAAGGCGTGCAAGCAATCATCCGTGAAAGGTGCAGTGTTGCTTATTACATACCGTGCACAGCGCACTCTTTAAATTTGATTGGAAAATGTGCAGCAGAATGTTGCCCCAATGCAGTTGAATTTTTTAATCTTCTTCAAAATCTCTATTCATGGTTTGTATCATCTACCCACCGATGGCAGGTACACCGAAAGCATCTAAGGGGGTTGCCTGTTACAAAGGCCTTGTCTGACACAAGGTGGTCAGCACGGTATGATGCGGTACGGGCTTTAAATAAAGGGTACCATGAGAATATGTCAGCACTAGAAGAACTGCAATCTGATGAAAATCAGCCGCGGGACAGTAGGCTTGTGGCTGAAGGATTTCTAAAGAAGCTTCAGCAGCTGGAAGTTGCCATTTTGGTGGAAGTTTGGGACACGGTCTTAGAAAGATTTCAAAAAACCAGTTTAACTCTCCAAGGAAGTAAACTCCCTGTGAATTCAGCAGTTCATTTGTTGGAATCTCTCCTCGAATTCGTTAGAAGCCAGAGATCTGAATTTGAATATTATGAAGATAAAGGGATAGCGAAGTCTGTTGTCAAAGTGTACAAAGAAACTTCAAAACGAGAAAAGACGAGGAAGCGCCAATTCGATGAGGGTTGTTCGAAAGAAACAATATTCTCACCCAGAGAACGATTCAGGTGTGAGGTATATTTGCCAATTATGGACGCACTGTCATCAGCTGTACAACATCGTTTGCACTCGTATATGCACATTCAGAACAAGTTTGGATTCCTATCCAACATATGTGAGCTGAGTAAAGACGACATTCGTCATGCAGCAATCCAGTTAATGGAAACATATGTAAATGATTTTGAAGACTGCTTCCCATCGGAAATGATTCATTTTTCTGAATTTTACAAAACCGTTAGTGGTCAAGAGAAGAAAAAATCACGGAACTCAAGTACAGAGATAGAAATGCTTTTGCTGTTGAATGAAAATATGTGTAGCCACATCTTTCCAAACGTTCACATCGCACTTCGCATTTATCTGTGCATGGCACCATCCAACTGCTGTGGAGAGCGATCCTTTTCGAAATTGAAAAGAATAAAAAATGAGGCGAGGAATTCCATGGGTCAAGAGCGACTCAATTTTCTCTCACTTATGAGCATCGAAAATGATGTTGTTGACTCACTTTCCTTCACTGATTTGATCCGCGACTTCGCCCTCAGAAAAGCTCGCAAAAAATCTATCTAACACATTATTCGTAGGATGAATGCTTATTAGCTTGATGAATTTGTATATTCGTTCGTTGTATATGTGAATTTCATTGTAATTTTTGATAGTATTGTATTAATGATTGATGTTATCTGATGCTTTGTTTCAATAACACAAAATGTTCAGTTGGTTCAGGTCGTGTTTTCAGCCTATTAACGTTAATTTTATATTTATGCTATATATCGATAGGGCCCCTGTCGAAATTTCAGCCAGGGGCCTCGTACAACCTTAATCCGCCCCTG
>HAT1_Cis#DNA/hAT  Ci000017, 2% div,  60 bp TIRs, 8bp duplications with a bias for NYYYRRRN, but not as clear as Charlie family; still bias suggests membeship in hAT family
TAGGGATGCACAATATAGAATTTCGAATCTTTGAGATTCGAATCTCTAGGGATTCGAATCTTTACAAGCAATTTAATAAGAATAGTTAGGATTCGAAATTAAAAACGTAAAATATTGGCTGCGATCCAACGCGCAACAACACGCGTGATGCCGATTATGCAGACGTCAGCGTATCGTTTCAGCAAGCGTGCGACAGTGGATAACAATGATAAGAAACTTTTGGTGAATCGTCATTGAAGTAAATTCGTAATCTCAAAATTGTAAAATGGCTTCTTCATTCGTATGTAATACCCGTAATGCGTTTCTCCATACCGAAAGTGCATCTATCGTGCGAAAGCGTCCGAACATTTTCTAAAGCGGTAGCTCGGAAATACAACTTGCATCAAAGCACAACAACATTATCTTATCAGTTGTCCCATACACGTGCATCGTGGACAGACGCGCTTAAAACGAACGCACGCACAAAGAAAGTAGGTCACGTTCGCCAGGCTGTAATCACGTGGTTTATCGCACCTTTAAATATGACGCAATTATTCCAAAGGCGGAAGAGTTATTTACAGACTAAACACGTTAGTATTTGCAATATATATTTCACTTAAACAACTATGTTTTCAATAAACACAATGAATGATATCCTATGTGTTCAATTTAATGATATCCTATGTGTTATTTAGTTAGGTGATTTTGCAGTGATTAATTTATTATACTTTTACCGAGGTATAACTGTGTTAAATAGTAAATTAATGTTTAATTGTGCAAGGGCATTAATAGCTAGTCTTGATACCAAACTGGTGAAATAAAAATTGTCTGGTGTTTGGGAGCATTTTTCTCAGCCATTCATTTCAACAACAACCTACTAGACTATTATCCTCCCTCATGGCAGATAGTGTTTAGAGATGTTACATATGATTAAAAAAATATGTAATGGTAAAATATTGTTGGACTACGTAAATTGCTCTCATCACAGTTTAAAAGCATATGGCTAATTCACTATAAATGAGAAAATATATGCACAGCATAGCAAATTTAAATACATGGTAAAACATTCTAGAATAGGATTCGAAATTCTAGATTCGAAATATATTATTCTAGAATATTCTAGAATACCTAACTATCCTATATTGTGCATCCCTA
>HAT2a_Cis#DNA/hAT Ci000001 hAT classification based on 8 bp target site duplications (no bias); 17-20 bp terminal inverted repeats
CCAGTATGGAAAGTACGGCAGCTGCACACTCGAGTTTTTTTTCCCTGCGTCTTTGCACACTTGGGTAATTTCACACACGCTCGCGAGCTGGCAGTATAAACATCGTATAATTTCCAACAAACCTGTAAACCTACCTCTGGACCTCGGGTAATTTACTGTCAGTACGTTTTTTGTTACGTAGATAGATATGTTAGCTGATGGACACGATAGATTTAGGATAGAATAATACGTTTGTTTAAGATTTTTACAAAATAGTAATAAAAAGGAGATTTTGTGCACACTTGAAGTGTGCACTCTTGGACGTTTGCACACTGCACACTTAAATATTTGGCGTGTGCACACTCGAGATCTCGGCGAAAATTGACGTACTTTCCATACGGG
>HAT2b_Cis#DNA/hAT Ci000522 shares termina inverted repeats with HAT2_Cis. No similarities with other DNA transposons yet.
CCCAGTATGGAAAGCATGGCAAGTGCACCCGCGATATTTTTTAAACTATCATAAATGCACCCGAAAAAAATCGTAAAATGCACCCCTGCTAACCTGCACTTGCTATATAAAAACAAACCATTCGTCAACGATTAACGCATTTAACGCAGCCCTAATACGACTAATCGTACGCATTCAATGAAAAGCACAGTAAATAAGCTTTCCCTTAACCCAGGAAACGTCGATTAAGCATTCGATGCGGTAGCGGTCAGATTGAATCGCACAAATAGTCTCGAACACTGATACGTACGGTACTTTACCTAAAGCGAGAAGGAAAGCGAACATGTTTATAGGTTAGTTATCGAAGAAAAATACATCAGTGTTCTGTTTAAAATGCAAACGATTTATTTACTGAGCTATTAAGACTAGTTTTAATCCTAAACCTGAAACTCTAATTTAATTTTATCCGTTAGGACTGGATTAAATCGATTGAATAGTCATGGGTACGATATGGGAATTCACATTTCAAAAAAATATGGAACATTAAGTGCTTTCCAGAGTTGATTAATTGATGCAAACTTAAAGTCCAAAACAGAAAAATATTATTTATTGTACCGTGTATTTCTATTTCGGCCGTTTCTATAGGTTTACGAAAGTTCCAACAGAGAATTGGCGATATGTAACGTAATTGCTTGGTATATCTGCACCATGCATTAGGATCGTGCACCCGGCTGTCGGGATCGTGCACCCGGCGGTCGGGGTTGTGCACCCGCGAGATCTCGTCGAGATCTGCCATACTTTCCAGACTGG
>L1-1a_Cis#LINE/L1 Ci000141, Ci000973, Ci000161 1% div
CCCTATGTAACGGTGAGAAACGAAATTTTTCCAAAGCGAAATGGCAGAAACGAAAGTTTTGTTTCTGAAAAAAAATGTATTAGATAATTTTTTTAGCAGTTAGGTGGCACTAGAGGTCAAACAGTAAAATAACCATATAACTTCTTTTAATTCAATAACGGTGTCTGGCCGAATGGTTAGCGCGACTGATTCGTAATTATGGACCAGCCCATGTTGGGTTCGATACTTAACCCGGTGAATATTTTTTTTATTCACATGAACCAGCCTAATTAAAATTGGTAAAACGTCACAGTGACGTCATGCAGAACATTGGCGGCGTAAGAAATCAGCTTTGTCGCGCGTTATTATGATGTCATAATTAAACTCGAGTTAACAGTACAAACACCTGCCAATAGTGGTGTGAATAATGACTCATAATGGAGTTACATTATTACTTGTGTAATCCCCACAACAGAAAGATTTTTTTGTTTGCNATACAAAATTACAATTATGGTGCTCAGTTTGTGATCAGGTGTTTANTAATTACGTGCGTCACTGTGGATATATCCCCCTCTCTCGCCAGCAATACCTGCAAACGAAAGGTAAAATATTTAGTTGCCTTGTTTTTTTTTGTATTTGTAGGTATAAAGCCCCGATTTGTTTCAATTTTTCAGTTACCAGCCTCTAAGCCTTTTTTTTGGCTTGAGGCGAATAGCTTCCTTTGGTTCAATTCTCGTATAGTTCTCCTTTTTTCTTGTTGTGTAAGATAGCATCTCTGTGCCACGTAGCTCCAAACGTGGGCAACACTGGTGCTATCTTAACNAGTGTGCTCTAACCACTTCCTTTACAGAAGCAATTACTAGTGTTTCCGCGCTCGATTTTAGCGCATTTCCTGGAAACACTGATAATTGTTTTTGCGTGAGAAGTGTAAATTACTTCGTTTTTTCGCTCTTATACTGCTCTTTAGAGCGAATTTGCTCTGAGTTACAATAATAGTGTTATCTTTAAGTCAAGTTAACACGACAAGTAAGTGACTTAATACGTGAGTTTCCTTACACCAAAACACACTTTACACAAAAAACATACAATTAAAACCACTCACCTTTAAACAACACGATGAATGACGGCATACCGGAAATCGAAGCGAAATTGGAGAGATCGATTGTATTTCAACTTACGGGTACGGTCGAACATATGAGTGTTAGCTCATTTATGGAACTATTTGCGGATGGAGCGCCGATGGCGGATATGTCGCAGATCGTAGAAGGAGTAATCATGGACAATTTCAAAGATTGCACCTTCCTTGTTACCCTAAAGGAACAAAGCGGAGAAGTAGTAATTCCGGAAAAACGGGAGATAATTCACTACTTCAACACAAACGACATCAATTTCACTACCGATAAGGGATCGACAATGTCCCTAAAAGCTGAGCTTCCCCAAGGCGAATCTGAAGTCGTCTCTCTACACCCGGTCACTGCAGACACCTGCAAGGAGAAATTAGAAGCAATGATAAATAACCAAAACTGGGGCAAAATCAAAAACATAAATTACGGAACACACCGTAATTTCAACAAAATAAAAAATGGATGGGTAAACATAACCCTTACTGAAACAAACATTAAAAACATTCCTCCCTTGATAAAAATCGGAGGAAGAACCATCACCGTGACCAGGCCTGGAGAGGAGCACATGGCTCTCTGCAGGTACTGTAAGCAAAGAGGACACACGCAGAACAAATGTCCCAAAAAGGGGTTCTGCGTGGAATGCAAAGCACATGGTCATACCTCCAGAAACTGCAGAACCTCATACCAGGAACCGCGCCCAAGAACAGTGTTCCACTCTTCCTGTAACACAGCGCAGTTAGTGAGGACTCCAAATAGGAATGCCAATCAAAGCCAGTGGCAAACTGCTAAAAAGTTGCCTGAAAAACAAATGCATAATACGAGAAATGCACAAATAAAACTTACCAACAGATTCGGCATTCTTCAGGAATCGCAGCACTCGGAGATCGAAGATGACCTGGAATGTTTAAGGAAGTTAGTTGGGTCAATGGATGAAAGTATCTTCATGCCTGAAGACTTTCCAGATATTACCACGGCCAACAGCACACCAAAAAATGACAACACAAACTTACCAAAACGAAGAAGACGACGCACCAAAAAGAGGGGATCAACATCAAACCCCTCAAGCCAGGAAAAAAAGATTGTTTACTACAACCAGATTCAATCAACCAGCAACCAAATCAAACGGGAAGTCAAACAAACGGAAACAGTAAACTTAAGCGACAGCTCCAGTGAAAACGAGGCCAGCACAATAAATGACATACCTGAAATCACCCTCGGACCACGATTACCATCTGCTGTTGAATCAGTTTATAGAACGCCCGAAAATACTGCGCCCTTCCCACCAATCCCGAACCGCACCCTAACGGACATAACTAAATTCTACACCGCCGAAGGTTTACAATCTCCCAAGAGACCAAGATCTGGAACATAAAGAGAACTCGCGTAAAACGCAACAAAAATTTACAAACAACAATAACATNCTTAAAATACTAATGATTCCATATACTATATAATCTAATGGAGCCTGAAAAAGTATTAGGCAACAATTTAAAAATTGGATCTCTGAACACAAATGGAATACTAAACAAAATTAAAAAGATAATATACTATATGGAATCAAATAAAATCGACATATTGCTAATACAGGAAACTCACGTATTTACGAAAGATATGATGTCCAAATTTAAAGCGCAGTCCAACATCGAAATCTTCGTTAATGCGCCCGAACATCCAATTAGATCATTCCGCCAAGGAACTGCAATCCTTGTCAAAAAGCACCTCCTGCCAATGTACAAAATTCACCATAATATAATATTTGAAAACCGGGTACAAAAATTAAATCTCCAATATAAACACAATGATATCAACATTTATAATTTATACCTGAAATCCGGACAAACGCANAAAAATCTTATTGCCAGAGAACAAATGATATATGACCTTAAAGATAAACTAGGGGACGTAAATGAAACAATCGACCTGTTGATTGGTGATTTTAATATGGTTTCTAATGAAATCGACGTAAAAGCAAATTATGATAAAAGAAAAAAACGAGATAGAATCGCCTTACAGCGGCTACAAAATGGAAATAACTTTCAGGACGCATTTCGAGTAATACATAAACAAACTATAGAATTTACTAGAATAACAAAAACGAGTGCTACAAGAATAGACAGAATATATGTTAATAGACTAGCGAAAAACAAAACCTTCGCGCTAAATCACATACGTAATTACTTTTCGGACCATAACAATTGCCCGGTAATAACTCTAAAAATAAATAGTAATCGTAAATGGGGTCTATCCTTTTACAAAATAAATAATTCAATATTACAACACAACGACATAATTGAAAACTTGAATACAATGTGGATTAATTGGCAAAAACAAAAAACAAAATACATGAACTCTGCTACATGGTGGGAATACGGTAAAAAACTGATTGCAAACGAAGTACGATACTTTTCCCAAAACATAAATCATGCGGAACGGAAGCGATATTTAACCAGAGTGCTGGAAATTAAAGAACTAGAAAAACAATACCAGTCCCAAAATATAGTAACAAAAATAACACGATTGAAAGAAAATATAAATAAGTACGAACGAAAAATTAATGAAGGTGCGATAATTAGATCAAAAATAAATATAATTGAAGATGAAGAAAAACCAACTAAAGAGTTTTATAGATACGAAGAAGCAAAAGGTAATAGAGATACTATTTACAATATATATAATCAAATGGGAGAGCTAACGAAAAATCAAAACCAGACTCTTAACGCCACGCATGCCTTTTACCAAGATCTATGGACAAGTGCTGAAATAAATATAGACTATATTGATGAATATCTGTATTTTTTGGATCCAATAGAATATGACCAATTGGATTTAAAAAATATGACGCAACCTATCAACCACAAAGAAATTCACGAGTGCATTTTAGAGATAAATGATAATAGCACGCCAGGCTGTGACGGTCTAACATCAAAAATATATAAACAATTATGGGAAGTTATAAAATATGATATGGAAGAATTATACAATAACATCTATTTAAAGGGAATAATGCCAGAAACAATGCGAACCGCGATAGTTAAACTAATATATAAGAAAGGGGATAAAAAAGACATTAAAAATTGGAGACCCATTTCACTACTTAACACAGACTATAAAATACTTAGCAAGATTATAGCAAAACGTTTAGGTATAATAATTAATAAAATAATTAGTCCAAATCAAAAATGCGCCATACCTGGAAGATCCATTAATAATAGTTTAGAAAATATAAACGCATGCATAGAGGCGGCTAAATATTTTAACAAAAATTTAACAATTCTTGCAATAGACTTTGAAAAAGCATTTGATCGTGTAAATTATACCTACTTATTTAAAATACTAACAAAATTAAACATACCCGAATATATAATTAAATGGATAAAGATAATATATAATAAAATACAAAGTAAAATAGAAATAAACGGAGCCTTCACGGATAACATAAATATAACAAGGGGAATACGACAAGGTTGCCCTTGTAGCATGATCCTTTTCCTAATTGGCGTAGAAGTTCTAACTCGAAAGATTGAGGCTAACAAAAATATAAAAGGATTTAAACTAAACCATATAGAATTAAAAACAGAACAGTACGCAGACGATTTATCTATATTAATATCAGACAATATGTCATTAAAGGAAACCATTAACGAAATAAAATTATTTGAAAAAGCATCAGGCCAAAAAATGAATGCAAGTAAAACCCAAATAATAACTAATGATTCTTTAATAAATAATGTAATAAACGAACACCTCCCAAATGAATGCATAAAGGAAAAAATAAAAATACTAGGCGTTTATTTTAGTTTAAACAGAGAATGCATAACAGAAAACACCGAAAAAGCTCGCCGCGTAATAAAAGCCTTGTATTGGAAAAATCTTAAACGAAAACTAACATTAAAAGGTAGAATTATTATAATAAACGCGCTCTTTATGCCGCAATTATTAACGATCGGAAGACATATGATACTGCCAAAACAATTTATTAACGAAATTAATAACTACATGTATAAATTTATTTGGTTCCCACAAAAAATTGACAGAATAGCACGAAAAAAACTAATAGCGCTACCTATTGATGGCGGATTAAATGCCCCAGATATAATACTAAAATTAAAAGCTGTAAGAGCAACTCGCTTATATGAGATTAGAAAACTAGAAAAATTGCAAACGATCTCACAAGAATGGACACGTTTCAATTTAGCATCAACCATTAAATTAATAAATGAACAGCTATATACGAACTCGGCATTAAACGCAACAGAACCAAACAAATTTTATAAGGAAATTCGACAAACGATATATACGCTACGACGGAAAGACTTCCCATGGGAATCAAACAAATTAAAACCCATTTACGTAGAACTAATAAAAGATAAGGCGAAAGCGACTATAATACGTGAAAATAATGAGATAATAAAATGGTCACAAATTACACTTAATGATAAACTAACTAAACAACACTTCAATAACGTAGAACGAGATAGAAATTACAAAATAGCGCATAACGCATATCACTTCGGTGATTGGTACAGAGATAAAATTGGAACGCAATATCAAAACGGTAAATTATTAATTAGAAATTGCAAATTTTGTGGAAATAGATCTGACAATATAAAGCACATTCTTACGAAATGTCAATTAACCGAAATAATAATTAATGAAATAGAAGTACTAACAAACAATGCTTGCAAACAGAAAACGCAAATAACAAAATCAATAATATTATATAACCAAACGAAAAATAATGCAACGCCTAATTTACTTGTTACCAAAGCAATCAATATTTTTAAGGCTGAAATAATAAGGAAAAAACATCAACTCGATTTTGGAAATAAATACATAGAGAGCAAAGATGAATTTACCCGACGAATACTTTGGATAATAAATACGAAAATCAAAAATATTTTATTACGGGAAAGTACATTGAGAGGCAAACAAGAAACTTATGAATTATACGATCTGAACGAGACTTATGTAATTTGAACCAATTGGATTCCTCCTTAAAAATAAAAATGTCACTTATGTAGACTACTTTATATCGGGCAAATATGTTTTGAAACTGAACAATATAATAAGAAACAAGGCAACTAACTATTTTACCTTTATATTATAAAAATAATTGGAAAATATGGAAAAACAAAATAACTCACAAAAAGTAAAGCTTTGCAGGAATTGCTTGGTGAAGAAACCATCGATCCAAACAAAAGATCTTGCTGCACACCAACCTTTCATCCAACTTGACCTGTAATATAAAAAGTAGTAATTAATAATCGTTGTTTATGATCGTATTGAAATTTGTGTTTTTTATGCAAATATTATTATTATGTACGGCCGGAAATCCGGTGAACGTGTGTTTAGTCGCCCAATAAAAAAAAAAAAAA
>L1-1b_Cis#LINE/L1 Ci000973, Ci000161 1-2% div
TATTCTATTTGAATAAGGCAAGATTCACCTTGCCCAAAAGCAAATAGAACCCGCGGATTATCCCATTTGGATTATTTCTGCGTTTTTCAACTGTGGATATATCCCCCTCTCTCGCCAGCAATACCTGCAAACGAAAGGTAAAATATTTAGTTGCCTTGTTTTTTTGTATTTGTAGGTATAAAGCCCCGATTTGTTTCAATTTTTCAGTTACCAGCCTCTAAGCCTTTTTTTGGCTTGAGGCGAATAGCTTCCTTTGGTTCAATCCTCGTATAGTTCTCCTTTTTTCTTGTTGTGTAAGATAGCATCTCTGTGCCACGTAGCTCCAAACGTGGGCAACACTGGTGCTATCTTAACTAGTGTGCTCTAACCACTTCCTTTACAAAAGCAATTACTAGTGTTTCCGCGCTCGACTTTAGCGCATTTCCTGGAAACACTGATAATTGTTTTTGCGTGAGAAGTGTAAATTACTTCGTTTTTTCGCTCTTATACTGCTCTTTAGAGCGGATTTGCTCTGAGTTACAANAATAGTGTTATCTTTAAGTCAAGTTAACACGACAAGTAAGTGACTTAATACGTGAGTTTCCTTACACCAAAACACACTTTACACAAAAAACATACAATTAAAACCACTCACCTTTAAACAACACGATGAATGACGGCATACCGGAAATCGAAGCGAAATTGGAGAGATCGATTGTATTTCAACTTACGGGTACGGTCGAACATATGAGTGTTAGCTCATTTATGGAACTATTTGCGGATGGAGCGCCGATGGCGGATATGTCGCAGATCGTAGAAGGAGTAATCATGGACAATTTCAAAGATTGCACCTTCCTTGTTACCCTAAAGGAACAAAGCGGAGAAGTAGTAATTCCGGAAAAACGGGAGATAATTCACTACTTCAACACAAACGACATCAATTTCACTACCGATAAGGGATCGACAATGTCCCTAAAAGCTGAGCTTCCCCAAGGCGAATCTGAAGTCGTCTCTCTACACCCGGTCACTGCAGACACCTGCAAGGAGAAATTAGAAGCAATGATAAATAACCAAAACTGGGGCAAAATCAAAAACATAAATTACGGAACACACCGTAATTTCAACAAAATAAAAAATGGATGGGTAAACATAACCCTTACTGAAACAAACATTAAAAACATTCCTCCCTTGATAAAAATCGGAGGAAGAACCATCACCGTGACCAGGCCTGGAGAGGAGCACATGGCTCTCTGCAGGTACTGTAAGCAAAGAGGACACACGCAGAACAAATGTCCCAAAAAGGGGTTCTGCGTGGAATGCAAAGCACATGGTCATACCTCCAGAAACTGCAGAACCTCATACCAGGAACCGCGCCCAAGAACAGTGTTCCACTCTACCTGTAACACAGCGCAGTTAGTGAGGACTCCAAATAGGAATGCCAATCAAAGCCAGTGGCAAACTGCTAAAAAGTTGCCTGAAAAACAAATGCATAATACGAGAAATGCACAAATAAAACTCACCAACAGATTCGGCATTCTTCAGGAATCGCAGCACTCGGAGATCGAAGATGACCTGGAATGTTTAAGGAAGTTAGTTGGGTCAATGGATGAAAGTATCTTCATGCCTGAAGACTTTCCAGATATTACCACGGCCAACAGCACACCAAAAAATGACAACACAAACTTACCAAAACGAAGAAGACGACGCACCAAAAAGAGGGGATCAACATCAAACCCCTCAAGCCAAGAAAAAATGGAAAAAAAGATTGAATACAATAATCCCAATCAATTAACCAGCAACCAAATCACCCGGGAAATCAAGCAACCGATAACACTAAACTTAAGCGACAGCTCCACTGACAACGACACCAGCACAATAAACGAAATAACGGAAGCCGCCACCCTTGGACCACGATTACCATCTGCTGTGGAATCAGTATATAGAACGCCCGAAAACACAGCACCCTTTCCACCAATACCGAATCGGACATTAACGGACATTACCAAATTTTACACCGCTGAAGGATTACAATCTCCCAAGAGACCAAGATCCGGCACATAAACAGAACTCGCGTAAAACGCAAAAAACTTATACGAACAACCAAAATACACATAAAATAATAATGATTCCATGTACTATATGATCTAATGGAGCCTGACAAAGTATTAGGCAACAAATTAAAAATTGGATCACTGAACACAAATGGATTACTGAACAAAATTAAAAAGATAATATACTATATGGAATCAAATAAAATCGACATATTGCTAATACAGGAAACTCACGTGTTCACCCAAGATATGATCTCCAAATTTAAAGCGCAGTCTAACATCGAAATCTTCGTTAATGCGCCCGAACACCCATTTAGATCATTCCGGCAAGGAACCGCAATCCTTGTTCAAAAGCACCTCCTGCCAATGTACAAAATTCACCATAATATAATATTTGAAAACCGTGTACAAAAATTAAATCTTCAATATAAACACAATGAAATCAACCTTTATAATTTATATCTAGAAGCAGGTCAATCGCATAAAAATCTTATTGCCAGAGAACAAATGATATATGACCTTAAAGATAAATTAGGGGACGTAAATGAAACAATCGACCTGCTGATTGGCGATTTTAATATGGTTTCTAATGAAATAGACGTGAAAGCAAACTATGATAAAAGAAAAAAACGAGATAGAATCGCCTTACAGCGGCTACAAAATGGAAATAACTTTCAGGACGCATTCCGATTATTACATAAACAAAATATTGAATTTACTAGGATAACAAAAACGAGTGCTACAAGAATAGACAGAATATATGTTAATAGACTAGCGAAAAATAAAACATGGGCGCTAAATCATATACGTAATTACTTTTCGGACCATAACAATTGCCCGGTAATAACGCTAAATATAAATAGTAATCGTAAATGGGGTCTATCGTTTTACAAAATAAATAACTCTATATTACAACACAACGACATAATTGAAAACTTGAATACAATGTGGATTAAATGGCAAAGACAAAAAACAAAATACATGAACTCTGCTACATGGTGGGAAAACGGTAAAAAACTAATTGCAAATGAAGTACGGTATTTTTCTCAAAACATAAATTATGCGGAACGGAGGCGATATTTAACCAGAGTGCTGGAAATTAAAGAACTAGAAAAGCAATACCAGTCCGAAAATATAGTAACACAAATAACACGATTGAAAGAAAATGTAAATAAGTACGAACGCAAAATTAATGAAGGTGCGATAATTAGATCAAAAATAAATGTAATAGAAGATGAAGAAAAACCAACAAAAGAATTTTTCAAATACGAAGAAACAAAAGCTAATAGAGATACTATTTACACCATATATAATCAAAGTGGAGAAATAACGGAAAACCAAAACCAAACTCTGAACGAGACGCATAGCTTTTACCAAGATCTATGGACAAATGCTGAAATAAATNCAGAATATATTGATAATTACCTGCTTTTCTTAGAACCCATAGAATATGACCAGTTGGAACTTAAAAAAATGACGCAACCAATCAACCATTCGGAAATTTACGACTGCATATTAGAAATGAAGGATAACAGCACGCCAGGATGTGACGGTCTAACAGTAAAAATATATAAACAACTATGGGAATTTATAAAATATGACATGGAAGAATTGTACAATAATATATATATAAATGGAATAATGCCAGAAACCATGCGCACCGCGGTAGTAAAATTATTATATAAGAAAGGTGATAAAAAGGACATTAAAAATTGGAGACCCATTTCACTGCTAAACACAGACTATAAAATTCTTAGCAAGATTATAGCAAAACGGTTAAATATAATAATCAATAAAATAATTAGTCCAAATCAAAAATGCTCCATACCTGGAAGATCAATTAATAATAGTTTAGAAAATATAAACGCATGCATAGAGGCGGCTAAATATTTTAACAAAACTTTAACAATTCTAGCAATTGACTTCGAAAAAGCATTTGACCGCGTAAATTACACCTACTTATTTAAAGTACTTACGAAATTAAACATACCTATTTATGTAATCAAATGGATAAAGATAATATATAATAAAATACAAAGTAAAGTTGAAATAAACGGAGCCTTCACGGATAACATAAATATAACAAGGGGAATACGACAAGGTTGCCCTTGTAGCATGATTCTTTTCCTAATTGGCGTAGAAGTTCTAACTCGAAAAATTAATAACAATAAAAATATAAACGGATTTAAACTAAATCATATAGAGTTAAAGACAGAACAGTACGCAGACGATTTATCTATACTAATATCAGACAACATGTCACTGAAGGAAACCATTAATGAAATAAAAATATTTGAAAAAGCATCAGGCCAAAAAATGAATACAAGTAAAACCCAAATAATAACTAATGATACTTTAATAAATAACGTAATATACGAACATTTTCCACGTGAATGCATAAAGGAAAAAATAAAAATACTAGGCGTTTATTTTAGTCTTAACGGAGATTGCATGACAGAAAACACCGCAAAAGCTCGACGCGTAATAAATGCTATATATTGGAAAAATCTTAAGAGAAAACTAACATTAAAAGGCAGAATTATTATAATAAACTCGCTCTTTATGCCACAATTGTTAACGATCGGAAGAAATATGATACTGCCTAAACAATTTATTAATGAAATTAATAACTATATATATAAATTTATATGGTTCCCACAAAAAATTGACAGAATAGCACGGAAAAAACTAATAGCCCAGCCTAATGATGGAGGATTGTGTGCCCCAGATATAACACTAAAATTAAAAGCTGTAAGAGCTACTCGATTATATGAAATTAGTATATTAAAAAAAGTTGAAACGATCTCACAAGAATGGACACGTTTCAATTTAGCGTCAACTATGAAATTAATAAACGAAAAGTTATATACTAACTCGGCCTTAAATGCAACCGAACCAAACGACTTTTACAAGGAAATTCGACAAACGATTTATAAATTACGTCCGAAAGATTTCCAATGGGAATCGAAT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>L1-99_Cis#LINE/L1 Ci000729, Ci000099, Ci000682  Bit of an outgroup; ORF2 (bp 3323-7135) protein closest to L1 subclass, but only 28% identical (48% similar) to nearest neighbor in other species (L1-1 in Drosophila). ORF1 (bp 1924-3345) protein has very faints similarity to L1-1-6 ORF1 pep zinc finger regions. 5' end seems to extend, even though there is already 1923 bp of it. 3' UTR is also very long for a subgroup and is separate in database as L1-99ext
ATGAAATTGCAAAATTTATTGTTTTTATTGAATTACTACCATTTCTATGTCTACTTGAATTTCGTAGACCAGTCATATATTCCGATTTTTCTATATTAATTATGGGTCCCCTTCGTATTTCCATATTGATTTCCCTCCGTTTATTTTTTTTATATATTTTGTTTTTCTACGTCACGCTTTTTTTCACTGCTCTTATTTTGAAACGACCTTATATTTTACAAAAACAAAANTGGATTTTTTGTTATCGGAATTTGTTATCGGAAAGAAAAAGAGGCCTTTTTGAGCATTTTGTGCTTTATTGTCGATATTTCCGATTTAGAAGGGGATGTTTACTCAAATTTCTAAGTGAGTAAACGATAAACAGCAAAAAGCATTTAAATGACCCAATGTACCCGGAAATTTCCCAAAAAATTTAAAATACCTAACCGAACATTAATATACAATCCTCGTACAAATGAGGTGGAAACACAAAACTANATATATAAAAAATACGAAAACAAAACATAAAATATACGAATTACACAAAAATATACAAANAGTANATCTTCTGGTGGAGTTATAGCTATAGCAGTTGATATTTCGGAACNGGTGCGGCTTATTCACATAAAATTGCAAGGAAATTTGTAGGTTTAACAATGATAAAGTTAAAATACACTGATAAAGTGNCTACATANCGCTAATAAACACGGAAAATCCGTTACAATATAAAATCCATAACGTAATATAGTATATTATTTCAACGTATATAAATTAGCCCAACTTTTAAAACCATTACAAGTATAGTCCATCGATGATTTATACCAAGCTTAAACAGTTCAGTAGATAATAGTTATGAACTTTTGATATCGGTAATTTTGAAATANTGTTTATTTAATTAATACACTTTTGTAAAATACTGTCTTTCAAACAAAACCACAAACAAGACGCTTTGTTAAACAAAGCAATCAGAGCATTCTCTTACCGCGGCGCACCAATTAATAAAACCGCGGTTACTAAAAATGATTACCATTAAGTTTTAATCTGAGTTAAGGCAGAAAATGTTAGCTAATTATGTGTAGATGTGCACAAATCCGTAGTAATTTCCGACAAAATTAAAGATATCACCTCAATTTATTGTGTGAAAACGTGTTTATCTTGCCGAAAAGATCTGATGATGATAATTATTCCATGTGGCCCGTCACACTCCCAGCACAAGTTACGTTTCAGTATATTTCCCTCATCCCACAATACCATACGGTTCAGATGAAGTAATCACGAGCACCTGGTTCTGTTTGCCATGTTATAATATGCCCTGCATGTGTTCTTTGAAGTTGCTATCACTGTGTAAGTTATAGCTCGGTTCTCTGTTTTAGAANTTTGCCATGTTGATTCATGTGAAACGTGGTAAAGCAGTCGGTAGGGCTTTAAAGCGAATGAACAAATCCGGTCATATCTATCGAAATAAGGGCGGGAGGTTCAAGTTGACCGGGAAAGGGCGTGGCTTGAAGGCCAAGAAACGCCGCCGTCGCCGCAAGAAGGGCAGGAAAGGCAAAAAGAAGCGAAAGGGAAAGAAATCCAAGAAGGGCAAAAAGAAGAAGGGAAAGAAATCCAAGAAAGGTAAAAAGAAGAGGAAGAGACGACGATCCAAGAAACGTGGCCGCAAGGGAAAGAAGCGATCACGCAAATCTCCTAAACGAGCCAACCGTAAACGAAAGTCCAAACGCAAGAAGGGACGCAAAGGAAAGAAAGGGAAGAAGCGACGACGATAAGCGATCAATATTAAAAAATATTTAAATCAAAAAAAAGAAAAATCACCGCCAATAAATTGCCATTCAGGCGCACCAAACATTGGTTTCTTTGTACCAACGGTCTAACCGCAAGGTGGCGTTGTTTGTATAAAAAGTTGTCGGGGAATCTCAGTGGAACAACATAGCCATTCTCTTTCAGCAGCGGTGGTAGCAGGACGTGTTTGTTCTGCTACGCCATGAGCGATAAGGCAAAAATGCATCAAGCAGCGCCACGTGGCAACATGCCAATTAGAAGTTACGCGAGGGCAGCAAGAGCCAGAGAACACACAAAGCAACTGGAAAGACCGAATTGTTTATCAATAAAAGGAAAAATCAGGCTCGACCGCCCAAAAACGCTAGAAATTATTAAAAAATTAAAATTTCAAAAAAAGATATTTGGAATCGCCGAAATGCAGGGAGGCATTATTGATATCACCTGCACCTCCAGAGAAGCAGTTCTTAAGCTTCATGAAATTTTAGAAAAACAAGAGGAAGTCCAGTCGGTGCGACTTTACCAAACCGATAAGATTGGCATCGCACTGGGCTGGGTACCGATTCCCATGGAAAACGGGGTAATACAAGAAGCATTGAAAGAATTCGGATGTGTACATAAAATTATAAGAAAAACAGATAAAGATGGAATGGTGACTGGCATGCGAATTGTAATAATGAACAAACAAGACATTAAAGACAACCCAATACCTAGCTACATAATAATTCAAGGTTATGAAGTATACGTAACGTACACTGGCCAAGAAAAAACATGCCGTTTTTGCTCCGAAACGGGGCACGTGAGACTGGATTGTCCTCATTGGCGCGACGAATTCCCNGTGATGGGCGAGGCACGCGAAAAATCAGCCCAATCAGGCCCGACTTCCCGCGAAGTCACGCCGCGTGACGTCACCACGCCCACGCATGTAGCCTCATCCAGCAGCCTCGCTGCGGAGTCGTTGCTACCAAAATATGATGAAGGTATCCTTGAAGCAAATAGCAATAAAAAAACAACAGCAACATCTGGAAATAAAAGACCACTGTCAAGCCCGGAAGAAGTTAGTCATTCAAAAATAAAATCTATAAGCCTAAGTGACAACAAGATAAGCGTGTGGTGCAAAACTTGCAACAAGGAGGGTCTGGTTGCAGAAGAAAGCACCAAATACCTATGCTGGGGATGCAAAAACGAATTTAACGTGATAAAGACATGCTGCACCCTGGACGAATTCTTCTTAGTCTCCAGCGCCGACAAGTCTGCAGTCTGTCCCGCGTGCCGAGAAGGAATGAGACTGATGCCATGTTGCACGACGTACCAACCTACAATGCACATCGCCGATGGAACACTACAATGCCCGAACTGTGAAAGGTATTGTGCGGATTGCAATTGCGGCCGCTTCAATTATTTTTTAAACAAAGAGCTTAGCAAACCCTGTGAAAATTTAAAATGTAAGCACAGATACATTCATTGCAACTGTGATAAAAAATACGTTACAGAAATATCCCCAGAACAACCGTTTAAATGTAAATGTGGCTTCGAATATGACTACAATGTGAAGAATGGTGTCAAGACTACTTAATCTTTTTATAATGGCTTTAAGTGTCGCAACTTATAACGTAGCTGGAATTAGAGACAACGATAAACGAAATGCCGTCCTTAACTTTATCCGACAAAAACGCTTTAATATAATATTATTGCAAGAGACGCATTGTTCAACCGAAATCCAAAAACGTTGGGAATTAGAGTGGGGCTCAAAAATAATATGGGCGCATGGCACGAGTCGAAGTAAAGGTGTGGCAATATTATTTGACAACAAAACCCCTTATAAAGTAGGGAAGACCCTTATCGATCCCAATGGTCGTTTTGTCATAGCGGAGGTCGGATTCAGCGCGACGACGTTTGTACTCGTTAATGTGTACGCGCCTAATAATGACGACCCACAGTTTTTTCGAGATTTGTTTCAAAATATCGTTTCCCTCGCCGGTATAAATGAAGTAATAATTGGTGGAGACCTCAATATAATTATGGACGCTACCTTAGACCGCCATCGNCCTGGAGCAAGCAATAAGGCAACAGCTACTAATGTGGTCCGTGCGCATCTGCAAACGCTCGGGTTGGTGGACGTATTTCGATCTCGAAACCCGCAGTTGAAGCGGTTCACCCGTTTCCAAGCGAACCCGTATTCGGCGAGCAGGATAGATTACCTNCTAACCTCTAAAAATATNATACCGAAAATAACAAATTGCAATATTGTCCCTAGCATAAAGTCAGATCACAATATCGTATACNTGAAACTGGCCCTCGACACCAGTGATCGCGGCAGAGGAATTTGGAAGCTAAACACCTCCCTGCTGGATAAGAACGCTTTTATTTCAACCGTTAAACAGGCGATCACTGATTATGGCATCAATAATCCACCTGGCCACGTGAATGCTCATGTGAGATGGGATGCTCTAAAATGCACGCTCAGGGGCACATGTATAAACTTCAGCGCCCGACTAAAGCGATCGGCGCAGAAGGAACAACGACGCATCGAAAATGAAATAAAAATGGCCGAGACCGTTCTCGCCGACTCGTCAATAGTTGCACAATCAAATGTAGAAACGTTAAATAAGTTAAAATGTGAACTTAACGATCTTGTAGAACGCCGGTCCAAGGGTGCAATAATTCGAAGTCGCGTAAGATGGGTGGAGCANGGTGAAAAGTGTNCTAAATACTTTTTAAATCTCGAAAAACGAAATGCAGAAAAAAAGGCAATTTATCGACTTGAGAGCAATGGCGCTATTTTAACAGATCAAGCAGAAATCGTAAACGAACTTGCCACATTTTATGAAAGTCTATATAAGAAAAGCGCGACGTTAACACCCGTCGAGGANATATCTTCACATTTGTCCTCACTGGACATACCGTGTTTAGATGAAAATACCGCGAAGAGCATAGAATATGCCATAACTGAAGTAGAATGTCGTAAAGCCCTGGATACGATGCCAAACAATAAGTCTCCTGGTAGCGACGGTTTTCCAGCCGAATTTTACAAACTGTTTTGGGTTGCCATAAAGTCTTATTTTATGGACGCGCTCCATTTAACAGAAAGAAACGGATATCTGTCGGAAACGCAAAAGCACGGGGTAATAACACTAATTCCTAAACCTAACAAGAATTTATTGCTAGCGACCAACTACCGCCCAATCACTCTTTTGAACGTCGATTATAAAATAATATCAAAAGTTATAAATAACAGAATCAAGAGCCTCCTTCCCCCTTTGATACATCCCGATCAAAATGGGTTCATGAAAGGCAGGTATATAGGCAATAACATTCGACTTTTATTTAACTTAATCGATTATTGTGACGCTGAAAGCATACCTGGGGCAATATTTAACGTGGACTTCTATAAAGCATTCGATACGCTAAGCTGGACGTTTGTCAACCAAATGTTAAAACGATGGGGATTCGGTCAACATATTCAAAATTGGATTAGAACCTTTTATACCGACCCAAGCTGTTCTATTATTAACAATAATCACGTTTCCAAACAATTTAAATCCCAACGTGGCGTTCGTCAAGGTGATCCTTTGTCACCTACATTATTCGTTTTGGCAATCGAAATATTAGCGGTGGAAATTCGCTCGNCACAAATTCCCGGCATAACAGTCANGGAGAAGGAGATAAAAATTTCCATGTTGGCGGACGATACCATGATAACGCTGGACGGGGAGGCTAAAAGCTTTAACTTAGCATATAAAATCCTGGAAAACTACGGAAAAATGTCCGGCTGCGTAATAAACCTACAGAAATCTAACGCGTTTTACATTGGCAGTAAACGGTCGTGCGATTTAAAACCCCTTCTAAATAAAGGATTGCCGTGGCCTAACGACGAGATAAAATATCTTGGCATTGTATTTCCTATTGGTCGCAACAACAATGGTCGAGATCTTTTTAATATTAATATGACGGAACCTTTAAATAAAATCAAAACGCTGTTAAATATTTGGGCCTCTCGAACCTTGACTCTACTCGGCAAANTAACTGTGATTAAATCCTTAGTCATACCGACACTGACGTACAAACTAAGTGTAATACCTACGCCGCCACCTATATATAGCGTCTTCTTAAAAAAACTTAAACAAAGCATTTTTCACTTCATATGGGGGTCGAAATGGGAACGNATCAAGAGAACNACGCTATGTAGAGACATTGGCGAGGGAGGGGCAAAAATGCTTGATATTGACGCCTATATCTTGGCATTGCAAGCCAAATGGATAANAAACTTACTAGACTCGGACTACCATGCAGCCTGGAAAGACGTGGAAAATGTATATTTTAGTAAAGCGGCATTAGCAGCAACGCTGCAGTCCAAGTTACGGGAAACGTCCAACGACATCGTCCGGCTATTCCCCTTGCGCGCGCTTCGGACCACGGCAGTAGCTGTTAGACGTGTATACTCCAGCGGAACTCGCCTTGATCGCATTAACGACCCTCGCTACCTCTGGTTGAACCCAAATATCAAATCGCGCAATAGAACATTCTTTATTGTGGACTTGGCGGAGGCCGGGATAACCAACTACTCACAAATTATTAACACCGAGGGTAACTATATGAGCTTCAAGGAGTTACGGGAAGCTTATTCGATAACCGATACCTTAGACAATTTTACAGAGTTCAACAAATTAATCTGCGCCGTGCCGGAAGCTTGGGATNAAGGCGATCCACAAAGCCCAAGTAAGACCGATTATTCCACCAAATTGTTTGACTTGATCGAAAACTTAAAAGATTACCAAACAACGAAATCAATATATAACGATGTTATCGCAGCTAGCGCAACAACCTCCATNAAACCGCAGGAAAGCTGGGCGCGCTCGCTCGATATTACCATCGAAAACTGGGGACAAATTTACCGTGATAATTATTTCTGTACCTTAGAAACTCGGTACCGCTCCTTTCAAATTAAACTAAATAACAGAGCTATAGTAACCAATGATAAATTACATCGTATGGGATTTAAGGACACTAATCGGTGCGGATTTTGCAAGATCGAACCGGAAACATTAACCCACCTATTCTATTTTTGCCCCAAAATCAAAGCTTATTGGAATAATGTCGAAAACTGGTTAAGCGCGGCGTTTCGTAGACCATNCAGCCTAACCCCACAAAATTGTTTCTTTGGTATTGTTAACAATTGTGTCATCAACTGTATTTTATTATGTGCAAGATTCTGTATATACAGAGGGAAAACAACGGACACAGTGCCCACGATTCACTTACTCATTAGTGAAGTGGAAGCCCTNAGAAAAAGGGAAATGATAATAGCAAAAAAANNAAACAAACTAGANTCTCATCACCGTAAATGGACTACCATTCCAGAGTGAAGTGTATTAAATGTATTGCTGTATTTTTGTGTCGTTGCCCGTTCACCTTCTTCTCTAAATAAACGTTCAAATGTTAAAAAAA
>L1-99ext_Cis#LINE/L1 Ci000682, Ci000325 appears to be extended ' UTR of L1-99. Ends in minisatellite L1-99Sat. Contains Cis1_SINE insert.
GTGGACCAACATAGGGGGCGATCCATGATTACAAACGTGGTTGTATACGAGAGATATTGTAGCATGGACCGTCTATGCTGAGATGATTATCTGCGGAAGATCATATAGAGAGAGGAAGAAATTTCAAACATTCGGGAATAAAAGCTATTAATGTGACGTAACAAAGAAATCAAGGAGGGAGATATACGGTCGTGCCTGATACCGACTTTCAACACAAGATGTATTGAAATGAACCATGCATTGACAAATTGGTTTAAAGCAATGTCAAAATGAAACCATGAGTTTCTGATTTTTCAGGGAAAATGCAACAAATCGCTTGTNTCANNCGGCAAGGTACTAACCAGATGTTTCCTTAACCCAGTGGTTAAATAGGTGAACAAATATTCTGGACGCCTAACCTATAATCTTAATTCCATTCCACCGCTTAGTCTGGTGGTTTAGTGCGACACCTTTCAACCGAAAGGTTGCAGGTTCGAAATTGGTCGCAAGATAGTCGGTTATGTTCTTGGGCAAGGCTTTAAATTGCAAAACTCAAAGTTCCGTGTGTCAAAGTTAACGAACATTGCCTGAACCCAGTGGATTAATGGGTTCTACCAAATTNAAGGAACGTGTCTATCATATACAACACACTTCAATAGCTCCGGTATAACCCGAGGTGATCTGACGATTGCCCGTGTGTTAACCCTCTTGGTTTGCCCCCATTCACAGGGATAAACATGAATATCCTATCTTAAACGCGGCGGGTTACGAGCAAATGCANTTGGCTGCTGGTCGCTTGGCACAGAGTAAACCTTAATCTTTACTTCCTGATGCAATGATCGGTGACTGACTTATACTGATATATATGGTGGATCGCAATGTAACTTATTGATTTCACGATGTGAACACGAGATGCGATCGGGAAGAGCGAACGGACAACAAAGAGGAAACAAGCACACACTCCCAGAAACCACACACCGTTGACAATGGACTGGCACTACCACAAAGGCCAGATCGGCCAAAGCGTACACGGCGGAAGCCATAGTATTTCCACAATGAAATTTGTAACCTCCAGGAGGAGGTTGAATATAGTTGGGGGGTTATGGATTGGTTGGAGTAAGAGTNTTCTGTTTTAATGTTGTTGTTTTTCTTTTATTGTTTCACTATTCGTATCACTTACTTGGACGTTTCCACTTGTTTTACTTTGCATTTTCATCTTTACTTTGCACTTATCTATGGTCACTGTGTACTTAAGTTGCACCTCTTCAGGCGTTCTAGCNGTTTCCACCCGCACACACGGTTTATCGATTGTCGGCACTAATTATTTTTCGAGCTCTTACCGTTGTCCGGCCNAAACGAATGTGTCAGGGNAGTTCTCGTTGTACNTCTCAACAAGCGCACAGTATTTTCCTTTCTTGAGCTTTGAGTATCGTTGTCGAGTATATTGAGTATTGTACGGTGTATTGAGTATTG
>L2-1a_Cis#LINE/L2 includes Ci20, Ci56, Ci120; several subs at 3' end; 94% id to L2-1_b
ATTCTATTTGAATAAGGTTGCATGAGCGAATAGGATTTTTCAAATAACTGGGCATANTTGTTAATCTTTATCTTCTGATACTGAAATTGAACTCTCTGACAAGCAAGAAATATGAATACAATGGAATCTGCACTGATGAAGAAGTTGGAGGAATTGGACACCGCATTAGCTCATATCAAAAGTAAACAGGATAAGTATGAGTCCAATTGTAGTTTAAGGCCAGATACTGCTCCTCCTGTTCCTGTTTCAGATTCGACTCATCCAAAAGAACTGCAGGAGATTCGGAAGTCGCTGAACGATCTCGAAGCCTCTCTAAAAGATCTAAAGGCNGTGGTCAGAGACACAGACGAGCGACTTGACAACTTGGAGCAGTATGGCAGGAGGAACTGTCTCATTATCCATGGCTGCAAAAGAATNCCCCAAGANAATTTCATAAGTTATGTGCTNTCCATTCTNAACCGCCTTAAACTGCCATATACTATTTCTAAGGCAGCAATCGACATCGCACACGTGCTACCATCGAAAAGGGACTCCACTCCTATCATCGTGAAGTTTGTCCAACGGATGGTGAGGAACGATGTGTACGACTCCAAGAAACACCTGAAGGGGACGGGGATGTCGATGACAGAATCACTGACCCTGCGGCGGCTCCGAATCGTGGAGAAAGCCAGAGAGGCCTTTGGCTTTCGAAGCGTTTGGACCAACAATGGGGTCATATTCACTGTGCACCAAAACACAAGGCGAGTTATTCATAGATTAAGCGATATTTCTTCTATTCTTGCTAGGTCTAAATAATTTATTAATTTATCAATTTCAGTGCCATTTATTTTTGCACTATGCCTAGTTNAAATCCTAGCTCCTTAATATGCAAACCGTATCCAAAAAAAAGAAAGTCTGTCTNAACTGCAGCAAGACAATCCGAGTTAATCAAAATTTTATTTACTGTGACAAGTGTAAATCAAATTTCCATTGCAAATGCTTGCCGACAATACCAAAGCAACAGTTAAATATTAAAAAGAATGTCACAACTTTACACCATAAATGGTTTTGTGATAACTGCCAAGATCCACCGTGCCTTCCATTCTCGAATATTTCCGATCTGGAACTCTCTTCTTTACTTTTCATCCCCTCCTCTCAAACCACCCCGACCAAATCACCCAGTCGACCCTCGACCCAGNAAAATTAAATAACTTTTTTGACAATTTAAATGAAAATATGCTAGATGAAGAGGATGAGTTGACTTCCATTAGGTGCCCAGAATCATATGTCAACACCAACCAATGTAAATCCTTTTTATTTGAAAAGCACCAAGGCTTAACAGTTTTAAGTCTTAATATCAGATCACTGGCCAACCCAAATAACTTTACCAAACTAGAGGCATTAGTTGCATCCCTTCAGTTTAAACCGGAAGTNATTGCCATTACAGAAACCTGGATAGTTGANAATCGTAGTGGTCACTACTCNAATTTACCCGGCTATGTTTTTGTAAGTAATAGTCGANCTAAATCTAGAGGCGGGGGGGTAGGAATGTACATTCGTTCTCATTTGGAGTTTCAAATTAAGGACTGTATTTCTATTATGGAGGAAAAAGTGTTTGAATCCCTATTTGTAGTTTTTCCCAATTTAACACCACACCTGAAACCCAATCATAAATCTTCGTTAATCTGCGGTGTTATCTATAGGTCTCCAAAATTGGATACACAATCAAACTCAGCCTTTATTCACATACTATCAGAAACACTTGAAAAAATTGACAACCGAAACTGTAACTGTATTATAGTTGGGGACTTTAATTATGACCTCCTTAATATTAACAATAACACTGTCACTGATTTCACTAATACAATGCAGGACTTCTGCTATGAATCAATCATTAACAAACCAACCCGGTTTACAGACTCAGGTGCAACTGCAATTGATCATATTTGGACCACTATTGAATCTCCATTAGTTAAAGCTTGCATTTTAACTGATAACATATCAGACCATTTACCAGTTATATTAGCACTGAGGCCNAATTCAGATAACAATAGCAAATCTAGTAAATCTCAATCTAGCTCAAGATCCTTCAGTGATGCAAATATAGTCTCNTTTAACAACAATCTNCAACATCTTAACATAGACAATATATTATGTGAATCAGATGCNAACTTTGCATATTCCAACCTAATGGAGCAATACAACACAGAGTTTGAAAACAGCTTTCCACTAGTAGCCAACAAAGCACCCAAATACCACTTAAAGTGGTTCAATGAAGAAATAAAGGAATTAAATAAAACTAAACAAAAACTATACAAAAAGTATTTACTAAAAAGAACAGTCTCATCAAAATTGGAATACAATAAAGCTCGTAATTTGTACCATCACAAAATCCAAGCTGCAAAAAAATGTCATTATAGAAAAATGTTCAAGACTAACAGAAATAACATAAAGGCTACATGGAGGTCCATAAATGAACTACTCGGGAAATCTAAACCACAAATCTCNAAGTCATTTGAAATTAATGGATTATCTACCAGCAACCCAATACACATTGCTAACCATTTTAATGATCATTTTTCAAATGTTGCAACTGAGTTGGTAAACCGGATTCCACCATCCACCTCACACCACACAGATTACCTAAAATCCCAATCATCTTCCACCATGTACATATTCCCCACTAGTCCACAAGAGATTAAAACAATAATACTGGACTTAAAATCTAAATCCAGCAGCGGCTTAGATCAGATTCCGACAAAAGTTGTAAAATCCACACCGGTCAATATATTGCAAGCACTATCCCATATATTCAATCTATCATTACAATCAGGCAAATTTATAAATGACTTCAAAATTGCAAAAGTCATCCCAGTGTTTAAAAAAGGCAAGCACTCACTGATAAATAACTACCGACCGATTAGTCTACTGCCTTCATTCTCTAAAATAATAGAAAAATTAATGTACAGCAGAACCCACTCCTTCTTAAATCACAATAATGTTCTTCATAACAACCAATTTGGATTTAGGAAAGATCATTCAACTAGCCATGCTAGCAATCTCCTGGTTAATATAATATCTGATCATTTGGAAAATAAGAAATCTGTTATTGGTGTTTTTTTAGACCTGTCAAAAGCCTTCGACACCATTGATCATGACATTTTGCTTAACAAAATGTCTCATTATGGCATCCGGGGTGTAGCACTTGATTGGTTCACCAGTTATTTATCAAACCGACAACAAATTGTTGATTTTAATGGAACTCTATCTTCCAACCCGAACCCAGTTAAATTAGGAGTTCCTCAAGGATCCATTCTAGGTCCTTTACTATTCCTTATATATATCAATGACCTGCCAAATTGCTTAACCCATAGTAAAGCCATTATGTTTGCCGATGACACCACCATTTTTACCCCCGGCCGCAACCAATCCATAACCTGTGTAAATGCCAATGCGGATCTAGACAGATTATNCACATGGCTTTCCAGCAACAAACTGGTTCTTAACACTGATAAAACAAAATACATGTNCTTTTCTAACTCCNTTAAATCCACTCTTTCAGTACCACCCCTCATTTCAATAAATAACTATAAAATTGAACAAGTCAACAGCTTTAAATTCCTTGGTCTAACTTTAAATGACAACCTTTCCTGGAAACCACACATGCAAATACTCCTTAAGAAACTTAACACTAATTTACTCATGGTACGTAAAATAAAACCCCTTGTTGACCAACCCTCACTTCTCACATTATACCACTCACTNATACTAAGTCACNTTCACTATTGCATATCCACCTGGTGTTATGGTAATAACCNAATGCTAACTAAATTACAGCGAGTGTGCAATAAGTTCATTCGCCTAATATTTAACCTTGGTAAACGCGAAAATACAGTTTCTATAATGAGACAACATGGACTTTTAACAATTTATGACATGCACAAATTAGAAATATTATCCATAATGCACAAATGCCATAACAATACACTTCCCCCTGCCCTCCACAATTGCATACCCAACAAACCTAAAACTACTATGAAAACAAGAAGCAATTCCCAATTTTTAATTCCTTTTTGTAACAAGTCCCTATCCCAACAATCCCTGAAATACATAGGCCCAAAGTTTTGGCAACAATTACCCAACAACATTCGTGAGATTAAATCGCTTAAAAAGTTTACCAAAGCTGTCAAACAACACCTCTTGGAAGACCCTCATCCGCTTCCCTAGTTTCACTAATATTTACCCCAAATAAATTTTTTTTTTTTTTTATTTTTTTTTTTTTATATTTTTTTTTTTTTTATAATAAATCCCCTTTGTAAGTTTAAATTTCATTTACTCCTTGCACAAATAAATTCCTATAATCTGCTTTACCTTNTCTATCCCTTTGCATATATTGACACCTGCATGCATTTCTTTTCACTTGTTTTCACACGTTGATTTCCCTATTAAAATCACATGCATGAAGTTTCCAGATTTTGTTCTTTTTAAATTATGATCACCACGTTAAATCACAGTCTTGACTTCCTTTGCATGTTAACAATATTGATTTGTTTACACAAACACAAGTGTTATTTACGGTGATGTTTTATTACAGTATTCTCTGTTACTTGGTAAGCCGNTGGCACATTTGGTTTTGTTTTTCTGTGAAATAGTTTTTGCCGGCCCTAACAGAGCTCTGTATTTTAAAACTTATCACTTTAGTCTTTTTATTTGTTTTTGGTTTTTATAATATTTTTCACCACCCGATTGCACACTACCCTGTTCCCTAACCTGTCTTTATTTCTATCTATTTTTCGATTTCTTTACTGTCTTGTAGTATTTTTACAACCATACTGCCAAGACACTATTGTTCCAGATATCCGGACACCGAAATTTCATCTACGAGGAGAAGGTCGTCCGGTTTTCTTGCGTGGCCTCCTCCTCCTCAAATTTACTATTCGAGAGTTGGCGGTGTGATCTCCAGAAGAAGATGNCAATCAATATTAAACTAATATGTCACAACCAATCTGCTTTAATATAATCGGATCCTTGCTGCAGTCTTTAGTATTTTTCACTTGCTAGCAACCCTTTTTTGGCTTGCTATTATTTATTTATTTATTTTTTCTTATTTACTTATTTATTTATTTAAACATTTTGTTTGTTTTGTGTTGTTTTGCGCTTTTTTTGTTATTTATGGTGCACTAGTGTAGTGCTCCTCTTTTCGCACTCCTACATAAGTGCTCTAATGCATTAGTGTTATGCAATCTGTGTGTTAAATGAGAATATTTAATGTAAATATGCCCCGGTAAGTGTGCTTGAAACTAATAGTGTCATCTGACATTAGTGGAATTTCATTTTAGGGGGTTTTTCTTTTTCCACTCTGGTCCACGCTTTCGGGCCACACCTTCTCCTAAAGCCGGCTCCCCCACAGTACTGGTCGCGCTTTACCGCACACTTTTCTTCAGGGCTTTATATCGTTTGGTCTTAATTAAATTTGGATCGCTAAATATTGTTCTTTCGCCTAGGTTTGGCGGCCGCGTCCGCTATATTTATTACATTATATCCTTTTTTTTTTAATGACGTGTTTTAACGACTGTTCGTTTTGCCGTCTTTTCCCGTTCCTGTGTCGTGATTATATTCGTTTGCCATTTTTAAAAACTGGGGCAAAAAATGAATAAACTAAACTAAAACTAAACTAA
>L2-1b_Cis#LINE/L2 Ci000020, Ci000056, Ci000120; 94% identical to L2-1b; on average 1% diverged only.
ATTCTATTTGAATAAGGTTGCATGAGCGAATAGGATTTTTCAAATAACTGGGCATATTTATTAAATCTTCTGATACCGTGCTGAAAGTGAACTCTCTGACAAGCAAGAAATATGAATACAATGGAATCTGCACTTATGAAGAAGTTGGAGGAACTGGACACCGCACTAGCTCAAATTAAAAGTAAACAAGATAAGTATGAGTCCAATTGCAATTTAAGGACAGATACTGCTCCTACTGTTCCTGTTTCAGATTCTTCTCATCCGAAAGAACTGCAGGAGATTCGGAAGTCGCTGAACGATCTGGAAGCCTCCCTAAAAGATCTAAAGGCTGTGGTTAGAGACACAGACGAGCGACTTGACAACTTGGAGCAGTATGGCAGGAGGAACTGTCTTATTATCCATGGCTGCAAAAGAATTCCCCAAGACAATTTCTTAAGTTATGTGCTATCCATTCTAAACCGCCTTAAACTGCCATATACCATTTCAAAGGCAGCAATCGACATCGCACACGTGCTACCATCGAAAAGGGACTCCACACCTATAATCGTGAAGTTTGTACAACGGATGGTGAGGAACGATGTGTACGACTCCAAGAAACACCTGAAGGGGACGGGGATGTCGATGACAGAATCACTGACCCTGCGGCGGCTCCGAATCGTGGAGAAAGCCAGAGAGGCCTTTGGCTTTCGAAGCGTTTGGACCAACAATGGGGTCATATTCACTGTACACCAAAACACAAGGCGAGTTATACATAGATTAAGTGATATATCTTCTATCCTTGCTAGGTCTAAATAATTTAATCATTTGTCAATTTCAGTGCCATATTTTTGCACTATGCCTAGTATAAATCCTAGCTCCTTATTATGCAAACCATATCCATAAGAAAGAATGCCTGTTTAAACTGCAGCAAGACAATCCGTGTAAATCAAAACTTTATTTACTGTGACAATTGTAACGCAAATTTTCATTGCAAATGCTTGCCAACACCACCAAAGCAACAGTTAAATATTAAAAAGAATGTCACAACTTTACACCACAAATGGTTTTGTGATAACTGCCAAGATCCACCGTGCCTTCCATTCTCGAATATTCCCGATCTGGAACTTTCTTCTTTACTTTCCATCTCCTCCTCTCAAACCAACCCTGACCAAGTAACCCGCTTGACCCTCGACCCAGAAAAATTAAATAACTTTTTTGATAATTTAAATGAAAATATGCTAGATGAAGAGGATGAGTTGACTTCCATTAGGTGCCCAGAATCATATGTCAATACCAACCAATGTAAATCCTTTTTATTTGAAAAGCACCAAGGCTTAACAATTTTAAGTCTTAATATTAGATCACTGGCCAACCCAAACAACTTTACCAAACTAGAGGCATTAGTTGCATCCCTACAGTTCAAACCGGAAGTAATTGCCATTACAGAAACATGGATAGTTGATAATCGTAGCGGTCACTACTCAAATTTACCTGGCTATGTTTTTGTAGGTAATAGCCGATCTAAATCTAGGGGCGGGGGGGTGGGAATGTACATTCGTTCTCATTTGGAGTTTCAAATTAAGGACTGTATTTCTATTATGGAGGAGAAAGTTTTTGAATCACTATTTGTAGTTTTTCCCACTTTAACACCACACNTGAAACCCAACCCTAAATCATCGTTAATCTGCGGTGTTATCTATAGGTCTCCAAAACTGGATAAACAATCAAATTCAGTCTTTATGCACAAATTATCAGAATCACTTGAGAAAATTGACAACCGAAACTGTAACTGTATTATAGTTGGGGATTTTAATTATGACCTCCTCAATATTAACAATAACACTGTCACTGATTTCACTAATACAATGCAGGACTTCTGCTATGAATCAATCATTAACAAACCAACCCGGTTTACAGACTCAGGTGCAACTGCAATTGATCATATTTGGACCACTATTAAACCTCCATTAGTAAAAGCTTGCATTCTAACAGATACATTATCTGACCATTTACCAGTTATACTGGCACTGAGGCCTAATTCAGAAAACAATAGCAAATCTAATGGATCTCAATCTAGCTCGAGATCTTTCAGTGATGCAAATATAGTCTCATTTAACAACAACCTACAACATCTTAACACGGACAATATATTTTGTGAATCAGATCCCAACCTTGCATATTCCAACCTAATTGAGCAATACAATACAGAGTTTGAAAATAGCTTTCCACTAGTATCCAACAAAGCACCTAAATACCACTTAAAGTGGTTCAATGAAGAAGTAAAGGAATTAAATAAAACTAAACAAAAACTATACAAAAAATATATACTGAAAAGAACAGTCTCTTCCAAATTGGAATACAATAAAGCTCGAAACTTGTACCATCACAAAATCCAAGCTGCAAAAAAATGTCAGTATAGAAAAATTTTCAAGACTAACAGAAATAACATAAAGGCTACATGGAGGACTATAAATGAACTACTCGGGAAATCTAAACCACAAATTTCGAAGTCATTTGAAATTGATGGATTATCTACCAGCAACCCAATACACATTGCTAATCACTTTAATGATCATTTTTCAAATGTTGCAACTGAGTTGGTAAACCGGATTCCACCATCCACCTCACACCACACAGATTACCTAAAATCCCAATCATCTTCCACCATGTATATATTCCCCACTAGTCCACATGAGATTAAAACAATAATACTGGACTTAAAATCTAAATCCAGCAGCGGCTTAGATCATATCCCCTCAAAGGTTGTAAAATCCACACCAGTCAATATATTACAGGTACTATCTTATATATTTAACCTATCCTTACAATCAGGAAAATTTATAAATGACTTCAAAATTGCAAAAGTCATCCCAGTGTTTAAAAAAGGCAAGCACTCACTGATAAATAACTACCGACCGATTAGTCTACTTCCTTCATTTTCTAAAATAATAGAAAAATTAATGTACAACAGAACCCACTCTTTCTTAAGTCACAATAATGTACTTCATAACAATCAATTTGGATTTAGGAAAGCTCATTCAACTAGCCATGCTAGCAATCTCCTGGTTAATATAATATCTGATCATTTGGAAAATAAAAAATCTGTTATTGGTGTTTTTTTAGACCTGTCAAAAGCATTCGACACCATTGATCATGACATTTTGCTTAACAAAATGTCTCATTATGGCATCCGGGGTGTAGCACTGGATTGGTTCACCAGTTATTTATCAAACCGACAACAAATTGTTGATTTTAATGGAACTCTATCTTCCAACCTGAACCCAGTTAAATTAGGAGTTCCTCAGGGATCCATTCTAGGTCCTTTACTATTCCTTATATATATCAATGACCTGCCAAATTGCCTAACCCATAGCAAAGCCATTATGTTTGCAGATGACACCACCATTTTTACCCCCGGCCGCAACCAATCCATTACCTGTGATAATGCCAATGCGGATCTAGACAGATTATACACATGGCTTTCCAGCAACAAACTGGTTCTTAACACTGATAAAACAAAATACATGTACTTTTCTAACTCCACTAAATCTACTTCGTTACCACCACCTCTCATTTCAATAAATAACTATAAAATTGAACAAGTCAACAGCTTTAAATTCCTTGGTCTAACTTTAAATGACAACCTTTCCTGGAAACCACACATGCAAATACTTCATAAGAAACTTAACACTAATTTACTCATGGTACGTAAAATAAAACCCCTTGTTGACCAACCCTCACTTCTTACATTATACCACTCACTAATACTAAGTCACATTCACTATTGCATATCCACCTGGTGTTATGGTAATAATCAAATGCTAACCAAATTACAGCGAGTGTGCAATAAGTTCATTCGCCTAATATTTAACCTTGGTAAACGTGAAAATACAGTTTCTATAATGAGACAACATGGACTTTTAACAATTCATGACATGCACAAATTAGAAATATTATCCATAATGCACAAATGCCATAACAACACACTTCCACCTGCTCTCCACAATTGCATACCGAACAAACCTAAAACTACAATGAAAACAAGAAGCAATTCCCAATTTTTAATTCCTTTTTGTAACAAATCCCTATCCCAACAATCCCTGAAATACATAGGCCCAAAGTTTTGGCAACAGTTACCGAACAACATTCGCGAGATTAAATCGCTTAAAAAGTTTACCAAAGTTGTTAAACAACACCTCTTGGAAGACCCTCATCCGCTTCCCTAGTTTCCATTAATATAATATTATCGTTATTATTATTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATAAATAAATCTCCTTTGCCATTTTAAAATTTCATGTACCTCTTGCCCTAATAAACTCAAATTTACTTCTTTACCTTATCTATCTTCAAGTTTTGCATATATTTTACACATGCATGCATTTTCGTTGACTTGTTTTCACATTTCCCTAATAAAATCACATGCATGATTAGTTTCCAAATTTTGTTGTTTTTAAATTATGATCACCAAATTAAATCACAGTCTTGACTTTCTTTGCATGTTAACAATATTGATTTGCCTACACAAACACAAGTTTTATTTATGATGATGTTTTTTACAGTATTCTCTGTTACTTGGTAAGCCGTGGGCACATTTGGTTTTGTTTTTCTGTGAAATAGTTTTTGCCGGCCCTAACAGAGTTCTGTATTTTTAAAGCTTATCACTTCAGTAGTTTTACTTGTTTTTGGTGTATAAAATATCTTTCACCATCTGTGCACAACACACCCTGTCCCCTGATCTCTTTTTATTTCTATNTACTTTTCTATTTCTTTAATGTCTTGAAGCATTTTTACAACCATACTGCCAAGACATTATTGTTCCAGATATCCGGACACGGTAATTTCATCTACGAGGAGAAGGTCGTCCGTTTTTTCTTGCGTGGCTCCTCCTCCTCAAATTTACTGTTCGAGAGTTGGCGGTGTGATCCTAGAGACCTAGATGAAGATGGCATTCAATAATACACTAACATGTCACAACCAATTTTCATTGATATAATCGGATGCTTGCTGCAACCTTTTGTATTTTTCATTTTCTAGCAACCCTTTTTTGGCTTGCTATTTATTTATCTATTTATTATTATTTCTTATTTATTTACTTTAACATTTTGTTTGTTTTGTTCTTTTGTTTTGTTATTTATGGTGCACTAATGTAGTGCTCCTTTTTCACACTCCTAAATAAGTAATAAATCAAATGCATTAATGTTATGCAATTTGTGTGTTATAATAACAATATTTAATGTAAATATGCCCCGGTAAGTGTGCTTGAAACTAATAGTGTCATCTGACATTAGTGGAATTTCATTTTAGGGGGTTTTTCTTTTTCCACTCTGGTCCATGCTTTCGGGCCACACCTTCTCCTAAAGCCGGCTCCCCCACTGTACTGGTCGCGCTTTACCGCACACTCTTCTTCAGGGCTCTAAATCGTTTAGTCTTAATTAAATTTCGATTGCTAAATATTGTTCATTTACCTAGGTTTGGCGGCCGCGTCCGCTATATTCATTAATTTATATCCTTTTTTTTACTGACGTGTTCTAACGACTGTTCGTTTTGCCGTCTTTTCCCGTTCCTGTATCGTGATTATATTCGTTTGCCATTTTTAAAAACTGGGGCAAAAAATGAATAAACTAAACTAAACTAAACTAA
>L2-1c_Cis#LINE/L2 Ci000401, ORFs from 77-778 and 832-4155 (1320 bp 3'UTR). Over coding region 75% similar at DNA level to L2-1a and 1b. L2-1a to c are all probably currently active in Ciona savigny.
CATTCTATTTGAATAAGGTGAATGCAAGGATAGGAAAACTTGTTAACTTGGCCTTTTAAAAAACTNTATTATTTGAAACCGAAAAATGGAATCTCTACTGATGGAGAAGCTTTCAAAGATGGAGGAAACGATGCTTGCGTTCAAGGGTAAGCAAGAAGGACTTGAGGCCAGGTTTGAAAAAGAACCAGATACTGCTCCATCCCTAAACATTGCAGGTTCGTCGGATCGAAGGAAAGAGATCTTAGAGATGAGATCCTCTCTCAACGCATTGGAGGCCTCCTTTAAAGAACTGAAGGCCCTGATTGAACGCACCGACGAACGGTTAGATGGATTGGAGCAGTATGGAAGAAGAAACTGCCTCGTCCTTCATGGCTGCCAAGGAATACCGAATAACAGGGACCAGTTTTTGAAATACATTTTAAATATNTTTAACAAAATGAANTTACCATATCCAATTGTTCCCGCAGAAATAGATATCGCACATGTGCTGCCGACAAAAGAAAACCGGACCCCAATTATTGTGAAGTTCGTCCGAAGAATGGTTCGGAATGACATCTTTAATTCCAAGAGGTGCCTGAAGGGAACGAAGATGGCAATAACCGAATCATTGACGGCAAGACGGCTCCGGATCGTGGAGAAAGCCAAGGAGGTGTTTGGTTTTCGAAGCGTGTGGACCNACAACGGGGCTGTCTACATCATGCATAACAACAAGAGGCAAGTGCTCCATAGACTATCTGATATTACTAATATCCTAGCTTCTACACCCGGTTCCACTTAGTCAATACTATTATTTATCGGTATAATTTANTATGTTCNAATTGGCCAGTTTAAACATCCCGTATGCCACCTTCCAAAAGAAAAACATGTCTGATATGCAGCAAGCTAATCCGTATTAATCAAAATTTTGTTTTTTGTGACAGTTGCCACTCAAACTCACACTTGAATTGTCTAAAGAATACCCATCTAAGCCTTAATGCAAATAATATTAAAAAGAATATTTATANTTCACATTGCAACTGGCTGTGCAACACCTGCTCTTCTGAGTCACACCTGCCTTTTCATGAGATTTCCGACTCTGAACTTTCGCTTCTACTTTCCCCTTCTACTACTGCCCAAATCAATCTTGACCCAAGTAAATTAAATTCTTTTTTTAATTACCTAGATGACGATGTGTTAGATAAAGAAGGTAATGAGGAAACTACCATTGGGTGCCCGGAGCTATATATAACATCAAATCAATGTAAACCCCATATGTTTGAAAGTGAACAAAATTTTTCCACCCTGAGTTTGAATATTAGATCTTTGGCAAATCCTCATAACTTTAGCAAACTGGAAGCTTTAGTATTATCTCTTAAATTCAAACCTGAAGTTATTGCAATAACTGAAACATGGATAGTTGGAAACCAAACAGGGCAATATTCAAATTTACCCGGTTATGTTTTCGTTAGCAACAGCCGGACTGAACACAGGGGTGGTGGAGTTGGAATGTACATCAGATCTGACCTAGATTTTCATGTTAAAGAATGCCTATCAGTTATGGAGGAGAGGGTTTTTGAGTCCCTTTTTGTAACTTTTCCTAATTTACTACCCCAGCCTACACCTAATTCAAAATCATCCTTAATCTGTGGTGTTATTTATCGGCCACCTAGATCGGACTCTGAATCAAATTCCTTCTTCCTAGAAAATTTATTAAAGTTGCTTGAAAAAATTGAAACAAGACACTCACAATGCATCATAGTNGGTGACTTCAATTATGACCTTCTNATTGGAAATAACAACCATATCAACAATTTTAAAGATGCAATGCATGAAAATTGTTACCAGTCCATTATAAATAAACCGACCCGGATTACGGACTCAGGTGCAACTGCAATTGACCATATTTGGACAACTATTGACAGTTCATTCATAAGAGCTGGCATATTAACAGACAGTATATCTGATCATCTACCTGTCATAATGGCCTTAAACACTAAAACAGATAATAAATCCAGTATAATACAATCAAAATCAAGAATATTTAGTCAAAGTAATATGTCCCACTTTAATACTGCCATCCAAACTATGGAATTGGATTCAATTTATTATGAGTCAGATCCAAATATTGCTTATTCGAAATTAATGACTTTGTATAATACTAAATTTGACAGTAGTTTTCCCTTGGTTAAAATTACCAGTGATAAATCCAACACTTGGTTTAGTGAAGACATCCAGAAACTGAACAAAATTAAACAGAAACTTCACAAAAAATTCATTCAAAAACAAACCGAAGACTCCAAATTAAAATATCATTCTGCAAGAAATATTTACAATCGAAAAATCCTGGAGTCAAAAAAAGCTCATTACAGAAAACTTTTTGATTTTAATAAAAAAAATATGAAAGCCACTTGGAGATCCATAAACAATTTACTTGGTAGACTTAAATCCAAGAACCCAAGGTCATTTTTTGTAGATGGTGTTCGCACAAGTGATCCAAAGTGCATTGCCAACCACTTTAATAATTATTTTTCAAATGTTGCATCTGGGTTGGTAAAACAAATTCCAAAATCCMYCTGTCATCACACCGACTATCTGGGAACTCAGTCACCCTCCTCCATGTTTTTATTCCCCACCAGTCCATCTGAAATTAAAACTATTATCAAAGATCTAAAATCCAAATCAAGCAGCGGTATGGACCAAATCCCAACAAAGCTAATTAAATCAACCCCTGAAAACATTTTGCTAGCTCTATCCCATATCTTCAACCTTTCTATACAATCTGGAGAATATATCAATGCCTTTAAAATTGCTAAGGTTATTCCAATTTTTAAAAAAGGCAAGCCTACCTTAATAAATAACTACAGGCCAATAAGTATATTACCTTCATTTTCAAAGGTACTCGAAAAAATAATCTACAATAGGACTAGTGCTTTTCTAACACGAAATTGTTTTTTTAACAATCAACAATTTGGATTTAGAAAAGGGCACTCAACCAGCGATGCTTGTAATGTGTTGGTTAACATTGTAAATGAACAATTAGAAAAAAAGAAATCAGTTATTGGTGTTTTTCTTGACCTTTCCAAAGCCTTCGATACAATTGACCATGGAATCTTACTTAGTAAAATGTCCCATATCGGTATCCGAGGTGTTGCACTTGATTGGTTCGGCAGTTACCTGTCCGATCGCAAACAGATAGTAGACTTTAATGGAGTTTTATCATCCCACATGAACCCTGTGAAACTTGGTGTGCCTCAAGGATCAATCCTTGGGCCATTATTATTTCTTATATATATAAATGACCTTCCAAATTGCCTTAAGCACAGCCAAACCATAATGTTTGCTGATGACACCAGTATTTTTACACCTGGTGTTAATCAATCTGTAATTTATAAAAATGTTAATGATGACTTAGGTAGAGTATCTTCCTGGCTCTGTACAAACAAATTAATTTTGAACATTGATAAAACCAAGTATATGTACTTTTCCAACTCTACCAAACCAGTGCCACAACCTCCCCCCATAGTGATAAACAATTATCCAATTGAAAAAGTTCATTCTTTTAAATTCCTGGGATTGACTATTAATGAACACTTGTCTTGGAAACCCCACATGCTAACACTGATTAAAAAATTAAACACCAATATGCTCATGATACGTAAAATTAAACACTTAATTGACCGCCCATCACTGATTACATTATATCACTCACTGATTGTTAGTCATATCACATACTGCATTTCCACCTGGTGTTATGGTAACAATCAATTACTAAATAAACTTCAACGTATATGTAATAAATATATACGAATGATATTTAACCTTGGAAAACAGGAAAACACAGTAAGAATTATGCAACAACATAGTTTTTTAACTATACATGACATGCACAAGCTTGAAATATTATCTATTATGCACAAATGTAAACACCACAATGTACCCCCTTCTATTTTACAGTGTATTAAGTTAAAACCAATGACATCAGGCATGTCGACCAGACAAAAATCCCGATTTATAATTCCATACTGCAGTAAAACCACCACCCAGCAATCCATAAAATATATTGGCCCCAAACTCTGGCACCAACTTCCCACTAGTATNCGTGATATTAAGTCATTTAACAAATTTATTAAAGTAGTAAAACAACACCTCTTGGATGATCCTCACCCTCTTCCTTAACCATTGTTAATTTATTTAATATCATATGATTTTCAAACCCTCCCTTATAATGGCCCACTTTTACAATTCCTTGTATCTCAGTAAAAATAATTCTTGGTTAACATACATAATCTTATCTATATCTAAGCTTATTCTTATAATATCCGAACCCATTCTTAAATTCCCTCTTACTATCACACCACTAGTATATTTTACCTTTTGTTCTACCACTCTTTTCTAACTCTTTCATGTTTTGATTTGTTTTATTCTTTGTTGTATCACCTCAATCTTTTAATGTAACACCTGCAATAGATGTTATTTTTTTATTTTTATTTTTTAATACACCACTTTATTTTTGTCCACATGATTACTCACCAATTCGTTCCACCATATTACACCGCAGGCTGTAACTGTTACATGGTAAGCCGATGGCAATANTATTTTGAAGTGGATTTTTTGTTGATGTTTAAATTTAGCCGGCCCTAACAGTTACCTTGTATTTAGAATGCTCCACATCCAACCACCACTAATGTAGCGCACTAGCTCACCTGCACCCGCATGTATCACTTACAAGTAAAACCCTTTTTCTTTCTCTTTCTTTTACTATTGTTTTATTTAAGAACCCTACTGTCCAGATTTTCTATTTTTCAGAGCATTGGGAGATCTAGTGACGGCAGGAGGCTCTTCTGTTGTTGTGGCGTCACTATAAATCATCATCTCAAGAATTTATTTTTCCGGAACTTGCTGCATAGTTTATTCATTTTTCATTTTTATTTAATATTAGTTTTGTCAGTTAGGCAGTCTTTGCCTACTTATTGTTTGTACTATGCATAATTGTTATGCATACTTAAAGTGCAATATTGTTTTGCACAATAATGTTTTTTCTAATTAATTTTAATTATTTATTTATGTATTTNATTTTTAATTAATATACTTTTAAATGCCTTGGTAAGTGTTGCACTTGAAACTTTTCAGTGGAATTTCATTTTTGGGGTTTTTCTTTTTCCACTGCGGCCCACACTTTCCGGGCCACCCCTTCTCCTAAAGCCGACTCCCCCATTGCACGGGTCGCTTTACCGCACACTTTTCTTCGAGGCTTAGTGCAATTTTTATTTTATAAACAATTAATTAATTATTTTTAATATTTTTTTTATTTTTTTTAATTGGGTTTAGCGGCCACGTCAAATTATACAGAATTTTAATAGTTTATTTCTTTTTTTTAGACGTGTTCTAACGACTGTCGTTTTGCCGTTTTTTCCCGTTTTCCAAATTTTTACCGATAGTCCCGCTTCGTGTTTTCATCGTGGAAACAAAAAATAAACTAAACTAAACTAAACTAAA
>L2-1d_3UTR_Cis#LINE/L2 Ci000002 3' UTR of L2; 85-90% similar to that of L2-1c. Copies <2% diverged. 
TTCTTAGGTTAATATACATAATCCTATCCTTATCTAAAACCTATTCTTATAATACCCAAACCCATCCTAAATTTCCCTTTCACTATCACATCACCAGTATCATTTATCTGTTTCTCTACCACTCCTTTCTAACTCCTTTATGTTTTGATTTGTCTTATTTTTGTGGTCCTTGTTTTATCACCTTTATCATTTAATATAACACCTACAATATGTTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATACACCACTTTATCTTTGACCACGCGATTACTCACCAATCTGTTTCACCATTTTATATGACACAGCAGGTTGTAACTGTTACATGGTGAGCCGATGGCAATTATTTTAAAGTGGATTTTTGTTGATGTTTAAATTTAGCCGGCCCTAACAGTTACCTTGTATTTAGAATGCTCCACATCCAACCACCACTAANGTAGCGCACTAGCTCACCTGCACCCGCATGTATCACTTACAAGTAAAACTCTCTTTTTTTTCTCTCTTTCTATATTTTTGTTTTATTTAAGAACCCTACTGTCCCGAAATCCTCTTTTTTCAGAGCACCAGGAGATCAAATGAATGCAGGAGGTTGATTTTTCTGTTGGCGGGCGTCACTGAAAATCATCCTCTAAAAAATTATTCTAATCCGGAACTTGCTGCATAGTTTATTCATTTTTCATTTTTATTTATTGTTAGTTTTGTTAGTTAGGCAGTTGTTGCCTACTTATTGTTAGTTCTATGCATTACTGTTATGCATATCTAATGTAAAGTGCAATATTGTTTTGCACAAAAAAATGTTTTTTTTTTTAATTAATTTTAATTATTTATAAAGTGCAATATTGTTTTGCAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTTTTCTAATTAATTGTAATTAATTATTTATTTATATATTTTTATTTTTACTTAATATACTTTTAAATGCCTTGGTAAGTGTTGCACTTGAAACTTTTTAGTGGAATTTCATTTTTGGGGTTTTTCTTTTTCCACTGTGGCCCCTACTTTCCGGGCCACCCCTTCTCCTAAAGATGACTCCCCCATTGCACGGGTCTCTTTACCGCACACTTTTCTTCGAGGCTTAGTGTTATCTTATTTATTCATTTTATTTATTTTTTTTTATTTGGGTTTAGCGGCCACGTCTAATTTTACCGGATTTTAATAATTTATTGCTTGTTTTTTAGACGTGTTCTAACGACTGTCGTTTTGCCGTTTTTTCCCGTTTTCCAATTTTTTTCAAAAATCCTGATTTATGTTTTCATCGTGGAAACAAAAAATAAACTAAACTAAACTAAACTAAA
>L2-2_Cis#LINE/L2 Ci000222 two ORFs (66-932, 955-4173) < 1% diverged copies.
ATTCTATTTGAATAAGGTCTTAGATTAAGAAAAAGTACTATTTGAATAAGTTGATAATATTTGAATAAGTACAACTTAAATAAGCCTTGCAAAAAAATCATGTCGCCAGCAACACCAAAAAAGCCTGCTGCCACAACAACACTCATTGCCAAAATGGATAATGTTCTTGAGCAAGTTTGTGCAAACAAGCAAGAGCTAAATTCTAAGTTGAATGCTGTCCTCACTGAGCTGCAGGACATCAAACAAAGCCAAGCATTTCTCTCTAAAAAATATGATGCTCTATTGAATCAAAGTAATAAAACAAATGAGGAAATGAAGAATATGAAGTTGGAAAATGCAACCCTAAAAAATGATATAGAAGAAATGAAAAATGAAGTAAAATTATGTAAAAAATCAATTAACGCACTAGAGCAATATGGAAGAAGGGATTGTTTAGAAATAAAAGGAGTCCAATACAATGATCAGGAAAATACTGATGAAATTGTTATCGCTGTAGCGAAAAGTATCGGGGTTAACATCACAAGATCAGACATCAGCATTTCACATAGACTTGGACCATTTCGAACTGCTACCAAAAACAATCAGCCAACAACCATCATTGCAAAGTTTACTAGTAGAAAATCCCGTGATAACGTATACAACAATAGATCAAAACTTCACAAACCATACACTCCTGGATCCCAACAATCTCGGATATATATAAATGAAAGTCTCACAAAGGAAAACCGAAGATTATTCAATAACTGTCTCCAATTCAAAAAAAGCAACAACTACAAATTTTTATGGACAAGGAATGGAGTAATTTTATTGAAGCGGGATGATGCAAGCAAAACAATCACCATTACAGATGAAGAAGACCTTCAAAGAAATGAAATTCCAATCAACATAACCAGTAATCATCCAGTAACAAGTAATATTGTTTAATTAAATTATTAAAACTCTCTAATATAGTATTTACAAAATAATGGCTGATAAAATAATTTCCCAACAGTGTCTGATGTGTCAGGAGTGTTGCACTGACAATCAAGACAGTATATGCTGTGACCAATGCAATAATTGGATGCACTTATCATGCACTTCCTTAACAAAATCCCAATTTGAGTCACTTGGTTGTTCCCAAGATCCATATTTTTGTTCTTTATGTTTTCATAATACCCAATCTCAAAATGTAAGTCCAAACAATAATGTTAATAAGTCATTCAGTGAAAGTAATTCATTACATGCATGCGAAGATGATGATGATAATTTAAGTTTTAATGGCAATAGCTTATATTATGGACAAGATAGGTTGAATGGTTTAATGATGTCTTGTGCTTCACATGTATCTATTTTTCACTTTAATATCCGTAGTCTAGCAAAAAATAAGTATAGGATTGAAGAGTTTATTACATCATTGCCTACTTTGCCATATTTTATTGGGATCACAGAAACTAAGATAAGTAAATTATCTTTAAATAACTATGAAATAGACCAATATAATTTTATTCATAATGACTCTTTAACACATGCTGGGGGTGTAGGACTTTATATCAGAAATGATATTTCATATTTGATAAGATCTGATCTAGAACTTGAAATAGATCATTGTGAATCACTGTGGATAGAAGTTAAAATAAAGAAAATATCATCTCTAATAATTGGGGTTATATATAGACATCCATGTTATAATTTTCAAAATTTCCAGAATAAATTGTGTGAAACCCTATCATCCACTAAAGTAATTAACAAGGATTATCTCTTATGTGGAGATTTTAACATTAATTTGCTTAGCTCAAATAGACAGGAAAGTGTTGCAAACTTTGAACAGAGTTTAAAAAGCATTGGTTGCACTAATATAATTACTCAAGCCACTAGATTTTCATACAACTCAATTCCCTCACTTTTAGATCATATATATACCAATATTTTAACGGAACTAACAGGGGGAATTTGTTTATTTGATGCATCTGACCACTTACCTACATTTTGTATTATATATGGCATACAAATTTCTTACACAAATTCTAGTAAGTATGTTAAAATTAGGTGTATGAAAAATTTTGTAGTTGAGCAATTTTTAAATGAGTTGCAAAATATTATGTCAGTTGCCACTTCTGAAAAAAATAATACAGTTGATTTCTTATTTGAGAGGTTTGTTAATAATTTCCAATATGTACTAAATAAGCATGCCCCATTGTGTAACCTTAGCCGAAAACAGAAAAAAAACCTGTATAAACCATGGATTACAAAAGGAATACTAAAATCTATAAAACATAAAAATTGCTTATTTAGAGCATGTTATAAACATAATGACATTGAACAGATATTGTATTATAAAAAATACACAAATCACTTAACTCGTATTCGCAAATTGTCCAAGCAGCAATATTATTTTAATATATTTCATGAAAATAGATACAATCCTGGTAAAACATGGAAAACTATTAATGAGATAATTGCTCATCGTAATGTAAGCAAACATAGTATATCCGAAATATTATTGGATAATGGTACAAAAACGGACGAACCAGAAAAAGTGTGTGAAGTCTTAAATAATCATTTTGCAAGTATTGGCAAAACAATGGCATCTACAATCTCAGATCCGTCGGTGAAATTTTCATCCTTTGTGCACTCAAGTGTGCATTCTTTTTATTTGGAACCCACTACTTCTGAAGAAGTATCACAATGCATTAGTAATTTAAAGATAAATAACTCTTGTGGTCCTGATAATATATCTTCAAAATTTGTAAAAATGGCTAATAGTATTATATCACCCATCTTGGCTGAATTGTTCAACAAAAGTATGGATCAGGGAGCCTATCCTAAATGCCTCAAAATATCTCAAATCATACCAATTCCGAAGTGTCGCTCTCCAAAAACTGTAAATGATTATAGACCAATATCTTTATTGCCAACCTTCTCCAAAATATTTGAAAAAATAATCCATTTTAGATTATATTACTACTTTAACAAGTATGATCTATTGACACCATGTCAGTACGGCTTTCGTACAAATCATTCCACTGAACTTGCAGTGACCTCTATACACGAACAAATGCTTTCTAATTTAGATTCAGGAAAAATAACATGCTCTATATTCCTGGATCTACAAAAAGCTTTTGATACAATTGATCATTCCATACTATTGCAAAAATTATTTTTATATGGTATTAGGGGAGTCCAGAATGATTTGTTTAAGTCGTACTTAAGTGGTCGTCTACAGTGCACCACTGTTGGCAACATCAGATCACTGTATAAATCTGTAGATTGTGGTGTACCGCAAGGTTCAGTATTGGGCCCACTGCTCTTTTCTATATATGTGAATGATCTACCTACCTCTTCTAATTTTCAAACTACTTTATTTGCTGATGACACCAATCTACATATGTGTGATTTTTCATTTTCTAACTTGCAATATAGAGTAAACTTAGAAGTTAATAAGGTTGATGTGTGGCTGAGGGCAAATAGGTTATCGTTAAATCACAGTAAAACTGTTTTTATGCTGATACATAATCATAAAAACAATTATCAATTTAATGTAGTAATAAATAAGAAACCTGTCCAACAAACCAATAATATTCGTTATCTTGGTGTTATACTGGATCATAAGCTAAAATGGAATATGCATATTATGAATCTTCGAGACAAATTGTCTAGAGTTTGTGGTGTTTTCTGTAAACTAAGAAGGTATGTAAAACAAAATACTCTCAGATGTGTATATTTCTCTTTATTTCATAGTCATTTGCAATACTCAATTATTAATTGGGGAAGGGCTAACACATCAGCAATTCATCCATTAGAAATGTTGCAAAACAGAGCTCTTCGACATATTTTATTTCGATCCAACAGAGATCATGCTTCTCCCTTATATAATGAATTAAAAATTATGAAAATNCACGATATTTTTATTCATGAAATTGGAAAATTTGTGTACAAATTTTCAAACAAAAGCTTACCAAGTTATTTCAATCATTTTTTCACGCCACTTGATGCCATGCATAAACATGCCACTAGACAAAAGGATATTGGTACATTTTATCATCCGAGAGTGCGTACCAATTATGGAAAAAGTATGCTACAATATCTTGGACCATGTGTGTGGGGTGAAATACCGAATGACTACAAGTGCATGTCATTTAACTTATTTAAACTTCGCTTCAAGCAATATTTAATTCAAATGTATTAATTACGGACAATGCAATAGTCTCAATTGTTACACTATCTGTCAATCAACCTCTTTATAACTTTATATTTTGTTTCACTGTAACTTGTTTACTGCAAAGTACTATAAAATGATACGTTTATTAAAGGTTTTGGCCTGTGCAGCATTGTATTTCGTTATTTTTTTTTATATTTATTTTTTTTATTTATCTAAATAAACACAAAGGGTGCAGCTGACTCGGTGACTTTTTGGTCTTTCGCTGCATCCTTTGCTGTACATTACTGTGCATTACTGTATATATTGTTGTCGTTTGTAAAAATGTGATGTCAGCATAAATTAAATAAATTGAATTGAATTGAATG
>L2-3_Cis#LINE/L2 Ci000651 Ci000556 Ci000421 ORF1 (pos 36-896) 27% id/47% similar to those in other L2_Cis elements and more distantly to the ORF1 product of mammalian L1 elements. The ORF2 product is 37% identical (54% similar) to that of L2-2 and 42% similar to the mammalian L2 pol protein. 
GATTCTATTTGAATAAGATTTCAGATTTCACGCTGATGTTAAATTTAATGAATAAGATTGATCTTAGTAAAAAAATGAATAATAATACTGCTGGTAACTCGGGCAAAGAGAAGACTGGCAAACGATCAACTAGTGCTTTGACAAGCAGTGTGGAACTCGTTCTGCTTGAAAAACTGAACGATTTCCAACAATCAAGTGAAGCGAGATTTCTCACTGTAATAAACGATCTTCAAGAAATAAAAGCCAGTCAACAGTTTTTGGAAGCCAGATATGAAGAAATAAAAATCGAAATTTCTGACCATAATAAACAGCTAAAAAAGCTGAAAAATGAAAATGGAAATTTAAAAGAACGAATAAGAGAACTGGAAAACAAGTCTCTTGAAAATTCCAATACGATTGATGCACTGGAACAATATGGAAGACGTGAATGCTTAGAGTTTCATGGGATAAGTTCACATGCTGATGAGTCAACTGATGATCTGGTAGTTGCCACTGTAAGGAAACTTGGCTTGTCCATCAACAAGAGTGAAATAAGTGTCTCTCATAGATTGGCTAAGCCATCACATGACCGACCACGACCACCTATCATTGCAAAATTTNTAAGTCGGAAGGTACGAGACAACATATATGGTAACCGGTCCAAACTAAGACAAGTCAATGAAAATTTACCCACCGGCCAAGCAAGAATATATATTAATGAAAGCCTAACCAAGAGTAACAAAGACAGATTCATGAAATGTAGAACATACTGTAAAGCAAACAAAATAAGATACATCTGGACAAGAAATGGAACAACCTTCATAAAAGAAGATGATGGGAGCTCAACGATTTGTATCAAAAGTGACAAAGACCTGCAACATCTATTAAAACAAGTACCACTACTAAAAACAACTTAAAAGTTATATAAGTATTGTTCTGCTCTGTGTAACTTATACTTTAAATGACTGTAAAATATCCGTGTAGAATATGTAACTTACCTTGTAAATCCAACCAGAATAGTATTGCATGTGATATTTGCAATTACTGGCTACATGCAAAATGTTTAAATATTAATGAGCATGATCTTGCCAATTTTGCCACTGATCAGCTTCCATACTTTTGTCCGGTTTGCATGGAGGAAAATGTACCTTTTCAAGCCATAGCTCAGAATACATTTATTGAAACTATATCAAGTCATGCAATGCACAGTGACTATTTCCAGTGCATTAAAAATGACATTAGAAATTCTTATGTAGAAAATGAAACCATTGAATCGATAAGTAGTAGTGAATATTACACAGTTGATAAGATGACTGAATTGAATCGAAATAATGACTTTTGTATTATTCATGTAAATGTAAGGAGTTTACAAAAAAATTATGATAAATTGTATCAATGTTTGCTTGAAGCATCCATTCTTCCTGATGTAATTGCTGTAACTGAGACTAAAATAAGACATTCCATGAGTAATGGCATGTTAAATATTAATATACCTGGGTATAATTTTGAACATGCGGATACACCAACCTTCGCTGGAGGTGTTGGTTTATATATTAAACAAAGTTTGTCATACACTATGTTAGATACAACTATGTGTATTGCCCCTGAACAATGTGAACACCTGTGTATTAAGGTTAGAAACATGGATAAATCTTGCATAGTTGGTGTGTTCTATAGACACCCTTCAGCTATTTTTAGCTTGTTTCAAACTAGTTTAAGCAATTTAATAGATTTTCTTAATCCCTCAAAATGTAATTTATATTTATGTGGTGACTTCAATATAGATCTGATTAAATGCTCTACTAACCATAATATCAACAATTACTATAATACATTATGCAGTTGTGCCTGTAAATCATTAATCACTAATCCTACAAGAGTAACACCCCATAGTGCTACACTTATAGATCACATATATACAAATGATTACAAGCATGAGATTATTAGTGGAATTTTAATTACTGATATAAGCGACCACTTTCCAACTTTTATTATTATAAAATCAAAAAATCAACATGTTAAACCTAGTAAACAATATTTTAGGAACATGTCCAATTTTAATGAAGAAAACTTTTTGGATGAGTTACACAACAAGTTGTCTCGGGAATTCCCCCAGAACTTGCTAAACATTGATGGTCCATCAGTAAATACAATTATGGCATCTCTTCTCTGTGAACTGGAGGAGTTAATTAACAAACATGCCCCTTTAAGACCAGTATCCAACCGAATTCTAAAGCTAAAAAAGAAACCCTGGTTAACTAAGGGGTTACTAAAAAGCATAAAAATTAAAAATCATATGTACCACAAAATAATGCGAATGAGAAAACTTAACCTAGGTTCAGAGCATGACTTTTCCCAGTATAAAGTTTATCGAAACAAACTAAATCATCTTATTGCATCAGCTAAACTTATGTATTATAGAAATCGTCTTCATCTTTACAATAAAAATACTGCTAAACAATGGGAAACAATCAGGGAATTAGTCACCTTTAAAAGTAAACGTAAATGTGGCCCTTCTGTAATAATTGGTGAAAATAATGAGATAATAAGCGATTCATTTCAAATTAGTAATAAGTTTAATAATTTTTTTAGTACAATCGGTTCAGCTATGGCCTCCTCCATACCGAAATCAAACTGCCCTCCCCAACAGCACATGAAATGGGCAAGTTCTTCATTATTTTTATATCCAATAGTACCTGATGAAATACATAACCTGATAAGTAATCTAGACTGTAAAAAGGCAGTAAAACAAAGTGATATTCCCACTAAATTCATAAAGCTGTCTGCCAGTGTACTATCCCCAATACTTGCAGATATATTTAATAGCTGCATACAGACAGGTACTTTTCCTGATGTTCTTAAAATAGCAGAAGTTATACCAATTCATAAAACTGGTGCAACTGATAGATGTACAAATTATCGACCTATCTCGCTATTATCCCAATTTTCTAAACTATTCGAAAGGTTGCTATATAATCGGTTATATGATTATCTAATTAAATTTAATCTACTTTCCCCACATCAATACGGCTTTCGTGAGCAATGCTCTACTGCAAATGCTGTCTGTGATGTTTATAATCAACTTCTGTTAAACTCTGAAAATAAATTTTATAGCTGCTGCGTGTTTTTAGATTTATCAAAGGCTTTTGATACGGTGGACCACCAAATACTGTTAGGGAAACTAAATTATTTTTATGGTGTAAGAGGTACACCCCTGCTTTTATTTAAAAACTATTTAATAAATAGGTACCAATATACCTATGTCAACACAGTGAAATCTGAATCAAGTATGATTACATGTGGTGTTCCACAGGGATCAATTTTAGGTCCATTATTATTCCTTCTCTATATTAATGACTTGCCTTGTGCTTCCAACTTTAAAACTAAACTATATGCTGATGATACTGTGTTATTTTTAAAAGATAAAAGTTTGAATGAACTTGAAACCAAAACAAACAACGAACTACTAAAGGTAACTGAATGGTTGCATTATAATAGACTATCCTTAAACCATTCAAAAACTAACTATATGATAATAAACCCATTCAAATATTGTTCAACTACTGATTTTAAAGTGGTGTTGGACGGAACCAACTTAAAGCGTGTTAATTCGGTAAAATATTTGGGAGTATATATAGATGATAAGCTTAACTGGAATGAACAAATAAAATGTTTAGAAAAAAGAATATCTAAATATTGCGGAATTTTTTACAAGATCAGACGTTATCTAGACATTCGTACTTTGCGCCTGTTATATTTTAGCTTCATTCACTCACATTTGCAATATGCTATAATATGCTGGGGTGCAGCAAACAAAACAGTTTTAAAACCACTTAATGTATTGCATAATAAGATTATAAGAATAATTACGTCCAGTCAACGTAGTTGTTCGGTTACTCCACTCTATCAGAAGCTTTACCTACTAAAGTTAAATGACATCTATGACTTAGAAGTTGGTAAATTTATGCATAAATTGTTTAATAATACTTTACCTCAACCCTTACAATTATTGTTTAAAAAAATAAACACTGTGCATTGTTATGATACTCGTCAAACTAAAACTACAGTATATTTCCACCCCTCGTTTACTACTAACTTTGGAACCAAAACGATTCTGCATAATGGGATTAAGGTGTGGAAGCTGATCAGTGAATCCCTTAAACATGCCTCCTATTCCGTGTTTTGTAAACAACTTAAAGTGCAATTAATTAGTAATTATATTTAGGTTTAGTATACGGTACATCATACACTCAGTTAATATGTAATTATTTATTCGGAGTAATATTAATATTTGCATTTGATAAATACATTTACTTTGTAATTGTGACCTGTAATTACACCCCATAAGTTTAAGATTAAAATACCCTTATTTGTATTTATTATTTACTTACTTCACTGTGTATAATATGTAACAGTTTATTAATCATTTAATATAAATCTCTGAATTGTTAGCCCCTACTGTTGCAGTTATGTCACAAGTTATATTGTATTGTATTGCGTGAGAGTGTAGGCTATTATTTGACTTCCGTTCTATATAACTGGAGTATTGTTCATAACAAAGTTAAACTATTTTATTGCTTAAGCATCTGTATGAAATTGACTTCCGTTCTATATAACTGTAGTACTGTTTATAGCAAAGTTAAACTATTTTAATGGTTCTATATGAAAGCGTGTAAATTATTTTATATAATATGTAACAGCTTTAATCTTTTAATATAAATCCTTCTGAATTGCTAATCCCAACTGTTACAGTTATGTTACAAGTTAACCCTTATTTAATCAGATAATTATATATACATTTTTTTTTTATTTATTTATTTATTTTTTTTTTTTCACAGGGAGGCGCCAAACTAGATAACTTTTAGTTTTTTTTGGTGCCTTCCTGTTTTGCTGTAGTATTTTTTATTTCTTTGGTTAATTATTGGAATTTTAGTTAACGCCATATTTGTTTTGGTATACATATGTATATGACATGTATTTTTAAATTGTTGGTTATAAACGCTGCAGCGAAAGAAACAAAAATAAAAATTGTATTGTATTGTATTGTATTGTATTG
>L2-3b_Cis#LINE/L2 Ci000420 A non-autonomous L2-3 derivative that appears to have maintained a GAG protein (ORF from pos 57-905) (most of ORF2 is deleted). In this way L2-3b resembles the HAL1 elements in ancient mammals. Many other variations and subfamilies of L2-3_Cis seem present in the C savigny genome.
TTCATTCTATTTGAATAAGGTGTTAAGTTTAATTGATATTAAATTTAATGAATTAAATTGATCTTAATAAAAAAATGCATAAAAATACTGGTGCTAAATTGGGCAAAGAGAAGACTGGCAAACCAAATGAGTTGTCATTTTTTGCTGAGTTGGWAGAAAAACTGGATAATTTAACCGCTGATCTTAAACTCGGCCAACAATCAAGTGAAGCGAAATTTCTCACCGTAATAAACGAACTTCAAGAAATAAAAGCTGGTCAAAACTTTTTGACAGCCAGATTAGAAGAAATCAAAATAGAAATTTCTGAACATGACAAACACCTAAAAAAGCTGAAAAATGAAAATGGAATTTTAAAAGAACGAATAAAAGAACTGGAAAACAAGTCTGTTGAAAACTCCAATACAATTGATGCATTAGAACAATATGGAAGACGTGAATGCTTAGAGTTTCATGGGATAAGTTCACATGCTGATGAGTCAACTGATGATCTGGTAGTCGCCACTGTAAGGAAACTTGGCTTGCCCATCAACAAGAATGACATAAGTGTCTCTCATAGACTGGCTAAGCCATCACATGACCGACCACGACCACCTATCATTGCAAAATTTTTAAGTCGGAAGATACGAGACAACATATATGGTAGTCGGTCCAAACTAAGGCAAGTCAATGAAAATTTACCCACCGGCCAAGCAAGAATATATATTAATGAAAGCCTAACCAAGAGTAACAAAGACAGATTCATAAAATGTAGAACATACTGTAAAGCAAACAAAATAAGATACATCTGGACAAGAAATGGAACAACCTTTATAAAAGAAAATGATGGGAGCTCAACATTTAGTATCAAAAATGACAANGACCTGCAACATCTGCTTAAACAACTACCACTACTAAAAACAACTTAAAAGTTTATTAGTATTGTTTTGCTTAATGTAATTTATACTTTAAATGACTGTAAAATATTCATGTAGAATAAGTAACTTACCTTGTAAATCCAACCAGAATAGTATTGCATGTGATATTTGCAATTACTGGCTCCATGTAAAATGTTTAAATATTAATAAGCATGATCTTGCCAATTTTGCCACTGATCAGCTTCCATACTTTTGTCTAATTTGCATGGGGGAAAGTCCACCCCTTGTTTACTACTAACTTTGGGCATAATGAGATTAAGGTGTGGAAGCTGATCAATGATTCCCTTTAACATGCCTCCTACTCCTTGTTTTGTAAAAAAAAGTGCAATTAATAAGTAATTGTATTTAGGTTTAGTATGCGGTACATCATACACTCAGTTAATATTTATTTATTCGGAGTATTATTCACAATCTTAATATTTGCTCTTCATACAGTGGTATTCATTAAATGGCCATAACAAGTAATTGTATATATGGCATAGCATTGCAAATTCAGTGCACCCCATAAGATTGTTAGGTCACAAGTTATATTGTACTGTATTGCGTGAGAATGAGATGTAGGCTATTGTTCTGACTTCCGTTCTATATAACTGTACTACTGTTTGCAACAAAAAAACTATTTTAATGCTTATATGTAACAGTTTATTAATCATTTAATATAAATCATTCTGAATTGTCAATCCCTACTGTTACAATTATGGTACAAGTCAAATCTTTTTTAATTATATATATATATATATATATAATATATATTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAGGGAGGCGCCAAACTAGATAACTTTTGGGTTTTTTTTGGTGCCTTCCTGTTTTGCTGTAGTTTTTTGCCAATTGCCACAGTATCTTTTATTTTTTTTTTATTGTCAACTGTTGATTTGTAAATTGTTGGTGGTAAACGCTGCAGCGAAAGAAACAAAAATAAAAATTGWATTGWATTGWATTG
>L2-4_Cis#LINE/L2 Ci000278, Ci000009 Multiple related subfamilies. ORF1 pos 100-792, ORF2 pos 892-4206. 75% similar to L2-1 at DNA level, 65% identical (79% similar) at protein level. Copies are <3% diverged from consensus.
ATCATTCTATTTGAATAAGGTTGATGCTGCTAGAGTAAGGATTTTTATAACTTGGCTTAACTTGAATATTATTGTGTACGGTACCTGAATCGGAAAAAGAAATGGAAGCAACTATGTTGGGAAAACTAGCTGCAATGGAAGAGGCAATGAAAAACATACAAGGCAAGCAAGAGATAATAGAAGCTAAGCTTGATAATAAAAGCCCCGATACTGCCCCTGTGTCTTCTATTTCAGATTCTACGGTGACCGCGAGGGAGGTTGCTGAGATGAGGTCTTCCTTGAACGGTCTTGAGGCGTCCATGAAAGAGCTAAGGGCCATGCTTCAAAGAACGGATGAGCGAATAGACGACTTGGAGCAGTACGGACGGAGAAACTGCCTAGTACTACATGGGTGCCAGGACATCCCAAAAGATCATAGATTTCTAGGTTACGTATTAGCGATTTTTAACAAGCTTCCCCTGCCCTTTCCTGTCTCCCCAGCTCAGATTGACATTGCACACGTGCTGCCAACGAAGAATGGACGGACTCCGATCATCGTGAAGTTCGTCCACAGAATCGTTCGAAACCAAATCTTCGCTGCCAAACGACATCTTAAAGGAACGAAGATGGCAATCACGGAGTCACTGACAGCGAGACGACTCCGCATCATGGAGAAAGCCAAAGAGGCCTTTGGCTTTCGAATGGTGTGGACCATCAACGGAGTCATAAACGCAATGGTCAACGACAAAAGGCAAGTTATTAACAGACTANCTGACATTACTGCCCTTCTTGCTCGCAATTCCTCTTCCACCTAGGTATTAATACTATAGTATACTGACAAATATCCCAACCCTATTGGTACCATGTGCAAATTAGTTTGTACATAGCATTTGGCCAGTTACCTTACCCACTCTATGTCAACCCCCAAAAGATGTTTTTGTCAGAGCTGCAGCAAGCTCATCCGAATAAATCAAAATTTTATTAAGTGTGACAATTGTAAGTCTAATTATCATTATAAATGTCTAACCGATGTCTCCAATTACTCACATATATCAGTAAATAATATTAAAAAGCAATTAGCCCCATCCATCTCAAATTGGCTTTGTGACCACTGCTCTTTTGAACACTGTCTCCCATTCTCAACGATTTCTGACACTGAACTTTCTCTTTTACTTACTTCCACCTCTTCTTATGGAAATTTGGACCCAAATAAGCTAAATTTATTTTTTAATGATTTAGATTATGACATATTAAATGATGGGGATGAGGTGACTTCTGTTAGGTGCCCGGAGCTGTATATTACCTCTGAAGAATGTAAATCACATTTATTTACAAACCACCAAGGTTTTTCTACCTTAAGTCTAAATATTAGATCATTGACAAATCCAAATAATTTTAATAAACTGGAAGCACTGGTTTCTTCTCTCAAATTTAAACCAGAGGTAATTGCTATTACGGAAACTTGGATAGTTGCAAACCAAACTGGTCATTATTCTTCCCTTCCTGGTTATGTATTTCTNAGTAACAGTCGGTCAAAGAGCAGGGGTGGTGGGGTTGGATTGTATATTAGATCTGACCTGAATTTTCAAGTAATGGATTGCCTTACTGTAATGGAGGAGCGGATTTTTGAGTCCCTTTTTGTTGTCTTTCCTGACATATTTCCCCAGCACTCAACCAAATTAAAATCATCCTTAACTTATGGTGTCATTTACCGATCTCCTAAATTGGACTCTGAATCAAATGCTTTATTCTTACACAATTTGTCAAATACTCTTGAAAAAATCGAATCAAGAGACTCACAGTGTATACTNCTTGGCGACTTAAATTATGACCTTCTGAAAGAAAATAACAACAACAACATAACAAATTTTACAAATTTAATGCACGATTATTGCTATCAATCTGTCATAAACAAACCAACTCGGATTACTGACTCGGGTGCAACAGTCATTGACCACATCTGGAGCACTTTCGACCCCACAATTTTAAAATCAGGTATTATTACTGATAGTATATCGGACCATCTCCCAGTCATAATGACTATTAACACTGAAATAACCAAAACTTGTACGGAATTGCCATCACGGTCTTTTACCAACTTGAACACCACCATTTTTAATAATAATATTCAAAACTTAGACCTTCATGAAATCTTTTGTGAATCTGACCCAGATACGGCCTATNCTAAACTAATTGACCAATATAATGTTGAATTTGAAAACTGTTTTCCAATTATACATTTAAAAAGTAAAAAAGCACAAAATCAATGGTACACCATAAAAATTGCTCAGCTGAATAAGACAAAACAGAAACTTTATAAAAAGTTTATACGAAAAAAAACAATGCAATGTAAAGATGAATTCGTTACTGCCAGAAATATTTACAACCGTGAAATACGTGGTGCGAAAAAAAATCATTACAGGAAACTTTTTGAATCCAATAGAAAAAATATGAAAGCTACATGGCGGTCCATTAACTCTCTGCTAGGCAGACNAAGTCAACCAACTTCAAAATNCTTTGAAATAAATGGAAGAATGACAAATGACCCAGTTACAATAGCAAATCAGTTTAATGATCATTTCTCTAATGTTGCATCCGAGTTGGTAAGACACATCCCACANTCCACATCACTTCCATCAGACTACTTGGGCCCTCAATCTCCCTCCTCCATCTACATATTCCCCACAAGCCCATTGGAAATCCAAGCAATAATTCACGANATGAAGTCCAAATCTAGCAGCGGCGTTGACAATATTCCCTCAAAACTTGTAAAATCAACTCCAAATAACATTCTGCAAGCCTTAGCCCACATTTTCAACCTATCACTTCAATCTGGAAAATTTGTAAATGCTTTTAAATCTGCTGAAGTCATTCCAATATATAAAAAAGGCAAGCATACATCAGTCAATAACTACAGGCCAATTAGTTTACTTCCATCCTTTTCTAAAATACTAGAAAAATTGATGTATAACAGAACTCATTCCTTTTTGAAACAAAACAACTTTTTTCACAACCACCAATTTGGATTTAGAAAAGGTCATTCTACCAGTTATGCAAGCAATGTATTGGTTAATCTATTATCCGATCAAATGGAAAAAAAGAAATCAGTCCTTGGTGTTTTTTTAGACCTCTCAAAAGCCTTTGACACCATTGACCATAAAATACTNCTAAACAAACTGTCACATTGTGGAATTCGTGGTGTTGCCTTAAGATGGTTCACCAGCTATCTTTCAAACCGTCGTCAAATTGTTAATTTTAATGGTGTTTTGTCCTCAAACACGAACTCGGTAACTCTAGGTGTCCCACAAGGGTCAATACTTGGTCCACTTCTATTTCTCATTTATATAAATGATTTACCAAATTGCCTNAAACACAGTGAAACAATTATGTTTGCAGACGACACCAGTATTTTCACCCCAGGTCCAAACCAATCAGTCATATGTCAAAATGCAAATAATGATTTGGAAAGAGTATCTACTTGGCTCTCGACCAACAAATTGGTTCTCAATATTGACAAAACTAAATTCATGTACTTTTCCAGCTCCACCAAACCCGAACTTTTACCATCTTCCATTATCATTAACAACTATCAAATTGAACAAGTCAACTCATTTAAATTTCTGGGTTTAACCATAGATAACAGACTATCATGGAAGCCACATATGCTTAATTTGGCCAAAAAAATAAATACAAATCTTATAATGGTACGTAAAATCCGACCACTCATCGACCGTTCTTCACTTTTATCACTATATCACTCGCTAATTCTTAGTCACATTCAATATTGCATCTCCTCCTGGTGTTTTGGTAACAACCAAATCTTAGCCAAATTACAACGTGTGTGCAATAGGTATATTCGAATGATTTTTAACCTTGGCAAACGGGAGAACACTGTTAAAACAATGCAGCAACATCAACTTCTGACCATATATGATATGCATAAACTCGAAATCTTATCNATAATGCACCGGTGCAATTATCAAAAGCTTCCCACGGCCCTTCTTCANTCTATACAGTTAAAACCCATGACCACTAGGATGACGACCAGAAGCAAAACAAAATTTGCCATTCCATTCTGCAGTAAAACGATTTCCCAACAGTCCATAAAATATATTGGCCCCAAATACTGGCATCAATTACCAATAAAAATTCGCGAAATTCAACCACATCATAAATTTATTAAAGCTGTTAAACAACACCTCTTGAATGATCCTCATCCCCTTCCATGAATTTACTCACCATTTCTCACTTTAATACTACCCTAATATTTAACTATATTGCCAGTCATTTTTACTATAATATTTATTTACCTATTATATACATTACCTTTTCCTTATTATTACTTTCCTTCATTTATTCCCCTATCCTCCTACTGCACACTCCTCTCACAAAGCTATGACTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTCTTATTTTTGTTTCTATTGTTAAGATTGAATTGCTTTAACACAATTTGACTATCTCACCATCACTGTATTAGCCCACTGTATAACTCACAGCATGCTGTCTTATTTTTATCATTTCACCATTTAAGTCACAGGGGTTTTTACTGTTAATGGCATGCCGATGGCAATTTGTATTTGTAGTGCTGTTTTCTTTTTAGTTTTTTTAGCCGGCCCTAATAGTATGCCCCTATTTATTGCTTGACTGCATGCCACATCTTTTTAGTACTTCACCAGCACTATTATATTTACTCTTATTATTCACTGTCTTTCCTATCTTAAATTCTGTTAGCAGTCTTTAAGACCCATACTGCCCAGAAATTCTTGTTTCAGTTGTAAAGAAATTCCATCGGCGGAAACGATTGCTCTNCCACCTTCCCCGGCTCATTCACCTGCTCTTCGCCGGCGGCTGCGATCCTTTTTCTCCGATGATGCCCCAATAAAGTTGAGATTTGGCAGTGGAACCCAATTACTGTGGAGACTTCACATTAAACTGTTTCGGACTTACTATTCATTAATTACACACAAAAAGCGGAAGCTTGCTGCTGTTTGTCTTTTTTCTTATTTTTGCAGTCTTATTTTAAATATTTATGTATATTGTATACATATTACTATCATAAATTAGTTTATTTATATATTCTAGTGCAGTAATGTTCTGCACTTAAAGTGCTTCATTTATTAAACGTAGTGCAATAACTGTTTTTGCACCAAAAATAATTTAATGTCTGAAAGTGTGTTTTGAAACGGTTTTTTAACCACTGGTGGAATTTCATTTTAGGGGGTTTTTCTTTTTCCACTTAATCCCAAAGCCGGCTCCCCCCTCAGTACTGGGTCGCGCTTGCACACTTTTACTCAAGTATTAAATAACACCAAATTTAATTAGTTAATTTTGATTTAATTTGTTTCGTTGAAACTTATTTGTATTAATGTAAGGTTTAACGGCCACGTCGTTTTTTTCCTTAATTTGTAATGTGTTTATCCACTGACGTGTTTTAACTACTGTAGTTTTGCCGTTTTATCCTGTCTCCTCAATGTAAAATAATTGTTTTATTCTTCCTTACTGTAACGAAGGAGCGAAAAAATAAACTAAACTAAACTAAACTAAAC
>Baggins1_Cis#LINE/LOA Ci000545, Ci000042, Ci000006. A LINE-like element related to Lian in mosquito and Baggins1 in Drosophila . ORF1 from 1023 - 1808 without clear similarities. ORF2 from 1815 - 5513 36% identical (53% similar) to pol-products from above LINEs. Copies 0-2% diverged from consensus.
TTTCCTCTCTATGGATTGCCACCTTAACGTGGTAGGGGGGTTTGAGTTTCCAATGAACCCAAGAGCAATGCCATCGGGGGTGGAATTTTCTACCCCTGGCAGGGTCACCCATGGTGGTAAGGTCGAAGGTGAGGAACTGACAAAGCTGCAATCCACTTTCGGGTTACCGTTAAGCTACTGTAATGGTATGTGAAAGGGGAATTTCTCGACCCCACCCACGGCAGGGATAAACTGGTTCTAGCCCTGGCCAGTTTATGCGGCTTCCGAACTGCAAAGGCCACCTGGTGCTTGAGGATTACTCCACTTCAGATAAGTGGTGTAACTCCAACACGGTACTTTGGGGGTTGGCGCACTAGGAGCACCGCGGTACCGAGAGTAGCGCCTCGGCTACTAGGGGGTAAACCCTTGCGAGGGTGCGAGGATCAAGTCCAGTCGTAGACATATCAATGGCCTGAGTCTCAGTGGGCTGATTCCCCATCTGTGTACGAGGGTCGGCGGGAGCTGTTGAAAGCTGGTCGGGGTCCTACGGAGAGCCGAAACTGCGGGAGGGCGTTTTGCCTGGCCTTGTTGCCTCGGCCGTGCCGAGAACGTAAGTCGGACCCTAGAGGGGGCAAAAACCCTATTGTATAGCATGGAACAGAAAAAAAATCACGAAAAACAACCCGCTGATGATGGTTTGTCCTCCACCTCTTTATCGAGGTTGGCCGACAAACCGGAGGCAAACCCAGACAANGCGAGCATTCAATGCTCTGCGGCGTCACCCCCTACAACCTCTGCGGCACCCCAAGCTTTCTTCAGCGATAGCGATGGGGTTTCCGCTGTCACTTCGGTGACATCTCCACTGGCGCATAAGCTCTCAAATCTAACGATGGAGCAAGCGGAGCTGTCTGACTTGTCGGACAGTGGTGAAGCAAACTCCATTCGGCGGACACGAGAAGCCTGTGAGCCAGCACCTTCCAAGGCGGAGTATAAAAGAGAAAAGAATCGGCGGCAGAAGGCTCGGAAACGAGCCCGAAAAGCCAATGATAATCTCTGCAATCGTCCCGGCCCCAGCAACACCTCAGTGCCCACAGCTGCCCCCACTGGGGAATGGCAAAGTGAGCGCCAGCGGGTCCGCTAAACGGAAAAGGCAGAGCAAAACTTCCTCTTCCACCACCCCTACTCCGGCCACAAAAAAGCCCCGTGGTCCATCTGCGTCGTCCACACGAGCTACGTCATATGCAGATGCGGCAAACAGCAGTCTTAGACTTGATGTTCTACCCGCTAGCGGGTCAGAAAGTCTTGTCCAGGCTGATATCCGCTACATCGAGAGTGCTATGGCAGACTCCATGTTGGACGGTACACTTCCTCTTATAAAGGCCAAAGGGCTTGTGCTGCTAAAGTCAGGTACCATGAAGGTCACCTGTATGGATGCAGCATCACTGGCGGCCTTCAGGAGGTTTATCCGTGGTTTACCACCAATGCCAGGTAAGAACATTGGCTATACAGCAAATGGGCCCGAAGATCGTCTCAACGAACGGGTCTATACTGTCTGGGTCTCTGACCCGAAGGTTCGAACAAACCCGGAACGGTTTATTCGTCTTCTCGGGTTCCAGAACTCCGAACTTCCGATTGAGAAGTTCCACGTCCGTGGGTACGTCGGCGAAGTGACGGAAGAAGGCACACACCTACGTGTAGGTGTGGAGATGTCTGCGATTGAAGATCTGCGCAAGATGGACTTCAGCCCTCACTACATGGCAGGCCTTCTCACTTTTGTGGGAAACCGGTCCGTGGAAGCCACTACCCACTCAGAGTCTCTTAAACACTAGTGTGTGATGGAGGCTCTGAAAAAGACTAGCAAGGACCTTGTTCTTTGCCAGATCAACTTGCACCATTGTATAGCAGCCGCCCAACAATTAATGGGTCGGTTCCAAACAATGGGGCAAACACCACTTGCCCTCATACAGGAACCATACTGTAAGCGAGGAAAAGTGGCCTTTGTTCCTCAGAATGCTTGCTGCTTTTCTGATCCTAATTCAAGCAAGCCACGTGCTTGCATCCTGTCTGCAAAGAATCTGGTGGCGTGGCCTCTACTCCAATTCATGGATAGAGACACCTGCACAATTGCAATTGCAGACAACACTAACAGCAAAAACCCTGTTGTTTTCTGTTCTGTTTACATGGCTGGTGATGACCCCACGGAACCACCACCGCACAAGATGCGAGAACTTGTCACCCATTGTGAACAATCAAACCTTCGTCTGCTCATTGGGACAGATGCAAACGCTCACCATTACTACTGGGGAAGCACTGACTGCAATAGTCGGGGGCATGCCCTTATGGAGTATTTAATGAGCACAAGGCTGTCAGTATGCAATACTGGCAACTCTCCGACCTTTGTCACCAGAAACAGAGCTGAGGTTCTCGATCTCACTCTGTGCTCTGCCAATCTGCTTTCAAAGGTGTCTGACTGGAAGGTCAGCAAAGAAGCTTCTTTGTCCGACCACCAATTAATAACTTTCAGGGTGAACAACCTTTGTAAGACCACTCCATCGCATCACAGGAATGTTCGCAAAACTGACTGGATGCTCTACCTGCAAGAACTAACTCTCCTGTGTGAGGCAATTCCAGCTGCACCTCCAAAAACTGCTAAGGAGGTCGACATGCTGGCGAAAGCTGTCGAAACAGCCATTACCTTATCATATGAGAAATCGTGTCGCCTGATCAAAAGAACATCAAATGACACTCCTTCCTGGTGGTGCGCAGAACTCACACTTCTTCGTCGCTGTGCGAGACGCTCCCACCGGAAAGCTCTTAAGCTTAAGACTCCTGCCGCATGGGATGAGTCCAAGGCAAGCACCCGAGCTTACAAAAATGCCATTCGCTCCAGAAAACGGGCGTCTTGGCGCAAACTGTGTGAGGAGGTGAACACCTTGCCAGCAATGGCACGGCTTCATCGAATCCTCAAGAAGCATCGCTCTCTTCAGATTGGATCTCTACGGAAATCAAATGGTGATTTCACCAGCACTCCATCTGAAACCTTACACGTTCTACTGGACGCACACTTCCCAGAGAACGTAAATAATCAAGGATCATCTACTAACCACGTTAAACAATGGTCCTCAATTCAAGCTAGCGATGAAGTGCTAGTCAACAACATCATCACAGCTGAAAGAATTAAGGCTGCTTATACATCATTTAAGCCTTTTAAAAGCCCAGGGCCTGATGGAATCTATCCAATACTTATTCAAAAAGGATTGGAAATCCTGTGCCCCCTTCTTATCCAGATCTTTAAAGCATCTCTCCTGTTGGGTTTTATCCCACAAAGATGGCTGGTCGCGAGAGTGGTTTTCCCACCCAAACCAGGGAAGGAAGACTACTCAACGGCAAAAGCCTATCGACCCCTGAGTCTCATGTCATTCGTGATGAAGGGCTTCGAGAGACTCATACTTTGGTATCTGCAGGAGGGACCTATTGGACAATCCCCCCTACACCCCAACCAATATGCATATAGAGCGGGATTTTCTACCGAAGATGCCCTCCATAATATGATCATCAAACTGGAGAAGGCGGTCTTTCATAACCAATATGCACTTGGAGTATTTCTGGATATTGAAGGAGCCTTCTCTAATGCCACTTTCGATTCCATGATAGTTCCTTTGCGAAAGTATCATGTTAATGAAACAGTTATCCGGTGGATAAGTTACATGCTTAAACACCGAACAGCCACAGCAGAACTGCATGGCTGTACAGAGAAAAAACAGGTCAAAAAAGGTTGTCCACAAGGGGGAATCCTATCCCCCTTGTTATGGAACCTCCTGGTGGACACTCTACTACGCCAATTCACTAGCCAAGAGGCTGCACTTGTGCAAGCATATGCTGATGACTTGAGCGTCATTATATCTGGCCCAGACCCATCAACGATTGGGACGATTGCCCAATCAACCCTTAATCGTCTGGAGAAATGGGCAATAAACAACCACCTTCGCTTTGCCCCGGCAAAGACAGTGGTGGTAATGTTCACAAGAAGGAGAAAATGGTCTTTAAGACCAATTTTTCTCCACAATATCCAGCTTAGCCTATCAAAGGAAGCTAAGTATCTTGGTGTCATCCTGGACAACAAGCTGTCTTGGAAGAATCACCATTCAAGTCGTATCAAGAAGGCAACTGCTGCTCTAGCACAATGCCGTAGAGCAGTTGGCCCTACATGGGGGCTACAGCCAAAAATAATGATGTGGCTCTACTGTCAGATTATCCGACCTATCCTGACCTATGCTTCATTAGTGTCAGTCAGCGCAACATACCAGCGCAATATACAGGACAACCTGCGCAAGGTTCAAAGGTTGGCCTGCCTATGCATCACTGGCGCCTTTAAAGGCACCCCCACAAGGGCAATGGAGATGCTACTTAACCTCCCCCCGCTGCACCTGTACCTCCAGGGCACAGCCATTAAAACGGCACACCGCCTGAGATTTTTAGGCCACTGGAAGGGGACTGGTTACTCAGTGTGGCACAAGAAAAGTCATATTGACATCTGCAACCAAGCAATGGAAGATATCCATCTTCTCTCATTGCCAGTGGATTGCAGTTCCTGCACTCTCCATCTGGAACGCCACTTCGCGATTCAGATCAGCGACCGTGACAACATCACTCCACCTGTACGACCATCTGACCCATCACAGCTTGTCTGTTACACTGATGGGTCACGACTAGATGGATCGACTGGTGCTGGAGTACTTATTCAATCCACCAAGTTTGATTACAAATTCAGCTTTCCACTTGGAAGCTTCCCCTCAGTTTTTCAGACAGAGATTCTTGCAATAAATCATGCTGCAAGGATTCTGCAGTCTTGGAACACTGCAAAAATGTCCATCACCATTCACAGTGATAGTCAGGCTGCTCTGAAAGCTCTTATGAGCTTGAAGATACATAGCCCCTTGCTGCGAGAGACATGGTACCTTCTTCACAATCTTGGAGGGCTTAATCTTGTGGAACTTTGCTGGATTCCAGGCCACTCAAACTTTGATGGCAATGATCAAGCTGACGAGTTGGCTCGTGACGCATCCAGCACTGCCTTCATCGGTCCAGAACCATCCCTCTGTATTCCTGTCTGCTCTGTCAGAACAGAATTGGAGGCGTGGATGAGCCGAAAACATGCTGAAGAATGGAGACAACACTGTGGCTGTCGTCAGACGAAGGAGTATCTTGGACAAGGCCTATCCCTGTCCAGGGAACTTCTCCGGCTGCGGCGGAGACAGTTACGATCTGTTCTTCAGATTATCACTGGTCATGCTAATTTGGCAAAGCACCAATCCATCCTCATGCGCACGGCATGTGCAACCTGTCCCTTCTGCCAAGAAGAAGACGAGACTCCTTTACACTATGTTGGCCATTGTCCAGCATTTGCTGTAACCAGATGGAGGAATTTTGGAGTTTTTAAATCTGATGATCTCGCATCTATTCCGGTCAAGCATTTAGTCAGTTTCCTTCAGGACACTGGCAGACTTGACCGCTATATCCCGGATCCATGCTAGCCCTGGGCGCTGGAGTAATGGGCCTTCCATGGCCTAAATTCCTGGTCCCGGTAGCTACTGTGGACCCGCCCNTATTAATGTAATGTAATGTAATGTAA
>R2-1a_Cis#LINE/R2 Ci000746, Ci000412, Ci000131 Inserts specifically in U2-like snRNA containing tandem repeat units (Sat131). Single ORF from 980 to 5347 encodes a protein 29 identical (48% similar) to R2-like transposases in C elegans (NP_507408) and Limulus polyphemus (horseshoe crab; gi|7511751). Perhaps to be named a separate class with these two members.
CCAAAATTACTTCCAGCACCTCCACAGCAGACGAACGAAGAAAGAAGACTTACGAAATAAGAATAAGCAGTTTAAAGACGAAGCAGACGAACACCACTCCACCAACGACGCTCTGCAGCTACACCACCACCATCTCGCCGCAACAAGAAGAATTTTCCGCTGCTCTCCACTCTGCTCCAACACCACCTCTCCTGCTCTGTGGACTGCTGCCTTGCTGCTGGACCAACCTCTACCCGAAGGAACCCTTCGAACCCAGCAGCAAGGTACGTGTCACCACCTCTCCACAGAGCCAAGGCCAGAGTGGATAGAGCAGCGGCCTCTACAACCAAGTTCTCCACTCCGACGACAAAACACCTGCCTCGTGGCCAGAGTCCTGCCGAAGAAGAATCTTCGACCCCAACACCGTCTCGGCAGGGCTCCAAGCAACGACATCAGCCACGAGTGCCCACCGGAGTGGACGCGGCGAACCCGAGGACCGCTGTCGCCAAGAACAATAACATCACCGCCTGCAGCAGCTACCAAACAAAGGTTAGTCTCCTACCTCACCTACAAACTCGTCTGAATAGACGCCCCCGCGTGGGAGCTAACCTTGGTAGCTAGCTGCAGTGCCCTGCGACAGCGGCCTCGAAGAGCTGCAGAGCGTCAGCCTGCTTCGACCTCGCTTGTTCTCATTTCAACCTACTCCGTCCTGTGGAATCAAAAGAGCCCCACTAACAATTACATTCATAAAATCTAGCAAGAACGAAGAGAAGCGACCAACTTTTAATCCATAACTTTTAGATCTTTTTATTTATTACTGTTTTTAAGCCCTAAGCATATTGCCTTTTTTTAGATCTTATAATTATAAAAATAGATTCAAAGTTAACACCACCAGGCCGCTACAGAGCATTTTATTTAATCAATTTGTTACCGACCTCCTGCTGCTTCTTTTTACTTTCTCCAGACTACTACCCGGATACAACCCTTGGAAACGAGAGGAATGGCCGGTCACAAGATCACAATGTCGGAGGGGAAGCTGCTGGAGGTTGCTGTACGGTATGGTGGTGTGAGGAATGTCTCGTACGAGTGTCCAGTCCCGGATTGCACAAAAACCTTCTCACAGGCAAATAACTTGATACGGCATTTAAATAACTTTGGCAATACAAAACACCGAGCACACAATTTCACCTATTTTTTCACCTGTGAGAAGTGCAAAATCCAAATTCACAGCAACACAAAACATAATATTTCAAATCATTACAAACAGTGTTGTGCAACCGGCGGCGGACCCTCGTGCGAGACGGGTCAATACTTCTGCCCTGCCTGCGAGCAAGCAGGGCTGGGGAACCTGGAGTCGGCACTCCGCCATTTTCAATCCTCCCACCCTGAATTTAATCTACCCCCCCGGTCTCAATTTTCAAAATCTCATCCCAATAGTTATACCCTATCCTTAAAACCTAAAGACCACCTTATGAAAATACTTTACAGTGGACCACTGACTCCGGGGCAATTGGTATGCCCCATTAAGATCTGTCTCAGGTCCTCAGCTGCACGTCTTTTCCATGACGTGTCCAAGCTGAGGAAGCACATGTTGGTTGATCACAACCGAACCCTTGTGTACGAGACAACATGTGGCAAATGCTTGCGGCCTGTCGACACCTCGAAAAATATGCGGAAAACGACGTCGCACTTCGAAAAGTGTTCTGGCGAATCCTTTATCTCATCCCCCTCACCCATACCCCAAAAGACTTATAAACTCGACTTACCCTCAACCAGCACCCCTCCCCCCCGTAAATCTCCCAAATTACAACCCTACAAACCAATTCGAACCTTTAAGAACCCCCTCACCAAGTCCAGTCAATCCAAATCCGACAACCCACCCAAACCTACCCCTTTTTTCTCGCCAAGAACACTTGAGAGGTCGGCGTCGTGGCCCGCATTGAGCGAGGTTGTCGACCCACTGCCCAAGCTCAAGGAAAAACACCCCTCGCTGCCATGCGCCCTGGATAAGTGCCCACCCTCACCCCGGATCAAACCCTCGACCCTAGTCCCTCCCTGCCATACAGCAAACAATAGTCCCAAACCAACTTCACCCGAATCACCCTCTACCCTAAAACCCTTACCCCGCCCCATCCGACCATCTAAACCCTTGGAGGATTGGTTAACTGTGCGGAGCGTGGGACCGGATCGGGAGATCGTCCTGAACATCGGTCCGAGACCCCGACCCGGCCCCGCAGCAGGCTCCAGGACAACATCTCCCCCGTCAACGGCACCCGCGAAAAGGGTTGCTGCAAACCCAATCGCAGCACCCTTGAGCGGGGAGCCGGGTGCGACCCTTGATTGCGGCCAGACCGGGCGAAAGGTTCAGCCGCCAAAAAAGAGACCGACAGAGAGTGCTGGGTCCCTCCCTCCTCCGGCCGAGCCAGCCACCGATCTCCTTACAGGGAGAGAGGGGCTGGCGAGGCTGGTTGAGGAATATCATCTGTCGGGGGACTTTGGCGCTTTCTGTCGGGATCTCGAGCGATGGACGGCGCTTTCGTCGACCAACCGAAGGCCAAAGCCGAGGCGCGGCAGGTACAACCGCGGTGCGGCTGCCCGTGCCACCAGGAACCGGGGCCGAGATGATCGTCAAGATCCACAAGATCGAGACGATCAAGGAGGCCCCGGTCCGGTGACATGCGGGCGGCCGCAAAGATACAAGCGGGCCGCCGCGCTGAGGTCGGCCTTCGGGAGGGACATGAAGGCGACCGTCCGTCGCATCATAGACGGAGAACGGGGCGACGCTCGCTGTGAAATCGACCCCAAAACCATCGAGGGTCGATTTCGCGACGAGCTGTCGCCGCCGGTTCGGGAAGGGCCGGAGTGCTCGTTGCCCCCTTGGATGGCTGAAGCCCAGGCAGGTGAGCATGCGCCATCGAATGATAGCCAACCCGGCGATGCATACGATGGGCCAATCACGGCGCTGGAGGTGGAGATGGTCCTCAGTACCCTGAACGTCGGCTCTGCCCCGGGATCGGACGGCCTCTCCTATGGATTTTGGAGAGCTCTAGACCCGAAAGGACTCGTCCTTTCGGAGCTCTTCGAAGTCTGTAGGATCGAGCGCCGGGTCCCGGGGCCATGGAAGAGCAGCCGGGTCACCCTCATCTGCAAAGATGCAGAGGGTGACCTCGACGATTTGGGGAACTGGCGGCCCATCTCCATCTGCCAGACGGTGTATAAGATCTACGCCGCCGTGTTGGCCCGTCGACTGCAGAGCTGGGCGCTTGACGGTGGCGTCATCTCCCGAAGTCAAAAGGGCTTCATGCCGTTCGAGGGGGTATACGAGCATGTATTCCTCCTCGACTCGGTCGTCGCTGACGCGCGCGCGACCCGGAGGTCGCTGGCCGTGTGCTGGCTNGACCTCCGGAACGCGTTCGGCAGCGTCGACCACACCACCATAGTCGAGGCGTTGTCTCGCTTCGGCGCCCCCGCGGGCCTCGTGGAGATGATATCGGACATCTATACGGGTGGGTCCTGCCGAATTAGAACTCGTGCGGGATTCACCCCGGACATCCCTGTCGGTCGTGGAGTGCGACAGGGGTGTCCCTTGTCCGGTATCATCTTCAACCTCGTGATGGAGGTCCTGCTGCGGGGCGTCGAAGCGAACAACGCTTGTGGATACCGGCTCTCCTGCGCCGGCGGCGCGTCCGTCAGGGTGCTCGCGTACGCCGACGATGTGGCTCTGGTGGGCTCTTCCAGGGCCGAGATNAAGATCCAGCTGGGTGTGTGCGAGCGGTTTGCCGCCTGGGCCGGTTTTTCTTTTAACAACAAGAAGTGCGCCGCCATGGTACTGAAACATCAGAGAGGGGGTCGGAGGCTCTTGGACTCGGCGCCTCTTCGCCTTTGCGGTGAAGAGGTGGCGATCCTGGGCCCCGACTCCTTCTACAAGTACCTGGGGGCGCATACCGGCTACGGGCGGCAAACGGGTGGACAGCTTGTCGATCGAGTCGAAAGGCAGGTCGTCAGGCTGTTCACCTCGTTCCTCACCCCCACCCAAAAACTCTCGGCCCTGAAGAGAATAGTCCTGCCCGCCATGAGCTTCCATCTCCGGGTCCGGCCCTGCGCCGAGGGGCATCTCCGGCGCCTTGACAACACAGTGAGGCGCTGTGTGAAGACAGCGTTGCGCCTGCCGAAGGGGTCGTGTCGGGCTTTTTTCCACACGTCCCCCGACGCAGGGGGCCTGGGGATCACGTCGGTTGTCGCCGAGTGCGACATACTGACGGTGACCCAGGCCTTCAAGATGCTGTCTTCACCGGACCATCTCGTCTCGCTAGTTGCCAAGGGCCGTCTGGGGATGCACGCCGCGCGCATGGGCCGGTCCGAGACGGCGTCCGCTTGCGCCATGGCGGACTACCTGAGCGGGGACTCGGTAATGGGGCACANGTCGTGGAAAACCGGATACAGGATGCCGGCCGATCTCTGGACAGCCACTCGAGCTGCCAGCCGGCGCCTGTCCCTCCGGTTTTCCCCGCAGCCCCAAGGCGAATTCGGCCTCGAGTCGGGCACTTTCAAGATCGCCCCCAGGGAGCGGCGCTCCTTGACCCGAAGGCTGCACCACAGGCAAAACCTGTGGTGGCGGAACCAGTGGGCGGCCCTTCCCAACCAAGGGAAGACCGTCGCCGCCCACTCCGCCTACGCAGCCTCCAACAACTGGGTCAAGGGCCCGTCCTCCCTGGCCCCTCAGGCCCTGTTCTTCGGCCTTAAAGCGCGGCTGAACCAGATGCCAACGCGCTCGGTCAAGGCCTGCTACTCAAGGGCGCCGAACTACGACAAGTCCTGTCGTAGGTGTGGCGCGGAGGTGGAGACCCTCCCGCACGTGCTGAATCATTGCCCCAAGTCCATGAAATCGATCTTGGAGCGGCATGATTCGGTGCTTGCGGAGGTCCTCGCCGCCATCCCTCGCGGCACATTCGCCAGTGTCGACGTCGACAGGACGTCCCGAGAACATTTCCGGCGAGTGGGCGAAGCTCTGCGACCCGACATAGTCGCCCGTCGACATGACGGATCCGTCGTGGTCGCAGACGTGACGTGCCCATTCGAGTCCTGCGCGTCGGCCCTCGATACGGCGGCCGCGCGAAAAATCGAAAAATACGACCAGCTGTGTGCGAACTTGCGGCAGTTATACCGTAAGCCCGTCGAGTCGCACGCACTGGTCGTAGGTTCCTTGGGCAGCTGGGGCAGGACCAACAACACTGCTCTGGCTGCACTCGGAATCCGAGGCGCGGTTCGCTCGAGGTTGGCCAAGCAATTGGTCAACCTCAGCGTCGAGGGTAGCCACAACATCTGGCTACGCTGGTCCGGCGGCATCCCAAAGGACCTGGTCAGATAAGATCCGCGGCTGTGGCGCCGAACGAGCACCTGCCCATTCTTCTTGTAGGGACTTTTTCACCCTCACTCCCCCCAATAGTTTTTTTTCGTTTTTTCGTTTTTTCACCCCCACCCCACTCGCCTCTGGGCTGCACATCCCACACGTAGGGACCTGTTTATATTATTTGCCTTTTATATGTACCACTTTTTAAATATATTTTTGTACCCCACAAGATGCTTTTCGCCAAAAAAAAAAAATTTTTGTATCACATTTTTATATTTTGTAAAACACAGATTTTTATAAACTTTGCACTATTTTTATATAAACTTCGCACTTATTTAAAATGAATCGCATCTTTTTTATATACACCAACACAAACAGGATGTGCAGCTCAGGGGAACCAATCCTGCGTCCCTCCTAGCGGCGGGAGGGGCGCCCACCTACCCCCACGCTCCTCTTGAGCACCAACAGGGACTCCCTTCCGGAGCCCCTGCACCCTCAACTTTTCTTATTTTTAAAAAAAAAAAATCATATATATTGATCTTGACGACGGGGGCTACATTCAGCCCCCAAAAACCCACCCACCATCCCCAACGAGTGCCGGGGCATTGAAGAGCTCCGGCACAATTAGCACTTAGCTTATTTATTATTTTTTGTCAACATTTTTGTTTTTTCAAATTTTTTCACCCCTCACCCCCACCCTAATAGGTCCCTCGGGCTTGGGCCCCTTTTTCGTGCTCGAGAAGCGTCACATCGCCCCACTGACCACGACCTTCCCCGACATTGGAGTCCTTGGCGTCTCCCAGGTCGAAACAGTCCCAAGTGATAGCACCTAATGCTCGACTTGTTTCGGCCTGGGCCGCCGAGGATTCCCAGAACGACCATTCTTCTAAATAATATTTATATTTCAGAATAAAACTATATATATATCGTTGGCGGGACTTGTCCCGCCTCGATACCGAGTGCTGCAGAGCGGCAAAATAAAGAAGAAACCGACGTCGCTCTGCAGCCAAGGACCACCCAAACTCAAGCCAGCACCGTCGACAACCAACATCCTCAAGTCGGCGGTTGCTGGAACAACTCATAACATCTTCAANATAAATTATCACCCTGTGCAGCAGGAGGCCGTGCTTTTAAAACTACTCTGTAGTGGCTCATGATAATATTTCGCTCCTTTTTTGCCCCGTGTAAACTTAGTNGATGCGAATAAAATCAGTTGAATCA
>R2-1b_Cis#LINE/R2 Ci000746, Ci000412, Ci000131 Inserts specifically in U2-like snRNA tandem repeat units (Sat131). Single ORF from 974 to 5341. 95% similar to R2_Cis1a, but copies of both only 0-2% diverged from consensus.
CCAAAATTACTTCCAGCACCTCCACAGCAGACGAACGAAGAAAGAAGACTTACGAAATAAGAATAAGCAGTTTAAAGACGAAGCAGACGATCTACACTCCACCAACGACGCTCTGCAGCTACACCACCACCATCTCGCCGCAACAAGAAGAATTTTCCGCTGCTCTCCACTCTGCCCCAACACCACCTCTCCTGCTCTGTGGACTGCTGCCTTGCTGCTGGACCAACCTCTACCCGAAGGAACCCTTCGAACCCAGCAGCAAGGTACGTGTCACCACCTCTCCACAGAGCCAAGGCCAGAGTGGATAGAGCAGCGGCCTCTACAACCAAGTTCTCCACTCCGACGACAAAACACCTGCCTCGTGGCCAGAGTCCTGCCGAGGAACAATCTTCGACCACACTACCGTCGCGGCAGGGCTCTAAGCAACAACATCAGCCACGAGTGCCCACCGGAGTGGACGCGGCGAACCCGAGGACCGCTGTCGCCAAGAACAATAACATCACCGCCTGCAGCAGCTACCAAACAAAGGTTAGTCTCCTACCTCACCTACAAACTCGTCTGAATAGACGCCCCCGCGTGGGAGCTAACCTTGGTAGCTAGCTGCAGTGCCCTGCGACAGCGGCCTCGAAGAGCTGCAGAGCGTCAGCCTGCTTCGACCTCGCTTGTTCCTATTTCCGTCCTGTGGAATCAAAAGAGCCCCACTAACAATTACATTCATAAAATCTAGCAAGAACGAAGAGAGAAGCGACCAATTTTTAATCCATAACTTTTAGATCTTTTTATTTATTACTGTTTTTAAGCCCTAAGCATTTTTGACTTTTTTAGATTTTATTATTAAAAAAAATAGATTCAAAGTTAACACCACCAGGCCGCTACAGAGCATTTTATTTTATCAAATTGTTTCCGACCTCCTGCTGCTTCTTTTTACTTTCTCCAGAACATTCATCGGACAACACCCTTGGAAACGAGAGGAATGGCCGGTCACAACATCACAATGTCGGAGGGGAAGCTGCTGGAGGTTGCTGTACGGTATGGTGGTGTGGGGAATGTCTCATACGAGTGCCCAGTCTCGACTTGCACCCAAACTTTCTCGCAGGCTAACAATCTAATNAGACACATCAATTTATTTGGAAAAACAAAACACCGGTCAATCAATTTCACCTATTTTTTCACCTGCGAGAAATGTAAAATCAAAATCAATAGCAACACGAAACACAACATTTCAAAACATTATAGACACTGTGGTGCAACCGATGGCGGGTCCTCGTGTGAGACGGGTCGATACTTCTGCCCTGCCTGCGAGCAAGCAGGGCTGGGGAACCTGGAGTCGGCACTCCGCCATTTCCGATCCTCCCACCCTGAATATAACCTACCCCCCCGGCCTCAATTCTCAATTTCACCCCCCAATAACTATACCCTCACCCTAAAACCCAAAGACTACCCTCTAAAATTAATCTACAGTGGGAAACTGACTCCGGGGCAATTGGTATGCCCCATTAAGATCTGTCTCAGGTCCTCAGCTGCACGCCCTTTCTATGACGTGTACAAGCTGAGGAAGCACATGCTGGCTCAGCACAATCGAGCCCTTGTGTACGAGACAACATGTGGCAAATGCTTGCGGCCCGTGGACACCTCGCAAAATATGCGGAAAGCGGCATCGCACTTCGAAAAGTGTTCTGGCGACTCCCTTAATTCTTCCCCCCCANCCATACCCCAAAAGATGTGTAACCCAGACTTGCCATCAACCAGCNCCCCTACCCCCCGAAAATCTCCCAAATTACAACCCAATAAACCAATTCGACCTGTTAACAAACCCCTCACCCGGTCCAGCAAACGCAAAACTGTCAAAACCCCCAAACCCACCCCTATCTTTTCGCCCAGAACACTCGAGAGGTCGGTGTCGTGGCCCGCATTGAGCGAGGCTGTCACCACGTTGCCCAAGCTCAAGGAAAAACACCCCTCGCTGCCATGCGCCCTGGATAAGTGCCCACCCTCACCCCGGATCAAACCCTCGACCCCAGTCCCTCCCTGCCATCCAGTNACCGAAAACCCAAAATCAAATTCACCCCANTCACCCTCCACCCTAAAACCCTTACCCCGCCCCATCCGACCATCTAAACCCTTGGAGGATTGGTTAACTGTGCGGAGCGTGGGACCGGATCGGGAGATCGTCCTGAACATCGGTTCGAGACCCCGACCCGGCCCCGCAGCAGGCTCCAGGACAACATCTCCCCCGTCAACGGCACCCGCGAAAAGGGTTGCTGCAAACCCAATCGCAGCACCCTTGAGCGGGGAGCCGGGTGCGACCCTTGATTGCGGCCAGACCGGGCGAAAGGTTCAGCCGCCAATAGAGAGACCGACGGAGAGTGCTGGGCCCCTCTCTCCTCCAGCCGAGCCAATCACCGATCTCCCCAACGGGAGAGAGGGATTGGCGAGGCTGGTGGGAGAATACCATCTGACGAGGGACTTTGGCGCTTTCTGTCGGGATCTCGAGCGATGGACGGCGCTTTCGTCGACCAACCGAAGGCCAAAGCCGAGGCGCGGCAGGTACAACCGCGGTGCGGCTGCCCGTGCCACCAGGAACCGGGGCCGAGATGATCGTCAAGATCCACAAGATCGAGACGATCAAGAAGGCCCCGGTCCGGTGACATGCGGGCGGCCGCAAAGATACAAGCGGGCCGCCGCGCTGAGGTCCGCCTTCGGGAGGGACATGAAGGCGACCGTCCGTCGCATCATAGACGGAGAACGGGGCGACGCTCGCTGCGAGATCGACCCCAAAACCATCGAAGGTCGATTTCGCGACGAGCTGTCGCCGCCGGTTCGGGAAGGGCCGGAGTGCTCGTTGCCCCCTTGGATGGCTGAAGCCCAGGCAGGTGAGCATGCGCCATCGAATGATAGCCAACCCGGCGATGCGTACGATGGGCCGATCACGGCGCTGGAGGTGGAGATGGTCCTCAGTACCCTGAACGTCGGCTCTGCCCCGGGATCGGACGGCCTCTCCTATGGATTTTGGAGAGCTCTAGACCCGAAAGGACTCGTCCTTTCGGAGCTCTTCGAAGTCTGTAGGATCGAGCGCCGGGTCCCGGGGCCATGGAAGAGCAGCCGGGTCACCCTCATCTGCAAAGATGCAGAGGGTGACCTCGACGATTTGGGGAACTGGCGGCCCATCTCCATCTGCCAGACGGTGTATAAGATCTACGCCGCCGTGTTGGCCCGTCGACTGCAGAGCTGGGCGCTTGACGGTGGCGTCATCTCCCGAAGTCAAAAGGGCTTCATGCCGTTCGAGGGGGTATACGAGCATGTATTCCTCCTCGACTCGGTCGTCGCTGACGCGCGCGCGACCCGGAGGTCGCTGGCCGTGTGCTGGCTCGACCTCCGGAACGCGTTCGGCAGCGTCGACCACACCACCATAGTCGAGGCGTTGTCTCGCTTCGGCGCCCCCGCGGGCCTCGTGGAGATGATATCGGACATCTATACGGGTGGGTCCTGCCGAATTAGAACTCGTGCGGGATTCACCCCGGACATCCCTGTCGGTCGTGGAGTGCGACAGGGGTGTCCCTTGTCCGGTATCATCTTCAACCTCGTGATGGAGGTCCTGCTGCGGGGCGTCGAGGCGAACAACGCTTGTGGATACCGGCTCTCCTGCGCCGGCGGCGCGTCCGTCAGGGCGCTCGCGTACGCCGACGATGTGGCTCTGGTGGGCTCTTCCAGGGCCGAGATGAAGATACAGCTGGGTGTGTGTGAGCGGTTTGCCGCCTGGGCCGGGTTTTCCTTTAACAACAGGAAGTGCGCCGCCATGGTACTGAAACACCAGAGAGGGGGTCGGAGGCTCTTGGACTCGGCGCCTCTTCGCCTTTGCGGTGAAGAGGTGGCGATCCTGGGCCCCGACTCCTTCTACAAGTACCTGGGGGCGCATACCGGCTACGGGCGGCAAACGGGTGGACAGCTTGTCGATCGAGTCGAAAGACAGGTCGTCAGGTTGTTCACCTCGTTCCTCACACCCGCCCAAAAACTCTCGGCCCTGAAGAGAATAGTCCTGCCCGCCATGAGCTTCCATCTCCGGGTCCGGCCCTGCGCCGAGGGGCATCTCCAGCGCCTTGACAACACGGTGAGACGCTGTGTGAAGACAGCATTGCGCCTGCCGAAGGGGACGTGTCGGGCTTTTTTCCACACGTCCCCCGACGCAGGGGGTCTGGGGATCTCGTCGGTTGTCGCCGAGTGCGACATACTGACGGTGACCCAGGCCTTCAAGATGCTGTCTTCACCGGACCATCTCGTCTCGCTAGTTGCCAAGGGCCGTCTGGGGATGCACGCCGCGCGCATGGGCCGGTCCGAGACGGCGTCCGCTTGCGCCATGGCGGACTACCTGAGCGGGGACTCGGTAATGGGGCACATGTCGTGGAAAACCGGATACAGGATGCCGGCCGATCTGTGGACAGCCACTCGAGCTGCCAGCCGGCGCCTGTCCCTCCGGTTTTCCCCGCAGCCCCAAGGCGAATTCGGCCTCGAGTCGGGCACTTTCAAGATCGCCCCCAGGGAGCGGCGCTCCTTGACCCGAAGGCTGCACCACAGACAGAACCTGTGGTGGCGGAACCAGTGGGCGGCCCTTCCCAACCAAGGGAAGACCGTCGCCGCCCACTCCGCCTACGCAGCCTCCAACAACTGGGTCAAGGGCCCGTCCTCCCTGGCCCCTCAGGCCCTGTTCTTCGGCCTTAAAGCGCGGCTGAACCAGATGCCAACGCGCTCGGTCAAGGCCTGCTTTTCAAGGGCGCCGAACTACGACAAGTCCTGTCGTAGGTGTGGCGCGGAGGTGGAGACCCTCCCGCACGTGCTGAATCATTGCCCCAAGTCCATGAAATCGATCTTGGAGCGGCATGATTCGGTGCTTGCGGAGGTCCTCGCCGCCATCCCTCGCGGCACATTCGCCAGTGTCGACGTCGACAGGACGTCCCGAGAACATTTCCGGCGAGTGGGCGAAGCTCTGCGACCCGACATAGTCGCCCGTCGACATGACGGATCCGTCGTGGTCGCAGACGTGACGTGCCCATTCGAGTCCTGCGCGTCGGCCCTCGATACGGCGGCCGCGCGAAAAATCGAAAAATACGACCAGCTGTGTGCGAACTTGCGGCAGTTATACCGTAAGCCCGTCGAGTCGCACGCACTGGTCGTAGGTTCCTTGGGCAGCTGGGGCAGGACCAACAACACTGCTCTGGCTGCACTCGGAATCCGAGGCGCGGTTCGCTCGAGGTTGGCCAAGCAATTGGTCAACCTCAGCGTCGAGGGTAGTCACAACATCTGGCTACGCTGGTCCGGCGGCATCCCAAAGGACCTGGTCAGATAAGATCCGCGGCTGTGGCGCCGAACGAGCACCTGCCCATTCTTCTTGTAGGGACTTTTTCACCCTCACTCCCCCCAATAGTTTTTTTCGTTTTTTCGTTTTTTCACCCCCACCCCACTCGCCTCTGGGCTGCACATCCCACACGTAGGGTCTTGTAAATAATATTTGTACTTGTTATATAGCACTTTTTTTATAAATTTATTTTTCTATACCCACAAGATGCATTTCGCCAAAAAAAAAAGTTATTGTATATTTTTGTATCACGTTTTTTACACAGANNTTTATAAAGTTGTTTTGTTTTAAAAAGAGTATTTTTATAAAATTGCACTAAATCACAAAAGGAAATGCATCCTTCTTCAATACACCAAACACAAACAGGATGTGCAGCTCAGGGGAACCAATCCTGCGTCCCTCCTAGCGGCGGGAGGGGCGCCCACCTACCCCCACGCTCCTTTGAGCAAAAACAGGGGCTCCCTTCCGGAGCCCCTGCACCCTCAACTTTTCTTATTTTTAAAAAAAAAAAATCATATATATTGATCTTGACGACGGGGGCTACATTCAGCCCCCAAAAACCCACCCACCATCCCCAACGAGTGCCGGGGCATTGAAGAGCTCCGGCACAATTAGCACTTAACTTATTTATTATTTTTTGTCAACATTTTTATTTTTTCAAATTTTTTCACCCCTCACCCCCACCCTAATAGGTCCCTCGGGCTTGGGCCCCTTTTTCGTGCTCGAGAAGCGTCGCATCGCCCCACTGACCACGACCTTCCCCGGCATTGGAGTCCTCGGCGTCTCCCAGGTCGAAACGGTCCCAAGTGATAGCACCTAATGCTCGACTTGTTTCGGCCTGGGCCGCCGAGGATTCCCAGAACGACCATTTCTNAATAACATNTATATTTCAGAATAAAACTATATATATATCGTTGGCGGGACTTGTCCCGCCTCGATACCGAGTGCTGCAGAGCGGCAAAATAAAGAAGAAACCGACGTCGCTCTGCAGCCAAGGACCACCCGAACTCAAGCCAGCACCGTCGACAACCAACATCCTCAAGTCGGCGGTTGCTGGAACAACTCTACAAAACCATCTATAATTATCACCCTGTGCAGCAGGAGGCCGTGTTTTTAAAACTACTCTGTAGTGGCTCATGATAATATTTCGCTCCTTTTTTGCCCCGTGTAAACTTAGTTGATGCGAATAAAATCAGTTGAATCA
>Expander1_Cis#LINE/RTE Ci001025, Ci000255 Probably incomplete at 5' end. ORF from pos. 222-3191 encodes a protein 29% identical (49% similar) to the pol gene of Expander in Fugu rubripes.
CTTCTTGCGGCTGTGGGAACTAACATTCACCACAGATAGAGTATGTGTAACCTTGACGAGGTGCAGAAGCTGAAAGCCAACTAGAAACCAACGCTTGGATCTATGTTAGTAGATCTGTAACTTTGGGAAGCGGTTTCTGAGGCGGTACTAATTAGCATACTCTACCCGGAATGTCCTTGAGCAAGTGTCCGGGGAATCCTACGCTTACATGCCAAAAATGAACTACAAAAAAAAGAAAATGGCCCTCAGTCCCGGGCAATACGAGGGTGCGAAGAATCTCCCGGTTAGAATTGCTACATGGAACACAAGAACACTACGTGAAAACGATACAATCGAAGCTATTTCTAAACGAAATTACCCACATGAAAGTTGACATAATAGGTGTTACAGAAACACACTGGACAACTCAAAATCCCACAATGTGGGAACAAGATAATTACGTCATCATTCATTCTCCGAGAAAAGACGGCACTCATCGACAGGGAGTAGCTGTAGCANTTAGGAAAGAACTGCTAAGCAACCTCATCTCGTACAAGTGCGTTTCTAGCAGATTGATGACAATGACCATCCACTTGAACAAAAAAGTCATTACTTTTTTCGTTGCATATGCGCCTGATTCGAGTTATGATGACTCTCAAAACGAAGAGTTCTATAATATCATACAAAGCATAATCAATGCGCTACCGCGGAAAAATGAGATCATACTCTTAGGAGACTTCAATGCATCTGTAGGAGCTGACAAATGCAATAACTGGTCGGATGTGATGGGGAAATATGGGCACGGTGACATGAACGAACGTGGGCTACATCTTCTCCAGTTCTGCGCAATCAACGAGTTAATCATATCAAACACCATATTCAAGCATAAGAGCGGAAGAAGATACACATGGACATCCCCAGACTACACCTTTAAGAAGCAAATTGACTATATAATAATGTCAAAGAATTTGAAAGCATCAATCAAAAACAGCAGAGCATATCAGTCAGCCGAGATAGGTTCGGACCATTCTCTGGTAATAGCAAACATGATTTTTCGAATCGAAAAAGAACCAAAACGTGTCAAAAACCCAAAAATAAAGAAGTATGACTATGACAAGCTAAAAAATGGCGACATCGCCAAAGCATTCCGAAAATCTGTTGGAAGCAGGTTTGCCACTCTACTGGGCCAAACAACTGAACATGAACCAGAATCANTATATTGCAAAATGACGTCAATTCTAAAAGACGCAGCTGAAAGAGAAATTGGGTTTAAACAACACAAAACCATACCTGGACTCTCCATTGAGGTAGTGAAACTATGTGAAGAACGACGAGAAGCAAAAATCAAATTGCTGAGCGAACCAAATAACAGTCTTCTACAAAGTATATTCACATCTCTAAACAAAAAAGTTAAAAAAGCCGTCAGACGACAAAAGGAAGAAAACCTTCACCAAAAAATATGTGAAATGGAAGAAGCCTTTAAGAAGAATAACTCACACAAACTCTTTGATTGCATTAAAAATCTAGAAAGGAAAAAGCCAAAACCGTTTTTTGGAATAAAAGATACCAATGGAGTCCTTCAGGTGGAGAAAAAGAAGGTTCTCGATGTATGGAAGTCTCATTTTGAACTTCATCTAAATACTGAATTTCCAAGAGATGAAAACGCATTGATGGAATTTAATGATTCACACCCGAATGACGAAGAAATTCAGCCTATAACAATGGAGGAAGTAAATAACGCTATAAGGCAGCTTAAAAATAACAAGGCAGCAGGAATAGACGGAATCACCTCTGAGCTCATTAAAGCAGGCGGATACATTACCTCGAAAATGTTTGTATCGTTATTTAATGGCATTATTAAAAGTGAAAAAATGCCAAAGGACTGGTCCAAAATGATAGTTACCCCGATTTTCAAAAAAGGGGATAAACTAGACCCCAAGAATTACAGAGCTATTGCTTTGCTTTCAATACCTGGGAAAGTTTTTTGCAAAATTCTAATGAATAGATGTATGGAAAAAACCGAGCAGTACCTCAGTAAATCACAATTCGGTTTCAGGTCCGGAAAAGGAACTGTGGACGCTATTTTTATAGTACGGCAAATTATTGAAAAGGCCAGAGAACACAATGTTAATCTACATCTAAATTTCATAGACTTCAAATCAGCGTTTGACACAATTTGGAGAGAGGCTCTGTGGAAGATCATGTTGCACGTTGGAATTTCTCGAAAGATAGTTACTCTCGTTAGAATTCTCTACAAAGACACAACATGCACTGTACAGATTGATGGACAGCAAACAGATTTCTTTCCAGTAAACATTGGCGTCAAACAAGGGTGCATAATGTCACCAATGCTCTTCAACATATTCTTGGACTATGTTCTGAAAGAGGTAAAAAGTCTGGACTCTCANTTTGATTTTAATGACTCTATGTTGATTGACATCCGATACGCAGATGACACAACACTAATATCTGCTGTGTTTGAAAAGTTACAAATAGCCACCTCTGAACTGGCGAAAGCTTGTCGAAAGTGGGGGCTTAAAATAAACCCATCCAAGTGTGCCGTCTTATCAGCAGAGAATGGCCGAATTCAGCTAGAAAACGACACTATCCCAAACGTCGACAGATTTAAATATCTCGGAAGCATAGTTCCTGAATGTTCGGAAGATATAAGGAACAGGATTTCGTTGGCCTCTCAGGCATTTGGTCGCTTAAGATCGAACATTTGGAGCTCACACCATATATCAAGAAAACTGAAGATACGACTGTACCGGGCTTTAATCCTNCCGATAGCAATTTATGGCGCCGAAACGTGGAGCACCACCTCATCTGACATGAACTCATTGAAAGTTTTCGAAATGAAATGCTTGAGAGCAATTCTCAATGTGACCAGACGTGACAGAATCAGGAATGTNGACCTTAGGAAAATCCTGAGAGTGGAAGAAACGATCGAGGATGTCGTCAATGCAAGACGCTTGCGTTGGTTTGGTCACGTTGCACGAAGCTCGGAGTCGAGCCTGATCAATCTAAGCTTCAGGAAAGACTTTCAATGCAAAAGGCGAAGAGGACGTCCACGCAAAAGATGGCGGGAAAACATCCGAGATCTATGCGGCATCCCCCTCGCAACGGCTGAACGAAGGGCGAGAAACAGAAGCAAATGGAGAGAAGACGTAGTTCGATGGACCGCAAGGGGGCATCATGCCCTATGCACATAACTAACTAACTAACTAAC
>Gyp1_Cis_int#LTR/Gypsy Ci000388, Ci000091, Ci000430 Both gag (bp 421-1587) and pol (1533-4757) closest to the products of the gypsy retrotransposon CsRn1 in the trematode Clonorchis (46 identity, 62% similarity)
TATTTGGTGACCCTGTTTCTGAGCAAATTTTGAGGTGGCATTGATGATTGGAAAGCCGGAAAAAGAAGAATTTCAACTACATTGCTTTGCTCCTTAAAGTTTCGAGGTACATTTCTGCATCCACTGTAAACGTCGCATTCGCCATCAAGAACAAACGTTGGACATTTCCGTTCTATTGTTCGTGGAGGTGTCAAGTTCACACAACGGATTATATACGCGAGATCAACGGATACTTTGAAGGATTCTAGATTCTACAGACGACGACCGGATCTACTACGACGGGAACGAGATCAACTTCACCGGACAATTCAATTAAGTTCTANATTTATTATTTGGTTTTGCTATAGTTANTCTGTTTATATAGATTTGGTACGGTTTAATTATTNTTATTATTTTTTAAAACCCACGGAGTCCGTTAAAATGAGAAAATTCTTTGGATTTAGCGGTAGGTCTGTTAAAAAGGAGCGAAATCTGCCTGTCCCCGAAAATAATAATCATGGTTATGATGCGGGTTATGACGATGATTATCATTGGTCGGAAGATTATAACCTACAAGACGTTAGTCTGGTGGGGGACAACATTTCGTTATCATCACCGACGCCCAACGTCAAACAACCAACCTATTATCAAAAAACTCCATTTAATCGTACGATTGATTCCCAACAACAACATCATCGTTCTGGTCCTTTATTGAGCGACGTTTTAAATAGTCTAACGGACTATTTAAAGAAATCGTCTGTAAACTTACCTGAATTCACCGAAAGTATGCCCGAGTCATGGTTTGATTCTGCGGAAAGTATTTTTCGTCGCTTTGATGTGGTTTCGGAAGATGATAAGTTTGAATTCGTTAAAGAATCACTAAGGCCCCGACATCTCCGACACGTTGAACACTTGTTGGCTAAACGAGATAGAATTTTGCCTTACACGTCCCTCAAAGAAGCGCTCATCAGTAACTATTCTGTTTCTAAGACTGATAAAATCATAGCACTGATGAACTTCGGTCCGCTTGGTGATCAGAAACCATCGGAGATGCTGAAAGATATGTTAAGACTGACAGGTCCTTACCCGGATGAAAATACGACAATATGGTTGCGTCAACTGTTTTTAGAACGTATGCCAAAAAACGTACGTAGCACGCTCAAAGCATTTACGTCGGATTCGCTAGGTGCGATGTCCAGCCGAGCAGATAGTATAATTGACGACAGTCGACATTCTGCGGCATTTTCTTCTTCCGGGGTAGCAAATCCTACATTGAACGATTTGCATTCAATTAACTTAGCAGTTGTTGAAAACCTTAGAGTACTTAACAATAAGCTAGTGAACAGACCGTCAAATTCAGCCTCCAAGAACAGCGGATATCAGGACAATACCGTCTACATAGATGACGACCGAGACGAAGAACACCCACCGGGGCAATGGAGCAATCGCGGACGAGGTTATTGGAGAAGACCAAAAAGGAGAAAACTTAAAGTTATAGATTCCAAGGAGGACCCTCAAAAAGATCAAAAAAACTCCCAGGCAAGACGTTGGATATGGCGTATAGCGTCTTGTGTAGCACTTCTAAATCGCCATCTTTACTGTTTATAACGGATTTGACCACTACGACTAAGTATCTTATTGATACGGGAGCCTCTTTGAGTCTCATACCACCTATAAGAGACGACCGGACAAGACGAAATATCGGACGAGACTTAATTGCTTCTAATGGATCAGCCCTAGCAACATACGGTGAGCGATTTGTTAAACTGGACTTTGGCCATGACGAAAAATATCCCTGGATATTTACTATTGCCGAGGTGGAATTGCCTATATTGGGTGCCGACTTTCTTGAGCATTTTAATCTGACTGTAGATTTAAAGGCAAGAATAGTATCTAATGCTCGCACCAATAAACGGATAAAAGGCGAAAATTCCGGCATAAATACGTCAATTTCGGCTAATTTCGTTTCACCAATTGCTGGAAATGGTTATGAAGCGATATTGCAAGAATTTTCGGACGTCACGAAACCTAAACAGAAAATTCCCGAGGTAAAACACAAGGTAACTCATAAGATCATAACAAAAGGAAACCCAGTTTTCTGTAGACCTCGACGTTTATCTCCGGAAATGAGCAAGATTGCGAAGGATGAATTCATGCACATGCTTGAGCTGGGAATTGTGAGAAGATCCGATAGCAACTGGGCATCACCTTTATTAATGGTTCCCAAAAAGGATCACACTTGGAGGTTATGTGGAGACTATCGACGATTGAACGCCATAACCGTCCCGGACAGGTATCCAATCCCTCACATTCACGACTTTGTGAATTCCCTGCATGGGGTGCAGATATTTTCAAAAATCGATTTAATGAAAGCGTACTACCATATTCCTGTTGACCCTGAGGATATACACAAGACCGCAATTTCGACGCCTTTTGGTGCTTTTGAATTTCTCAAGATGCCTTTCGGTTTGCGTTGCGCGGCGAATTCGTTCCAGAGATTCATGGACGACATTCTCAGAGGGTTGGATTTTTGTTACTGCTATTTAGACGACGTTCTCATAGCAAGTTCAAGCGAACAGGAACACAAAGAGCATCTCAGGATATTCTTTCAGCGCTTGAGAGACAATGGAGTTGTGGTGAACCCTGCGAAATGTGAGTTTGGTGTGACGACCATGAATTTTTTAGGACACCGGATTACGACGGACGGAATAGAACCTCTGGAAGAAAAGATTCAAGTTATTAAAGACTTTCCTCAACCCAGCACTATGAAACAGCTACGACGTTTCCTGGGTATGGTAAATTTCTACTTCCGTTTTATTCCTAATTGTGCTGAGATAGCTAAACCATTGAACCAGCTTCTCACACCNAAGAAAAATGGAAAATTCGCTATTCCTTGGGACAAAGATCAAGANGAAGCGTTTAACAGGATGAAGATTAAACTTGCCAGAGCGGCTATGTTAACATTTCCTGCACCAAATGCCCAAACAGCGCTTGTGGTGGATGCTTCAATGATCGCAGCTGGAGGTGTTCTACAGCAAAGAATCGACGATGCGTGGCAACCACTAGCCTTCTTTTCTAAAGCTTTCGACGTACGCCAGGTAAAATATTCGGCGTTTGATAGAGAATTGCTTGCAGCTTATCTTGCAGTTAAACACTTTAGATATTTCCTCGAAGGACGGGAATTTNCTATTATGACTGACCACAAGCCACTTCTTAGTGCGTTTCACACTCCACGTGAAAATGCTACCGGACGCCAAGCCAGACATTTGGCTTATGTTTCTGAGTATACGTCGGACATTCAATATCTCCCTGGCACTCGAAATATCGTTGCTGATGCATTATCCAGGATTGAAGTGAACAGCATTTTTCAAGCTAAGGATTTATTCAATTATCGTGAGATGGCAGCAGCTCAGAAGAATGATGCTTCCATAGAAACTTTAAAGCAATCGAAAAAGAGTTCTTTGAAGTTGGCGAACCGAAGATTGGACGGATATGATGTCTCGCTATTGTGCGATATTTCTACAGGTAAACCAAGACCCGTTGTTCCTGTTTCTCTTCAGAAAAAGGTATTTCAGAAGATTCATTCTTTGTCACATCCGGGAATAAGGAGCACTACGAAACTCATTCGTGAACGTTTTGTGTGGACAAGCATGAACACTGATATACGGAACTGGTGTCGACTCTGTGAAGCCTGCCAAAGATCAAAGATCATTCGACACAATCAAGCACCTTTAGCCAGATTTAAATTGCCGGTTGCAAGATTCTATCATGTGCATTTAGATATCGTTGGACCTTTACCACCGTCTAGCGGTTATACTTATTTACTCACTTGTGTAGATCGTTTTACNAGATGGCCAGAAGTAATCTGCCTGACCGACATCAAGGCTGAGACCATCAGTAATGCATTTTTGCTACACTGGGTAAGCCGTTTTGGCACGCCTGGCATTATAACNACAGACAGGGGAAAGAATTTTACATCCAATTTGTTTCACAAACTGGCGGAATTTTTAGGGGCTAAGCTTCAACACACGTGTGCGTACAGACCTTGCGCGAACGGCCAAGTTGAACGATTACATCGGCAGCTAAAGACTTCTCTTAAAGCCCAGGAGAGTCCTCAAGATTGGTATGCTAATCTTGGTTTGGTTCTTTTAGGAATCAGAAACTCTATCAAAGAAGACATCGGATATTCATCAGCAGAACTTGTTTATGGAACTAGCCTNCGGTTACCGGGTGAATTCGTTGACACGGATAATCTTGAGAATGATTTAGACTCCCACGAATATGTGAGCCGTTTTAAGACTTTCATGAGGAATCTTAAAGCCATNCCACCCCGTATACCAGGACCCCGAGCTGTGTATTTAGACGACAAACTTCAGTCTTGCAGCCATGTATATGTCAGACATGACGCGGTTAGAAGACCACTGCAACGACCATATGATGGGCCGTTTAAAGTTTTAAAAAGGGATGCTAAATTCTTCACTCTAGACTATAATGGGATACCTAATACTGTGACAGTAGATCGACTAAAAGCGGCGAATGTTCTCATTCCTGTCTCGGAGTCTACTGATAGTAATCCCATTTCACCTTCTTTAGAGGTTGAGATAAGTCCGAGCGAAATTATTAATCCCGATTTCGATATATATACTGATATATCTGATCATGCTGATTACCACGAATCTGACTTAGACAGAACTATTGCGCCAGCAGATGAGCCACGGACAACTCGATTTGGACGGACAATTTTTCGACCAAGACATTTACAGGATTATGACCTTTAAGTGTTAGATCTGACCTCTATACGCTTCTTTATTCTACATTATTTAAGCATTACTTTCGCCATTAGAACCTTCGTGTCAGTCTTCATACAGATTTGGAGAAGTCAATCACAGGTTAACTACCCGTTTAATTCTACAAGAATGGTGGTTAAGCAATCAATCCATAGACGATATATTCCTTGAATGTCAACTGCAAGTATATCGCTGTTCTCTATTTAATAAGCTGGAAGACTGTTTCCCAGTTGAAGTGCTATCAGCCAAGATGGATAATTCCCGAGCTGCAATAACTGTTGGAAATACTGAAATTGTATGTGAGCAAATAAATGCCACATTACGCCACAGTTTCCAATATAAATCCTACTTCTCCATTTGTCCTCTCGTTAGCTTTACCGATAGTAACGGATCATTACGAATCGGCCAAGTCTTGAAAAACGATGTGGTCTATGAAGGTGTGAGATTAGTTGAGCACTACACCCGACAGGACATTTACATTTCGTGTAAACGATAAGTTCTACTTGTATGATAACTATACTTTAGAACATGCTGATGTCCATGTTCGGCATAAAATTTCCTCTCTAACTCCGATTGAAGAACCAGTTCGGACGATTTGGTTTCGCTTGCGAAAAAAATTCCCTTATCGTCGATGGGATTGGAGCATTTCGGCGCAATCCTTGGTTCAATAAATCAATCGCAAGTTACAACGGAGAACATCAATTAACTCCTGAATGAGGATGCAATGAGACAGCAGATGCAGATGCCCATACATTCGTTGGAAAGTCTATTTGATCACTTTGCCAAACACGCACTCTTGATCGATGCTACANNAATTTCAAACCCTGGTAGTAAACACGATTTTCTCGGCATTGCTTACTGCTGCCCTGAAGTGGAGACTTGTTTTGACCATGTACACGATCATGAAGTAGATATTGGTTGTGCTCCCAAAGTTTACCTATGGCGATTTTTACCCAAAATAATCATGATTAGAATAGACGGGGTATAGCAGGTTAGATTCGACCCTTACCAATGGACTTCCGCTAGACCCAAATTTAAGAACATTTTACGGTCAACCGTGGGGACATTTTTACATCTTTTGTCGCCACAAATACGTGATAACCATTTTATTATTATTATTTTTTTATTTTTTTTGTACCATTCCTTGAGTTCGACACTTTTTCAGTTCATTTCTTCGTTTTCTGACGTAATATCTTTTACGAAGTATGGCCCTTTTTCGTTCGTTATTCTAAACTAAAATGACCATACCTCTGAGGGGGGAAGTGTA
>Gyp1a_Cis_LTR#LTR/Gypsy Ci000068 and Ci000091 
TGTAGCGACCTCATGTGTTACATAAGATTTACGATCCCATCAGCTGGCATTTGCGCTGACATTCCGTCATGTTGAAATATCATTATTAGGTTTACGATTATAACCACAGCTGTCGTACTTTGCCTATATAAGTTTATTTTACTTTTGCTTAAAAAAGAAAAGAGAAGGAGAGAGTCCTAACGCATTAAGTAACATCTTGTATGTGTCTATACTGAGAGTTTATCTGGAATCTATGTCGTTTAAACATCTAACGATTTAACTCGCAATTGGTACCAAGTTAATCGCCTCAATTGCTCAATACAATTGATGTTATAAAACTACTGAGGCGTTTATCGGCGAACTACAGGAGATCAGTCAAAGAGACATTTACGCAGAAAACCTCAATTAATTAGCGCACCTCCGAGAGTCGAGATAGCGCGTAGGGAATCGCAGATCGCATCAGGTGTTGTAACCGGCTTACCTGGGTGCCTACAAGGAACAATCTAGCGAAATAGGCAGCGACCTGCAACGGCTCCCTACA
>Gyp1b_Cis_LTR#LTR/Gypsy Ci000068 and Ci000091 
TGTAGCGACCTCATGTGCTTACATAAGATTTACGATCGCACAGCCGGCATTTGCGCTGACAATGCGTCATCACTGAAATATTATTATTAGGTTTACGATTGTTACCGCAGCTGCCGGATACTTTGCCTATATAAGTTTATTTCACTTTTGCTCGAGAGAGTCCTAACGCATTAAGTAATATTCTTGTATGTGGAGAATACTGAGAGTTTATCTGAAATCTATATCGTTGCAACATCTAACGATTTAACTCGCAATTGGTNATAAGTTATTCGCCTCAATTGCTCAATACAATTGATGTTATAAAACTACTGAGGCGTTTATCGGCGAACTACAGGAGATCAGTCAAAGAGACATTTACGCAGAAAACCTCAATTAATTAGCGCACCTCCGAGAGTCGAGATAGCGCGTAGGGAATCGCAGATCGCATCAGGTGTTGTAACCGGCTTACCTGGGTGCCTACAAGGAACAATCTAGCGAAATAGGCAGCGACCTGCAACGGCTCCCTACA
>Gyp1c_Cis_LTR#LTR/Gypsy Ci000068 
TGTATGTAGCGACCTCATATGTTTACATAAGATTTATGATGGCCGCAGACGACATCTGCGCTGACATTGCGTCATCACTGAACTATTATTACCGCAGCTGACGAATAACCTTGTCTATATAAGTTTATTTCACTTTGGCTCCAGACGATGGAAGGCTCCTAACGGAGAGCTCCTAGAGAGAGTCCTAACGCATTAAGTAATATTCTTGTATGTGAAGAATACTGAGAGTTTTATCTGAAATCTATATCGTTGCAACATCTAACGATTTACTCGTAATTGGTACTAAGTTAATCGCCTCAATTGCTCAATACAATTGATGTTATAAAACTACTGAGGCGTTTATCGACGAAACACAGCAGATAGTCAAGTCAAAGAGTCGTTACGCAGAAAACCTCAAGTAATTAGCGCACCTCCGAGAGTCGAGATAGCGCGTAGGGAATCGCAGATCGCATCAGGTGTTGTAACCGGCTTACCTGGGGCCTACAACGAACAATCTAACAAAATAGGCAGCGACCTGCAACGGCTCCCTACA
>Gyp1c_Cis_int#LTR/Gypsy  Ci000388, Ci000091. Non-autonomous derivative of  Gyp_Cis1. Gyp_Cis1c-LTRs.
TATTTGGTGACCCTGTTTCTGAGCAAATTTTGAGGTGGCATTGATGATTGGAAAGCCGGAAAAAGAAGAATTTCAACWACATTGCTCTGCTCCTTAAAGTTTCGAGGTACATTTCTGCATCAACTGAAAACGTCGCATTCGCCATCAAGAACAAACGTTGGACATTTCCGTTCTATTGTTCGTGGAGGTGTCAAGTTCGCACATCGGTTCATAGAAGCGAGATTCATTTGGAGGATTCTACAGACGACGATCGCATCTACTACGACGGAAACGAGATCAACTTCACCGGACAATTCAATTGAGTTCTAAATTATTGTTTTGCTATAGTGAATTTATTTGAAACTAGAAGTTATGGATTCCAAGAAAGAGCCTTAACAAGATCAAAAAAACTCTCAGGCAAGACGTTGGATATGGCGTATAGCGTCTTGTCTAATACTACTAAATCGCCATCTTTACTGTTTATCACGGATTATGACCTTTAAGTGTTAGATCTGACCTCTTTATTCTACATCATTTCTGGATTACTTTCGCCATCGGAMCTTCGCGTCAGTCTTCATACAGATTCGGAGAAGTCAACCACAGGTTAACTACCTGTTTAAATTCTACAAGAATGGTGGTTAAGCAATCAATCCATAGACGATATATTCTTCGAATGTCAACTGCAAGTATATCTCTGTTCTCTATTTAATCTATTTAAGAAACTGGAAGACTGTTTCACAGTTAAAGTGCTATCAGCCAAAATGGGTAATTCCCGAGCTGCAATAACTATTGGAAATACTGAAATTGTATGTGAGCAAATAAATGCCACATTACGCCACAGTCTCCAATATAAATCCTACTTCTCCATTCGTCCTCTCGTTAGCTTTACCAATAGTAATGGTACCTTACGAATTGGTCAAGTAATGAAAAACGATGTGGTCTATGAAGGTGTAAGATTAGTTGAGCACTATACACCCGGAAGGACATTTAAATTTCGTGTAAACGATAAGTTCTACTTGTATGATAACTATACTTTAGAACATGCTGATGTCCATGTTCGGCATAAATTTTCTCTAACTCCGATTGAAGAACCACTCCGGACGATTTGGTTTCGCTTGCGAAAAAAATTCCCTTGTCGTCGATGGGATTGGAGCATTTCAGCGCAATCCTTGGTTCAATACATCAATCGCAAGTTACAACGGACAACATCATTCAACTCCAGAATGAAAGATGCTAACGAGACAGCAGATGCAGATCCCCATACATTCGTTGGAAAGTCTATTTGATCACTTTGCCAAACACGCACTCTTGATCGATCCTACACCAATTTAAGAACATTTTTACGGTCAATCGTGGGGACATTTTTAAATCTTGTGTCGCCACAAATACGTGATAATCATTTTATTATTATTTTTTCGCACCATTTCTTGAGTTCGACAATTTTTCAGTTTATTTCCTCGTTCTCTCACATAATATCTTTTACGAAGTATGGCCATTTTTCGTTGGTTACTCTAAACTAAAATGACCATACCTCTGAGGGGGGAAGTGTA
>Gyp2_Cis_LTR#LTR/Gypsy Ci000114  4 b target site duplications;  0.5% diverged copies
TGTGGCGACGTGTTCAGCGAAGCGTTAATAATGCCTTTTTCTTGTTACCGTCTTTTCGTGTGTTGTATTATCGCAGAGAGTTCATTACAAAGTCGCCCGCACAAAGAACACAGTGCAGTACGCTACA
>Gyp2_Cis_int#LTR/Gypsy Ci000114, Ci000868, Ci000363, Ci000114 0.5% div ORF from bp 645 to 3827
TTGGTGACCCTCGACGTTTCAGAAACGATTATTTTCTGAATGAATTATATTATGAGCCTAGAACAGGAAAACGCCGTAGCCCTTAAACTGCCCACGTTCTGGACAGGCCAGCCACGAGTATGGTTTCAACAAACGGAGGCGCAATTTGCTCTAAAGAACATCTCGGCAGATCAGACAAAATATTTTCATGTCGTAGCGGCGTTGGACCAAAGTACGGCATGCCGCCTGCTTGATTTACTTGAAAATCCGCCCGAAAAAGAAAAGTATCAGGCAATCAAAGAGCGATTGATCAGTGTTTTCTGCCTGACGCAGTCACAGAGAGCAAAGCGACTGCTCCACATGCCGCCTTTGGGTGACCGAATGCCATCCTCACTCATGGATGAAATGCTGGCCCTGCTGGGTAAGGAGAAGGAATGCTTCCTTTTCCGGGAGTTATTCTTAGAACGTATGCCTGCCAACATAAGAACGGTCCTAGCTTCTCAGGATTTTGTCGATAATCGCAATTTAGCAAGGCAGGCTGACGAATTATTATTGGCAGGCCGAGAGGACGTGGACATCTTCATTTCGAAAGTACAAAGCCGTAGGTTTCGCCCACAACCAGCCAGAGAAATCGACACTGACGCCATCTGCTTCTTTCACCGTAGTTTCGGAAACAAAGCGCGTCAATGTCGCCCTCCTTGTGCGTTTCAGGGAAACTGCAGAGCCGACCGTCCATAGCTGCTGCGACGGCCGGCACAGAACGCAGCCTTTTCTACGTTTGGGATAGATTGTCAGGTCGCAATTTGCTGGTTGATACGGGAGCCGAAATCAGCGTTCTTCCCCCTACAGGACTTGAACGTCGCACCAACAAACCCGGAAAAAACCTCCTCGCGGCTAATGGCAGCAATATTCGTACATACGGTTCACGATTGGAATCATTGGATCTACCCCCCGGTAAATTCAATTGGAAATTTGTTTTAGCTGACGTATCTCGACCGCTACTTGGTGCCGATTTCTTAAGGGCAAATGCCTTGTTAGTGGATATCAAGCGCCGACGCCTAATCAATACAGAAACGTTTGCCAGCACCCCAATCGGCACGACGTGCCAATCAGCACCACGTCTCAACGCTGTTTCATCGGGCAAATCTGTGTATGCCCAGTTGCTGGCTGAATTCCCCGCAGTTACAACGCCTCATTTCTCCCAATCGACATTACCCAAGCATGGAGTTGAGCACCACATTATTACCAGCGGTCCGCCTGTACATTCACGTGCTCGGCGACTGCACCCCGAGAAGCTCGCCGTGGCCAAGGACGAGTTTCGTAACATGTTAAATATGGGAATCATTCGAAGGTCGTCCAGTCCATGGGCATCGCCACTGCACATGGTTCCTAAATCTTCCGGTGAGTGGAGACCATGCGGAGACTACAGGCGGCTTAATGCAGCCACGCAACCGGATCGCTATGCCATTCCCCACATTCAAGATTTTTCGGCCCGTTTGGCTGGGTCTTGCATTTTCTCTAAAATTGATTTGATTCGGGGATACCACCAGGTTCCCATTGCGCCAGAGGATATTCCGAAGACCAGTGTGATTACGCCCTTCGGGTGTTATGAATTTGTACGAATGCCTTTCGGATTAAAAAACGCGGCACAGACATTTCAGCGCCTGATGGACACCGTCTGCCAATCGTTAGATTTTGTATATGTTTACCTTGACGATATTCTGGTAGCAAGCAAGTCAACCTCCGAACACCTAGACCATTTACGACAACTTTTTCAGCAGCTTGCAGACCACGATCTGGTTGTTAATGTAGGCAAGTGTCAATTCGGAGTCTCACAAATTGATTTTCTGGGACACCGAGTGAACCAGCAAGGTGCTCGACCGCTGCCAGAGAAAGTGGCAGCCATTCAGTTGTTTCCCCGCCCAACGACGATCAAAGAGCTTCAACAATTCGCAGGTATGATTAATTTCTACCACCGCTTTATACCTTGTGCAGCACGTATCATGTCTCCTATTTACGAGTCATTGTCTGGAAAACCTAAAAAACTGGTTTGGAACGAGGCATTGGTTTCAGCTTTCGAAGAGGCGAAAACCGCTTTAGCGAACGCCACGCTCCTGCACCATCCATTGCATCAGGCACCCACTGGTCTAACCACCGATGCCTCGCAGCACGCCATCGGCGCTGTTCTGCAACAATTTATGGACGGCGCATGGCGACCCCTGGCGTTTTTTAGCAAACGCTTACGTCCCCCGGAACTTAAATACAGTGCGTTTGACAGGGAATTACTCGCCTTGCACCTAGCGATACGACACTTTCGCTATTTTCTTGAAGGTCGCAGTTTCACGGCTTACACCGACCACAAACCACTTACATTTGCCTTTTTCAAGACATCAAGTCCATGGTCAGCGAGACAACAACGTCAATTAGCTGCCATCTCAGAGTACACAACGGACGTACGTCACATCGATGGCAAACGCAATCAAGCTGCTGACGCCCTCTCTCGCATTTCGATTAATGCCACGCAATTGCAGCTTGACATGGATTACGCATCGCTCGCGGCTGCCCAGCTGGACCCGGAGGTCCAAGCCTATCGCACAGCGCTCACGAACCTGAAACTTAAAGACATCCAACTTGATTCGTCTGGAACTACGATTCTCTGCGATGTATCGACAGGAACGCCACGTCCTGTGATCCCGAAGTCCTGGCAGAAGAAAATATTCGATATTGTTCACAATCTGTCACACCCGTCTATCCGGGCAACACGTAAGCTCATTTCTTCTAAATTTGTCTGGCACGGTTTACATCGACAGGTCGGTTTGTGGGCAAAACAATGTGTTAGCTGCCAGAAAGCCAAAATCCACCAGCATGTGCGCGCTCCGCTGGAGCAATACCCACTGTGCCAATCACGTTTTAGCCACGTGAACATTGATATCGTTGGCCCCTTGGCACCCTCACAAGGCAATATATATTTGCTTACAATGGTCGATCGTTTTACAAGATGGCCGGAAGCTATTCCGATGACAGACGCGACTACAACCACGTGTGCCAGGGCTTTCGCCTTTAACTGGATTTCTCGTTTCGGGGTACCGTCCAACATTTCATCGGACCGAGGTCCACAATTTACCTCAGCACTGTGGTCGACTTTTACCAGGTTGCTTGGCATTCAACTCCATCGCACGACCTCATTTCACGCGCAAGGGAACGGGCTTGTTGAACGATTTCATCGTCACATGAAGAGTGCTCTCATGGCACGGCTTACAGGACCAAACTGGGTGGACGAACTTCCCTGGGTCCTGCTGGGCATCCGCACCGCTCCTAAAGAAGACTTGAAAGCTTCTTCAGCGGAATTAGTATATGGAGCGAATTTAGTAGTTCCCGGGGATTTTTTTGGTGTAAGCCAAGCTGATCCGCTACCTTCTCAAATACTACCAGCAGTAAAAGAGACGGTTGGTCGACTACTACCAACACCTATGTCACGCCATGGTCTAGTTCCCACAAGAGTACCACCAGTTTTGGACACATGTCTGTACGTTTTCTTACGAAACGACAAACACCGTCCACCTTTGACGCCACCGTACAACGGTCCGTACCGTGTCCTCAGCCGCAGCCACAAGACTTTTACTCTGGAGATAGGAGAACGTCATGAAGTGGTCAGCATAGATCGTGTGAAACCAGCATACCTGGACATGACAGAACCGGTCACAGTGGCACAACCGCCACGACGAGGAAGACCACGCAAAGCAGACAATGATAATTTGCCACCGCAAAATACACCTCAACGCGAGTCCCCGGCTATGTGTACCCGCTCGGGGCGTTTAGTTAAACCCCCTATTCGTTTTATTGATTAACTATGTTGCTCGCCAGATGTTTTTATGTTTAAACCTCATTTGATTTTACTGTGTTGCTCGCATGGTTTAAAGTAGTGCTGATGCTCATTATGTCCGCTTCTGGAGGGGGGTTA
>Gyp3_Cis_LTR#LTR/Gypsy Ci000031, Ci000391 3-4% div
TGTAACGCGCACGGGGGCTCGTTTGTTTTGTTATGATTTTATACACTCTTATATATGTCTTTTACACATTTTTGTACACCTTTTATACACTTTTAACAACACCATTTTATACAATTTTAATACACTGTTTTACGCCTTTTGTTTGTCCCCTTTTATTTTACACGTANTTTACACCCTTTGCACCTTTTAATCATTTAATCATTTTTATCTTGCTTGCCTATTTTTACACGCACGTTTTTATCTCTCGGGGTATTCGAGTAATCAACGTTCGGTGCTGTGCTAAATTAACGTGATGTCTTCGAATTTATGTTTCTAAAAATCAGTTCTCTCTTGGCTTTTAAACCGTGCAGACTTGTTTTTAATAGCTGATCGTTTTTATTAGTGTTATATTTGTATCTTAACTATGAGTGTTTTTATAAAGCGAAAACGTTGCAAGCCCTTGTAATTGGTCNGACGGTAGGCCGTTAAGACAGCGTCCTGCGAAACCATAGGAAWTCTGTAACA
>Gyp3_Cis_int#LTR/Gypsy Ci000389, Ci000390, Ci000031, Ci000391 ORF from bp 111 to 4988; closest to the transposase of Osvaldo in Drosophila. 4% diverged copies.
AATTGGCGATCCTGCCAGGACGCTGTTACCGCAACATCTATACTAGGGCTTGCAGCAGAGAGAGAACTCCCCCGATTCTATATANTTTGTCAGTTTTTTAGNKCTTTTAAATGGCTTTTAATTTTTTAATGTCGCCGCCTGTTTATACGCCTGGACAAAATATCGGCGATTTTATTGACATATTTTCTTCGTACTGCGATGGCATAAACGCCAACGAAGGTGTCCGGCGNCACATGTTTNTAACGGCTATAGATGCTGATTTGAAATGGCAGATTCAAGAAAACGATAATTCTATCTTTGAATTATCGCTATCAACCATATTACAACGAGCCAGACAATGCAAAAATGGTACCGTGCAATTAGAAAAACACCGCAATAACCTGTTTTCCAGACGACAGGGTATGGATGAAAGAACGAAAGATTTCATATATGCGGTGAAATCAATGGGCGATTTGGCGTACCCCGAGCCGAATGAAGCTAAAGACGAGGTAATGTACCTCGTATTAGTCAATGGCCTTCAAGACAGGCAGCTTGCCCGAACCATACCCGCGAGTATAAATTACCGGCGAGAGTTTTGGGCCGCCTCTGAAGTGATACTCAGAGAAGGAGAACAAGCCCCACCCGACCAAGTAATGCCGCTGGAAATGGCCAATGCGTCNCATCGTGATGACGAACGGCTTAGAAACATCATGGACAAATTAGAAAACATGTGTATCGAAATGGATAACATGAAGAAACAGATGGTCCGACAGGAGAGGCCATCCGAAAATCATACTCACCAGCATCAACGGTCAACACGGAACCGCCCAGAAGTTCGACCCCCATTCCGAGCAAGCGGAAGAAATCGTAAGTGTTTCGCTTGCGGCACCTTTGGCCATATACGTTCCCAATGTAGGCGAACAAACATTATGGATGGTCAGGCCGTGGTAACTAATCCACCCGTTCCTCGCGGAAAGATTTTAAATAGACGGGAGCAGAAAATTGATATGCCTAAAACCTTACATAGTAGCCGACGAGGACCTTCGACCGAACCGAATCGATTCGCGACAATTATGGTTGGTGAAACAGTAATGTGTGCGCTGGTGGATACTGGGGCCGATATCACGTTGATAAAAAAGAGTTGCTTCGACAAATGCATTAAAGGCACTGGAGAAATTAACATCCTACCGAATAGTTATCGTATGGTTGGAGCCAACGGCAATTGTTTAAATGTGGCCGGTACGACCGAGTTGAAGATAACCGTAGGATCCGTGTCCACAACCATGAACGTCTACATCGTAGAGGACGTAACNCACGATTTCATTTTAGGCCTCGACTTTTTGCAGAAACACAAATGCAAAATATGTTTTAGTTCAAACATGTTGGCCATCGGAGACTCTCGCGTACCAATGTTGTCAAAGCNATTCGTACCCCGAAGAACTGAGGTCTCTTTGATTAACGACTACAATGTTCCAGCAAACATGGAGGTATGTGTGACTGGGAAAATCTGGCATGAATATCAAAACGAATCTATTCCTGATATGACGGTGTTTATAGAACGACTAGAAAGTTTCACAGAAAAGTACGGCTTACTGACTGCGAACTGCATCACCAATTGCGAGGGTAATCGTGTTAAGGTAAGAATTGCAAACCTTTCCGATGAGGCTATTCAGTTGTGCAGCGGCGTGCGCATTGCGTCCTTGACTCCTGTATCGGGACAAGGAAATGCAGAATGCAACATCCCCGAAACATGTGTTCTACTTGGCAATTCAAAAACCGCAGATAAATGCACATGCTGCAAGCGGTACGCCGACGTGACCTCACCGAAGGAAATTTTATCCGTGCAAAGCAAGGAAGNAAATTACCGGAGAGACACGGACGAACACTGGCAGGCCATTACCGAAGGTATCAATATCAGCTCCGCATTAACCCACGAACAGAAAATGCGCGCATTATCAATTATTAAACATTATTCAGCTGCCTTCTCCACCAGCAGATACGACCTCGGTCGCACGGACATAGTTGAACACCACATCGATACAGGAAATGTAAAGCCTGTACGACAAGCACCTAGGCGGATGGGTCACCACGCAAAGAAGAAGGTCGAGGATATCGTCCAAGAAATGCTGGATCAGAAGCTCATCCGACCCTCCACGTCGCCATGGTCAAGTTCAATCGTCCTCGTTAAAAAGAAATCCGGTGAGACTCGGTTCTGTGTCGATTATCGCCAGGTAAACGAGGTCACTAAAAGAGATAGTTATCCAATCCCCAGGATTGACGAAAGCTTGGACGAGATGACNGGTTCCGCCTACTTTTCAACGTTGGATTTAAAATCTGGTTATTGGCAGATACCGATGTCACCGGAGTCTCGCGAAAAAACTGCCTTCGCTAGTCACATGGGGCTATTTGAGTTTAACGTAATGCCTATGGGGCTGTGCAATGCAGCAGGCAGTTTCCAACGGTTGATGCGAATCGTCCTAAATGGAGTGGAATGGAGAGGTGTTTTGGCGTACCTTGACGACATAATCGTCTATGCTCGAACCTTCGAAGAGCACCTAGATAGACTTGGCGACGTACTTNCACGGATTGTTGGCGCAGGACTAACACTAAAGCCAACAAAGTGTTCTCTGTTTCAGCAACAAGTCAACTTTTTGGGGCACATTGTGTCCAGTGAAGGCATCTCATGCGATCCCAAGAAAGTTCAATCGGTAGCTGAGTGGCCCGTTCCACAGTCAGTGAAGCAAGTGAGGCAGTTCGTTGGACTCACTTCTTACTACCGGAAATTCGTTAAAGATTATGCGGCCGTGGCTGCGCCTCTTCACAAGTTAACCGAGAAAAACAAACGGTTCACNTGGAACGACGAATGCCAGGCATCATTCACAACACTGAAACGACGATTGACCACATCACCAGTTTTGCAATACCCAGATTTTAAGAAACCATTCATTTTAGATACTGATGCTTCAGACTCTGCGGTGGGCTGCGTCCTCGGACAGATTGTTGATGGAAGAGAACACGTCGTAGCATATGGCAGTAGAACTCTTAGCAAAGCTGAAAGACACTACTCTACGACCCGAAAGGAGCTTTTGGCTGTAATACACGCAACGAAATTATTCCGTTGCTACTTGCTTGGTTCGAAATTTCTCCTGCGGACCGATCACGCGTCGCTTCGGTGGCTCTGGAAGTCGAGAGAAATGTACGGACAGTGTGCGAGATGGGTGGAATACCTCTCGGAATACAACTTTGAGCTGCTTCACCGACCAGGCAAGAATCACGCAAACGCGGATGCGCTGAGTCGAATTTACGAAGGGGAAGATCCGTTCCCATACAAAGTGAATCGAGAAGAAGAGGGGCATGAGGAAAATGCTGCAATCAACAGCTTGCACTTGCAACAAAGCATAGGACACACGGCGGAGGACATGCGCCAGGCGCAGCAAAACGATCCCGATATAGAACCAGTCTTTGAGTGGCTTCAACGCGGAGTAAGACCAGCTTACCGAAAAGTGAAATCATCTACGCCTCAAACCCGACATTACTGGAGTTTATTCCCCAAGCTACGGCTGCACCAAGAAATCATTTATATAAAAACAGATACACTAACTCAACCTGGAGTAGAAGTGGAACGAGTGCTGGTACCGGAAGCTTTGGTACACGAAACTATAGCCTCACTACACGACCAACAACATGGTGGGGCTCATTTAGGTGTGCAGAAAACTACCTCTAAAGTGGCAGAACGATTTTATTGGCCCAATTGGAGAAAGTCCGTCGAAGACTTCTGCAGGAAATGTTATCAATGCATTCTTAACAAGAAACCAACGACCACTATTCGTGCACCACTGAAACCATCCAACGAAATGAAACCAATGCAAAGAATCGAAATCGACGTTTTGGGACCTTTACCCCTAACACGAAATGGTCATCAATACATATTGGTGGCCTGTGACATCTTTACCAAATACGTGAGAGCTTGGTCAATGCGAAACCAATCAGCAGCTGAAACTGCGAGTTTACTCTTTCACCGTTGGTTTACTGTGCATGGNGTGCCAGACGTGATACACTCGGACCGTGGTGGAAATTTCGAAAGCAAACTTTTCGAAGAATTGCTCCGGCTAATGGGGAGCAAGAAATCCCGCACAACAGCTTATCATCCAGCCGGGAACGGCGGAGTTGAACGGAACAACAGAACAATTATGTCGATGTTAAGGAACTACGTTCAACGTGACGAAAGAAGGTGGGATGAAGCCCTACCCGCGGTAATTGCATCTTACAATGCCAGTCGCCATGANAGTACCGGTATCTCCCCACACTACCTTTTAACGGGTCGCCAGCTCCGACTACCAGCAGATTTATTGACCAAGGATCCAACAGTGAAAGAAAACACATCCCATTGGGTGCAGTTGGAAGGCTTGCGCAATCGACTCTTGTTGGCAGAAGAGGTCGTCAGAGAAACTCTCCGTGAACAACGAGCTAGAATGGAGAAAACTTATAACACAAAACAATTTGGTCCGCCAATCGAGGTCGGTGATACCGTTGTATTAACAAATCCCGTAATTAAAGAGGGAAAGTGTAGGAAGTTTAACCTACCGTACAAGGGCCCCTACACCGTGGTGGAAAAACAGGGAGACTTAAATTATATCATTCACGACAAGTCTGGTAACGCCCAACTGGTCCATTATAATCGTCTAAAACTTTGCAGGGATATCAACATAGGTTCCAACGAGAAACAGAACAACACCCCATCAGAGGACGACCACATTACACCCGTGGTGACACAAAGATATTCACCGGTACGGATCGTACCAGCAAGCACAGCACCGATGATGACGATGGAAGAACCGCCACAAGCGAACCCATTAGAAATAGATGGGGCGAATNTGTTAAACCCCGATGTGGCGGTAGGAAATACATACAGAGGACGTCTCCGGAGCAGGACGAGACGCCCAACTTATTACCCCGATGAGGAGAGAGCACTGAGCCCCGTTACCCCCCTCGAGAACACTCGAAACTGACACGCGGAATACCCACAGGAGTGGGTCAGAATTTGGTCGGGGGAG
>Ronin1_Cis_LTR#LTR/Gypsy Ci000110 Some copies < 1% diverged. 
TGAAGTGATATTACGTCACGTCCCTCTCCTTAGTTCTCCTGTGTTTTAGTAATAATCGTTTCGCCTTCATTCTTAGTTAATCAACGCGCGTTTTCGTTGCTATTTAGGTCCTTGTGTTTTGCCCTTGCTTTGCCAGTTACCGTTATGTTGTGCTKTGTTTGTTTTAAACTAGGTTTTCCATTATTGCAGAAATAGCCTGCTTATTAACGTTGAATAAAGCTAAGTTAATCGACTTCTGTTGTCGTTTTCCGTTAGCGTCTCAGTTCA
>Ronin1_Cis_int#LTR/Gypsy Ci000110, Ci000407 ORF from 29-3667, encoding a product closest related to that of Ronin2 in Fugu and GYPSY5_DR in Danio rerio (27% id., 42-43% sim.). 
ATTTATTCAACGTTAATCTCAATCTGAAATGGACAAGCAACTCTTACGTCCGAAGGAACTGAACATTGAGCCGGAAGCCCATAATGCTTCTGTTCACTTTACCTATTGGATGCGCACTGTGAACGATTTCATCGAACATCTGGATGAAGGAAGTCGCACCGCGACTACTGCTGCGAATAAGAAGCGCATCATTGTGAATTGTTTATCTCCGGAGGTGTACGCTCTAGTCGAAGATGTCGACTCTTTTGAAGAGATAGTTGCCACACTCAAACGTATGTATATCAAGCGGAAGAACAACGTATTTGCGCGTTACTTACTCGTAAGCCGCCACCAAAATCCGGAAGAATCCATTCCCGAATATTTACGAGAACTAAAGGTCTTGGCAAAGGCATGTTCGTTTTCTGACGCCTCCGCTGCCCAATACAAGGACGAGTTAACACGAGATGCTTTCATTAACGGACTGATTTCACCATCGGTTCGTCAAAGACTGCTTGAAATTGATGATTTAGACCTCCTTAAGGCTTCCGAACTTGCAGAAAGCTTGGATAAAGCGCAGCGACAGTCGCTAATAATGAGTAAACCAGTACCTCCGCTTGCGTCCGTCTCCTGCAATGAACAAGCGCCCGTTACTGACACTCCTACAACCAACGAAGCTGCCCTTGCTGCTACTAGGCGAAGAGTGGGTTTACCTAAGCGATCAACCGAGGTGACTTCATGTTTCTTTTGTGGTGGTATGCAACATCGCACCCGTTCTACTTGTCCTGCCCGAAATKCCACTTGCTATAATTGTGGTGTAAGAGGACATTTCGCAAGGGTTTGCCGACAACGCGCTACCATTAAACAACCAGTCGTTGGAAATTCGTCAACTGCGGTCTGCATTATGCCTGAAGTTAGTCCCCTTGCGCCGTTTTCTCCTCTAGCGGGAGCACCTTCCGGTTTAGGCCCTGCGCTAGTGGATGCTTCGCTTGAATCTGTTCCGGTCAAAGCACTCGTCGATTCGGGAGCATCGGAAAGTTTTGTCAACAAGGGTTTGGCCGATAAGCTTTCTCTTAAGACTTCCGGTCCTATTTCTCCGATATCTATGGCTTCTTCTCGTCTTTCTTTGACCACGTTTGGGAAAACCTCCGCTACGGTCTCGTTACTTGGTCGATCGTATCACCTCACCTTTGGCGTCATCGATAGCCTGTGCGCCGATGTTATCCTTGGTCAAGACTTCCTTAAGCGACATACCGAAGTCATTTTTCAAATGGGAGGCACAGAAGCACCACTGAGAATCGTTGCAAGTACGCCGCCCACGTTAGCACTTGCWGTTGCTCGATTAAACGCTCCTCGTTTATTCGAATATATTCTTCCCAACTGTACGCCAATTGCTGCAGCTTCTCGTCGTTATAGTACAGACGATCTCAACTTCATCAATGAAGAGATCACCCGTCTTCTAGAATCCGACATCATTGAACCCGCTCGTTCCCCCTGGAGAGCTCCTTTATTAGTGATCTCACGCGAAGGTAAAAGGCGACTAGTTGTAGATTACTCGGTTACCGTTAACCGATTTACACAACTAGACGCCTATCCGCTACCAAAAATAGAAGAAATCGTCAACTGTGTTGCCCGTGACAAGTTTTACAGCTCCATTGACCTGCGTGCCGCCTACCATCAAGTCCCGCTGAGGGAATGCGAGCGCCATTTCACGGCATTTGAAGCTGGCGGAAAGTTATATCAGTACAAGCGTCTCCCTTTTGGTGTGACAAATGGCGTTGCCGCTTTTCAGCGAGCCATTGACGAATTCATTGAAATTAATAAGCTTAAGAAAGTATACGCTTATTTGGATGACATCACWGTAACCGGCGCCACACTACAGGAACATGATCGCAATTTGAATGAACTCCTACAAGCTGCTCGTAGACACAATCTCACTCTGAACCAAGAAAAGGTAAAGATTCGCCAAACCTCTATCGACTTACTTGGATACCGTATCTCAAGCAATAACATTCAGCCCGACCCTCGTCGCTTACAAGCCCTGGTCGATTTACCTCCACCTACCAACTCTAAAGAATTGAAACGCGTTTTGGGGATGCTCTCGTATTACGCAAAATGGATCCAGAATTTTTCACTTAGAGTGCAGCCTCTGCTCAATTCGAAACTTTTTCCGTTGGACGAAGCCGCCATTCGCTCATTTAAAGATCTGAAAACCGAACTTGGTAATATAACACTTGGTGTTATCCGCGACGGTATACCTTTCGAAGTTGAAACCGATGCTTCTGACGTCGCTATAGGAGGGGTCCTTTCACAAAATGGCCGACCAGTAGCTTTTATGTCTAGGACACTCAATAACAGTGAGAGAAATTATCCTGCWATTGAAAAGGAAGCAACTGCAATCATAGAAGCTGTTCGCAAATGGGCGCACTTTCTTAAAGGTCGGTCCTTCACTTTGATTACGGATCAAAAATCAATAGCATACATGTTCCTTCGTACCAACCGAGGAAAAATAAAGAATACCAAAATCCTGTTATGGAGGCTGGAGCTCGGACAATACTCCTATGATATTCGACACCGACCTGGTCCCCAAAACATCGTACCCGATGCCCTGTCACGAGTGTGCGCCTCCTCTGGATCTGCTTCAGGATTAGTTAACCTACATGAAGCTATGGGACACCCTGGATATGTGCGACTCTATCATTACGTTAGAAGTCGAAATCTGCCTTACACAAGCGAAGAAACCAAATCCGTTGGCAAAAATTGCAGAACTTGCGCTGAATTGAAGCCTCGTTTCCATCGTCCTCAACCTCGCTCATTGGTGAAAGCCATGAAGCCATGGGACAGAATAAGTATGGATTTTAAAGGACCTGTACAAGGGCGAAATCAGTATCTACTGGTCATTGTAGACGAATACAGTCGCTACCCGTTTGTTTTCCCCTGTAAAGACATGACCTCTCGCACCGTTATCGGATGCCTCTCGTCTCTTTTCTGTCTTTTCGGCTTCCCAGAGTACATTCACTGCGACAGGGGTACATCTTTTATCAGCAGAGAAACCCGGCAGTTTCTAGTCACCAGAGGTATCGCGACCAGCAACTCTTCACCATACCACCCTCAAGGAAATGGGCAATGTGAGAAAACAAACCAAACTGTTTGGAGGACTGTTAAACTCATCTTGCATAGCCGTGGTCTGCCCCAAACTCGCTGGGAAGAAGTTTTGCCCGAAGCACTTCATGCAATCCGATCCCTGCTGTGCACGGCTACGAACCAAACACCTCACGAGCGGTTCCTTTGTTTCCCAAGACGGGCGATGAACGGTACCTCAATGCCAACCTGGCTTCTAAACCCAGGGGTGGTCCTGTTGCGGAGGTTTGTAAGAACAAAAGGTGAACCTATTTGCGATCCGGTAACTCTTTTAGATGCTAATCCATCGTATGCTCGAGTACGTCATAATGACGGACGTGAAAGCACGGTGTCAACATCAGACATAGCTCCGTGCCCTGGGTCACCGGAGTCATTAGAAGAAGCGTTCCCCGTAGCTGAACCAGAAGCCCCTGTGATCCCCGACCCACCAGTGCCTGATGACAGAGATGAAGAAGATGCCCCGTCGGTGAACGATACGCCAGCTACCAGCCTCAGAAGATCCGTGCGTGATCGACGACCTCCCGACCGTTTTGGAAATTGGACATTATAAGTTTTATTATCTATTATTTACTAGGGGAGAT
>Ronin2_Cis_LTR#LTR/Gypsy Ci000191 2% divergenced copies
TGACGTGAATTGTAATAATTAACATTGCCGCTGCGCGCTCACGTTAATTACACGCCTTGCTTTTTWTTCCTTTGCGTTGTGCTGTGCGACTTCTAACCTGCAGTCAGCTCGATTGTGTTAGCATGGTGACTTATTTACGTTCGCACTTATTTGTACTTATTTCTTTATTGCAGATATTATGTTTCGTTATAATTTCGTTTAAGCTTATAATAAAGTTAATGATTTACAACTACGAAATCATTTCA
>Ronin2_Cis_int#LTR/Gypsy Ci000191 A Gypsy-like retrotransposon with an ORF from bp 29-3672 encoding proteins 44% identical (61% similar) to those of Ronin1_Cis.
ATTAAACGAAATTAWAACTCTACCGGGAATGTCTTCATTACCCGACGTACTGAAACCTATGCGGTTTGATGCAGACCCAAACTCACCGAAGGCAGCAAAGCAGCTGAAGCACTGGTTGAAAGTCTTCTCAGACTTTCTAGAAAAATGTTCGCGGCTGGCAGGAGCGCAAAACCTAGAACCTCCGAATAAGCTGACGACATTGATCGCGTATGTCAGTGCGGATGTGTATGAGTGCATAGAAGATTGTACAACATATGACGATGCAATTGCAAAACTCAAAAGCATCTACATAAAATCTCCGAACATTATTTTTGCCCGCCATCTGCTAGCAACACGCACGCAAAAATCAGAGGAGTCTCTGCGGGATTTCTTGCAATCATTACATCTCCTCAGCAAAGACTGTGGTTTCAAAGATGTTACGGCGGAAGAGTACCGAAGGGAGCTAGTGCGCGATGCATTCATAAATGGGCTAACTTCCCATCAAATCCGTCAGCGACTGTTAGAAAACCAAGAATTGGCGCTGGAACAAGCATTCGACGTAGCTAGTTCATTGTCTATGGCACAAGAACACTCTGCTGCCTATCTGCCTCGTAGGGATGTGGCGGCTGCGGCACCCCCAGACAAAGATACCTTTGATTCTAAAACTATTTTGAGGTCGGAGGCCTTGGGTGCAATATCCAGGTCGAGAAAGTGTTACTTTTGCGGTAATCCTTATCATGATCGCAGACGCTGCCCGGCTCGTAATGCAATCTGTCATTCGTGTGGAAAGAGTGGACATTTTTCGCCTGTGTGTCGTTCTACCCAGGCACTTGTAAATAATAGACATCCAAGAATAACTGATCATTCAGCTGCAGCCTTGACTTCATGCTCCCCGTCTTTGTGTTCAACTGCTGCCGCATGTCCAGCTAGCTTACTAAAAGCATCTCTGAAGGTTTCGGTTAACGGTAATAGTCTTACCGCATTGATCGACTCCGGAAGTTCTGAAAGTTACATCAATTCGTCATTACTTTCAAAACTAAAGCTGAATGTCTACCCATCCACTCACCAGATACAAATGGCGTCATCTGCTATGAAAATCAAATCAAGTGGATTCTGCCTGGTTAACGTCGCCATCAAGGATGTTGAATATATATCAACAAAGTTAAATGTTTTTAATGATCTCTGTAGTGACGTAATCCTCGGGCTCGATTTTCAAAGTCAGCATGAACGCTTGATTTTTGAATTGGGTGGTCAGCTATCCGATTTGGTAGTGCCAAGTAACCAAATGTGTGCGCTCACAGCCGCAATAACCAAAGAAGCTTCATTATTTTCAAATCTTTCACCTCAGATCAAGCCAATCGCTACAAAATCTCGACGTTTCAGTGCGGAAGACAAAGCATTCATTAAGGAAAACATCGACAAGTTACTGAAGGAAGGAATTATTCAACCGAGCTCATCTCCATGGCGGGCACAGGTGGTGGTTGTTAAAGATACATCAAACCGCCACAAGAATCGTTTGTGCATAGATTATTCMCAAACTATTAATATATATACGGAATTGGATGCTTATCCGCTTCCCCGGATAGATGATATGGTCAACGAGCTGGCTAGCTATAGCGTCTTTAGCACCTTTGATCTGAAAAGTGCATACCACCAGATTCCGATTATCCAATCTGAGTTCAAATACACAGGATTCGAAGCTAACGGGAAGTTGTATGAATTTACCCGAATCCCATTTGGTGTCAAAAACGGCGTTTCAGTTTTCCAACGGAAAATTTCAGAGTTTGTTCAAGAAGAAAACTTGAAAGACACATTTCCTTACTTGGACAATGTTACTGTTGCTGGACGTAACAAGGAGGAGCACGACCGTAATGTAGAAACGTTCCTAAAAGCTGTACGCCGAAGGAACCTTACACTAAATGAATCGAAAACCATTACTGCTGTACCGTGCATACAAATCCTCGGTTATGTTGTTGGAAATGGTATCGTGAAGCCTGATCCGGAAAGAATGCGCCCTTTAAAAGAATTTCCACCACCAAGTGATTTTCGTTCACTTCGCAGAGTTTTGGGAATGTTTGCATACTACGCAAAGTGGATTAGCTGTTTTGCGGATAAAATTCGACCACTCGCAAAAGCAACTAACTTCCCCCTATCACCTGATGCGCTAGCAGCCTTTGAGTTGTTGAAGGAGGAATTGGAAAATGCGGGGTTAAAATCAACCGACGAGAGTGTCCCGTTTGTCGTTGAGTGCGATGCTTCCGACATCGCTGTGTCCGCTACGTTAAATCAAGGTGGCCGCCCCGTCGCTTTCATGTCTCGGACACTGCAAGGGAGTGAAACTCTCTATCCCGCTTACGAAAAGGAGGCAACTGCCATCGTAGAAGCMATCAGGAAGTGGTCGCACTTATTACACAGACGTAAGTTTACACTAATAACTGATCAACGTTCTGTAGCGTTTATGTTAGATAATCGTCGTCGTTCTAAGATTAAGAGCACCAAGGTGCAACAATGGCGCATGGAGTTGGCTTCCTTCTCCTATGATATAAAATATCGCCCCGGTCAGCAGAATGTTGGACCCGATTCATTCACAAGAGCATTCGTCTCATCTGTGTCACCCTCGTCTAATCTAGAACTTCTGCACAACAATTTATGCCATCCAGGTGTGTCAAGAATGATGCATTTCGTACGAATGAAAAACTTGCCGTTTTCCATGACGGAAGTTAAACGAGTGACTTCAGCTTGTAAAATCTGTGCAGAAGTGAAGCCACAATTTTACCGTCAAGCAGAAGGAACAATTATTAAAGCAACACAACCTATGGAACGCATAAGTATTGATTTTAAAGGCCCATTGCAATCTACAACCCAAAATAAATACTTATTGATTGTTGTCGACGAATTTTCTCGTTTTCCTTTTGCATTTCCTTGCAAAGACATGACAACCTCGACTGTTATACAGTGTATGGACAAGCTCTTCGCACTATGTGGGATGCCTGGCTTCATTCACTCCGATAACGGCCCAGCATTCGCATCAACCGGGTTTAGGAACTATCTTATACAAAGAGGCATTGCTTCCAGTAAGTCAAGCATATACCATCCATCGGGAAATGGCCAAGCGGAGAAAACAGTTGGTACCGTGTGGAAAACGATCCAGTTGGCAGTAAGAACTCATTTATTACCACTGTCAGAATGGGAATCTGTTTTAGCTGACGCACTTCATTCGATCAGGTCACTTGTTTGTACTGCTACCAACTCAACGCCCCACGAGCGTTTCTTTAATTTCCAGCGTCGTTCTTCCACAGGTACATCTATTCCCTCGTGGATGACGGTACCTGGAACGGTTCATCTTCGACGGTTCGTACGTACACACAAAAGTGATCCTTTAACGGATGAGGTTGAACTGATTGGAATCAACCCTACTTACGCAAACGTGCGATTTCCAAATGGTCGTGAGGCCACCGTTTCTTTGCGTGATCTTGCTCCCTGTCCACAAAGTAACTGTTTTGAACGCGCTAACATGGACGACCCTATACAACCATGTACAAACCCTGAGCGAGAAGCGGGCGATGCACCCCACTCTAATGAATCTGTTGTAAATACAGAAACAAATGATTTGGATCGATCCCTTACATCGGGCGACTCTGAAACTACTGGGATGGACAATGAGATTGTGTTAAGGCGTTCGTCTCGTGTTAATAAAGGTGTACCACCGGCGAGATACTGAACTTATGTATTGTGATTGCTATCGTTTACGATTATTCCTGATTTAAAATGATGTTATGTTTGTGATTGCTATTGCTTACAACTATTCCTGATTTAAAGGATGGGAGAA
>BEL1_Cis_LTR#LTR/Pao Ci000021
TGTAAGATATCTCGACCCATTAATGTTTTATTGATGTCTATGATAAATCATAAATTGCATCACAACCAAATTACGTCACAATGGGAGTTTGTGTTACAATATCTATACCCGACCGCGTGTTAGAAAATGCTTCCTTTTTGATTTAGTCACCGTACAGTCTGCAGCACAGTAATTTATCTGATACCGTGTATTTTCCGTTCCGGTTCTAAAGCCAAAGTTTGGTGAGTGTAATTGTTTACTATTTCATACGTACACCCGTCAATTATTGATTTTGGTCCCTTTATTTTTAATTTACAGAAAACCGTATCATCCTCCGTATCATCCCTCCGTATCATCCCTCCGTATCATCCCCACTGCGTAACATCTCCGTCCATATCGTCCCTGTATCACCCCCATATCGTCCCTGCCCCCTCCGTTCCGCATCTGTAACCGTTTGAACTCTGATCGCCAATTATAATTCGAGGACACAAACTGTCTGTTCTTTTATTCGATACGAGTTATTTTCAAACCAAAGCAACCCCGTTACTCCACCCGCGGAAGTAACA
>BEL1_Cis_int#LTR/Pao Ci000143, Ci000029, Ci000555, Ci000725  ORF from bp 55 to 5871 encodes proteins closest related to those of Catch3 in Danio rerio (56% similarity)
TCGTTTTCAAACTGAGCAAACTGATCAAACCCATCGTAACCGTACCTCTCGACCATGGATAACCAACCAGAACACCGCGTAGAACAATGGCTGGACAACATTGAAGAAGCCAAGCAGCCAGGCATTGAAGAAGCCAAGCAGATACCAGCACCACCTAATTCAACCACACCACTCGATGAAAAGCACGAATCAGTAAGTGTTGTAAGCACTACAAGCTCGATGCGCAGCTTTAAGCTAAAAGATAGCAAGGTAAAGCTTGAACTTGCTAGGCTTGCGCGACAACAAGACTTAGAGAGAAAAGAAGAAAGCAAGCTGCTCGCTGAAACAGAGGAACATAAAAGAAAACTGCTCGCTGAAGCAGCTGAAAGAGAAAGAAAATTACAAGAGGAACTCGCCGACCGTGAATCCCGGCGAAAACTAGAATTGGCTGAAGCTGAAGCTAGGGCATGGGAGGAAGCATCCMTTCCTGAGGCCAGACACAACGAAGTTCAAACCCGCCAATATGCTGGCTCAACGACACCGCTTCTAGAGCAGACTACATCCACTGAACAATCACGCAACGAGATAACACCGACCGCAGCGCAGCCACCACAACGTTCTACTCTGTACGCCCCGCCCGTTGTGCGCCCGAAGGACAGCGCTCTGTCACATCTTCCCTTAACCGAACGTCATTTGCCACCGTTTCCGTCCGACATCCGGGTGAACGACGAAAGAGAACACGTGACAACACAGCATCAGAACCGACCGTCCCGATATGCTGATCGCTCCCCAATGCGCAATCAACAACGACGTACACAGCTATCACCGACTCGTATCCGACGAGATTCACCACTCCGTCACGTAAATCACCAAGAGGTAGGTGAACGCTTTCTACCCAAACCAATTGTACAAAAATTTAATGGAGATCCGATGGACTACTGGTCCTTCGTCAACCGATACCAGCTACATATTGCCGACAAAGTAGACTCATACGACCTAAAATTAGTATACCTACTCCAACATTGCACAGAGCCCGTCTGTGAGAAAATTAAGCATAACTCCGTAGATAATTACGAAAATGATGGCTACGAAACGGCCATGCAAGAATTATTCGAAAGATATGGTCAACCCCATATAATAGCACGACGGTGCGAGAGCTTGTTGCAGGAATTCCCGAGGGTGCCCGCAGATGACCCCGAAGCGCTGGAGAAATTGGCCGTTCTGCTCCGAAACTGCTGCGCGTCCCTGGAAAAGACAAGGGTAAAATCGACGGTAGACTCTGTTGGCTTCATATCGACGCTGGTCAACAAGCTGCCATTGGAACTGAGAAAGAAATGGATATCCAAGTCGCTGAGTATACAGGACAAAACAGGTGCGGTAGCTGTTTTTAAAGACTTTGCTAACTTCGTTAGAGAACAGAGTCGCGAAGCTAACTCTGTGTATGGAAAGTGTTTACTGCTAAAGTCCACAAACCCTGTAGTAACTACCGCACGAAAACCGAAAGTGTCGGCTTATAACGTGAACGTGACTGCCGAATTTCCCACTGCTGCCGCTCCCACTCCGAAACCGTCCGGGCTGCAGTGCCCTGTCTGCAAGAAACCACATTTGATTGGCGCCTGCCGCGACTTCAAGGATAAATCGTACGAGCAACGTAAGCGCGTAACCCGGGAATGCGGCCTATGCTTTAAATGCCTAAAGGCAGGCCATTCCGTGCGAGAATGCCCACATAAAATCAAATGCAGTGTAGAAGGTTGCACCGGCAACTTCCACCACACCTTGCTCCATGACCCGAGATGGATCATCAGACCCGCAGACCGAATTGAGAGCAACACGACCGTTAAAGCATGCATGCACTCGCTTAGCGCTAAGAAAAACACCGTGGTACCGACTTCCGCATATTTAGACATTGTCCCCGTACGCGTTAGAAGCGGAGGCAAAGAGACGAGAGTGTACGCTCTTCTCGATTCCGGAGCGAACCGCACATTCTGTGACCGTCGACTGGCCGATCAGTTACAAGCTACGCCGACTGGTCGCGCCGCGAACTTTGACCTGTGTACAATGACTACTTCCGAACCGATCAATGTTAAAACGACTTCCGTCTCGTTAACTGTTCTTCCGCTTGCTGGCGGCGAAGAGCTTAACCTGCCCGACGTTGCGCTCATTAAGGAAATTCCCGCTACACCGAGCAAGATTCCAGAGCGCAATAAACTGAACCGATATAAGTACCTTCGTGGAGTGGACCTGCCACAAATTCCCGATGGTGAAGTGATGCTGTTGATCGGCAACGACAACGCAATGGCACACCGGTGCCTGGAAAGTCGCTTCGCACCAAATCCACGCGAGACGCCTGACGCTATCCGGACCCCCCTAGGCTGGCTGTTAAAAGGACCGTCGCTGGACAGCTTGCCGAACGAAGAGGGTGCAGCCGGATTCTTACTTCAAGCCACAGCGGGCTCAGGAAGTGACGAGGCGATAAAGGACTTACTCATCAATGACGTTGGTGATGTGTTCCCCTCCTCCGATACTGCTGCAACCGACGACGTTGAAACATTGATGTGCTGGCTTCGAAGCCACAAGGAGGCGTCGGAGTTTGGCATGAAGTACTCAAAAGAAGACGTCATGGCTTACGATATAATGACGCGCCGAATTGAAAGAGTTGAAGGCCACTACCAACTTCCGCTGCCATGGAAAGACGACAGCACCGTTTTACCGGATAGCCTGCCAATGGCAAGGAGCAGACTATCAAGTTTGAAGAAGCGACTGGCGAGAGATGTCGATTTTTCCGTAAAGTATACGAAATACATGACGATGATGTTGGACAATGGGTACGCAGAAGTAGTGCCAGAGGACGAAGTGAATACTACCAACAAGTTATGGTACCTCCCGCATCACCCTGTAATTAACCCAAAGAAACCAAGTAAGGTTCGTATCGTGTATGACTGTGCGGCGAAATGCGAAGGACAATCTATAAATGACAAGCTGATGAAGGGCCCTGATTTAGTGAACCCGCTGGTAGGGGTGTTGATGAGATTCCGCAGAGAACGCGTGGCTATCGTATCCGACATAGAAGCAATGTTTCATCAAGTTCTGGTTGCCCAAAAGGATCGTGACGCTCTGAGATTCTTGTGGTGGCCAGGAGGCGACCTGACCAAATCACCCGTTCCGCACCGCATGAAAGTGCACCTGTTTGGCGCCCGCTCGTCACCGTGCTGCGCAACTTTCTGCCTGCGCGAAACTGCCAGAGAATTTGGCAAGTTTTTTCATCCACGAGTGGCCGAAGTTGTAAAGAATAACTTTTATGTGGACGACTGCCTCGTAACCGCCGTTGATGATCAAGCCGGCATCCAACTGGTGAAGGATTTACGTAATCTACTTTCAATGGGTGGCTTTAAACTGACGAAGTGGCTATCCACTAGTGTCGCTGTGATGGAATCCGTTCCGGCCGATGATCGAGCAAAGGTGATTCAAGATATTCCGCTAGGAGGAGAGGTACATGAACGTGTTCTGGGAATCAATTGGTGTGTCCAAGACGACGAGTTCAGATTCGACATCACTATCCCGACAAAACCGCTGACACGACGAGGTATGCTTTCCGTTACCAATTCACTTTTCGATCCATTAGGCTTTGTTGCCCCCGTTGTATTGGAGGCCCGACTTATTTACAGAGATCTCTGCTTGATGAAAACCGACTGGGACGAGGAGGTCACTGGTACCGAGCTCGAGCGATGGAAAGCTTGGTGCAACAGCCTTAATGAACTGACCCGCATTAGAATTCCTCGGTGCTTCAAACCACAAGTCCGTCATCCGACCCCCGGAGTACAGCTCCATGTATTTGCAGACGCATCTACCGCCGCCCGTGGTTGCGTATGCTACCTTAGAACTACCTTCGAGGATGACAACACGACATGTTCGTTCGTGATGGGAAAGTCTCTTCTCTGCGATTCTGGTAAGCACACAATTCCTAGATTGGAGCTCGAAGCTGCACTTGACGCAGTAAAATTATCGCGAACCGTGAAAAGGGAACTCGGACTGGACGATTGCCCGTGTATCTACTGGACGGACTCGACAATTGTTCTACAAAGCCTTTTCTCTGACTGCAAGAACTTTCCGGTTTTCTCTCGAAACCGCCTCTCTCAAATCGAAGCATACACAAGCGTGCACGACTGGAGACATGTTCCTACGAAACTGAACCCAGCTGATCAAGCGTCACGTGGAACGACGGCAGGGACCATGATGAAGACAGGAACGTGGCATTCCGGCCCTAAGTTCCTACACCGTCCCGCTAAAGACTGGCCTACTACGTTTTTACGGCCACAACCAACGGAGCAAATCTACCGAAGTTTTGACCTGCCAAAACCAGAATCTGTATTTCTGACAGCTACCAGCTGCTCACCCACGGACAAATTCATCCGTTATTTCTCGTCCCTGCATCGATTGAAGATAAGCACGTCCTGGATTCTCCGTTTTTGTGCATACCTGAAGAACAAGGTAAAGAAGGACACCGCAAAAATTCCGACATCGCCGATTGACGCCGAGGAGCTTCGATCTGCTGAGAGCGCCCTCGTGCGGTACGTACAACGTCGGGAGTTCCCCGATTGGATGCGCATGCAATCGACCCGACGTCCGCCKTCTACGTCACCGATCTACAAACTGAACCCTATTCTCAATGATGGCATTCTACGCGTTGGAGGTAGATTGGACAATGCACGTCTTGACTACAAAGCACGCCACCCTGCCATTATCCCCGATAACTGCCACCTTACTGACCTACTTATCGATCACTGCCACAGTGTTGATGCTGCACACTCTGGTATGAATCACACTTTAAACATTTTATTTCAGCGCTACTGGGTGCAAAATGCTAGAGTTGCAACCCGACGTATCCTGTCCCGATGCCTACTGTGCCAGCGAAGAGCTGCAAGGCCCGAAAGACAGATCATGGCTGATCTCCCGCCGTCAAGACTGCAAATTGACGAACCACCGTTCACTCATACAGGAGTGGACTTCTTCGGCCCGCTACTGACCAAGTTAAGGAGAAGTGAAGTAAAACGGTATGGGTGTCTGTTTACATGTATGACTACTCGCGCCATCCATCTAGAAGTCGCTACGGACTTGTCTACCGACGCGTTTATAAATGCCCTGCGACGTTTTACGGCCCGACGAGGTCCCGTCACTCACCTGTATTCCGACAATGGCACTAACTTCGTCGGCTGCGAGCGGATACTTCGAGAATGTATAGAAGAATGGAATCGCAATCAAGTTGGCGACTACCTGAGACAGAAAAATATAATCTGGAAATTTAACCCACCAGCTGCAAGCCACTTTGGTGGGGCTTGGGAACGATTGATCCGTTCCGTGAAATTTATTTTGCAGGCATTATTGCAGGGCAAGCCGCTCGATGATGACCTTCTACACACCCTGCTTGTTGAAGTGGAGGACATTGTCAATTCCAGACCGCTTACACAAGTACCGCTGGAGATCGGAGAAGACCTGCCGCTGACACCGAATCACCTTCTGAAAATCAACCCTACAATTACTCCGCCACCGACAGTGACACGTAGTACAGATTGCTACGCCCGACGACGCTACCGAGTTGTCCAGTATCTCGCTGACGAGTTCTGGAAACGCTGGATCCAAGAGTACCCTCGATCAATAATCTCTCGACAGAAATGGCACGAGCAAAAGGACAATGTTGCTGAAGGAGATGTTGTACTCCTTGTGGACAATTCCGCCCCTCGAGGACAATGGCCTCTAGGCCGCGTGAACAGCTTGTTTCATGACAAACATGGGATCGTTAGAAGCGTCGAAGTGAAGACTGCCGCTGGGTTAATGAAGCGGCCTATCGCAAAACTTTGCGTGATCGTGAGCGAGCGAGAGAGGAGCGCCCCATGACCTGGCACGGCGTTACGCCTTATTGTATATATTGTGTATATTTTTTTTGTTTTTTATTCTTCGTTAAAAATGTGCCTCGAATCTTTTCTTTGTGTAAAAAAATTGAAACTGCTTTGATGACGCATTTTTCCATTTTTGGCGGGGGAGGA
>BEL2_Cis_LTR#LTR/Pao Ci000071  < 2% div
TGTAAGATTTATCGTCGCAATTATTGTTTATATTATATCGATGTCACTAGGGAATAAGATCGGTATTGTATTCCCTTTTTTCCCGCAATTTCACCGAACTATAAAACGCTTGTTTTTTACCGCATGAGCATTATCGTGAGGTAATCGGTCTTTTGGTAGTATGTTTTGGAATTAACGGTTANAAAGAAGATGTGTATGACGTGCTTTGGCTCCTGTTCAGCCACAATTTGGTAAATATTGGTTTTATTTCTCAAACTAGTAATTTTTGTGATAATTAAATTGTACATATATTTTTCCTTAGAAAACCGTCATTTCAAGACCTTTCGTTTTCGCCATCATTCAAATTCGAATAAATTCACAAGTTTTGGACAATGACGCGTTATTTCAAACTCTGAATAAAGGACGCCGTCTATAAGCATACTGCAACCTCTCACTAAGACAGGTGTTAGGAGCCAGCACCTTGTCGGGAAGTTACA
>BEL2_Cis_int#LTR/Pao Ci000175  2% div;  ORF from bp 610 to 3135 corresponding to Pao/Bel-like pol protein with a big internal deletion only leaving the C-terminal part of the integrase domain. Note the obnoxious internal 13mer repeat it carries around everywhere.
TCGTTTTCAAATTCCTTGAACTACCGTCGTCGTTCCCGTCCAGTCGTCGTTCCCGTCCCGTCGTCGTTCCCGTCCNGTCGTCGTTCCCGTCGCCGATCCGTCGTCGTTGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTCGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTCGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTCGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTCGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTCGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTCGCCGATTCCCGTTGACGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTTGACGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTTGACGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTCGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTCGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTCGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTCGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTTGCCGATTCCCGTTGACGATTCCCGTCGCCGATTCCCGTTCCTGAACGTTTTCAATTCCGTTATTCCTGCTGATAAGCCGCAAAATGAAGATTCCGAAGACTTTAAATTGTCTCAAACAACTTTACGTGGATGCCGAAAGGCTAATGCTTTCTCCAGTAGGTAGGACGTCACTACGTAAGCTCATACCAATAATCGACCGCGTATTTGACGAGCTAATGGACTTATGTGTAAATTTTCCAGAAGATCAACCGCTTGAAGATGTTTACATATCAAGAACTCAGTTAAAGAGTCAGAAACGTGAGTTCGATACGCATGTGCGTCAGTGGTTAAATAAAACTGAATTGCAATTAGCAAGGACTAACCGCGACACGTCGAGCACAATTTCTACTGCAAACTTTATCCGGAGTGAACGCCGAAAAAGCCAAATCAGGTTGAAACTCGCCGAACTTGCCTACAAGCAAGCTATGGACAGGTTGTTCGAAACACGCAAGCGTGCAAAGGAGCAAACAGATCGTGCTGCTGAAAGGACACGCGTAGCAGCGAAAGAAGCCAATCAAAAAGCTCGCGAATCTATAGAAGCAGAGCGTGTCGCCAACAAAAAACAACCAGAATTTGAATACGCGAAGGCAGTTTCTAAAGCTCGGAAAGATGAAGAAATCTTGGAGGCTCTAGACTCGACCTCACCAACATTACAACCCAACGTTGTTGCCGTAGCTACAACGAACAACCGCACTACAGCACGGCCTTCGCTTGCAGACGCTCGATCCAACTTAAGCGATCACAAGAAATCAGTTGCAGAATTAACGTCGCCACGACAAGTACAAAATACTGTACCGGTAAGCCGTAGACACCAACCCCCGCCCCGTGTGTACAAGCCCGAGCGTATCGAAATAAGCGCAGCTGTTGAAATCGATGAATGCTGCACCAGTATCAACACGGCCAAGGTTTATATAAACGTTGTTCCCGGTAAAGTCCGTTACGCAGACAAAGAGGTTGCTACCTGTGCATTTATCGATCAAGGTTCCACGACAACACGCCGTGAGGAGTCGATCGTAAGTTCACCAAATGCTGCTGGTAATTCACGTTGTATTACGTTGCAAACCCTAACATCATCTCGTGTTTTAGATACAGTGTCCCTTGCACTCTCTGCCCAGCCTGTGGAGGGTGAAGATTGGAATAACCTTCCCGACGTCGTTGCTGTCGATAAGATATATAAGAATCCTAATGTATTACATGATCCGCAGGCGTTGCAGCGACACCATCATTTGCAAGGTGTGAAAATTCCACAGATCGAAGATGGATCAGTCAAGCTGCTAATCGGGGCGAACGNTCCCCAAGTTTTCCGTGTCGAGTCCATGAGAAGCGGAAATGGTCGATGTCCCGACGCTGTCAAAACCCGTCTAGGATGGTCACTTCTAGGCCCCTGTGGTGATAAAAGCCGTTCCAATTGTAAGGCCAGCGTTATGTTTTTAAAGGATGAAAGCGATCTCAAACCAATGATCGACGATCTCGATGACCTCAACGACAGCTTTCTTCGGTTCCCGACCTCGATTGAAGACCGAAGAGCACACGACCTTATGAAGGAATCAGTTAAGTTTGTTGATAATCATTATGAACTACCCCTCCCATNGCGCCACGATTATGAGATTCTCCCAGACAATGGCGCCATGGCGATGGGGCGCCTTAAAGTTTTAGCAAAGCGACTTGTGCAAAACCCAAATATTAAACAAAAGTATGTCGAGCAAGTGAACAACATGATGACAAAGTGCTATTCAGAGAAGGTGCCATATGACGAAATCGTCACCGACCGCAGAATCTGGTACCTACCGCACCAACCCGTTACTAACCCTCACAAACCGGACAAACTATGTGTAAATCAAATACATGAATTTCTTCTACAACGCGAAATTCAATGGAATTTCAACCCTCCCTGCGCTTCACACATGGGTGGAGCCTGGGAAAGAATGATTAGATCCGTTCGTCGGATTTTACTTTCCATTTCAGGTGAAAAGACATTGAACGATGATCAACTGACAACCCTGCTGCTGGAGTCCGAGGCAATATTGAATTGTCGACCTCTCACTCCCGTTACACTAGATATCGATGGCGAGACGCCATTAACACCGAACCACCTGCTCAAGGTGAACCCGTCAAGTGAGCTGCCTCCAACTTTGACCAATGAACGGCAAAGTTACGCTCGACGCCGCTGGCGCTACGTTCTACATCTAGCCAACCGAATTTGGGCCAGATGGTCGGGAGAGTACCTCCGAACTATCATCGCACGCCAGAAATGGCACAAAAGAAAAGAAAACGTGAAGATAGGAGACGTTGTATTTCTGGTGGACAACACAACACCACGATCACAATGGTCCATTGGAAGAATCACCTCCGTGTACCCGGACAGCCACGGTGTAGTTCGAAATGTGCTAGTCAAAGCACGTGACACCGAATTCAAGAGACCGATACACAAACTATGTATCATAGTACCCGCTACGGACGTGCGCAATGAGAGTGTTGACCCTGCTACAGCTCTCAACGAGATTGCGGGCATTAGCCCGGTCATTGAATGAATCTTAACACGCGACGTAAATCTATTAAATTGTAAATTGCTCAATTGTACGATCTCGCAATTTGGGGGGGGAG
>BEL3_Cis_LTR#LTR/Pao Ci000162 4-5% div
TGTTAATGCGAGAGTTTTTGTTGATTTAGATTATTATTTCCTGTTTTCTGTGACGTCATTATTTTCTCTCATTTGCCTTTTTATCCTTTGTTCTCTTTGTTTTTGTACACGTGTAAGGCGTGGCTTTAGTTTATTTCTTTAGTATTTTCGGTGACCTTTTTAGTTGTACGTGAGAGTCCGTGGTGAAACGACCAAAAGCGTTGAATAGNCAAAGCGATTGTGTTAAATAGAAAGAAAGATTAATCTGTAGTGAACGGATTGACCTGCCTAATCCCCCAAACTCAGGTATTTAATTTATATTCTTCTGTGTTTATTATTTATTGTTTCGTATTATTTATATTGTGTTAATTCGTTTCAGTTACCGCATTTCAATAAACTTCGCTGGAGAAAAGCGCGTAACTGCTAAGGGGCAATAGGGCNAATTCAGAACA
>BEL3_Cis_int#LTR/Pao Ci000445, Ci000162, Ci000712. ORF from bp 27 to 5954 encodes a protein 34 % identical (52% similar to Catch3 in Drosophila). Most elements are internal deletion products, missing bp 2755 to 5150 or 2972 to 5979.
GTAACTGAGTGGGATTGGCAATTTAAGTGCACATNATGGAGACGAAATTGCCCAAAGAGACCAGCACGTCGTTTGAGATTGAAACGAATCAGCAAACGCGCGACTCGCGAGCAAGTGCCCGAAGTGATCAGACAGACGTCGCCATGCAGAACTTNGCTGGTGAAGAAAATGTAACAACAAGGAAACATCGACATCTGGACAACGAACTTGNTGATGGGGATAACTTCGAAAGCTGGAANCTAATGGAAGGTGAACTAAACGATAAATTAGACGTACTGGATATGGCCATAATTGGAAATGATTTTGTCGGAGTGCAAAATGCGAGTTATAATTTATCATCGATAAGGTCAAACATGGAAACGATCATAGAGAAATTCGAATCAACCGAACGCGAAAGGTTGTGTTCGAGGATCACCAAATGCAAGGAACTTCTAGCTAAAGCTAAACAAGAGGCGAAAATAACTGTGATTCAGCTTCGACAAGAAAGAATCTCCTCGAAATCNAACTCCTACAAAAGTTCAACCAGCAAACGTTCTAGCCGAAAGGGTGAGTCCGCGGAAGAAATGATAAAAAAGGAGCGTTACAAACAAAATATCGCTGCTGCTGGTTTAAAAGCAAAACTCGCATTTACTAGGAAACAAAATGAACTTGAATTAGCAAAAATGCAAGCCGATAAAGATTTATCTTTAAATCGCATTTCCTGTGAAATCGCAGAAAACGACGCCCGAGCATCGGCTTGTCTGGAAGCGGAAAGAATTGAAAATCCTTTTGGAATAAGACCAGAGGATATTTTAGAGTTGCCACCTGTGAACAAATGTACGTCGTTTCGCGAACAAATGAACCATGCCGAACACACTTCAATTCCTCAGGCGGCAGAGAGCGTCCTTGCAACGACAACGGAGCGACACGAACGAATCGCTCCGAAAAGCACCTTTAATTACAATACACCACTTCCAATAACCACTTTACCCTCTGTTTCGTATAGATTACCGGATATAAAAGTAGATGTATTCGATGGCACCGCAATCAAGTTTCCATCGTGGGAAACGGCATTCGATGCACTGATAGAGGCGAGATCCAGTTGCGTTGCACAGAAACTTAATCTCCTACAACAACACTTAAGAGGCGAACCNAAGGAAGTAGTTGATGGCTTTTTTCTGTTGCAATCTGAAGAAGCGTATGAGGCCGCAAGATCAACTCTTAAAAAAAGGTATGGAAACGAATGCGTTATTAGCAAAGCGTTTACCGATAAGCTATATTCCTGGCCACAAATTCACCATTCTGATTCATTGGGTCTCAGACGATTTTCGGACTTTTTAATTCAAGTTCTTACTGCTAAGAACAAAATTGCAAGCTTAAACATTTTGGATTATCCGACCGAAAGTTCAAAAATAATTTCACGACTTCCACTCTTCATAGCATCGCGATGGAAAGACGCAGTAATAGATTGGAAGGAGAGGAACGCTGGTTCATACCCACAGTTCAAACAGCTAGTAGAGTTCATAGAACGCCAATCCGAGAAGGAAAACATACCGGAGCTTCAAAAGACGAAGGCAATTGANAATCGGAGAACAGCATCATTCGCTACAAGGTCGAATGACTCTCAAGATGGCCCAAGGAAAATAGACGGTAAATGTTTTTATTGCGGTGAACGACATCACATAGATGAGTGTGAACTGTTCTTAAGAATACCTAGAAGGGAAAGAAAGGATTTCCTAAGAATTGAACGACTATGCTACTCTTGCGGTTCAAGTCAGAACCACATTGCCCGACAGTGTCGNCAAAGAGTAAAATGCGAAATTTGCAAGAAGACGCATCTGACTTGTTTACATATGGATTGGGAAATCGAAAAAACAGAATGTAAATGCACTACGCTTTGTGGCAACGCNATTCAGGGAGACGACTCTTCGATGATTCTTCCAGTTTGGGTTAGAAGTACGAAGGCCCCNTCGACTGAAGTGCTGACGTACTGCATTTTGGATCCACAATCGAACAGTTCCTTTATTTCCGAAGAGCTTCAAGAATGTATGGGAGTTGCCGGCACAGATACAAATATCAACCTATGCACAATGATGGGTAGGAATAACGTTAGTGCCACTATACGAATTCGCAATCTAGAGATTTCCAGTTTTGACCGATCGGTGCGAATCCCTCTACCCGCCATTTACACACGACCAGAGATACCTGCAGCTCGGAGTCAGATACCTAGGCCTGAATACGCCTTGCGATTCAAACATCTAGCAAAAATTTCGCAGCAGATCTCGCCGTACAAACCGCATGTACCTGTAGGTATGCTCATTGGAACAAACGTTCCGTGCGTCATTCGACCCCGGGATATAGTCTGTGGGAAAGAAAATGAACCCTATGCTCAAAAATCGATCCTTGGCTGGGGTATCGTGGGCATCGTCTGTAAAAATCACCCAGGCGTTGGCGACTTGATAACTCACTGCTGCATCGCGAGTGAGGAATGTGCTAATGGCGCGATGATTATAAACGGGTGTAAGGAGANTATATCACCACAGCAAGTTCGCAAAGGGATGGAGCTAGACTTCCACGAGAAAGAGTGCAACGATGGAAGTGGAAGTAAACTTTCATTACAAGACAAAAAGTTCGAGAATATAATCGGCGAGAACATTGCACAATTACTAGATGGTGGATACCAAAGACCACTACGTTTAAAGCACAACAACATGCGACCTCCGAAAAGTCGACCAATAGCGAAANGGAGACTTGGCCATTTAAAGCGGCGCTTACAGCGAAATGGTCAATATAAGAGCGATTACAAAGAGTTTATGNACAATGTAATTAAACTTTTTGATAAATCAGTGGACAAGCCCTCAATGTATGAAAATACGAACCGGATAAACTACATACCACACACCGGAAAACATTATTCCAAGAAGCNAGAAAATCTACGGGTTCTATTTGATTACGCAGCGGAATACCCTGGTATAAGCTTAAACGATTACCTTTTACAAGGGCCAGATATGCTAAACAGCCTTGTGGGCATTCTTTGCCGATTTAGACTGCATAGAACTGCAATCATCGCAGATATTGAGGCAATGTTTCATCAATTTAAAGTGGAAAAGCCATATCGTGACCTTTTGCGCTTCTTGTGGTGGAAAAATGGCGACCTCGAGAAACCTATTGTGGAGTATCGCATGAAGGTCCACATTTTTGGTGCTGTTAGTTCTCCAGGTTGCGCTAATTATGGTCTTAGGAAAGCGGCAGATGATGGTGAAGCCGAATTTGGAATTGAGGCGGCAAACTACCTTCGAAAAAACTTTTACGTCGATGATGGTGTTATTTCTGTTCCAACTACAGAGAATGCAATTGCTCTAATCAAAGACAGCAAAGCTTTGTGCGCAAAGGCAGGATTACGGCTACANAAGTTCGCCTCGAACGATCGGGNCGTTTTAAAACAAATCCCTTTAAGCGATCGATCCAAATCCCTACGTGACATTCAAATTGGAATCCATCGTCTTCCCAGGGAAAGAGTTTTGGGGATCACATGGTGCTTGGAAAACGATTCATTGTGTTTTCGTATCGAATTAAAGGACACGCCTCTGACACGAAGAGGNATTTCAGCCACTGTAAGTTCTGTTTACGACCCGTTAGCATTTACAGCTCCTGTGATGCTGGAACCGAAGCTGATATTGCAGCAGTTATGCCGCGAAAAGGCTGACTGGGATGATGATGTTCCCGAAAATATTCGATCCCGATGGGAAAAGTGGAGATATAANCTNAAGGGCTTTCGGGAAGTTGAAGTNCAACGGTGCTACGAGCCACCAGAATTTGGAACAGTAGTAACCCGTGAGTTGCATTATTTTTCTGACGCAAGTACAGTTGGATACGGTCAATGCACCTACCTAAGAATAGTGAACAGCCAGCAACAAGTGCACTGTGCTTTTGTATCTGGTAAATCAAGAGTAGCGCCCTTGAAGCAAATTACAATTCCGAGGTTGGAGTTAACAGCCGCTGTAATTTCAGCGCAGGTGAGCGCTTATCTAAAGCAACAGCTTTACTTTGAAAATTGCAGAGAATACTTCTGGGTTGACAGCAAGGTCGTGCTCGGTTATCTTGCTAACGATGTCAAGCGTTTTCAAATTTTTGTGGCTAATAGAATTCAGCGGATTAAAGACTATACCAATGGTGGCGACTGGTTACATGTAAAAACCGCCGAAAACCCTGCTGATCTAGCAAGTAGAGGAATGCTNCCAAACCAGCTAACGGCTTTATCGCCATGGCTGCGAGGACCAAACTTCTTCTGGAGAACAGATTTCCTTCAACCAGACGTATCAAACATGTTAGAAGAAGAGGATGTTCAAAAGGAGTTACAACTCGAAATGAAGCGAGTCGCTGTGATAAATACGACCGTGAGACCCCTAGATCGTTTTGACATTGACAGACTTCTCCACATCTCCTCTTGGTTCAGAGCAAAGAGGGCAGTCGCAAATTGTCTGCGTTTTACTCGACGTCTCAAGAACAAAACATTGGTTCCTGTGACACGACAACTGATGCACGAAGCAGAAGTCATTATACTGAAAGGTACGCAATTAAGTTATTTTCCAGAGGAGTATGCATCGTTGATGAGTCGCAACCGCGGAAAAGGTTGCAATAGTTCGTCGAAATCGAAGTTAAACAGCAGTCTGCTAAGACTGAGTCCATTCGTAGATGACTGNGGCGTCATTAGAGTTGGAGGACGACTTCAGTATGCAAATTGGGGCTTTGAAGTGAAGCATCCCGTNATTCTACCAAAAGTTGGTCATATTGTGGAACTGTTAATCAGACATTCACATGAGAAGGTACAACATAAAGGTANAACTGGTACACAGAACTGTATACGACAAANTGGATATTGGATTATTAACGGTTCATCTAGAGTCGCGCATTATATAAGTAAATGCGTCATTTGCAAACGGCTGCGTGGTGGANGGCAAACACAGAAAATGGCGAATTTGCCAACGGACAGACTGCATGAATGTCCACCATTTTCTTACTGTGGCGTGGACTACTTTGGTCCGTTTTATATTAAGGAGAAGCGGTCAATGATAAAACGATACGGTGTACTATTCACTTGTCTCGTGTCTCGAGCGATACATTTGGAAACTTCTAACACTTTGAACACAGATTCCTTCATAAATGCATTGCGGCGTTTTCTTGCCCGTAGGTGCCCCGTGTTGCAGATGAGATCCGACTGCGGGACAAACTTTGTTGGCGCATTTAACGAATTGAAGAGCGAAGCAGGTTCAATCAATCAAGAGAGCATTAAACAATATTTACTTCGACAGGACTGTGATTGGGTTCCTTTCGAATTTAATCCCCCTCATGCAAGCCACATGGGAGGGGTTTGGGAAAGGCAAATTCGAACTGTAAGAAGCTCACTGGAGCTGATGTTGAGACGTTTCGGGGAACAACTCGACGACGAGACTTTTAGAACCCTAATGACGGAGGTGGAAAATATCGTCAACTCGCGCCCCTTAACTCACAGCGGTTTAAACGAAGCAGGAGAACCTGAGCCTCTTACACCGAACCATTTGCTGACAACAAAGTTAAAACCTTTGCTTCCACCACCTGGCAACTTTCAACANACGGATATGTACGTTAGACGGAGATGGAGAAGAGTCCAATACTTGGCGAACGTTTTTTGGTCTCGCTGGAGAAAAGAATACCTCCAGACCCTACAAGTTAGGACGAAATGGCGCACCATTCAGGACAATATTCAAGTCGGCGATATCGTATTGTTGGTCGATGAAAACGCAACCCGAAATATTTGGAAGATGGGAAAAGTGTTGAAGGTGTACCCAAGTGAAGATGGTCTTGTTCGCAAAGTGAACATTCTCGTCGGTGATGGCCGAAGAGATGAAAGGGGCAAACGCATATCACCCTCAACAGTCCTAGACCGCCCCATCCATAAGTTGATCCTACTACTTCGAACTGGTGAAGAGTCGTAAGAGAGAGGCAACCGTTAATGTTAAACGATTACCCGACGAGGAGCCAACCAAACCTATAAACTTGTCTTCGTTATCGCCATTTACTGTATTGTTTAACGCCATTTACTATGTTGNTTAACGTTTTTCAAAGGGAAAAATTTGTGAAATTTTTGGGAAGCCA
>BEL4_Cis_LTR#LTR/Pao 5 bp dups
TGTTACTGCACCGCTGCAGTAGTTTTGGTTCATKGATCGTTTTGGTTCATTGATTGTTTTGGTTCATTGATTTTGATTACATTTTATTTCTATGATTTGTCCTTGGTGATTTCACGTTTTTTAATTTGAATAGTCCTTTTCGATTTCGGCTGCGAGGAAGCAGCAGTTTCTTTTGGTGAATAATACTTAAGGTATGTGTTTTGATACGTTTTGGTTTGGTATNTTCGTTCAAGTTATTAATGGTGTTTTAATTTAATATTATAGGAGTAAACATTCAACATTCCTCGAAGTAACGGACGCGCAATTGTTAAGGTATTATTTTGTGATAGTTTTTTCATTTTTCCTTTTTATAKCGTCTTACATGCATTTATGTTTTTTTAGTTACCGCTGAAACACCAAATAAAGGAATTGGANANAGCGCGTCAACTTTATTGCGTGCCGCCGTAACA
>BEL4_Cis_int#LTR/Pao Ci000710, Ci000626, Ci000646 ORF from 27-2287 (peptidase) and bp 2187-5127 (RVT, int).  Products 57% identical (73% similar) to BEL3_Cis protein.
GTAACTTAACAACGACGTCGGCGTTGATTGGCCTCTATAGTGACTGGAACCAGATAATCCACAGAGTGAACTAATAATGGATGACACAATTACGGACAAAATTNATCTGGCGGTAATTGATGAGATGAATGTGACAGTGCGTCGGCATGTAAATCTGAATAGAAAGNTAATTGCCCAAGAAGCAAAGTTTANTTATTCAATCGAAAAGGTGCAGGAATCCGTGATCGTGTCTGATGAACACGAACCAATACAACGGGCAGTAACCAATTTATTTAAACANAAAAGGAATTTTCGAATCTTAATGACCGACCTTGAGAATGAGGGTGATCCGTCCATGTTCAGTAAGTGGTCCGAAAAAGCAGGACGAATGCAGAGTTTATTCAATGAGACCAGAGACCTAGCTCAAAACGCAATTGACAAGCGGCGACAAACCGAATTATGTGACAAGGCGACTAGGTCATCCCCTGCAAGCTACGCTCTACCAATAAAATTAGAAGTTTTTACGGGTAATCCCCTTCATTTTCCATCCTGGAATACCGCGTTCGACGCGCTCGTAGATTCGAACACTAATACGTGTGCTGCACAGAAGCTGAATTTGCTGCAGCAATACCTTTCGGGGGACCCCAGATCGGTGGTGGAAGGCTACGTTCTGTTGCAGTCGGAGGAGGCGTACGCACAAGCAAGAAAAATATTAAAAGAACGGTATGGAAACGATAGTTTAGTCAGTAAATCCTTCACGGATAAGCTAAATGCTTGGCCCAAAGTAAATGTAAATGATGCTAAGGGTCTAAGGAGATTCTCCGACTTTCTCAATCAAATTGTGGCCGCCAAAAGCCAAATCACCGAATTAGGGGTTCTTGACTTCTCCAATGAAAGTACAAAAATTGTTGCACGGTTACCGCCGTTTATTATTAACAAATGGCGTGACATTGTACTCGCATACAAATTATCTGAACATGGAACTTATCCACCATTCGAAAAATTAGCAGAATTTGTGTCTTTGCAATCGGAGCGGGAGAATATCCCGGAATTGCAAGGNATTGGCTTGACCTCTGATCGCAGAGGGAACTTACAAAGCAAACCGACCACTCCATTNTACAACGCGTCAAGTGAACCGTGGAGGTATCAACAACAGGTTAATAGATCGTCGCCAAATTTGAACTGCACGTATTGTAAAAGTTATAACCATGGACTAAACGAATGCAATATATTTATGAAATTGAATTTATGTGATAGAAAGGATTTTCTGCGAATAAATAATTTGTGTTATGGGTGTGGTTCAAGCTATACTCACATTGCGAGAGAGTGCACGCATCGGGCTACATGCAAAATATGCAAGCGTTCTCACTTGACCTCGTTACACGTTTATTGGACCCCACAATTNTATTGCAATCGCCTGAAATCTACTCCAACTGACATAACCCGCAGACAAGAAAGTTCGATGATAGTTCCGGTATGGGTAAGGGATATAAGTCAACCACAATATTCAATCCTTTGTTACAGCATTTTGGATGGTCAATCGAACACAACGTTTATATCGGAGGAGATATGTCGACGATTGAATAAGAACGGAACTCCAACTCACCTGGATTTAACTACCATGGCTGGACGAGGGCAGATTGCACGCAGTCGTCGAATANCCAATATCGAGGTACTGAGTTATGACAGAAAAGTGAAATTTAAAATAGACCAATCGTACACCTGTCCAGAAATTTCACNGGATCGTTCTCAAATACCAGTACCGAGTCACGCTGAAAAATGGTCACATTTAAAACAGATTGCAAAATTTATATTACCCCTGCAAGCGAACGCACCAATCGGAATGCTAATTGGAACTAATGTTCCTGGAGCCATCAGACCACGTGAAATTGTAGCAGGGGGAGAAAATGAGCCATATGGTCAAAAATCTGCTCTAGGCTGGGGAATTGTGGGTAGCTGTGTACCAGGAAGCGATAAAAAAAATTTGCATCGGTGCTATGCCACCGACAATAGCGCAAGATTGGCCATACGGTTAAACGAAGGATCGAAGACGAAAGAGATTATTAGTCCATCCCGACTGAGACGATGGATGGAAACCGAATTTGTTGAACAGCGGTGTACCGACACAAAAAGATACTCCCAACACGACAGAATATTTATAAAATCTATTAGCACAAATATCACAAAGCGGGAAGATGGACACTATGAAATGCCACTTCCATTAATATATCAAGATATTACTATGACCAAAAACCGACCTTTAGCCCTGAAACGACTATGGCAACAAAAAAGACGTTTCATAAAATAGCCGCAATATGCAAAAGATTACATCGCTTTTCATGCAAGACGTCATTAAAAACTGCNCTGAGAAGCTTTAAAAACTGGATCAACTATATACCGCACACTGGAATATACAACCAACATAAGCCTGGGAAAATCAGAGTAGTTTTTGATTGCGCTGCCCGCTTCGGTGGTTTATGTTTGAATGACGTATTGCTCCAGGGACCTGACTTGATGAATGATTTAGTGGGAATATTATGTCGTTTTCGCAGGCATGATATAGCGGTGACTGCAGATATTCAAGGTATGTTTCACCAGTTTTTCGTGGAGGCGAAATATCGGGATCTACTACGATTTTTGTGGTGGGAAGATGGCAATATAGATAACCCTATTACTGAATATCGTATGAAAGTGCATATTTTTGGCGCTGTTAGTTCGCCTGCGTGTGCTAATTTTGGACTACGACGAGCTGCTGACGATGGAGAACTAAAATATAGAAAAGACGCTGCGGATTTCGTAAGAAATGACTTTTATGTGGACGATGGAATTACCTCGGTAAGTGACCGAGCAACCGCAATTTCTCTCATAAAACGAAGCAAAAGTTTGTGTGCAGAGGCGGGACTGCGTTTGCACAAATTTACATCCAATGATCGCATCGTATTGGATAGTATACCAGAAGAGGACAGAGCAAACAGCGTACAGAGGATAGACATTTACAAGAATCCGCTTCCTGTTGAAAGGATATTAGGAATATATTGGTGCATTGAAAACGATTCGTTCCAATTCCGACTTATAATGAAGGACGTTCCTCTCACTTGCCGTGGCATTCTGTCAACTATAAGCTCGGTTTACGACCCTTTGTCTTTTATAGGTCCAGTAATGCTAGAAGGTAAACTTGTGCTACAACAACTCTGCCGGGATAAAGCGGATTGGGATGATATCCTTCCGAGCGATTTACAAGTACGGTGGGAGAAATGGAGAACAGAAATGCAGAGTTTGGAGCAAATCCAAATCAAACGTGTCTTTCATCCAAAAGGGTTTGGTAAAGTACAAAAATTGGAAATGCATCATTTCTCGGATGCGAGTAACGTAGGTTGTGGTCAGTGCTCTTACGTACGTTTGGTGAATGAGAATCACGATGTGTGTTGTGCATTAGTTATGGGAAAGTCCAGAGTAGCCCCCCTAAAACCTGTCACCATTCCGCGACTGGAGTTGGTCGCTGCCGTGTTGTCNGCTAAAGTAAGTAAATATCTTGGCGAGCATTTGCCATGGGAAAAAAGAAAGGATTATTTTTGGACGGACAGCAAAGTGGTACTTGGATATTTATCTAACGATGCAAAGAAATTCGAAGTTTTTGTAGCAAACCGAAAACAGGCGATAAGAGAGATTACTGACAAACGGAGCTGGAATTATATACCGTCAAAGCAAAATACGAGTGATTGTGCCAGTCGAGGATTACGACCAAGTCAATTGACAAGCGATTMAACCTGGCTACGAGCACCTTCGTTCTTGTGGAAAGGGGAACTGGTCAAATTTGATGTCGGAGTGGATGACGACACCCTTACAAATCAACAAATCGCGACGGAAAGTAAAAATTCGGTAGTTCTGATCACAGACGGAAGGGATGTCGACTTGGATTTGGAAGAACGATTGTTCCACCTTTCTACCTGGTATAGGGCTAAAAGGGCAATTGCCAACGTACTACTGTTTAAACATAAGTTGCAACGAACCCTGGAAATACCGTTTTTTACGCGAACACTACTGCTGGAGGCTGAGGCTTTGATCTTGAAAAATCTGCAGTGTCATAGTTTTTCTAATGACATAACTATCGTTTCAGGAATATCCACAGAAAGAGATTTAGATCGACACACATCCAAACTAAGGAAACACCAATTGAAGAAAAGCAGTTCATTATTTCAGCTCGACCCATTTCTCGATCAGCATGGAGTACTTCGANTTGGTGGNAGATTGGGATATACTAATATTAACGATAAACTTAAACACCCCATAATTATTCCAAGAAATACACACATCACTGAGCTAGTGATACGACACTGCCATGAAAAGGTTCACCACATGGGTCGAACGTCAACTCACAACTATGTCCGTCAGAGTGGTTTCTGGATAGTAAATGGTTCGTCTGCTGTGGCCCATTATATAAGTAAATGTGTGGAATGTCGTCGCCTCCGTGGATCTTTGCAAACTCAAAAGATGGCCAATCTTCCGGGCGACANATTATATCAAGGTCCACCGTTCACCTATTGCGGAGTAGATTACTTTGGACCCTTTTTAATTAAGGACAAGAGATCTATAGTNAAAAGTTATGGAGTTTTATTTACATGTATGTCATCCCGAGCTATACATATCGAAACGGCAATTAGTATGGATACAAGTTCGTGTATAAATGCGCTTCGACGTTTTCTGGCCAGGCGGGGACCGGTGGTACAAATCCGCTGCGATTGCGGCACCAACCTAGTTGGAGCTAACGATGAACTGACAGCCAATTGCATCATCAATCAACAAGAACTAAGGCAGTTCCTTCTCAGGCAAGAGTGCGATATGGTTGAATTTAACTTCAACGCCCCACACGCCAGTCATATGGGTGGAGTGTGGGAAAGACAGATCCGAACCGTGCGTAGCGTACTTGGCACCTTATTGTTTCAGTACGGCCAGCAGTTGGATGACGAGACGTTCCGAACCTTCATGACGGAAGTGGAGAATATCGTCAACTCTANACCATTGACGATAGCGAGTATGACCGATGCTGGATGTCCAGAGCCGTTAACTCCAAACCACATCTTAACAATGAAGAAGAGACCGCTTTTGAGCCCACCGGGAGCATTTGTAAAAAAACGATTTGTACGTTAAGCGACGCTGGAGAAGTGTGCAATACCTAACCGATCAATTCTGGACTCGCTGGAGAAAAGAGTTCNTGCACACTTTGCAACCGAGAACGAAGCGGCAAAGGGAGCAAACGAAAAAAGCAAGTGGGGGATGTAGTAATTATGAAGAATGATGACAGCCCAAGAAATCGATGGCCACTTGCACGAATACTGGAGNGTTATGCAAGTAGCGACGGACTCGTACGGAAGGTGAAAGTGTTAGTGGGGTAACACGACAGAGATGACCTTGGACGAAGAATTAATGCACCATCGGTCATGTTAAGGCCAATACACAAACTTGTTTTATTGTGCANGGCCGATACCGGGGATTCCCGAACGGGGAGCCAAGATTAAAGGTCACTCAGACTAGACAATGATATCGTAAATTGGATGTTGACATGTGCGAACAAAATATACCGACTACGCCCCACGGCTTTAAAAAAATCTGTGTANATTTTTGGAGAGCCA
>BEL4a_Cis_LTR#LTR/Pao
TGTTACTGCATCGCTGCAGTAGTTGTTTTGGTTCAGTGCTTTTTATGGTTGGTTGATTTTGTTACATTTTATTTCTATGATTGTCCTTGGCGAATTTACGTTTTGATTTGTATAGTCCTTTTTTGTGTACGCCGGCTGCGGGGAAGCAGCAATTTATTCAGTAAATGGTAAATGGTCAAAGAAGTTACGGACGTGCAATTGTTAAGGTATTATTTTGTTATGGTTTTTCTTTTTTATAATGTCTCGTACTAATTTATGTATTTTTTAGTTACCGCTAAAACAAGTAATAAAGGAATTGGAAATAGCGCGTCAACTTCATTGCGTGGCACCGTAACA
>BEL4a_Cis_int#LTR/Pao Ci000072, Ci000434 Full ORF from bp 44 to 2443 encodes peptidase, but lacks RVT and int
GTAACTTAACAACGACGTCGGCGTTGATTGGCATCTACAGTGACTGGATCCAGATAATCCACAGAGTGAACGAATAATGGATGACACAAATACGGACAAAATTAATCGGGCGGTAATTGATGAGACGAATGTTACAGTGCGTCGGCATGTTAATTTAAATAGAAAGTTAATTGCCCAAGAAGCAAAGTTCAATTATTCAATCGAAAAGGTGCAGGAATCCGTGATCGTGTCTGATGAACACGAACCAATACAACGGGCAGTAGCCGATTTATTTGAACAAAAAAGGAATTTCCGAATCTTAATGACTGACCTTGAGCATGAGGGTGATCCGTCCATGTTTGGTAAGTGGACCGAAAAATCAGAACGATTACAGATTTTATTCAATGAGACCAGAGACCTAGCTCAAAACGCAATTGACAAACGGCGACAAACCAAATTGTGTGACAAGGCGACTAGGTCATCCCCTGCAAGCTACGCTCTACCAATAAAATTAGAAGTTTTTACCGGTAATCCCCTTCATTTTCCATCCTGGAATACCGCGTTCGACGCGCTCGTAGATTCTAACACTAATACGTGTGCTGCACAGAAGCTGAATTTGCTGCAGCAATACCTTTCGGGGGACCCCAGATCGGTGGTGGAAGGCTACGTGCTGTTGCAGTCGGAGGAGGCGTACACCCAAGCAAGGAAAATATTGAAAGAACGGTATGGAAACGATAGTTTGGTTAGTAAGTCCTTCACGGATAAGCTAAATGCTTGGCCCAATATAAATGTAAATGATGCTAAGGGTCTAAGGAGATTCTCCGACTTTCTCAATCAAATTGTGGCCGCCAAAAGCCAAATCACCGAATTAGGGGTTCTTGACTTCTCCAATGAAAGTACAAAAATTGTTGCACGGTTACCGCCGTTTATTATTAACAAATGGCGTGACATTGTACTCTCATACAAATTATCTGAACATGGAACTTATCCACCATTCGAAAAATTAGCAGAATTTGTGTCTTTGCAATCGGAGCGGGAGAATATCCCGGAATTGCAAGGTATTGGCTTGACCTCTGATCGCAGAGGGAACTTACAAAACAAACCGACCACTTCATTCTACAACGCGTCAAGTGAACCATGGAAGTATCAACAACAGGTTAATAGATCGTCGCCAAATTTGAACTGCACGTATTGTAAAAGTTATAACCATGGACTAAACGATTGCAATATATTTATGAAATTGAATTTATGTGATAGAAAGGATTTTCTGCGAATAAATAATTTGTGTTATGGGTGTGGTTCTAGCTATACTCACATTGCGAGAGAGTGCACGCATCGAGCTACATGCAAAATATGCAAACGTTCTCACTTGACCTCATTACACGTTTATTGGACCCCACAATTCTATTGCAATCGCCTGAAATCTACTCCAACTGACATAACCTGCAGACAAGAAAGTTCGATGATAGTTCCGGTATGGGTAAGGGATATAAGTCAACCACAATATTCAATCCTTTGTTACAGCATTTTGGATGGTCAATCGAACACAACATTTATATCGGAGGAGATATGTCGACGATTGAATAAGAACGGAACTCCAACTCACCTGGATTTAACTACCATGGCTGGACGAGGGCAGATTGCACGCAGTCGTCGAATATCAAATATTGAGGTACTGAGCTATGACAGAAAAGTGAAATTTAAAATAGATCAATCGTACACCTGTCCAGAAATTTCACAGGATCGTTCTCAAATACCAATACCCAGTCACGCTAAAAGATGGTCGCACCTAAATCGGATTGAAAAATTTATATTGCCCCTGCAAGCAAACGTACCAATCGGAATGCTAATTGGAACTAATGTTCCTGGAGCCATCAGACCACGTGAAATTATAGCAGGGGGAGAAAATGAGCCATATGGTCAAAAATCGGCTCTAGGCTGGGGAATTGTTGGAAGTTGGGTTCCAAAAAGGGGCACAGAGAATTTGCGTCAGTGCTATGGGACGGAAACTAACTCCAAATTGGGCGTACCGAAAAACAAACATTCAAAAACGAAAGAGTTAGGTTCATCTGGACTGTCTGAATTTGTCGAACCACCGCTCAGCGACAAAGGGAGCATAACGGATGCTGAATGTCCAAAACCATTAACGTCGAGCCACAACCTAACATTAAAGAAGACGTCTTCATGCCCTATTAGAGCTGTTAAAAAGAACGATGTGTACGTGAAGCGACCTTGTAAAAAGGTAGAGTACCGGACAAATCAATTCTGGGCTCGCAGCAGAAAAAAGTTCTTGCTCACTTTGAAACAAAGAAAGAAATGGCAAGATGGGCACACGAACATGAAAGTGAGGGATGAGGTACGGGCGACACCGGGGATTCCCGAACGGGGAGCCAAGGTGGAAGGTCACGCACACCGCATAATAAAATCGCAAATAAGATGGTTACATATGCAAAGAAACTTTTAGCTAATATCTTGTTTAAAAAAAATCGGTACATTTTTGGAGAGCCA
>BEL4b_Cis_LTR#LTR/Pao Ci000072 
TGTTACTGCACCGTTGCAGTAGTTTTTTGGTTCGTTGATTGTTCATGGTTGGTTGATTTTGGTAAATTTCTATTTCTATGATTTGTCCTTGGCGATTTTACGTTTTTGATTTATANAGTCCTTTTCGAGTTCGGCTGCAAGGAAGCAGCAGTTTATTTTAGCGATCAAGGAATTAACGGGCGCGCATTGTTAAGGTATGGTTTTTTGTAGTATAGTTTCCCATTTTTTATAGCGTCTTACATGCATTTATGTTTATTTTAGTTACCGCTGAATACCGAATAAAGGATTTGGAAATAGCGCGTCAACTTCATTGCGTGGCACCGTAACA
>BEL5_Cis_LTR#LTR/Pao
TGTTACGGTCATTTTAGAGCCCAATCCCAATTACGTATAATTCCCGATTTCTGTGTGCTTAATGAACTGTCACGGCGTCTCTGCCGATTTGAAAGGTCATCGAAATTTCGGCCTTTTCTGTTCTTTACTACGTGAAAGCAGGTTTATTCATTGAGCTGTTCTATATCGCACGAAAGCTAATCCAGAAATTGTGTCTATGTGTCTTATNTGTACTGTATTGCGAATAAGCTACNGTTAATTTGCTATCGCAATTACAAGACAGCACAAGAGGGTGGTTTTACGTCAAATATAGAAGATAGANCAATCACTGGTCAAGTGCGTGGAGCAGCTCAAATTCGCCAACACAGGGTTGGCAACGTAGGGTAGGGCTTCGCCCCTGTTGAATCCTACA
>BEL5_Cis_int#LTR/Pao Ci000229, Ci000235, Ci000232, Ci000233, Ci000121 Product of ORF (bp 103 - 6066) closest to those of Bel_Cis4 and Catch3_DR of Danio rerio (~35% identity and ~55% similarity)
TACATTGATTTCTGGTTTTTCGTCAAGTTATTTCTAGATTGTACGTTTGAGGTACAATTGATTTCTGGAGCTCGGTTTACTGGTTTATCTCTGCATCTCAAGATGGCAACTGCTGAGAACGCGGCGCCGGTAGATTCGCTAATTGACGTCACTCCTAGCGCGGCAGAACTAAAAGCCGCGCGCACAGCTGCCTTGAGCACATTAACCAGACTGGAGAATAAGCTGCAGAAGATTATATCGAAAGAAGCTTCACATAAGGAAGTGTCCAAGGTAAAAGATCATTATGACAATGCCTGCGACGATTGCTTACGGATTTGCCGTCAATACGTGTCCACTGTGTTGACGGAAGGCGCTCGTACTGAAGCAGAAGCGAGAGTGGAGAACATTATTCAAAGGAAACAAATCGCGAATCAAGATTATAGACAATTTGTGCAAAACTGTGCTGCGGGCCGGTCTGTGGGGAGTGGCAGTAGGTCTAAGTCCAAGGCATCCTCTAGTCGGCGAAGTTCCGCTCGCATACAAGCACAACTGCTGGAAATGGAAGCCATACAAATGGAAAACGAGGCCGAGATCCAACGAAAGAGTTTGGAGCACGAGGCCGAGATCCAACGAAAGAGTTTGGAGCACGAGGCCGAGATCCAACGAAAAAGCGTGGAGCTTGACCTGCAGGTTNCCCGAGCAAAAGCGAAGGCAAAGAGAGCTATCCTTTTGGCGGAGGATGGAAGTGAACTTTCCGATTCTCTCGGCGCTTTGTCAAACGCCGAGGAGAGACCTCNAGAAACTGTTTTAGACAAAATACAGTCATTTACCTGGGATCAAAAGAGCCGGGCTGCTGCTGCTGATGCTGCTGCCCCGAGACCATTAGTTCTACAAGAACCCAATCTGCCGAATAGGCACTCTTCACCGTTTATTCCTAACCCAATACCCTATGGAACGGGGCCTTCCAACTATGGCGTTAATCATTGTGAACGCCCAGCAGCCCTAGGTATTGGTACGATACATGATGGAAGGAACTTAAAAGAAACCACGTTGGAAAATCCGCGAGGACAATTTGAGGTTAGCCCGTTCAATGCCGACTCGGTCACCCCGCGCTTGGAATTAGACACCTTTGACGGGAACATTTTAGAATACTATGGATTTATGAGTGACTTTCGCGAATATATTGAGGCCAGAGTGCTGAATGATGGCGCTCGCCTTAAGTTTCTTCTNAAGCTATGTGCAGGGGAAGCCTATGACACAATCAAGGGATGCAAGATAATCTCCGACAGAAGTCGTGGCTACCGCGAAGCTATACACCGTCTAAATGCTAAGTACGGTGAACGAAACTTGGTGGTGCAAGCTTACATGAAGCAGGTTACTGAAGGGCCGCTCTTGAAACCGTCGGACTCTGAAGGTATGTTTTTATTAGCTGATAAAATGTACAACTGCTACAATACTCTATCCGAGTGGGGCTACTCACATGATTTAAATAGCACAGAAAACCTGGGAAGGATATACGACCGGCTTCCTAATCATATAAAATTGGATTTCTGTAAAATTAGTCGATTAAAGGAAGCCGAAGACCAACGGCCAAGTTTCTTTGATTTAATGGAGTTGGTGCAGGACAGTGCGAAAGCGTCTCGCTGTTACTTCAACCAACGATATTACGCTTCGACATCGGGACCCTCACAATCAAGGAAAGGGAACAGTGAGTTTAAACCTAAACAAAGTTTTCCTAGAAAAGTAATGTTTGCCGCCGCTGAGTCTGTATCTGAACCTATAGAACACGCAGGGACGACTNACAGGAGACCTTTGTGCTGTTTATTTTGCAACGAGACACACTCTATTTGGAGATGTAATCTCTTTAAAGGTGAAACCGTTCAGGAAAGAACAAATTTTGTCACGGCACGGAAGCTGTGCTTCAATTGTTTGCGTGCTGGCCATTTTTCCCGGCAGTGTCGGTATCAAGGATACTGTGCGATATGTAAGCGCAGACATAATTCTTTGTTGCATATAGATGAAACCCCCAGCCCCTCTGGTGATCCTCCGCCAAGTAATCCCGAGCTGAGAGAGAAAGGTGTTGTATCTTGTGGTGCTCGTCAGCGAGATGAAAGGAAGATGAGAACCCCTAAAAGTTTCAAGGTGGTTCCAGTTAAGGTGTGGACCATGGATCCTGGTAAGAGTGTGCAGACTTATGCATTTTTGGATGATGGTGCGGACATATCTATGTGTGCAGTCAGTTTGGCAGAAAAGCTTGGTCTACCAAGTACAAATGAACGAATGGATCTGTACACACAAAATGCGGTGTCTCGTCATGCACTTATTTGCGATGACTTGTTTGTTCAAGGATTTGGGGAAAGCGAGACATTTAACGTACACGAAATGTTGATTACAGATGATCTGATAGATGTCAGTAGCAGCATTCCTACAGAAGAGGTGGCTGCGCTTTATCCCCATTTGAGGGACTTGAACTTTCCCAAACTGGAGAATGGAAACGTTGAGCTTTTATTAGGAAACAACGTCATCGATGCTTTCCGATTGACTGAGCAACGCAGTGGAAGGCACGGGGAACCACTGGGGCTCCACACCGCACTTGGCTGGACAATATTCGGGGCTGATCTCCCAGCAGCTGGTCGGGGCAAAGCTGAGGTGTCTCATGCTTGTGTGCAATTCATGAGACAGCGTGAACCTGCGGGTGATTCGTGCAATGAGATTTTACAATTATTTTCCAGGGAATTCAGTGACCTGGCACAGGAACAGAAATGTGAGATGTCTATAGAGGATAGACAAGCAATTAAGATGATGGAAGAAACGGCAACCAAAGTTGGCAAACATCATCAGATTGGACTACCTTGGAGGCAACCTCGAGTCACACTTCCGAGCAGCCGATTGATGGCGCTAAAGAGACTCAAGTCACTAAAAAGGCGCTTAACAGGTAACCCTGAATTATTTTCCGAGTATCGCCTAAAGATAAGGGAATACATCAGCCAGGGTCATGCCACCGTTGTGCCTCGTNCTGAGCTGGCAAGTAGTAACGCAATCTGGTATATACCACACCACTGCACTGGTCCGAAATTTCGGGTTGTCTTTGATTGCGCTGCNTGTTTTAACGGTGTGTGTCTGAATGACAACTTACTGCAAGGGCCTGACTTGACTAATAACCTGGTCGGAGTNCTTTTACGTTTTCGCCAGGAGCGTGTTGCTCTTGTGGCAGATATAAAGGGCATGTTCCATCAAGTGTTGGTAGATCCTAAGGACCGTGATGCCTTGCGCTTTCTATGGTGGCCAGACGATGACATGGATAAGGAACCAGTTGACCATCGGATGAACGTGCACATTTTTGGAGCAACTTCGTCGCCTAGTTGCTCATCCTTTGCTCTGATGAGGACTGCTCAGGAAAATGAAACGGGGGCTGATGAGATAACCACTCGGACGGTAAGAAGGAATTTTTATGTAGATGATTTGTTAAAATCATGTAGATCTGTNGATGAAATGCTCAAACTAGTAGCACAAATAGTTCCATTGCTGGCTAGTGGGGGGTTTCACCTTACCAAGTTCTTAACTAATGAGAAACGAGTTTTAAGTTCGATTCCAGTTGATGATATCGCTTCATCGATGTTGACTATAGACCTGCATGGACTTCCAATNGAACGAGCACTCGGCGTATCCTGGAACACCGGGACGGATTGCTTTGAAATAAAGGTCAATGTAACGTTGAGACCGCCAACACGCCGAGGAATTCTTTCAATGGTGAGCCAGGTATATGATCCATTGGGTTTTGCTCAACCGTTTATACTGCCGGCTAAGAAGTTACTTCAAGTTGCCTGCCATAATCGTTTAAGCTGGGACGAACCGGTCTCCTCTGAACAGAGAGAAACATGGGATGATTGGCTACAGACCCTGGAAGGATTACAGGCGATCTCTATACCAAGGTGCTTCCGGCCACCCTATGAGGTACACCAAATCCAGTTACACTTATTTTGTGATGCCAGCAAGCTGGGATATGGGGCCGTGGGTTACTGTCGTATGGTAGATGAAAATCGCAAAGTACATTGTTCATTTGTGATGGGCAAGTCCAGAGTTGCCCCGATAAGCCCGGTTAGTGTTCCCAGGCTTGAGCTCACCTCCGCTGTTACCGCCGTAAGGTTAGCTGCTCTGATTAAAACAGAGCTCGAATATGACATTCATGATGTTGTGTACTGGACAGATTCTACCACTGTACTGCAGTATATTTCAAATACGGCCTCAAGATTTCAAACCTTTGTGGCCAACAGGTTGGAGTTTATACACCGTTCAACTCAGCCAAGTCAATGGAGGCACGTTAGCACAAACACTAACCCTGCGGACATCGCATCCAGGGGTCTGATGCCTAGTGAGGTTCACAAGGCGAAAATATGGTTTACGGGGCCGGAATTTTTGCGTCAACCCGAGGAGAAGTGGCCAGCACGTCCANTGGTGTTGCCACCGTTGTCCGAGGATCACGCGGAGTTCAGGATGAGGAAGGGTATCGTGTCTTCCCTTACCCAAGCGGCACCAGATAAAACCACCTTGCAATTGTTATTCGAACGATATTCTACGTTTTCTGCCCTGAGGCGTTCTGTGGCGTGGTTACTTCGGTTTCGCAAGTATCTAATTTGGAAGTCCTGTCGACCTCGTATTCTCCACCCCTCGGAATTTCCGTGGACGGGTTATCTATCCCACACGGAATTGGAAGAGGCTCTACTCTCAATTATAAAGGTGGTTCACCAAGAAGTGTTTGCTGCTGAAATGAAGCAGCTGCCCAATCATGAATCGTTCTCAACGATAACGCTACATTCGGTACGGCAGTTAAGGAAGTCACCAGTATTGGCTTCGCTGCAGAAATTGAGCCCGTTTGTTGTGAATGGGGTGTTATATGTTGGCGGGAGACTCCACAAATCCAGCCTGAGTGCGCAAGAAAAGCATCAGATAATCCTCCCCTCACGACACATTATTACTGATCTAATTATTTCTTATTATCATTGTAGACAGGGACACAGTGG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>BEL5b_Cis_LTR#LTR/Pao Ci000121 85% similar to BEL_Cis5_LTR. On average 2-3% divergence of copies.
TGTTACGGTCATTTTAGAGCCCAATCCCAAGTACCTAAATTCCCGATTTCTGTGTGCCCAATGAAGCGTCACGGCGTCGCTGCCGATTTTAAAGGTCATAGTAATTTCGGCCTTTTCTGTTCTTACTACGTGGTAGAAGGTTGTTATTGATTGAGCTGTTCTGGATCGCACGAAAGCAAACCCAGAAATTGTGTCTNTGCTGCTATGTTTGTATGTGTCTAGAAATTCTGCCCATTTTGTCTGTGTTAGCGCAATTAAAAGACATCACAGAAGGGTGGTTTGTTNCGAACATAGAGGATAGAGCAATCACTGGTCAAGTGCGTGGAGCAGCTCAAATTCGCCAACACAGGGTTGGTAACGTAGGGTAGGGCTTCGCCCCTGTTGAATCCTACA
>BEL5b_Cis_int#LTR/Pao Ci000547, Ci000230, Ci000121  Probably non-autonomous, despite 2 kb ORF from 660-2660. The ORF contains 6 large deletions with respect to the ORF of BEL5_Cis_int and has diverged 15% from it, but remained open. Interesting.
TTGATTTCTGGGATTATCACTGATTCAGTGATTTCTTGGCTTTTTGTCTGGATTTTTTGATTTTTGGATTTTCTATCACTGGTACAGTGATTTCTGGTCTCTTCGTGAGGTTATTTCTACATTGTACGGTTATAGTACAATTGCTTTGTAGATTGTACATTTAAGGTACAATCGATTTCTGTGTTTCGAGAAAGTGATTTCTTGACCTTGAGAAATTATTTCTGGATTTCAAGAAAGTTATTGCTGGCTTTCGAGAAATTGATTTCTGTTTTTCGTGAAATTATTTCTGGATTGTACGTTTAAGAGTACAATTATCTCTGGATTTTCGTGGTTTCTGGTACACTGATTTAGTGGTTTCTGGTTGTGTACGTTTTAGGTACAATTGATTTCTGAAAGCACGTTTAAGGTACAATTTATATCTGGTGGTGTACGTTTCGAGTACAATTGATTTCTCGGTGTATGTGAGAGTACGTTTAAGGTACAATTTATATCTGGTATATAAAGGTACCATTGATTTCCGGCTTCTGAGAAATTATTTCGGGTGTTTCGTANAATTGATTCCTGGTTTTTATATCACNAATTAAGTGATTTCTTTACTTCGTGGGTGCGTGTCGTTGATATCTGGAGCTTGATTCACAGATTTGTCTCTTCATTTCAAGATGGCAACCGCTTTCAACGCGGCCCTGGTAGATTCTTTAATTTACGTCGCTCCTAGTGCAGCAGAACTGGAATTTCTGCGCAGAGTTGCACTACGCACACTAACCAGGCTGGAAAATAAGCTGCAGAAGTTGATATCGGAAGAAGCTTCTCCGAAGGAAGTGATTAAGGTAAAGGATCGTTATGACGATGCCTGCGACGAGTGCTTACGGATTTGCGGCAAATACGTCTCTACTGTGTTGACGGAAGGCGCTCGTACTGACTCAGAAGCGAGAGTGAAGATCATTATTCAAAGGAAACAAAACTCAAATCAAGATTATAGGCAATTTGTACAAAAGTGCGCTGCGGCCCGGTCTGCAGATGTTGTCAGTAGGTCCANGGCGTCNTCTAGTCGGCGAAGTTCCGCTCGCCTACAAGCGCAACTGCTGGAAATGGAAGCCATACAAATCGAAAAAGAGGCCGAGATCCAACGAAAGAGTTTGGAGCGCGAGGCCGAGATCCAACGAAAGATTTTGGAGCTTGACCTGCAGGTTGCAAGAGCGAAGGCAAAAGCAAAGGCATACAAAGCTTCACTTTTGACGAAGAGTNGAAGTAAACCTTCCAATTCTTTAGGCGCTTTGTCGAATGACGAGGAGAGGCACGCCGAGGAGAGACATCGGAACACTGTTCCAAACAAAATACAGTTATTTACCTGGGATCAAAGGAACAGGGCTGGCGCTGCTGCTGACCCAATACCCGTAGTTCCAGTGGCATACAATCTGCCCAATATGAACTTTTCACCCTTTATTTCCAACCAAGTGCCCTTTGGAATGACCTCTTCCGACTATGGCGTTAATCAAGGTGAACGCCCAGAAGTCCTAAATATTGATACAAAACATGATAAAAGGAACTTAAAGATATCTGAATGTGAGCTGTCTATAGAGGATGGACAAGCAATTATGATGGAAGAAACGGCAACCAAAGTTGGCAAACATCATCAGATTGGACTACCTTGGAGGCTACCTCGAGTTACACTTCCGAACAACCGTTTGATGGCACTTAAGCGACTCAAGTCACCAAAGAGGAGCTTAACAGGTATAAAGGACATGTTCCGTCAAGTATTGGTAGATCCTAAGAACCGTGATGCCCTGCGCTTGCTCAGGTGGCCGGATGATGACATGGATACGGAACCAGTTGACCTTTGGATGAACGTGCACATTTTTGAAGCAACTTCGTCGCCTAGTTGTTTACCTTTTTCTCGAAGGAAGGTGGTTCCGAAAAATGATACCGGGGCTCTGTTGCCAAGTAAAGTTCAAAAGGCTATAATGTGGTTCAAGGGGCCGGAATTTTTACGTCAACCCGAAGAGTGGCCAGCACGTCCAGTGGTGTCGCCACTGTTGTCAGAAGATCACGCAAGGTTCAGGATGAAGAAGGGTATCGTGTCTTCCCTTACAGAAGCGACACCGGAAACCACCTTGCAGCTAATATTCAAATGGCATTCTACATTTTCCGTCCGAAAGCGTTCTGTGGCTTGGTTACTTCGGTATCGCAAGTACCTTCTTTGGAAATCGTGTCGACCTCGGATTCTCCACCCCTCAGAATTCCTGTGGACGAGATATTTATTCTATTCGGAACTGAAGGAGGCTCTACTCTCAATTATAAAGGTGGTTCACCTAGAAGGTTTTGCTGCCGAAAGAAAGCAGCTGCCCAATCATCAATCGTTGTTTACAACGATCACGCTACATTTGGTACCGCCGTTATTGGCTTCGCTGCGGAAATTACTAAAAGGAGCATTTGACGACTCTCTTTCACCGGACGAGGTTTTGAAGTCCGATGGATACAAACGATCATGGCGCGCGGTTCAGCTTTGTGCTGATAAGTTTGGGGAGAGATGGACTAAGGATTATTTGCCTACAACTCCGACAGAAGTGGCCGCGACCCACGAGAAACTTTGCTGTGGGAGACGTTGTGTTGGTCGTGGACGAGCTGAAGAAGCGCGGCGTATGGCCGAAGGGCGTAATTGAACATTGTACATATGATAAAACTGGCCTTGTCAGGCGCGTACGTGTACGAACGATGATGTCCACTATGGAGCGAGATGTACGCAAGCTGTGTCTGCTGGAAGCACATCCTTGAACTGTTACCCAGTGTGCTCGTGGCCGCAAGGCTGTAAATTGTATGCTTCGTTTAACCACTAGTTCTAGCCACGGATTTGGCTACTGTGTTTTATTTTTCGTATACTTGCCACCTAAGTTGTAACTGAGACGATGTTTTGTTATTACTACATTCCTGTGTATTTATACGTAGACATGTTGTTGCGCCCATTGTTTATATACCTCTACGGTAGTTTGTAATTGCCTTTATTTTCGAACTTAAGTATGACGTAGTGCAGAAGTGTTTTTTGGGTGATTGAAATGCCCGTTGATGTGTGTTGTAAAATTATTTCATTTACTGTTTTCAATAATTTGGGGCCGGTA
>Urukhai_Cis#RC/Helitron Ci000274, Ci000124, Ci001069, Ci000261, Ci000262 This is an incomplete sequence of a large element marooning the C. savigny genome. It is followed by a satellite-like sequence (UrukSat_Cis = Ci000268). There are multiple 5' end extensions and other indications of subfamilies. This sequence contains 4 long ORFs. ORF1 (bp 417-1847) encodes a protein with an 18 AA unit 6-fold repeated. Neither this nor the ORF4 (bp 7664 to 8371) product match known proteins (ORF4 could be fortuitous). ORF2 (bp 2155-3177) encodes a rolling-circle replication (RCR) initiation protein), matching that of helitrons (up to 21% identity and 35% similarity). The product of ORF3 (bp 3939-7520) contains a helicase domain (superfamily I) that is 45% similar to the C-terminus of RRM3/PIF1 in S. pombe, and at the C-terminus an endonuclease 47% similar to those found at the N-terminus of the pol proteins of L2-type LINEs found in Drosophila, rice and C. savigny itself (L2_Cis1). Unlike in helitrons, there may be no need for splicing. Perhaps Uruk was a helitron that picked up the endonuclease from a LINE-like element.
AGCAAAATATTGGCTGAAGTCCCTTTCACACTTTTAATTCATTAAGTTTTTGGTACATTCTATAACGACACACGACCCTTCTTAATTCGTATGATTGTTTTTAAATATACTGTGGCTTCTTTAACAATTTAAACAACCTGTAAATATTTGTGCCTAATGAATGATGTTTTGTTTTTATTTATTCTGTTCTAGGACAATNTGATGACACCTCGACTTGTCCTGCATAGACTGACTGAGGCTGAAATTTTAGAGGCTTCTGTGGTAAGCAATTGGCAAATTTAAGCTGTATGCCAATTTTTATTACTATTTTACTGTTGATAGTAAATAGAAACTTTATTGCATTTAGCTCGATTTTAACAAACTTTTAAAAAGGGAAACCAAATTTGACTGATAGTGTATGAATAAATTAATACTAAAAATTGCAGGTAAAATCAACACAACCCGTTTCAAAGGTTGTTGGAATCGGTAATCAGCGGTTTCAAAAGTGGTATGCTATGAATAAAAANCGTCACAATTTTAACCGAAGAAAGAAATACAAGAAAGATGAACAATTTAAAATTGCCGCTAAACAACGGGTTTTAAAAAATTACCACCAAGTAGAAGATGTAAAGAAAAGGGTGAAGAAAAGAGTTTTGGACAGCTACCACGGAGATGACAAAATTAAAGAAAAAATGAAACGACGAGTTTTGGACAGTTACCACGAAGATGACAAAATTAAAGAAAAAGTGAAACGACGAGTTTTGGACAGTTATCACGGAGATGACAAAATTAAAGAAAAAATGAAACGACGAGTTTTGGACAGNTATCACGGAGATGACAAAATTAAAGAAAAAATGAAACGACGAGTTTTGGACAGNTATCACGGAGATGACAAAATTAAAGAAAAAATGAAACGACGAGTTTTGGACAGTTATCACGGAGATGACAAAATTAAAGAAAAAGTGAAACGAAGGTCTTCTAGTCATATGAAGAGAAAGTATGAGAGTGACCCCAAATTTAAAACTGCCTTAAAAGAGACTTCAAAGAGGACATCAAAAATACGTTACGAAGACGCTGGGTTGAGGGAAATAAAGAAAGCAGCCATGGGGCGCATCATAAAGAAGAAATATTATCAAGATGCTGAATTCCGGAAAAATGTGTCTGCTCAATCCGCCAAACGCATTNAAAAGTTATACCACACTGATGAGGAGTTTAAGTCAACATTTGTAAAGAAAGTTAGAACTCGTCAATCAATAAAGACAAAAGAAAAGAAGGATATATCAAAATGCATTGAGGTATTTCGAGCTCATTGCAAACTGCTTCCAAAATATGCATGCTGTGTCTGCTATCGGGAATTCTTTTCAAAACAAGTGAAGCAGTTTTGCAAAAGCGATTATCCTCCAAATGTTGAAGCNTATGTATTGGATTTTAATATTGATGGCCATCAATGGATATGCTTCACCTGCATGAAGTACATGAAGCAAGGAAAGATGCCCCCTCAAGCTTGGAAAAATGGGTTAGACTTAGAAGAAATTGCACCCTCCCTAAAAGAATTAAATACTCTAGAGCGACACCTGATATCTCCAACTCTCCCTTTTATGAAGATAGTTTCTCTTCCACGTGGGGCACAAAAAGGGATCCATGGGTCGGTGGTCTGCGTTAATGCTGATGTTGGCAAAACCACTTCCATCCTTCCGCGATCAGCAGCATCTCACACTTTGATGAGAGTAAAGTTAAAACGTAAATTGGAGTACAAAGGCCATCATCTATACCAAGTAATTACCCCCAACAAAGTCAATTCGGCATTAGAATTTTTAAAAGAAAACAATCCTCTTTTTAAAGGTATGTTGGGTGCACTACATTTTTGAGTACTCACATCGTAACATTAATACATTAATCCATTTTAGATATTGATATTCATCATATTAATGAAGCTGAAAACGACCATCTACATTACACTGTAAATGAAAATCAAGGTGGGATTTTCGTGTTTTACACTAGCTGCTGTATAAAGTAGAAAATGTAAGTTTACCAACATGTTATCATGTTTATTAGACTTCGACCAAGAGCTGCTGGATGAAATTTTTAAAGACGATGAGGATAATAGCGGTGGTGAGTTTGGTTTTTACTATTTCGAATAAAGGGTATTGCAAATTCACAATAACGTTTTAATAAAAATATATTATAGCGAAAGATAAGCAAAAAGACGAAAATGCACAGACAACACCAGGTAAACCAGATATTGAGGTAAGTCAAACAACAACACCCCTTGTTTCGTGCCTTCAACCGGCGGACCCTGCCCAACATCTCTTGGACACAGAAGATAAGATTCTTTGTTTGGCACCCGGTGAAGGTAATAAACCAACGAAGGCAATGGAATCAGAAGCAAGTTGTTTTCCTTCATTATTTCCCAATGCAGAAAACACTTTCGTAGGNAAACGACCTCAAAAAGTAAGTTTTAATCGATATTTAAACTCTAGGCTTTTAAGTTATGATAACAGGTTTGCAGCGTGCCCTGAATATGTTTTTTGGGGTCAATTTATCAACGAAGTAACAACAGTTGCTTCGTCCCTNACTATCGCCATGCGGAAGAATACCAGCAGTACATCGGACGGAACAAAGATTACCAAGAGAATGTTGGTAAGTGACGAATCAGTTGAAAAACTGCTAAGAAAAGACGAAGCATACAAATCTCTCCATTCGATTCGTGGAAGTCCACCATACTGGGAAAAGACTTTGAGGGATCTGTTCGCCATGCTTCGGCAGCTAGGTAAGCCAACTTGGTTTTGTAGTTTTTCCGCAGCAGATAGAAGATGGCCTGAAATTGTGGAGGCAATTTGCGCTCAACAAGGTGTACCAGTACCGGAGCTTAACTGGGACACCTACTGCAAGTTAATTGCAAGCAATCCGGTCACTGCTGCAAGAATGTTTGACCAGAGGGTGCATCATTTTCTAAATGATATTTTAAGATCAGAGTCAAAACCTATTGGACACATCGTGGACTTTTTTTTTCGAACTGAATTCCAAATGCGAGGTAAGAATAATTCTAAAATAAAATTTATAAATGTCGCCATGCGTGTTTTAATTTCTGTTAATTTTGCAGGTTGGCCCCATATTCACGCGTTGTTTTGGGTTAAAGACGCCCCGCTCTATAAAATCAGTCCCGATGCAGAAGTGTTTGACTTTATTGATAGGTAACAAGTTTTAATCTGAATACCTTATTTTAAACTTTTTTTAGTAACTTCTTAATATTGTGCAGTAGTTATGTTTAATATTGTAAATGATAAATCTTCTACTTTGATTCGAATGAAAACTGATTTGTAGTTTTTTTTATATATTATTAAATAGCGGCATATTAAACAGCGGTTGAAAATTGTAGATGTGAAATTATAGATCATTACATAATTTTAAAATTAAAACTAATTCGGATAAGAACATCCATTTACAAATTTTAATTAAAAGGGCATGTTATTAACATCACACGGTGTATAGGTACATCAGTTGTAAAGTTCCTGATAAAAACGTGGATCCGGAACTTCACGAGAAGGTAAGTAAATTGCAAACCCACAGTCAAAAACACTCAAGTTCCTGTAGAAAAGGTGGTAAAATTTGCAGGTATGCTATGTGATGTGTTTTACATATTGTATACATTTAAATATGCATATTCAAAGTACTTGAAATGAAAAATACCTTTACGTCGTTTTGCAGTTATTTATAAAAGACGTATGTGGTACTAAATATGACTTAAACGCTCATAATTGTTTAGCAGTTTTCAGCTTTGCCTTTCACAATGCCATATATTAAAAAAAATAATACAAAAAAGAAATTTACCCGTTGAAAGATTACGTCCTACAAATATATTTTTCGGTTGTTTTTAAATATATAGAAATGTTTATGAGTTGAGCATTATGTTATAATAATGGTAACTTGTATAGGCTAACACGGGAAACTAAACTTAAATACTTTTATATAACAACAGATTCAACTTTCCACGTCCGATTAGTTCCGAAACATTTATTTCGGAACCACTGGATAAAGAAAAAAAGACGAAGGAAAAACGCGACACAGCAATGGCCGTGTTACAAGCGGTCATGGACATAATCAACGACAAGGATWGTGACGTGGATAAAGCGGTTGACATTCTTCAGAAGGCAAACATCTCGTTTAAAGATTACGTAGAAGCTCATGACATGCTTTCTACCAGAAGGTCAGTAATATTAAGTCGTGACCGTAGCGAATGCTGGGTGAATGCCTATAACCCGGACCTCCTACGATCTTGGGATGCAAACATGGATATTCAGTATATCCTGGATGCATATAGCTGCATAATGTACATAGTATCGTACATTACAAAAGGAGAACGGGAATTCGGNAACTTAATTAAACAGGCACTTAAAGAGGCACATGAGGGCAACGTTGATGCCCTCACAGAATTGCGCCTCCTGGGAAATAAATATTTAACCCACCGAGAGGTGAGCATTATGGAAGCGGTTTACCGTTCCATTGGGTTAAAAATGAAGGAGAGCTCGCGAAGCGTTGTCTTCGTTCCTACTGATCCTGATTGTGTCAGGATGAGCCTCCCTCTAAGCAGGCTCGCGAACCACGCAGAGGACGACACCCAGATTTGGATGACCAACATCGTGGACAGATATTGTAATCGACCTTTTAGTTGTCATTTCAGGTTTATGAGCCTGGCTAGCTTTGCATCCTGGTACAAATATGTACCAAAAAGCCAGCGCTCGAAGACAGAAGTTGACGATGAAGCTGAAGAGGATCGCACAAATAACAGCCGCCATATTCCNCTCCATAATAACATGGGGGCAATTCAAAGACGCCTTAATCAGGCAATTATTCGATTTCCGAAATTTCGTCAGGATAAATATCCTGAAAAATATTATTTTAACTTACTCCAACTTTATCTACCCCACCAGGGACTAAGCCTACCCTCCGGCTACACCACGTACGAAGAATACTTTGACACTGGTGTGGTGATCATCAATGGGGAGGAATCACCTATTAATAAGGTGGTTGCCATTGAAATGGCAAAATTTAACAGGTTGGCAAACGCCGAGGACATCTGGGATGAGCTTCCACACGATGCTGAGCAGCTGCAGGATGCTTGGTCCCAGATTGCTCCTTCCACAGAGCAAACCCGACAAGAAGAGGAAGATGAAGGGTTGGAGGAGGGAGGTATAGAACCTCTCGAACCAGTGGAGCCCATTTTTGAAACTGGTTGGGTAGATGGTAAGCTGCGAGATAAAACACAGCATGGTATGGAATACCAGCTGGAGCCGTCTAAGTCACGGCTCTCTTCAGACGATGCTTATAAAATGAAGCAAAATCTGAACACGCAGCAGCAGGTTGTGTTTAATTACATTCGAAAATGGTGCTTTAATGTAAAACAGGGTAATAGCACTGCCCCATTTCACCTGTTTGTTACCGGTGGTGCTGGTACGGGGAAAAGTTTGTTGATTAAATGCATCAAACATGAGGCCTCCCATATATTTTCGGACCTAACCAATTCACCGGATGATATAACCATTCTTTTAACAGCGTTTACAGGTACAGCTGCATTTAACATCGGAGGATCAACTATCCATTCGGCATTGGGTATAATAAATCCCAAAAAGTTCTATGTTCCACTTTCTGAGGAAAAACTTACAACATTGCGCTGTACCCTGTCTTCACTGAAAGTAATGGTTATAGATGAGGTTTCGATGGTTGATACAACTTTAATGTTGTATATCAGTCAACGTCTTAACCAAATTCTAAGGCCATCCAACCCAAACGCAATTTTTGGTAATATTTCCATTTTAGCCGTCGGTGATTTTCATCAAATCCCTCCTGTTTGCGGAACATCACTTCTGAAACCAACAGAAACCTCAATTTTGGACATTTGGTCACAATTTGAAATTTATGAACTTAATCAAATTATGCGTCAAAAGGAGGACCAATCGTTTGCTCAGTTGCTCAACNGAGCCCGAGTGGCAACCAAAACAAAACCTTTATCTTTTTCAGACAAAGGAGAACTGCAGAAACGATTGGTCGATTTTCATCCCAATTATCCAAAAGATTGCCTACATATATTTGGTACCAATTCCAAAGTTGACAAGCACAATAAAAAAATGCTAATTGGTTTAAAGAAAAAAATTGTGACTTTAACCGCGGTTGACATTATTAAAACTAACAAGGGCCAACATTTTCGTAGTAAAACCCCGGTAACTTATAGTAAAAAAGATAATCCAAATTTACCATCCATTGTAGAGTTATCTGTTGGAGCAAGAGTGATGGTGATTTCAAACATCGACGTGGCAGATGGGCTTGCAAATGGTGTGGTTGGTACTGTTTGTAACATTATTGACGGTATCAATCAATATGACTTGCCAGATCACATTGCAATAATTTTTGATAACTCATTAATAGGCGCAAATAGAAAACGAAGCCAACCAAAAGGAAATTACCCACCGGAAGCTGTTTTGATTCAACCTCAAAGCAGCCATAAAATAAAACGAGGCACAAGAACATACGTCAGGCACCAATATCCACTCCGGCTTTCCTGGGCATGCACGGTGCACAAAATTCAAGGCGGTACCGTTCAAAATATTATTGTAAACATGGACAATTTTTTTACTCGGGGAATGGGTTATGTTGCACTTAGTCGCGTGACCTCAATTAACGGACTTTATTTACACAGTTTCAAACCGGAAAATATCTACACGGCAGACGAAACGAGCACGGCACTCGAAGGAATGAGAAGGGCCAATATTTTCAATTTATTGGATAATTTACCGGAAGATCATCTGCACATAGTTCACCACAATACACAAAGTCTACAAAAGCACCACCTCTCTTTAAAAAAATTGGCTTGGGTAAAACAGGCACAAGTAGTTTGCCTTTCTGAAACATGGATAACGGATCCCAAAATTTACGAGATGCCGGGGTTCAATATCCATTGCTCCCCTCGTCTACAAAGTAGAGGTGGTGGCTTAATAATATACATAAATTCCCATTTCAGATCTGAACTTTTGTTTACGGACCAAACAGATGTCGAGTTGCTGTGCGTTCGTTTGGTGTCGCCAAACATTGTAATCTGCCTAGTGTACTGCCCACCGAGCATTAAACAGCCAACAAAAAACATCTTAGAATTACCGGGTCGCCTGACATTTTTATCCCAAAAATTTGAAACGAACAAAATTATTATAACTGGAGATTTTAATGAAAATTTATTTGAAGAAAAAAAACAACCAATTTATATGGTATTAAAAAACGCAGGATTTGACCAACACGTGAAAACCCCAACAACAGATGGTGGAACGCTTCTTGATCATATGTATTCCATTAACATAAATAACCTTCACTGCGCCACACTGACAACCTTTTATTCATACCATAACCCGGTATGCTTGTCAATATGCTTATCAGATAAATGCTCTACCTCCTTTGCAGATAAAAAAGAGAACCCCATAAGTCACAACTTAGCAAATAATCAGGCTTCTCTTATTGGTGGTGAGTACATTTTATTTCTACATGATCTTGCTTAATTTATAAATCATATTGTGGGTATATATATGTGTGTGTGTAAAATTAATACCGTTAATTTTTTGCATAAGGCCTACTTATAAGTCTTTGGTTTTAAACTTTAATACTTCTTCTTTTTTAGTGGCGTATAATATATTTGTGCTATAGATCTTTAATCTTAAAATGTTTTTAGCTCAAATTACGGCTCCTGTGACAATTCTTCCGGATGTNGCTTCCTCCAAAGTTCCGTCATCCGATGTGATGGAGAATGTATCGAATATCAGCAGGAAGCACTCCCGGAGGAATACTACCTTGTCACGTGTGTCTGACATGAGACCACAGAGGCTGCGAGCTAGGATCATTGATTTGTGGGGTGGCAACAAAAATGTGTTCCGTCTTAAAACAACTATGGAGGAATTAGGGTTTCGTGTAAATCCCCATATTCACCCTAATGTTCAGCCGGCCGTATCATGTGGCTATATTGCTGCACGTGCAGCATTATGGTGCAATGATAATCGTAATGGAAATTGGTTTGAAGGAGACTTAGTTCCCATTATTTGGCCACCAGTCATATATGCTATTATTCAGTCTTATAACCAAATTCTTGGTACTTATTCAGATTGTAGTCGGTTCCTGGCGGATGATGAAGTTTTGCGCATCATCGATGAGGTGGATGGGNAAGGAATTGGAACACCATGGCTGGATGCTCCACAACCCATCAACCTGTTCACAGATACTTTCGTTAGAAGGGCAACTGCAGCAAGATTGAATCCATCGGGTAACCTTTGTATTGCGGTTGTTAATACAACCGCACAGCATAGATTAGAAAACGAAGTAATCGGTGATCATTGGTTTGTATGTGTTTATGAGTACTAAGCAAATTCTGATAAAGAGCATTTTCTTGAATAAGTCTCCTTCTGATCTTTTATTATTGCGATCTATTATAATATGTAAATAACATTCCACAAGTTTCAACC TATTATTTGTAAATATCATTCCAAATGTTCCAACC TATTATATGTATATATCATTCCACAAGTTCCAACC TATTATATGTAAATATCATTCCACAAGTTCCAACC TATTATTTGTAAATATCATTCCACAAGTTCCAACC TATTATATGTAAATATCATTCCACAAGTTCCAACC TATTATATGTAAATATCATTCCAAATGTTCCAACC TGTTATATGTAAATATCATTCTACATATTCCAAAA TATTCTAATATGTTAACA
>SINE1a1_Cis#SINE Ci000003
TTGTCCGGCCCGNTGGTCTAGCGGTTAAGTGCGTCGCCTTTCAATCGAAAGGTTGCAGGTGCGAAACTGGTCGCTAGCTAGTCGGTTGTGTCCTTGGGCAAGGCACTTTACGGACATTGCCTGAACCCAGCGGATTAATGGGTTCTACCAAATTGAAGGAACGTGTCTATCATATACAACACACTGCAATAGCTCCGGTAACCCGACGATGGGCGCGAGGTGATCTGACGATTGCCCGTGTGTTAACCCCCTTGGTTTTCCCATTCACGGGGATAAACATGAATATCCTATCCTATCCTATCC
>SINE1a2_Cis#SINE Ci000003
TTGTCCGGCCGGTTAGTCTGGCGGTTAAGTGCGTCGCCTTTCAATCGAAAGGTTGCAGGTGCGAAACTGGTCGCTAGCTAGTCGGTTGTGTCCTTGGGCAAGGCACTTTACGGACATTGCCTGAACCCAGCGGATTAATGGGTTCTACCAAATTGAAGGAACGTGTCTATCATATACAACACACTGCAATAGCTCCGGTAACCCGACGGTGGGCGCGAGGTGATCTGACGATTGCCCGTGTGTTAACCCCCTTGGTTTTCCCATTCACGGGGATAAACATGAATATCCTATCCTATCCTATCC
>SINE1b1_Cis#SINE Ci000003
TTGTCCGACCGATTAGTCTGGTGGTTTAGTGCGNCGCCTTTCAGCCGAAAGGTTGCAGGTTCGAAACTGGTCGCTAGCTAGTCGGTTGTGTCCTTGGGCAAGGCACTTAACGGACATTGCCTGAACCCAGCGGATTAATGGGTTCTACCAAATTGAAGGAACGTNTGAATCATACACAACACACTGCAATAGCTCCGGTAACCCGACGGTGGGCGCGAGGTGATCTGACGATTGCCCGTGTGTTAACCCCCTTGGTTTTCCCATTCACGGGGATAAACATGAATATCCTATCCTATCCTATCC
>SINE1b2_Cis#SINE Ci000003
TTGTCCGACCGATTAGTCTGGTGGGTTAGTGCGTCGCCTTTCAGCCGAAGGGTTGCAGGTTCGAAACTGGTCGCTAGCTAGTCGGTTGTGTCCTTGGGCAAGGCACTTAACGGACATTGCCTGAACCCAGCGGATTAATGGGTTCTACCAAATTGAAGGAACGTCTNAATCATACACAACACACTGCAATAGCTCCGGTAACCCGACGGTGGGCGCGAGGTGATCTGACGATTGCCCGTGTGTTAACCCCCTTGCGTTTTCCCATTCACGGGGATAAACATGAATATCCTATCCTATCCTATCC
>L1_Cis99Sat#Satellite Minisatellite emanating from L1_Cis99ext
TACGGTGTATTGAGTATTG TACGGTGTATTGAGTATTG TACGGTGTATTGAGTATTG TACGGTGTATTGAGTATTG TACGGTGTATTGAGTATTG TACGGTGTATTGAGTATTG TACGGTGTATTGAGTATTG TACGGTGTATTGAGTATTG TACGGTGTATTGAGTATTG TACGGTGTATTGAGTATTG
>Sat4_Cis#Satellite Ci000004
CAACTGAACCCCTTT CAACTGAACCCCTTTA CAACTGAACCCCTTT CCAACTGAACCCCTTTA CCAACTGAACCCCTTT CCAACTGAACCCCTTTA CCAACTGAACCCCTTT CCAACTGAACCCCTTTA
>Sat4_Cis_#Satellite Ci000004
CAACTGAACCCCTTA CAACTGAACCCCTTT CAACTGAACCCCTTA CAACTGAACCCCTTT CCAACTGAACCCCTTA CCAACTGAACCCCTTT CCAACTGAACCCCTTA CCAACTGAACCCCTTT 
>Sat6_Cis#Satellite Ci000006; The 3' end of Baggins1_Cis has turned into a common satellite.
TAATGTAATGTATCATGGCCTACATTCCTGGTCCCAGTGCTACCATGGACCCACCCATAC TAATGTAATGTATCATGGCCTACATTCCTGGTCCCAGTGCTACCATGGACCCACCCATAC
>Sat6_Cis_#Satellite Ci000006; The 3' end of Baggins1_Cishas turned into a common satellite.
GTCCCAGTGCTACCATGGACCCACCCATACTAATGTAATGTATCATGGCCTACATTCCTG GTCCCAGTGCTACCATGGACCCACCCATACTAATGTAATGTATCATGGCCTACATTCCTG
>Sat7_Cis#Satellite Ci000007; originated from Cis_SINE1
CTCGTGGGTGGGAAGCCAGGCTTTATCCACGGGTATCGTAAGACACCTCATGCCCACAGTCGAGTTGCTGGAGCTATTACAGTGTGTGGATGGTTGGTTCATTTATATC CTCGTGGGTGGGAAGCCAGGCTTTATCCACGGGTATCGTAAGACACCTCATGCCCACAGTCGAGTTGCTGGAGCTATTACAGTGTGTGGATGGTTGGTTCATTTATATC
>Sat64_Cis#Satellite Ci000064 16 bp unit
GTTTCAACCCACACAA GTTTCAACCCACACAA GTTTCAACCCACACAA GTTTCAACCCACACAA
>Sat104_Cis#Satellite Ci000104
GGGTAGTGTTGCCCTGTATTTGTGGTATGCCTG GGGTAGTGTTGCCCTGTATTTGTCGTATGCCTG GGGTAGTGTTGCCCTGTATTTGTCGTATGCCTG
>Sat250_Cis#Satellite Ci000250 367 bp unit
ATTGTGTTTGTAGACCCACTACAAGTCAAGTTATGTAGTTTTATACTCGCGGGGGAGAGTACACAAGGTTCGCGAAACAATGGGTTGGCGATTTCTTTCGAAAACCGTCAAAAGGAGGGTGTGCGTAAACGGCTCTATTGCGAAAAATAAAGGAGATTAAGACTTAGNTTTTGGATATGTTATAGCTGGATAAATTATCTTTAATTCAATATAAAAANTAATTATATTTTCCTNCATTTAAGTAGTTACTTACACGATCGCATTTTGGTCATATTGAGAGGTGTATTACTNAGCGNATGATTAATTTAAAGGTTTACTTTGTAGATGGTCGTATAGCAGGATTCTTCTTCTTTCCAATGATGCCAAG
>Sat627_Cis#Satellite Ci000627
TAAGGGAGCGTTACCACACGGGCAATCGTCAGATTACCTCGCGAATACG TAAGGGAGCGTTACCACACGGGCAATCGTCAGATTACCTCGCGAATACG TAAGGGAGCGTTACCACACGGGCAATCGTCAGATTACCTCGCGAATACG 
>U2#Satellite This sequence starts with a U2 snRNA. Ci000131/Ci000039 The U2 snRNA appears the specific target for insertions of the LINE element R2_Cis1.
ATCGCTTCTCGGCTCTTTTGAGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTCTCAGTTTAATACCTGGGACGGAAACGATTCGTTTCCTCTATGTATTAATCGGATTTTTGAACTTGGAGTATGGTGCTGGAGCTTGCTCCACCCTGCTCACGGGTTGTCCTGGTATTGCAGTACCTCCAGGTTCGGCTCACGTTTCCACCTTGGTGGAAATCATTAACTAATCATCTGTGCACGTGCTAAAGTAAAGGAGAACACCCTCAGATGATCGAACGTTCCAAGATTTCACTAAACCTTAGCACCCCACCCCCCCTAACCCCAAGAAAATCATCGAAATTTTTTTGGCGCAGTTTTTCACGCTGAACCGACCGCCTGTGGAGCAAGGCAATTAACAGGCGCCTTGCTAGACCGCCCGTGGTGATGCTAAGCAATTAAAAACGCGGCGGCAAACCCCTGCCGAGTCTGCACTGTCGAAACATTTGAAACACCCCCCCTGAGATCTCGCCGGGTGGGAGTTTTTCGTTTCCGTTTGCCGTACCGGATGCCGTACCGTACTCAGCATGGTGCCAGCACCATGCTGTGCTCACAGGGCAGATTGCTCGACCACAAAACGATTGAAAACCCTGCAAAAAGTTGAAAATTTTTGGAATAAAAAATTTTTTTTTTCGTCCTCTGATCTTCCGGAGGACCCCTCCTCTTC
>UrukSat_Cis#Satellite Ci000268
CTGGAGAAAAAGTTAACATATTATAATAGTTTAAAC CTGGAGAAAAAGTTAACATATTATAATAGTTTAAAC CTGGAGAAAAAGTTAACATATTATAATAGTTTAAAC
>Ci000005#Unknown
TTTTTTTACCGAGCCAAGTTTCGAACCCATGATGGGCTCGTCACTAGGACCGTTTTTTTGTATAAGAGTCGGTATATGTATCGGTCGCGTTAACCATTCGGCCACACGACCGTACA
>Ci000012#Unknown Contains a fourfold repeated unit. >10000 copies in genome.
TTATGGGTCCCAATTGAAAAATTGGGACACATATTGTTTTTGTCCGTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTCTTCGTCAAAGGTTTGACAGGCATGGCATGGCGCCCCGACATCTACCAGAAGGAATAATGGAATCGTAATGAAACTTAGCCATTTGTTAGACAACATGGTCTAGATATGCAGAAACCAAAATTTTGGGTGATAAATCAAGGGGAATTCCCCTGGGAGGTTAAAAACCAAAACGGTATTTTTTATAAAAAAAATAGCTTTTTGTGGCATAGCGCTTAAACAGCTGCTCCAATTTGAATAAGATTTGGTAGAATGTAAGTGCATTAGACACTGATTTAACACTTGGAAAAAATAAAAAATTTACCTAGGGAAATACCCTAAAAATAAGATTTTGTTCTCAAATCATGATTGTGACAGGCATGGCATGGCGCCCCGACATCTACCAGAAGGAATAATGGAATCGTAATAAAATTWAGCCATTTGTTAGACAACATGGTCTAGATATGCAGAAACCAAAATTTTGGGTGATAAATCAAGGGGAATTCCCCTGGGAGGTTAAAAACCAAAACGGTATTTTTTATAAAAAAAATTAGCTTTTTGTGGCATAGCGCTTAAACAGCTGCTCCAATTTGAATAAGATTTGGTAGAATGTAAATGCATTAGACACTGATTTAACACTTGGAAAAAATAAAAAATTTACCTAGGGAAATACCCTAAAAATAAGATTTTGTTCTCAAATCATGATTGTGACAGGCATGGCATGTCGCCCCGACATCTACCAAAAGGAATAATGAAATCGTAATGAAACTTAGCCATTTGTTAGACAACATGGTCTAGATATGCAGAAACCAAAATGTTGAGTGATAAATCAAGGGGAATTCCCCTGGGAGGTTAAAAACCAAAACGGTATTTTTTATTAAAAAAATTAGCTTTTTGTGGCATAGCGCTTAAACAGCTGCTCCAATTTGAATAAGATTTGGTAGAATGTAAGTGCATTAGTCACTGATTTAACACTTAGAAGAAATAAAAAAAGTACTTAGGGAAATACCCTAAAAATAAGATTTTGTTCTCAAATCATGATTGTGACAAGCATGCCATGTCGCCCCGACATCTGCCAAAAGGAATAATGGAATCGTAATGAAAATTTGACATTTGTAAGAGAACATGGTTTAGATACGAAGAAACCAAAATTTTGGGTAATGAATCCAGGGGAATTCCCCTGAGACGTTAAAATCCAAAAGGTTTTTTTTCCAATAAATTAGCTTTTTGGGGCATATAGCGCTGGAACGGCTGCTCTAATTTTGATCAGATTTGGCGAAATGTTGGACTATTAGACACTTTGTGCCAATTAAAGGAAAGAAAACATTTACTTAGGGTAATTACGTTAAAAACGACGATATGTTCCTGAATTACGTTTGTGACTGGCATGCCATATCGCACTGACAAATAAGACAAGCAGTCGACAAATCAGATTAAAACTTTAAGAATTGTTACATAACATGACCCACATATGTAAAAACAGAAACTTATCTACTAAACCTAGGGGAATTCCCTGACACATGAAAAACTAAATCGGGCTGTTTTGGCAATTTAGCTTCATTTCACTTCAGCGCTTGAAAAGAAGGTTTAATTTAAAATATTTGTGGTGAAAATGTTCGTAAATTTAAGACGTTTATTCTTTTTTAACTACACATGGAAAAGAAGTTTGGCTTGATAACTCTGGGACCCATGCGTTTATGCTTGCAGAAACAAACTACATATACTCAGTGTATGAAATACAAATTGTGGTTAGGGACCCTGTAGCATGAGTATATGGCCTACAACATGTGGTTTACAAATAGTGGTGGTTAAACACGTGGTTGACACTCTCTAGTT
>Pal1_Cis#Unknown Ci000219, Ci000118, Ci000504  Contains 560 bp terminal inverted repeats comprised of a 22 bp unit minisatellite and two Cis_SINE1 insertions. Young but ugly.
CAATAGGACTATACACCAGAAAATGTCGCATGCGACACGCCACTATTTTAGAGGCGACACGCCACTWTTTTAGAGGCGACACGCCACTTTTTTCGAGGCGACACGCCACTTTTTTCGAGGCGACACGCCACTTTTTTCGAGGCGACACGCCACTTTTTTCGAGGCGACACGCCACTTTTTTCGAGGCGACACGCCACTTTTTTCGAGGCGACACGCCACTTTTTCAGAGGCGACACGCCACTTTTTTCGAGGCGACACGCCACTTTTTTCGAGGCGACACGCCACTTTTTTCGAGGCGACACGCCACTTTTTCAGAGGCGACACGCCACTTTTTCAGAGGCGACACGCCACTTTTTTCGAGGCGACACGCCACTTTTTCAGAGGCGACACGCCACTTTTTCAGAGGCGACACGCCACTTTTTTCGAGGCGACACGCCACTTTTTCAGAGGCGACACGCCACTTTTTCAGAGGCGACACGCCACTTTTTCCGAGGCGACACGCCACTTTTTCAGAGGCGACACGCCACTTTTTCAGAGGCGACACGCCACTTTTTCAGAGGCGACACGCCACTTTTTCAGAGGCGACACGCCACTTTTTCCGAGGCGACACGACACTTTTTCCGAAGCGACATGCCATTTTTTCAAAGGTGATAACTCACTATATGTATTATAGTTTAAGAAATTTCTTATATTCTTCTCATGAGTGGACTTATGGTTAAATGTGAGCAAGATAGCAACTCTTTTTTGTTATTGTTGTTATAATCTGAAGTCAATTTTCATATTTATTTATCCATGGCAAGCACTTTTTCACTTTTCATCCCTATGATACAATGTCCGTAAAGTGCCTTGCCCAAGGACACAACCAACTAGCTAGCGACCAGTTTCGCACCTGCAACCTTTCGATTAAAAGGCGACGCACTTAACCGCAAGACTAACCGGCCGGAGGAAGAATGCACGTAATAAGAAAGTGTTGTAATCTTTATGTGGAATGGTTTGTGCAAAATAGGGTCCTGCTTAAAAGCTCCAGTTGCTCGTTCGGTCATGTAAGACCGGAAATAACAAAATAGAACAATTCACTGAAATAAACATGAATATCCTATCCTATATCCTTGTACCGTGCCACACTTTGGTAGGGGCTCATCATGCAAGTGCTAACACAAGAAGCGGTTTAAGTTACACAAAATATGTAAACCGGGTAAACTTTGCTTTCTTGTGTCCTCATTATTTATTACTGGGTCAAAAAATGAATAAACTAACCTAAATTTAATTAAAAATATGTGGTAGATCTTGCTCAAGATTAATTACAATTGCCTCTGTGAGTTTCACAACAGAAATTAAGATTGTTTCGCGACGTCTACCAGTACCAGTAACATCTGTTATTGACACTAAATTTACTTGTTGAAATGGTCGTATGTGGCATTTTAGGTGATTGGTAAAACATCACACAAACATTGAAAGGAACTTTATGTAATGCAGAAAACAAAAGAAAATCATGTAACAGGTAATTGTAAATAACAGTATCAGTATTAACACCATTTGGGTCTAAAATTCCATATTGGATGAAGTAGAAAATAAAATAGAAAATACAGAAATATTAAGTAAAAAATACCAGCGATGTAAGGTATAATCAACTTTGGCTAAAATTCCATATTGGATGAAGTAGAAAACGAAGAAGAAAATAAACAAAATTGTACTATTAAAAAATTCAAAAACAGGTGATCAATTATCCTGAGCAATAAATTGAAAAAGCTAAATTGAAGTTTATGTACTGTGTCTTATTCACAAAATTGGCAATATCATTTTTGCTTGAATGCATTTTGAAACTGTTGCTTCGATAAGTTAATGCAGTCTCTGTGGAACCATCTTTCGCATTTGTCGCAGCATATCTAAATAAAATACAAACCAGTATTAACAGTGTAAAATCACCATATATCCCACACCCAAAGCTGGGAGGTCATGGCGTACACACAGTAAGCTGAGGAGTGTGACAACACTTCTTGTGTTTTACCACTTACAGGAAAACAAAGATCAGAAGACTTACCCAGTCTGTTTTAGCTTTTCCACAGTTCAGTTTTTCACACACTCAACAAAGGTTATTTCTGGGCTCTGGGGGAAAACACTTAATTTAGTTCATTAAATGTCAAAGCATCAAAGTTATAGCCATACGTCTAATCAATTAACAGAAGATTACTGTTCATCCCATTGAGTCCAACTTGCTTTCCCTAGGTTAATGCATTTTGTTTATTATTTAAATTAAATAAACTAAATTACTGGGTCGAAATCACAGCGTAGTGGTGTACACAGTATCAAAACCAATGCATATCATTTTATTCACATATAATTAGTTTGACCATGATATTACAAAGATTAATATTCAACAACTGGAGTGACTCAGTGTCATCCATATGTCAACCACCACCATTTGTAAAACACATTTTGACTCTGATATATGTGTATAATATATGCAAGCAGGGTCTTTAACGACAATTGCTATATTTTATACGCAGCTTACGTAGTTTGTTCCTGCAAACATAAACAAATAGGTCCTAACCTAATACATATAGTAACTCACATGACTTTGATGTGTCTACAAAACATTTGGGGTTTAACCTGGAGGTAAACCTGTACTTGCCAAATACTGAGTAACTAACTTTTCGGGATTTTTTTTTTAAGAATTATAGCAATCATTTTTTAAAAGTTTGTAAGTGTATTGTCACCAAACACATGTAAGGATGTCTTGTTACGCCATAATTATCTAGGAGTTAAATTAAAACTTGCAATATCATTAGCTAATTAATGATGGTGGTTGAAATTTGCACCCAAAATTTAAATTTTAAATGTGTAGATGCTAAATTTCCAGTGAAATTATTTTAGTTGTATAATTTCCCATACCATAAAATGCTCTATTTCTTTTTTGTATTACAACCATATTTCTTCACAATCAACGACATCTTGACTGGTTTCTTCTGGCTGGAGAGCCTAAAAAAATTAACATATAATTGAATGTAAACAAGTATGTTCAAGTATATAGATTTTTTGATACAGGGAAATACTTAGTATATAAAATATGTCTAGATCGTAAAAGTAAACTGGTCTACGGAAACAATTTGCCCCGTTTCCATCTCCTATTATAATTCTTGGGTTAACCACACTTCACACATGTAAAGTCATACTCTCTATTCTGCATTGCACAAAAATGATAAAACCTATTTCTTAAATCCTTAATTGGGATTGACCCAGAACTTTCTTTATACATAGCAACATAGGATATTGTTTCAGATCTAAATAACCTGAGGGACATCCTCATACAAGTATTTATCAGATTAACTTATGCCCCACTTAAGGAATTTTTTTTTAATTTGATGATCAGTTAGGTGTAGATAAGGCCCCAGTCCCTTACTCAAGGACACAACCAATTACCAGTTATCGCTTTTACACAACTAACTTTTGTATTTTCCCACCACCTTTTCTGGTAAAACGAACAATCTTAATCAACTACCTAATGATGAGTAACTTATTAAAAAATCATGCTCTTAATACTTAAAATTCTCAGTTCAATAAATATGTACTACACGCTTTTCAATGCAAGTAATAAAATAGTTAAACCATGTTTGATACACTTACTTTCAGCATATTACATAGACATCATATAACAAGTAATTGATAAAGGGGATCTTACAGTCACAACAATAAACCGAGTTCTAAACTAAAGTTTTTGTGGTTCAGCATGAAAACAATTGTGTTACCTACCCATAAAAGAGCAAAACAACTCAAATGTTTTTTTACCTGTTATTGAATGTACATGCTTATTCATCTCAGCTTCAATATTTTTCATTCCACTTTTTTCTTTTGCTGCAATTCGAAATACCAGTAAAAGATATACAAATTGTCTTAACTAGTTAAAACCTTACTAACAATCCAAACAGAACATATTACAGATAACAAAATTGTTTACAAAGACAAATACTCCTATGATAGGATAGGATAAGATAGGATTTTCATGTTTATCCCCGTGAATAGGAAAACCAAGGGGGTTAACACACATGCAATCATCAGATCACCTTGCGCCCACCGCCGGGTTACCGGAGCTATTGCAGTATGTTATATAGAATACACCCGTTCCTTCATTTTTGTAAAACCCATTAATTCGCTGGTTAAGGCAATGTTCGTTAAGTGTCTTCACGAGGACACAACCGACTATCTTGCGACCAGTTTCGAACCTACAACCCTTCGGTTGAAATGCGTCGCACTATACCACCAGACTAACCAGTCGAACCAGAATGATTTCTTATTTTTCATCAGATAAGAAAAAAATATTGGTTATACATATGCCTAATCTTTCTTTATTGTTATAGTTATGGTTAGTTGATTGGTTAATATTAGTGTTGGGGACAAGTTAGAATTAGATTTCCTGCTTACTGAGAATTTTCTCTAATCACTTTTTCTCCTTTTCAAAACACAATTAATTTTCTGATATAAAATGATTAATCATGATAACATACAGATACAGTAGATTCCTAGATGCGTTAATATTTGCAATACTTTTGCCATTTGAATTATAATCAATTCGGACGAATTATACAAATACTGATTAATTGTTACCTATGCTACATTTTTAAGGGTCCTTTAAACGATAGCTTTCTTCCATCTTTTAAAATTGTGAATGTGGGCAGTGCCGCAGTGGTAGTGGCTGCGCTGCCTTTCTTTAAGACTTTTATTAGAATGTCCTGGACAAAGTATTCGACACGGAAAAACATATCCTAAAATGACACATAATAATTTAGTAAAAACTTTATTTGTCCATAAACCATTATGGTTATGTAATTAAAGGTTTCAGGTTATATATATATTTACCTTTCTTTTAACCAATATGCCATGGCGGCATGGCTGACTGATAAAACCCAATGTTTTTAATGTGAGTTTTGAATTCTTTTGAGGAAAGTGTTGACAAATCCCTCTCATTACACACCATACACTTATTTTCGGACATATTGGATATG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